B 版 2008/03/19 初版 2008/03/18 杉本昌弘 (msugi@sfc.keio.ac.jp) dotmz ユーザーズガイド 先端生命研究所 慶應義塾大学 1
目次 1 はじめに... 2 1.1 dotmz とは... 2 1.2 動作環境... 2 1.3 dotmz のインストール... 3 2 操作方法... 4 2.1 dotmz を起動する... 4 2.2 プロセッサ数を設定する... 4 2.3 データを選択する... 5 3 FAQ... 6 i
1 はじめに 1.1 dotmz とは dotmz は Analyst QS for Agilent TOF ( 以下 AnalystQS と記述します ) の wiff ファイル csv ファイル および ChemStation の MS ファイルを入力とし JDAMP で処理することが可能な ciff ファイル形式に変換を行います 1.2 動作環境 Java dotmz を動作させるには WindowsOS(.Net Framework 3.0 SP1) およびその上で動作とする Java6.0 が必要です.Net 3 SP1 Java 6 は下記 URL からダウンロードおよびインストールしてください http://java.sun.com/javase/ja/6/download.html プログラムを実行するには JRE が必要です JDK など JRE 以外は JRE の機能もを含んでいますので 既に JDK などがインストールされている場合 新たに JRE をインストールする必要はございません.Net Framework 3.0 は下記 URL からダウンロードおよびインストールしてください http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?familyid=10cc340b-f857-4a14-83f5-25634c3bf043&displaylang=en インストールしたあとに Internet Explorer の Microsoft Update を実行して SP1 にアップデートしてください Analyst QS dotmz が wiff ファイルのコンバートをするためには AnalystQS(Agilent 社製 ) をインストールする必要があります AnalystQS は下記の URL からダウンロードおよびインストールしてください http://www.chem.agilent.com/scripts/generic.asp?lpage=54770&indcol=y&prodcol=y Setup.exe を実行し 画面の指示にしたがってインストールしてください インストール中に Mode Selection の画面になりましたら Processing Mode を選択してください 最後に LabView のインストーラも起動しますが これは不要なので Exit Setup を押してください また 別途 AnalystQs の.Net API をインストールする必要があります こちらのインストーラは Agilent 社に問い合わせて入手してください dotmz dotmz zip ファイルをダウンロードして任意のフォルダに解凍してください 2
1.3 dotmz のインストール dotmz の解凍したディレクトリを インストールするコンピュータの任意の箇所にコピーします ( 以下の例では C ドライブの直下にコピーし C:\dotMZ というディレクトリができるようにしています ) dotmz は Windows XP(SP2)32 ビット版と 64 ビット版上 2000 Server (64bit) Vista(32bit) で動作確認しております 図 1-1 dotmz インストール 3
2 操作方法 2.1 dotmz を起動するインストールした dotmz ディレクトリの中にある dotmz.exe ファイルをダブルクリックします 実行ファイルをダブルクリックします 図 2-1 dotmz 起動 2.2 プロセッサ数を設定する変換処理を並行して行う数を指定します 一度でも起動して設定していれば 次回以降 表示されません dotmz は PC にプロセッサ数が設定されていない場合は起動時に問い合わせてきます 複数の CPU がつまれた PC であればその数を設定することで処理時間が短縮できます 1. Number of Processors で 使用する CPU 数を入力します 図 2-2 プロセッサ数設定画面 CPU 数を選択 4
2.3 データを選択する 1. change directory ボタンを押して 変換したいファイルのあるフォルダを選択します 2. ファイルタイプ (Wiff もしくは CSV) を選択します 3. 双眼鏡のボタンを押して 現在のフォルダより下の階層にある該当データをさがして選択します また 選択したファイルを右向きの矢印ボタンをクリックすることでも選択できます 4. オレンジの矢印のボタンを押すことで選択されたファイルの変換が始まります 1. ディレクトリを変更 5. 双眼鏡ボタンを押すか ファイルを直接選択する 4. 実行ボタンを押す 2. タイプの選択 図 2-3 メイン画面 オプション (sample, time segment, and scan segment) 設定して Wiff ファイルの変換を行います 詳細については AnalystQS のマニュアルを参照してください 5. 変換がはじまるとプログレスダイアログが表示されます 図 2-4 プログレスダイアログ 5
3 FAQ CSV ファイルに変換するにはどうすればよいか? dotmz が出力する CSV ファイルは AnalystQS や MassHunter が出力するものと同じです サンプルファイルは下記 URL にあります http://software.iab.keio.ac.jp/jdamp/. Wiff ファイルの変換が始められない. AnalystQS がインストールされており 起動できることを確認してください また コマンドプロンプトで dotmz のディレクトリの中の submodules wiffconverter.exe が実行できることを確認してください もしエラーメッセージ内に com object が含まれていましたら AnalystQS の API が認識されていいません AnalystQS のマニュアルに従って設定を行ってください Wiff ファイルを変換するときに失敗することがある AnalystQS の API はまれに呼び出し側で取得できない ( 不明な ) 例外を発生することがあります エラーが発生した場合は再度変換を試みてください ( 経験的に 64bitOS よりも 32bitOS のほうが発生しにくいです ) なお AnalystQS は公式には Windows2000 の英語版で動作すると AnalystQS のマニュアルに記載があります 6