Purl.jp 管理・運用方針

Purl.jp 運 用 マニュアル ver. 1.03 2014/01/28 NBDC 1

目 次 I. Purl.jpの 設 計 方 針 II. Purl.jpアプリケーション III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 VI. FAQ ( 作 成 中 ) VII. 参 考 資 料 ( 作 成 中 ) 2

I. Purl.jpの 設 計 方 針 3

1. Purl.jpの 設 計 方 針 /bio/ http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name PURL ID NBDCが 進 めるDB 統 合 推 進 事 業 に 該 当 するプ ロジェクトはドメイン/bio/ 以 下 のURIを 使 用 する 上 記 以 外 の 生 物 学 分 野 のデータについても /bio/ 以 下 のURIを 使 用 する 予 定 I. Purl.jpの 設 計 方 針 4

2. Purl.jpの 設 計 方 針 /グループ 番 号 /(1) http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name PURL ID purl.jpの 使 用 を 希 望 するグループ( 申 請 グループ)に 対 し て グループ 番 号 (グループを 識 別 する 番 号 )を 割 り 当 てる 統 合 化 推 進 プログラム(11 課 題 ) 基 盤 技 術 開 発 プログラ ム(1 課 題 )には purl.jpの 使 用 を 希 望 する 課 題 に 対 して 各 課 題 に1つのグループ 番 号 を 割 り 当 てる Purl.jpを 使 用 する 必 要 がない 場 合 ( 使 用 するメリットがない と 考 える 場 合 )は 使 用 しなくてもよい I. Purl.jpの 設 計 方 針 5

2. Purl.jpの 設 計 方 針 /グループ 番 号 /(2) http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name PURL ID グループ 番 号 の 割 り 当 て 1 ~ 9: NBDCで 管 理 10 ~99: 統 合 化 推 進 および 基 盤 技 術 開 発 プログラム 100 ~ : 未 定 グループ 番 号 の 割 り 当 ては 先 着 順 を 原 則 とす る I. Purl.jpの 設 計 方 針 6

3. Purl.jpの 設 計 方 針 / 識 別 番 号 記 号 / http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name PURL ID / 識 別 番 号 記 号 / 以 下 は 各 グループが 自 由 に 設 計 する I. Purl.jpの 設 計 方 針 7

II. Purl.jpアプリケーション 8

URIの 設 計 ( 例 識 別 番 号 記 号 以 下 のデザイ ン)および 設 定 ( 例 purlからオリジナルuriへ のリダイレクト 設 定 )は ユーザーがpurl.jpア プリケーション(http://purl.jp)を 操 作 して 行 う purl.jpのアプリケーションの 使 い 方 は Helpの 記 事 を 参 照 すること ( http://purl.jp/docs/help.html ) II. Purl.jpアプリケーション 9

III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 10

操 作 手 順 1. ユーザー 登 録 (ID, PWなど) 2. 管 理 者 (NBDC)によるユーザー 登 録 の 承 認 3. (グループ 番 号 より 後 ろの) 新 規 ドメインの 作 成 必 要 とする 場 合 に 作 成 ( 作 成 しなくてもよい) 例 http://purl.jp/bio/01/ontology 作 成 したドメインは 指 定 のユーザーのみ 使 用 可 能 4. 管 理 者 によるドメイン 名 の 承 認 5. purlからオリジナルuri(ターゲット)へのリダイレクト 設 定 手 順 2, 4 は 管 理 者 ( NBDC ) の 操 作 http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 PURL ID 11

Users タブを 選 択 1.ユーザー 登 録 Register a new user を 選 択 Full name Affiliation E-mail address User ID Password Re-enter password を 入 力 submit を 押 す 以 下 purl.jpでの 特 例 操 作 ユーザー 登 録 後 登 録 内 容 の 承 認 を 迅 速 に 進 め るために 管 理 者 (kushida@biosciencedbc.jp)に メールで ユーザー 登 録 完 了 と 連 絡 本 文 ( 登 録 内 容 の 記 載 )は 不 要 III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 注 : 管 理 者 のメールアドレスは 変 更 になる 予 定 です 12

III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 13

* 管 理 者 による 一 括 ユーザー 登 録 代 行 申 請 グループ 単 位 で Full name Affiliation E-mail address ( 希 望 する)User ID のリスト を 管 理 者 (kushida@biosciencedbc.jp)に 送 付 し た 場 合 管 理 者 がユーザー 登 録 を 代 行 し 直 ち に 登 録 内 容 を 承 認 する この 時 各 User IDには 仮 パスワードを 設 定 す る 管 理 者 から 承 認 完 了 の 通 知 があった 後 ユー ザーは 直 ちに 仮 パスワードを 変 更 する 注 : 管 理 者 のメールアドレスは 変 更 になる 予 定 です III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 14

*ユーザー 登 録 情 報 の 修 正 削 除 Users タブを 選 択 Modify an existing user もしくは Delete a user を 選 択 変 更 の 後 submit を 押 す III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 15

2. 管 理 者 (NBDC)によるユーザー 登 録 の 承 認 ユーザー 登 録 の 内 容 を 管 理 者 (NBDC)が 承 認 承 認 されたユーザーのみ ドメイン 設 計 PURL 設 定 が 許 可 される 管 理 者 (NBDC)のみが admin 操 作 を 行 う III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 16

3.(グループ 番 号 より 後 ろの) 新 規 ドメインの 作 成 (1) http://purl.jp/bio/01/ontology を 作 る 場 合 Domains タブを 選 択 Create a new domain を 選 択 Name にドメインの 名 称 を 入 力 ( 例 /bio/01/ontology)<= 任 意 の 文 字 列 でよい 例 えば 下 欄 の Domain ID と 同 じにする Domain ID にドメインのパスを 入 力 ( 例 /bio/01/ontology) Maintainer IDs に 対 象 のドメインの 使 用 や 修 正 その 下 のサブドメインの 作 成 を 行 えるユーザーIDを 入 力 ( 一 行 に1ID) ドメイン 作 成 者 は 自 動 的 に 登 録 Writer IDs に ドメイン 作 成 者 のユーザーIDを 入 力 ( 一 行 に1ID) 空 欄 でも 可 Public はチェックしない チェックすると 対 象 ドメインが 誰 でも 自 由 にPURL 設 定 や サブドメインの 新 規 作 成 が 可 能 なる 管 理 者 (NBDC)に 新 規 ドメイン 作 成 をメールで 連 絡 ( 次 ページ 参 照 ) 管 理 者 (NBDC)の 承 認 後 対 象 ドメインが 使 用 可 になる http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 PURL ID 17

http://purl.jp/bio/01/ontology を 作 る 場 合 任 意 の 文 字 列 でよい 例 えば 下 欄 の Domain ID と 同 じにする III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 18

3.(グループ 番 号 より 後 ろの) 新 規 ドメインの 作 成 (2) 以 下 purl.jpでの 特 例 操 作 新 規 ドメイン 作 成 後 承 認 を 迅 速 に 進 めるために 管 理 者 (kushida@biosciencedbc.jp)にメールで 新 規 ドメイン 作 成 完 了 と 連 絡 本 文 ( 作 成 内 容 の 記 載 )は 不 要 http://purl.jp/bio/グループ 番 号 / 識 別 番 号 記 号 ホスト 名 ドメイン PURL name III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 PURL ID 19

*ドメイン 情 報 の 修 正 削 除 する 場 合 Domains タブを 選 択 Modify an existing domain もしくは Delete a domain を 選 択 変 更 の 後 submit を 押 す III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 20

4. 管 理 者 によるドメイン 名 の 承 認 新 規 ドメインの 作 成 を 管 理 者 (NBDC)が 承 認 admin 操 作 は 管 理 者 (NBDC)のみが 行 う III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 21

5.purlからオリジナルURI(ターゲット)へのリダイレクト 設 定 手 順 1. PURLs タブを 選 択 2. Create a new PURL を 選 択 3. Path にPURLを 入 力 4. Target にリダイレクト 先 のURLを 入 力 5. Member IDs に ユーザーIDやGroupIDを 入 力 Purl: Target URL: http://purl.jp/bio/01/ontology http://wg.biosciencedbc.jp III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 22

Purl: Target URL: http://purl.jp/bio/01/ontology http://wg.biosciencedbc.jp III. Purl.jpアプリケーションの 基 本 操 作 23

IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 グループの 設 定 リダイレクト 先 の 応 用 設 定 バッチ 処 理 IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 24

1.グループIDの 設 定 ユーザーIDをグループIDで 括 り グループID 単 位 で ドメインの 作 成 編 集 PURLの 設 定 が 可 能 になる グループIDは 自 由 に 複 数 作 ることができる Groups タブを 選 択 Create a new group を 選 択 Maintainer IDs に ユーザーIDや 別 のGroupIDを 入 力 ( 一 行 に1ID) ドメイン 作 成 者 は 自 動 的 に 登 録 Member IDs に ユーザーIDや 別 のGroupIDを 入 力 ( 一 行 に1ID) IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 25

IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 26

2.リダイレクト 先 の 応 用 設 定 purlからオリジナルuriへのリダイレクト 設 定 には 基 本 的 な Create a new PURL (III. 5)のほか より 高 度 な 設 定 ができる Create an Advanced PURL がある 参 照 :http://purl.jp/docs/help.html#purladvcreate 手 順 1. PURLs タブを 選 択 2. Create an Advanced PURL を 選 択 3. Path にPURL(もしくはその 一 部 )を 入 力 4. Type of PURL でタイプを 選 択 Create an Advanced PURLのタイプの 例 (1)Partial PURL (2)Partial-append-extension (3)Partial-ignore-extension (4)Partial-replace-extension 5. Target にリダイレクト 先 のURL(もしくはその 一 部 )を 入 力 6. Member IDs に ユーザーIDやGroupIDを 入 力 IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 27

IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 28

(1)Partial PURL PURLs 設 定 Path(PURL): Target URL: http://purl.jp/bio/01/ http://example.com/partialtest/ 処 理 例 1 PURL: Target: http://purl.jp/bio/01/foo/bar/baz http://example.com/partialtest/foo/bar/baz 処 理 例 2 PURL: Target: http://purl.jp/bio/01/foo?bar=baz http://example.com/partialtest/foo?bar=baz IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 29

PURLs 設 定 (2)Partial-append-extension Path(PURL): http://lpurl.jp/bio/01/ Target URL: http://example.com/partialappendtest/ 処 理 例 PURL: http://purl.jp/bio/01/foo/bar/bam?id=fizzle Target: http://example.com/partialappendtest/bar/bam.foo?id=fizzle 拡 張 子 を クエリーストリングの 前 に 付 与 する IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 30

PURLs 設 定 (3)Partial-ignore-extension Path(PURL): http://purl.jp/bio/01/ Target URL: http://example.com/partialignoretest/ 処 理 例 PURL: Target: http://purl.jp/bio/01/foo.html http://example.com/partialignoretest/foo 拡 張 子 を 取 り 除 く IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 31

(4)Partial-replace-extension PURLs 設 定 Path(PURL): Target URL: http://purl.jp/bio/01/ http://example.com/records/ 処 理 例 PURL: Target: http://purl.jp/bio/01/htm/foo/bar.html http://example.com/records/foo/bar.htm 拡 張 子 の 入 れ 替 え IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 32

3.バッチ 処 理 APIによるバッチ 処 理 機 能 がある 確 認 中 http://purl.jp/docs/help.html#purls http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/purlbatchuploa dingversionone http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/purlrestapi <!-- Type 302. Simple redirection to a target URL --> <purl id="/tld/subdomain/test302" type="302"> <maintainers> <uid>uche</uid> </maintainers> <target url="http://example.com/test302target/"/> </purl> <!-- Type partial. Partial-redirect PURL --> </purl> IV. Purl.jpアプリケーション その 他 の 操 作 33

V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 34

1.UniProtのURI 例 http://purl.uniprot.org/uniprot/p12345 http://purl.uniprot.org/enzyme/1.3.1.47 http://purl.uniprot.org/go/0000953 http://purl.uniprot.org/journals/3523 http://purl.uniprot.org/keywords/90 http://purl.uniprot.org/locations/476 http://purl.uniprot.org/tissues/2 http://purl.uniprot.org/unipathway/611 ホスト 名 ドメイン PURLネーム V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 PURL id 35

2.Allie http://purl.org/allie/id/shortform/165493 http://purl.org/allie/id/longform/694079 http://purl.org/allie/ontology/201102# ホスト 名 ドメイン PURLネーム PURL id V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 36

3.BioPortalのURI 例 (オントロジー) http://purl.bioontology.org/ontology/tjadni2/beta_amyloid Bioportal ontology 共 通 オントロジー 登 録 時 に 入 力 し た 情 報 ( ONTOLOGY ABBREVIATI ON ) オントロジーの クラス 名 ホスト 名 ドメイン PURLネーム PURL id V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 37

4.オントロジーの 例 例 3.National Drug Files ontology http://purl.bioontology.org/ontology/ndfrt/n0000001689 例 4.Cell type ontology http://purl.org/obo/owl/cl#cl_0000610 ホスト 名 ドメイン PURLネーム V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 PURL id 38

5.PDB/RDFのURI 例 Subject: http://pdbj.org/rdf/1gof/entity/1 Property: PDBo:link_to_enzyme Object: http://purl.uniprot.org/enzyme/1.1.3.9 ホスト 名 ドメイン PURLネーム PURL id V. URI(purl) オントロジーの 使 用 例 39

VI. FAQ 40

VII. 参 考 資 料 41