シーケンスアセンブルソフトウェア SEQUENCHER V5.4 for Mac ネットワーク 版 インストールマニュアル 1 / 19
はじめに このたびは SEQUENCHER をご 使 用 いただき 誠 にありがとうございます SEQUENCHER は ユーザが 入 力 ま たはインポートしたシーケンス 群 を 簡 単 なユーザインタフェースでトリミングし アセンブルすることのできる 使 いやすく 高 性 能 なアセンブルソフトウェアです 2015 Hitachi, Ltd. All rights reserved. SEQUENCHER は 米 国 Gene Codes Corporation の 登 録 商 標 です このマニュアルの 記 載 内 容 を 無 断 で 複 写 転 写 することを 禁 止 します また マニュアルの 内 容 は 予 告 なしに 変 更 されることがあります このマニュアルに 誤 記 や 不 正 確 な 記 述 があった 場 合 株 式 会 社 日 立 製 作 所 はいかなる 責 任 も 負 いません 2 / 19
目 次 1. SEQUENCHER ライセンスサーバーのセットアップ... 4 1.1. インストールの 準 備... 4 1.2. SEQUENCHER RLM License Server のインストール... 5 1.3. サーバー 用 ライセンスファイルの 発 行 および 認 証... 7 1.4. SEQUENCHER 用 ライセンスファイルの 発 行... 8 2. SEQUENCHER のセットアップ... 9 2.1. インストールの 準 備... 9 2.2. SEQUENCHER for Mac のインストール... 10 2.3. SEQUENCHER for Mac のアクティベーション... 12 3. 外 部 ツールのインストール... 13 3.1. DNA-Seq ツールのインストール... 13 3.2. Tablet のインストール... 15 3.3. ClustalW のインストール... 16 3.4. RNA-Seq ツールのインストール... 17 3.5. FastQC ツールのインストール... 18 3 / 19
1. SEQUENCHER ライセンスサーバーのセットアップ 1.1. インストールの 準 備 インストールを 開 始 する 前 に 下 記 の 事 項 を 確 認 してください コンピュータの 性 能 の 確 認 お 使 いのコンピュータが 次 の 最 低 要 件 を 満 たしていることを 確 認 してください Mac OS 10.5.8 以 降 (インテルプロセッサ 搭 載 ) お 使 いのコンピュータが 上 記 の 要 件 を 満 たしているかどうかを 確 認 する 場 合 は Apple メニューのこの Mac についてを 確 認 してください ライセンスサーバーをインストールする Mac の 設 定 ライセンスサーバーをインストールする 前 に Mac に 以 下 の 設 定 を 行 ってください i. アップルメニューから システム 環 境 設 定 を 起 動 します ii. 表 示 の 項 目 で 省 エネルギー を 選 択 します iii. コンピュータのスリープ を しない に 設 定 してください ライセンスサーバーの IP アドレス ライセンスサーバーを 使 用 する Mac は IP アドレスを 固 定 してください サーバーに 接 続 できない 場 合 SEQUENCHER を 起 動 できません 4 / 19
1.2. SEQUENCHER RLM License Server のインストール i. コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER RLM License Server CD を 入 れます ii. CD ドライブを 開 いて Sequencher RLM Server のアイコンをダブルクリックします インストールするには 管 理 者 権 限 が 必 要 です iii. インストーラーが 起 動 しましたら 続 けるをクリックして 先 に 進 めてください 図 1-1 SEQUENCHER RLM Server インストーラー iv. インストール 確 認 の 画 面 が 表 示 されますので インストールをクリックし インストールを 開 始 してください 図 1-2 インストール 確 認 5 / 19
v. インストールする 途 中 で 以 下 のようなメッセージで 管 理 者 権 限 を 確 認 される 場 合 があります この 場 合 は Mac の 管 理 者 権 限 を 持 つユーザ 名 とパスワードをご 入 力 ください 図 1-3 管 理 者 権 限 の 確 認 vi. インストールが 完 了 するとメッセージが 表 示 されますので 閉 じるをクリックして 終 了 してください また コ ンピュータの 再 起 動 を 要 求 される 場 合 があります その 際 は 再 起 動 を 行 ってください 図 1-4 インストール 終 了 メッセージ 6 / 19
1.3. サーバー 用 ライセンスファイルの 発 行 および 認 証 SEQUENCHER V5.2 よりライセンスのアクティベーション( 認 証 処 理 ) 方 法 が 変 更 され これまでの USB ドン グルから ライセンスファイルによる 認 証 方 法 となりました i. コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER RLM License Server CD を 入 れます ii. CD ドライブを 開 いて License Tools のアイコンをダブルクリックします iii. License Tools が 表 示 されますので RLM Server のタブを 選 択 してください 図 1-5 アクティベーションキー 入 力 iv. アクティベーションキーを 入 力 して Activate をクリックすると 数 分 でライセンスファイルの 自 動 発 行 が 行 わ れます ライセンスファイルが 発 行 されると 保 存 場 所 を 確 認 されますので ライセンスサーバーをインストール したフォルダに 保 存 してください 保 存 場 所 は 通 常 以 下 のアプリケーションフォルダになります Applications/Sequencher Server 発 行 はインターネット 経 由 で 行 われる 為 ネットワーク 環 境 が 無 い PC では 認 証 ができません その 場 合 マニュアル 認 証 の 手 順 が 始 まりますので 手 順 に 従 ってリクエストファイルを 作 成 してください 作 成 したリクエストファイルはメールに 添 付 し ActivateMe@genecodes.com 宛 にライセンスファイルの 申 請 メールを 送 信 してください Gene Codes からライセンスファイルが 添 付 されたメールが 返 信 されます ( 手 動 での 処 理 の 為 返 信 まで 1 2 日 程 度 かかります) 返 信 されたライセンスファイルは ライセンスサーバーのインストールフォルダに 保 存 してください v. ライセンスファイルが 保 存 できましたら 一 度 Mac を 再 起 動 してください 7 / 19
1.4. SEQUENCHER 用 ライセンスファイルの 発 行 SEQUENCHER 用 のライセンスファイルを 作 成 します i. ライセンスサーバーをインストールした Mac で 再 度 License Tools を 起 動 し RLM Server のタブを 選 択 して ください ii. Server Address の 欄 にライセンスサーバーをインストールした Mac の IP アドレスを 入 力 し Cerate Client License をクリックします 通 常 は 起 動 した Mac の IP アドレスが 自 動 で 入 力 されます 図 1-6 ライセンスツール iii. ライセンスファイルの 保 存 場 所 を 確 認 されますので デスクトップなどの 適 当 な 場 所 に 保 存 してください このファイルは SEQUENCHER をインストールした Mac で 使 用 します メディアやネットワークで 該 当 の Mac にコピーしてください 8 / 19
2. SEQUENCHER のセットアップ 2.1. インストールの 準 備 インストールを 開 始 する 前 に 下 記 の 事 項 を 実 施 してください ライセンスファイルのコピー SEQUENCHER をインストールする Mac に 手 順 1-4 で 作 成 した SEUQNCHER 用 ライセンスファイルを 保 存 してください コンピュータの 性 能 の 確 認 お 使 いのコンピュータが 次 の 最 低 要 件 を 満 たしていることを 確 認 してください MacOS 10.7 以 降 インテルプロセッサを 搭 載 3GB RAM (NGS 解 析 を 行 う 場 合 BWA Cufflinks suite Velvet では 8GB を 推 奨 GSNAP では 16GB を 推 奨 します 大 量 のデータを 扱 う 場 合 は これ 以 上 のメモリが 必 要 となります) ハードディスク 空 き 容 量 355MB (DNA-Seq ツール RNA-Seq ツールのインストールには 追 加 で 320MB の 容 量 が 必 要 です) お 使 いのコンピュータが 上 記 の 要 件 を 満 たしているかどうかを 確 認 する 場 合 は Apple メニューのこの Mac についてを 確 認 してください 次 世 代 シーケンサー 由 来 のデータ(NGS データ)をアセンブルする 場 合 には 最 低 要 件 よりも 大 きな RAM やハードディスクの 空 き 容 量 が 必 要 になります DNA-Seq ツールの GSNAP と RNA-Seq ツールは 64bit OS のみで 使 用 可 能 です ドングルをお 持 ちの 方 い USB もしくはパラレルポートのドングルをお 持 ちの 場 合 は インストール 時 点 では Mac に 接 続 しないでくださ 9 / 19
2.2. SEQUENCHER for Mac のインストール 使 用 したい Mac に 以 下 の 手 順 で SEQUENCHER をインストールしてください ライセンスサーバーとネットワ ーク 上 で 接 続 可 能 なコンピュータであれば インストールは 何 台 でも 可 能 です i. USB ポート パラレルポートドングルを PC に 接 続 している 場 合 は 外 してください ii. コンピュータの CD-ROM ドライブに SEQUENCHER の CD-ROM を 入 れます インストールにはコンピュータの 管 理 権 限 が 必 要 です 手 順 の 途 中 で Mac OS の 認 証 ダイアログが 表 示 される 事 があります その 際 は 管 理 者 権 限 を 持 つアカウント とパスワードを 入 力 してください iii. CD ドライブを 開 いて Sequencher Installer.pkg をダブルクリックします 図 2-1 インストーラー 表 示 iv. インストーラーが 起 動 したら 画 面 の 内 容 を 確 認 して 進 めてください 図 2-2 インストーラーの 起 動 10 / 19
v. 認 証 の 後 下 記 の 規 約 確 認 の 画 面 が 表 示 されます 続 けるをクリックすると 確 認 のメッセージが 表 示 されますの で 同 意 をして 進 んでください 図 2-3 ライセンス 規 約 vi. インストール 開 始 画 面 が 表 示 されます インストールボタンをクリックすると 開 始 されます 図 2-4 インストール 開 始 画 面 vii. インストールが 完 了 するとメッセージが 表 示 されますので 閉 じるをクリックして 終 了 してください また コンピュータの 再 起 動 を 要 求 される 場 合 があります その 際 は 再 起 動 を 行 ってください 11 / 19
2.3. SEQUENCHER for Mac のアクティベーション 手 順 1-4 で 作 成 したライセンスファイルを 使 い SEQUENCHER 本 体 のアクティベーションを 行 います i. アクティベーション 実 施 前 の SEQUENCHER では 起 動 をすると 以 下 のウィンドウが 表 示 されます I have a license file を 選 択 し 先 に 進 みます 図 2-5 ライセンスマネージャー ii. ライセンスファイル 選 択 画 面 になりますので Browse をクリックして 保 存 した SEQUENCHER 用 ライセン スファイルをお 選 びください Continue で 選 択 したファイルを 読 み 込 みます 図 2-6 ライセンスファイル 認 証 iii. ファイルを 読 み 込 めたら 認 証 終 了 の 画 面 を 表 示 しますので Done を 選 択 して 終 了 してください 12 / 19
3. 外 部 ツールのインストール SEQUENCHER は 通 常 のシーケンスや 次 世 代 シーケンサー(NGS) 由 来 のシーケンスをアセンブルするために 外 部 の 優 秀 なツールを 使 用 することができます そのためには まずこれらのツールを SEQUENCHER がインストー ルされているパソコンに インストールする 必 要 があります 3.1. DNA-Seq ツールのインストール SEQUENCHER で 次 世 代 シーケンサー 由 来 のシーケンスをアセンブルするために 以 下 の 外 部 ツールのインスト ール 方 法 を 説 明 します DNA-Seq ツールインストーラーのダウンロードと 展 開 i. GeneCodes 社 のサイト(http://genecodes.com/download/external-tools-download)から DNA-Seq Tools InstallerV4.4.dmg をダウンロードします ii. ダウンロードしたファイルをダブルクリックすると 内 容 が 表 示 されます 図 3-1 展 開 された DNA-Seq ツールインストーラー BWA-MEM, GSNAP, Maq, Maqview, MUSCLE, Samtools, Velvet のインストール i. DNA-Seq V4.4.pkg をダブルクリックするとインストーラーが 起 動 します 続 けるボタンを 押 してください 図 3-2 インストーラー 初 期 画 面 13 / 19
ii. GSNAP が 64bit OS のみサポートとなった 旨 のお 知 らせはそのまま 進 み 次 の 使 用 許 諾 については 続 けるをク リックすると 同 意 確 認 が 表 示 されますので 同 意 するボタンを 押 してください 図 3-3 使 用 許 諾 契 約 同 意 確 認 ダイアログ iii. インストールの 確 認 画 面 が 表 示 されますので インストールボタンを 押 して 開 始 します 図 3-4 インストール 画 面 iv. インストール 終 了 後 は 完 了 画 面 が 表 示 されますので 閉 じるボタンで 終 了 させてください 14 / 19
3.2. Tablet のインストール i. DNA-Seq ツールインストーラー( 図 3-1 参 照 )の Other Installers フォルダを 開 き tablet.dmg をダブルクリ ックすると インストーラーが 表 示 されます 図 3-5 Tablet インストーラー ii. インストーラーをダブルクリックした 時 に 以 下 の 警 告 文 を 表 示 する 場 合 があります その 場 合 は Mac のメニ ューからシステム 環 境 設 定 >セキュリティとプライバシーと 進 み ダウンロードしたアプリケーションの 許 可 の チェックを すべてのアプリケーションを 許 可 に 変 更 してください 図 3-6 インストーラーの 警 告 iii. インストーラーが 起 動 したら Next ボタンをクリックします iv. 利 用 許 諾 を 読 み これに 同 意 した 上 で Next ボタンをクリックします 図 3-7 利 用 許 諾 同 意 画 面 15 / 19
v. インストールフォルダを 決 定 します デフォルトでは Tablet フォルダは/Applications の 下 に 作 成 されます Browse ボタンをクリックしてインス トール 先 を 変 更 することもできます 図 3-8 インストールフォルダ 決 定 画 面 vi. 画 面 の 指 示 に 従 ってインストールを 行 います インストール 終 了 後 は Finish ボタンをクリックしてインスト ーラーを 終 了 させてください Run Tablet のチェックを 付 けたまま 終 了 すると Tablet を 起 動 します 3.3. ClustalW のインストール SEQUENCHER は 通 常 のシーケンスをアセンブルするために アライメントツールとして 定 評 のある ClustalW を 使 用 することができます ここではそのインストール 方 法 を 説 明 します i. DNA-Seq ツールインストーラー( 図 3-1 参 照 )の Other Installers フォルダを 開 き Clustalw2.dmg をダブル クリックすると clastalw-2.1-macosx というフォルダを 表 示 します ii. フォルダ 内 にある Clustalw2 を アプリケーションフォルダにコピーしてください 16 / 19
3.4. RNA-Seq ツールのインストール SEQUENCHER V5.3 から NGS による 遺 伝 子 発 現 解 析 に 定 評 のある Cufflinks 関 連 のツールが 追 加 され これに より 新 しく RNA-Seq データを 用 いた 網 羅 的 遺 伝 子 発 現 が より 簡 単 にできるようになりました 以 下 の 手 順 にてイ ンストール 作 業 を 行 い SEQUENCHER に 機 能 を 追 加 してください RNA-Seq ツールは 64bit OS と SEQUENCHER V5.3 以 降 のみで 使 用 可 能 です RNA-Seq ツールインストーラーのダウンロードと 展 開 i. GeneCodes 社 のサイト(http://genecodes.com/download/external-tools-download)から RNA-SeqToolsInstallerV1.1.dmg をダウンロードします ii. ダウンロードしたファイルを 読 み 込 むと インストーラーのフォルダが 展 開 されます RNA-Seq Tools Installer V1.1.pkg をダブルクリックし インストーラーを 起 動 してください 図 3-9 インストーラー 初 期 画 面 iii. 次 に 使 用 許 諾 契 約 の 条 件 を 表 示 いたします 続 けるを 選 択 すると 同 意 確 認 のメッセージが 表 示 されますので 同 意 するを 選 択 して 処 理 を 進 めてください iv. 同 意 の 確 認 後 はインストールの 確 認 画 面 になりますので 画 面 の 指 示 に 従 ってインストール 作 業 を 開 始 してくだ さい また インストール 作 業 の 途 中 でユーザ 名 とパスワードを 要 求 される 場 合 があります その 際 は お 客 様 が 使 用 しているコンピュータのユーザ 名 とパスワードを 入 力 ください v. インストールが 完 了 すると 結 果 画 面 が 表 示 されますので 閉 じるを 選 択 して 終 了 してください これで 外 部 ツールのインストール 作 業 は 完 了 となります 17 / 19
3.5. FastQC ツールのインストール SEQUENCHER V5.4 から FastQ 形 式 のファイルを 最 大 11 の 測 定 基 準 で 分 析 し HTML 形 式 でレポートを 作 成 できる FastQC の 機 能 が 追 加 されました 以 下 の 手 順 でツールのインストールを 行 い 機 能 を 追 加 してください FastQC 機 能 の 使 用 には JAVA のインストールが 必 要 です JAVA をインストールしていない 場 合 は 次 の(https://java.com/en/download)から 1.6 以 上 のバージョン をインストールしてください FastQC ツールインストーラーのダウンロードと 展 開 i. GeneCodes 社 のサイト(http://genecodes.com/download/external-tools-download)から FastQCInstallerV1.0.dmg をダウンロードし デスクトップなどの 適 当 な 場 所 に 保 存 してください ii. 上 記 のファイルを 読 み 込 んで 表 示 された FastQCInstaller.pkg をダブルクリックします 図 3-10 インストーラー 初 期 画 面 18 / 19
iii. インストーラーが 起 動 し JAVA の 注 意 事 項 を 表 示 しますので 続 けるをクリックしてインストールを 進 めてく ださい 図 3-11 インストーラー 初 期 画 面 iv. 次 に 使 用 許 諾 契 約 の 条 件 を 表 示 いたします 続 けるを 選 択 すると 同 意 確 認 のメッセージが 表 示 されますので 同 意 するを 選 択 して 処 理 を 進 めてください v. 同 意 の 確 認 後 はインストールの 確 認 画 面 になりますので 画 面 の 指 示 に 従 ってインストール 作 業 を 開 始 してくだ さい vi. インストールが 完 了 すると 結 果 画 面 が 表 示 されますので Finish を 選 択 して 終 了 してください これで 外 部 ツールのインストール 作 業 は 終 了 となります 19 / 19