目 次 1. TogoDB とは...3 2. データを 閲 覧 する...4 3. データを 検 索 する...8 3.1. Simple Search...8 3.2. Advanced Search...9 4. データをダウンロードする... 11 5. データベースを 作 成 する...

TogoDB 利 用 者 向 け 操 作 説 明 書 バイオサイエンスデータベースセンター

目 次 1. TogoDB とは...3 2. データを 閲 覧 する...4 3. データを 検 索 する...8 3.1. Simple Search...8 3.2. Advanced Search...9 4. データをダウンロードする... 11 5. データベースを 作 成 する... 12 6. データベースの 管 理 を 行 う... 20 6.1. データベースの 一 覧... 20 6.2. データベース 管 理 画 面... 21 6.3. データベースの 概 要 を 確 認 する... 22 6.4. データベースの 公 開 非 公 開 を 設 定 する... 23 6.5. データベースに 関 する 設 定 を 行 う... 24 6.6. データの 再 インポートを 行 う... 25 6.7. データベースをコピーする... 26 6.8. データベースを 削 除 する... 28 6.9. カラムの 設 定 を 行 う... 29 6.10. Web サービス 連 携 の 設 定 を 行 う... 31 6.11. カラムを 追 加 する... 33 6.12. インデックスを 追 加 する... 35 6.13. HTML リンクを 生 成 する... 37 6.14. データベースの Join を 行 う... 39 6.15. データ 表 示 の HTML を 設 定 する... 42 6.16. データベースにアクセスするユーザを 設 定 する... 43 6.17. メタデータを 設 定 する... 44 2

1. TogoDB とは TogoDB は 誰 でも 簡 単 にデータベース 構 築 が 可 能 で 複 合 検 索 など 基 本 的 な 機 能 がすぐ に 利 用 できる 汎 用 的 な Web データベース 構 築 システムです 各 研 究 者 が 持 つ 貴 重 な 医 学 生 物 学 のデータは データ 構 造 自 体 は 表 形 式 など 複 雑 でない ものが 多 いのですが インターネット 上 でデータベースとして 公 開 するためには サーバ の 準 備 からソフトウェアの 設 定 まで 様 々な 課 題 があり ウェットの 研 究 者 には 敷 居 が 高 か ったのが 実 情 です 外 注 でシステムを 発 注 し データベース 作 成 が 行 われる 場 合 もあります しかし その 結 果 一 見 似 ていても 互 換 性 がないデータベースが 多 数 構 築 され 公 開 はされていても 統 合 して 利 用 するのは 困 難 なのが 現 状 です また 研 究 プロジェクトの 終 了 と 同 時 にデータベ ース 公 開 用 サーバの 維 持 管 理 が 困 難 になるというケースも 起 きています このような 状 況 をふまえ TogoDB は これまで 埋 もれていたリソースを 吸 い 上 げ 共 通 の 規 格 でデータベースを 構 築 可 能 基 本 的 な 機 能 の 備 わったデータベースを 誰 でも 簡 単 に 公 開 可 能 といった 特 徴 を 持 つシステムとして 開 発 されました TogoDB を 使 うと CSV 形 式 のファイルを TogoDBのサーバにアップロードするだけで Web データベースの 構 築 と 公 開 を 行 うことができます 構 築 されたデータベースは 以 下 の 機 能 を 持 ちます データの 一 覧 表 示 詳 細 表 示 データのソート データの 検 索 データの 追 加 編 集 削 除 TogoDB のホームページの URL は 以 下 の 通 りです http://togodb.dbcls.jp/ 3

2. データを 閲 覧 する TogoDB には 様 々なデータベースが 登 録 されています TogoDB に 登 録 されているデータ を 閲 覧 するには 以 下 の URL にアクセスします http://togodb.dbcls.jp/データベース 名 この URL に Web ブラウザでアクセスするとデータベースのデータが 表 形 式 で 表 示 されま す この 画 面 をデータ 一 覧 画 面 と 呼 びます 5 6 3 2 1 4 図 2-1 データ 一 覧 画 面 2 1 データ 一 覧 画 面 では 以 下 の 操 作 が 可 能 です 前 ページへの 移 動 / 次 ページへの 移 動 / 任 意 のページへの 移 動 データ 一 覧 表 の 上 下 に 各 ページへ 移 動 するためのリンクが 表 示 されます ( 図 2-1 の 1) このリンクをクリックすると 任 意 のページに 移 動 することができます データ 一 覧 画 面 に 表 示 するレコード 数 の 変 更 データ 一 覧 画 面 には デフォルトで 15 件 のレコードが 表 示 されます 図 2-1 の 2のプル ダウンメニューで データ 一 覧 画 面 に 表 示 するレコードの 数 を 変 更 することができます プルダウンメニューで ある 値 を 選 択 すると 即 座 にレコード 件 数 が 変 更 されます 4

一 覧 表 に 表 示 するカラムの 変 更 データの 一 覧 表 に 表 示 するカラムを 変 更 するには Columns... のリンクをクリックします すると データの 一 覧 表 に 表 示 するカラムを 選 択 するためのウィンドウが 表 示 されます 図 2-2 データ 一 覧 表 に 表 示 するカラムを 選 択 するウィンドウ このウィンドウで データの 一 覧 表 に 表 示 するカラムをチェックし[OK]ボタンをクリッ クすると データの 一 覧 表 に 表 示 するカラムが 変 更 されます データの 一 覧 表 に 表 示 するカラムを 変 更 しない 場 合 は[Cancel]ボタンをクリックします 5

詳 細 データの 表 示 データ 一 覧 表 の 右 端 にある Show のリンク( 図 2-1 の 4)をクリックします すると そ のレコードの 詳 細 なデータが 別 ウィンドウに 表 示 されます 図 2-3 データ 詳 細 画 面 データの 検 索 図 2-1 の 5の 部 分 で データの 検 索 を 行 うことができます 詳 細 は 第 3 章 データを 検 索 する を 参 照 して 下 さい データのダウンロード 図 2-1 の 6の [Download]ボタンをクリックすると データのダウンロードができます 詳 細 は 第 4 章 データをダウンロードする を 参 照 して 下 さい 6

Quicklook Quicklook とは データベースの 各 レコードの 詳 細 データを キーボードの 操 作 のみで 次 々 に 見 ることができる 機 能 です データ 一 覧 画 面 で キーボードの[Enter]キーを 押 すと データ 一 覧 画 面 に 詳 細 データが 表 示 されます この 画 面 で 表 示 するレコードをキーボードで 切 り 替 えることができます キーボードの[ ]キーを 押 すと 前 のレコードの 詳 細 データを 表 示 します キーボードの[ ]キーを 押 すと 次 のレコードの 詳 細 データを 表 示 します データ 詳 細 表 示 を 消 すには 以 下 のいずれかの 操 作 を 行 います キーボードの[Enter]キーを 押 す データ 詳 細 ウィンドウの 左 上 にある[ ]ボタンをクリックする 7

3. データを 検 索 する データの 検 索 には 以 下 の 2 種 類 があります Simple Search データベースに 対 して 1 つの 検 索 条 件 を 指 定 してデータを 検 索 する 方 法 です データベー スのどのカラムが 検 索 対 象 になるかは データベースの 管 理 者 が 決 めています Advanced Search データベースの 各 カラムに 検 索 条 件 を 指 定 してデータを 検 索 する 方 法 です データベース のどのカラムが 検 索 対 象 になるかは データベースの 管 理 者 が 決 めています 3.1. Simple Search Simple Search を 行 うには データ 一 覧 画 面 上 部 にある 検 索 語 テキストボックスに 検 索 条 件 を 入 力 し [Search]ボタンをクリックします すると 検 索 にヒットしたレコードのみが 表 示 されます どのカラムを 検 索 対 象 とするかは データベース 管 理 者 が 決 めています あるレコードに ついて 検 索 対 象 となっている 各 カラムの 値 に 検 索 条 件 にマッチするものがあれば その レコードは 検 索 にヒットしたレコードになります 図 3-1 Simple Search 検 索 語 テキストボックスと Search ボタン 検 索 条 件 の 書 式 は 以 下 の 通 りです AND 検 索 検 索 語 をスペースでつなげます 例 )term1 term2 検 索 語 を AND でつなげます 例 )term1 AND term2 AND は 小 文 字 でも 可 OR 検 索 検 索 語 を OR でつなげます 例 )term1 OR term2 OR は 小 文 字 でも 可 NOT 検 索 検 索 語 の 先 頭 にハイフンを 付 けます 例 )-term1 フレーズ 検 索 ダブルクォーテーションで 囲 まれた 文 字 列 は 1 つの 検 索 語 とみなします Reset のリンクをクリックすると 検 索 条 件 がクリアされ データ 一 覧 画 面 には 全 レコード が 表 示 されます 8

3.2. Advanced Search Advanced Search を 行 うには データ 一 覧 画 面 上 部 にある[Show Advanced Search] を ク リックします すると Advanced Search の 検 索 条 件 入 力 フォームが 表 示 されます Advanced Search の 検 索 条 件 入 力 フォーム 図 3-2 Advanced Search の 検 索 条 件 入 力 フォーム Advanced Search の 検 索 条 件 入 力 フォームを 消 すには [Hide Advanced Search]をクリ ックします すると Advanced Search の 検 索 条 件 入 力 フォームが 消 え Simple Search の 検 索 条 件 入 力 フォームが 表 示 されます Advanced Search では 各 カラムに 検 索 条 件 を 入 力 します 複 数 のカラムに 検 索 条 件 が 指 定 された 場 合 各 検 索 条 件 は AND 検 索 となります また 検 索 条 件 の 形 式 は カラムのデータ 型 によって 下 表 のようになります データ 型 検 索 条 件 の 形 式 text 検 索 条 件 として 検 索 語 を 指 定 します string 検 索 語 を 入 力 するテキストボックスが 1 つ 表 示 されます integer 検 索 条 件 として 値 の 範 囲 を 指 定 指 定 します float 値 を 入 力 するフォームはテキストボックスとなっており decimal from to と 表 示 されます list そのカラムがとる 値 がプルダウン リストで 表 示 されます 検 索 する 語 をプ ルダウン リストから 選 択 します 9

date time boolean 検 索 条 件 として 日 付 の 範 囲 を 指 定 します 年 月 日 を 入 力 するフォームはそれぞれテキストボックスとなっており from / / to / / と 表 示 されます 検 索 条 件 として 時 間 の 範 囲 を 指 定 します 時 分 秒 を 入 力 するフォームはそれぞれテキストボックスとなっており from : : to : : と 表 示 されます Tr u e または False を 選 択 するプルダウンメニューが 表 示 されます text 型 string 型 の 検 索 条 件 の 書 式 は 以 下 の 通 りです AND 検 索 検 索 語 をスペースでつなげます 例 )term1 term2 検 索 語 を AND でつなげます 例 )term1 AND term2 AND は 小 文 字 でも 可 OR 検 索 検 索 語 を OR でつなげます 例 )term1 OR term2 OR は 小 文 字 でも 可 NOT 検 索 検 索 語 の 先 頭 にハイフンを 付 けます 例 )-term1 フレーズ 検 索 ダブルクォーテーションで 囲 まれた 文 字 列 は 1 つの 検 索 語 とみなします 検 索 条 件 を 入 力 し [Search]ボタンをクリックすると 検 索 にヒットしたレコードのみが 表 示 されます Reset のリンクをクリックすると 検 索 条 件 がクリアされ データ 一 覧 画 面 には 全 レコード が 表 示 されます 10

4. データをダウンロードする Simple Search の[Download]ボタンや Advanced Search の[Download]ボタンをクリ ックすると データベースのデータを CSV 形 式 でダウンロードすることができます ダウ ンロードされる CSV ファイルは 以 下 のようになっています CSV ファイルの 1 行 目 はヘッダ 行 です 各 カラムの 名 前 が 記 述 されています CSV ファイルに 含 まれるレコードとレコードの 並 び 順 は データ 一 覧 画 面 に 表 示 され ているものと 同 じになります ダウンロードされる CSV ファイルの 名 前 は データベース 管 理 者 が 決 めています デ フォルトでは "データベース 名.csv" となります CSV ファイルに データベースのどのカラムを 含 むか また CSV ファイルでのカラ ムの 順 番 はデータベース 管 理 者 が 決 めています 注 意 大 量 のレコードを 含 むデータをダウンロードする 場 合 [Download]ボタンをクリックし てから ファイルダウンロードのダイアログが 表 示 されるまで 時 間 がかかります 目 安 と して 10 万 レコードにつき ファイルダウンロードのダイアログが 表 示 されるまで 約 1 分 程 度 の 時 間 がかかります ただし 処 理 時 間 はサーバ 回 線 の 状 態 に 依 存 するため 時 間 が それよりも 長 くかかる 場 合 があります 11

5. データベースを 作 成 する TogoDB にデータベースを 作 成 する 前 に TogoDB にデータベースを 作 成 するには OpenID で TogoDB にログインする 必 要 がありま す OpenID のアカウントを 持 っていない 場 合 以 下 の URL から OpenID のアカウントを 取 得 することができます http://openid.dbcls.jp/ TogoDB にデータベースを 作 成 するには TogoDB ホームページの 右 上 にある ックします すると ログイン 画 面 が 表 示 されます 1 をクリ 図 5-1 TogoDB ホームページからログイン 画 面 への 遷 移 1 ログイン 画 面 は http://togodb.dbcls.jp/togodb に 直 接 アクセスしても 表 示 できます 12

ログイン 画 面 から TogoDB にログインすると データベースの 一 覧 ( 図 5-2)が 表 示 され ます 図 5-2 データベース 一 覧 データベースの 作 成 は 以 下 の 手 順 で 行 います 1 データベース 作 成 画 面 の 表 示 データベースを 作 成 するには TogoDB 各 画 面 の 右 上 に 表 示 されている ます をクリックし 2 データベース 名 の 入 力 新 しく 作 成 するデータベースの 名 前 を 入 力 し[OK]ボタンをクリックします 13

3 CSV ファイルのアップロード アップロードするファイルを 入 力 し[Upload]ボタンをクリックします 4 CSV ファイルヘッダ 行 の 指 定 アップロードした CSV ファイルの 1 行 目 がヘッダ 行 (カラム 行 )の 場 合 は[Yes]ボタン 1 行 目 がデータ 行 の 場 合 は[No]ボタンをクリックします 14

5 カラム 設 定 各 カラムについて 次 の 項 目 を 設 定 します ~ Enable チェックしたカラムが 読 み 込 まれて データベースに 登 録 されます Column name カラム 名 を 設 定 します Label データ 一 覧 表 示 やデータ 詳 細 表 示 時 等 に カラムを 表 す 文 字 列 を 指 定 します データ 型 カラムのデータ 型 を 選 択 します float や decimal の Num of decimal places は そのカラムの 値 を 表 示 す る 際 に 小 数 点 以 下 何 桁 で 表 示 するかを 指 定 します sequence は 配 列 型 です そのカラムの 値 を 表 示 する 際 に 60 文 字 で 自 動 的 に 改 行 して 表 示 します list は そのカラムが 特 定 の 値 だけをとる 事 を 示 すデータ 型 です list 型 のカラムは Advanced Search の 検 索 フォームがプルダウン リストで 表 示 されます other は データ 一 覧 表 示 やデータ 詳 細 表 示 の 際 に カラムに 自 動 的 にリ ンクを 付 けたい 場 合 に 選 択 します 例 えば あるカラムが GenBank のア クセッション 番 号 の 場 合 データ 型 で other[genbank accession]を 選 択 すると データ 一 覧 表 示 やデータ 詳 細 表 示 の 際 に そのカラムに 自 動 的 に GenBank へのリンクが 付 きます 上 記 の 設 定 が 終 了 したら[create table]ボタンをクリックします 15

6 データベース 作 成 ボタンをクリックすると データベースが 作 成 されます 7 データベース 作 成 の 進 捗 状 況 の 確 認 データベース 作 成 の 進 捗 状 況 は プログレスバーで 表 示 されます 8 データベース 作 成 完 了 の 確 認 データベースの 作 成 が 終 わると 下 のような 画 面 が 表 示 されます データベースの 作 成 が 終 了 した 後 画 面 右 上 の をクリックするとデータベースの 一 覧 が 表 示 されます この 画 面 に 作 成 したデータベースが 表 示 されていることを 確 認 します 16

作 成 したデータベースが 表 示 されている 17

作 成 したデータベースを 一 般 に 公 開 する データベースを 作 成 した 直 後 は そのデータベースは 一 般 に 公 開 されていません データ ベースを 一 般 に 公 開 するには 以 下 の 作 業 を 行 います データベース 一 覧 でデータベース 名 をクリックします すると データベースの 管 理 画 面 が 表 示 されます この 画 面 で Public access の をクリックすると データベースが 一 般 に 公 開 されます 18

公 開 されたデータベースの URL は http://togodb.dbcls.jp/データベース 名 となります 19

6. データベースの 管 理 を 行 う 6.1. データベースの 一 覧 TogoDB の 各 画 面 の 右 上 に 表 示 されている をクリックすると データベースの 一 覧 が 表 示 されます データベース 名 をクリックすると データベース 管 理 画 面 が 表 示 されます データベース 管 理 画 面 については 6.2 節 を 参 照 して 下 さい 20

6.2. データベース 管 理 画 面 TogoDB 上 に 構 築 されたデータベースの 設 定 や 管 理 は データベース 管 理 画 面 で 行 います データベース 管 理 画 面 には 次 の 7 個 のタブがあります タブ 内 容 Summary データベースの 概 要 を 表 示 します データベース 全 体 に 関 する 設 定 を 行 います Column データベースの 各 カラムに 関 する 設 定 を 行 います Link データ 一 覧 データ 詳 細 を 表 示 する 際 に 各 カラムにリンクを 付 ける 設 定 を 行 います Join データベースの Join を 行 います HTML データ 一 覧 データ 詳 細 を 表 示 する HTML に 関 する 設 定 を 行 います User データベースにアクセスするユーザに 関 する 設 定 を 行 います Metadata データベースのメタデータを 表 示 します データベースのメタデータの 編 集 を 行 います 21

6.3. データベースの 概 要 を 確 認 する Summary タブには データベースの 概 要 が 表 示 されます Summary には 以 下 の 内 容 が 表 示 されます Table name データベース 名 Service データベースが 一 般 に 公 開 されているかどうか Service is up:データベースは 一 般 に 公 開 されています Service is down:データベースは 一 般 には 非 公 開 です Page データ 一 覧 を 表 示 する URL のパス 名 クリックするとデータ 一 覧 画 面 が 表 示 されます Column size データベースのカラム 数 Data size データベースのレコード 数 Download データダウンロードの 際 のダウンロード ファイル 名 クリックするとデータベースの 全 データが CSV 形 式 でダウンロードでき ます 22

6.4. データベースの 公 開 非 公 開 を 設 定 する TogoDB 上 に 構 築 されたデータベースを 一 般 に 公 開 するか 非 公 開 にするか(データベース に 対 して 利 用 権 限 を 持 つユーザのみが 閲 覧 できる)を 設 定 します の 場 合 このデータベースは 一 般 に 公 開 されています をクリックすると データベースを 非 公 開 にします の 場 合 このデータベースは 一 般 には 非 公 開 です をクリックすると データベースを 一 般 に 公 開 します 23

6.5. データベースに 関 する 設 定 を 行 う データベースに 関 する 設 定 は Summary タブの Settings の 部 分 で 行 います データベースに 関 する 設 定 には 以 下 の 項 目 があります Sort データ 一 覧 表 で 各 カラムをクリックするとそのカラムでソートす る 機 能 を 有 効 にするかどうかを 設 定 します Tr u e : 各 カラムでソートする 機 能 を 有 効 にします False: 各 カラムでソートする 機 能 を 無 効 にします Page name データ 一 覧 画 面 の URL のパス 名 を 設 定 します データ 一 覧 画 面 の URL は http://togodb.dbcls.jp/ページ 名 となります Page name を 設 定 しても http://togodb.dbcls.jp/データベース 名 で データ 一 覧 が 表 示 されます Download file name データベースのデータを CSV 形 式 でダウンロードする 際 のファイ ル 名 ( 拡 張 子.csv を 除 いた 文 字 列 )を 設 定 します 24

6.6. データの 再 インポートを 行 う データベースの 再 インポートを 行 うには Summary タブの Re-import database をクリ ックします すると 再 インポートするファイルを 指 定 する 画 面 が 表 示 されます をクリックするとファイル 選 択 ダイアログが 表 示 されますので アップロードする CSV ファイルを 選 択 します その 後 [Upload]ボタンをクリックすると CSV ファイルのアップロードが 始 まります 以 降 の 手 順 は データベースを 作 成 する 手 順 と 同 様 です 25

6.7. データベースをコピーする データベースをコピーするには Summary タブの Copy database をクリックします すると データベースのコピーの 設 定 を 行 う 画 面 が 表 示 されます この 画 面 には 下 表 の 項 目 が 表 示 されます Source database name コピー 元 データベースの 名 前 が 表 示 されています Destination database name コピー 先 のデータベース 名 を 入 力 します Copy data? データベースのデータをコピーするかどうか 指 定 します Yes:データベースのデータをコピーします (データベ ースの 設 定 もコピーします) No:データベースのデータをコピーしません (データ ベースの 設 定 のみコピーします) [Copy]ボタンをクリックすると データベースのコピーが 始 まります 26

データベースのコピー 中 は 進 捗 率 がプログレスバーで 表 示 されます データベースのコピーが 終 了 すると Database replication is over. と 表 示 されます データベースのコピー 終 了 後 データベースの 一 覧 を 表 示 すると コピーしたデータベー スが 追 加 されています コピーしたデータベースが 追 加 されている 27

6.8. データベースを 削 除 する データベース 一 覧 で 削 除 するデータベースをクリックします データを 完 全 に 消 去 するには こ のチェック ボックスをチェック します Destroy database 下 の ボタンをクリックします すると データベースを 削 除 して も 良 いかどうかを 確 認 するダイアログが 表 示 されます [OK]ボタンをクリックすると データベースが 削 除 されます [キャンセル]ボタンをクリックすると データベースは 削 除 されません データベースを 削 除 します データベースを 削 除 しません 28

6.9. カラムの 設 定 を 行 う データベースの 各 カラムの 設 定 を 行 います カラムの 設 定 を 行 うには データベース 管 理 画 面 の[Column]タブをクリックします 29

設 定 する 内 容 は 下 表 の 通 りです No. 設 定 項 目 設 定 内 容 1 Type データ 型 が float や decimal の 場 合 カラムの 値 を 表 示 する 際 に 小 数 点 以 下 何 桁 を 表 示 するかを 設 定 します 2 Label データ 一 覧 やデータ 詳 細 表 示 でカラム 名 として 表 示 する 文 字 列 を 設 定 します 3 RecordName データ 詳 細 表 示 でのレコード 名 (データ 詳 細 のテーブルでヘッ ダに 表 示 する 文 字 )を 設 定 します 4 List データ 一 覧 表 示 のカラムの 表 示 順 を 設 定 します データ 一 覧 表 示 の 際 のカラムの 表 示 順 を 数 値 で 入 力 します データ 一 覧 表 示 では 数 値 の 小 さいカラムの 順 番 に 表 示 され ます データ 一 覧 に 表 示 しないカラムは 空 欄 にします 5 Show データ 詳 細 表 示 のカラムの 表 示 順 を 設 定 します データ 詳 細 表 示 の 際 のカラムの 表 示 順 を 数 値 で 入 力 します データ 詳 細 表 示 では 数 値 の 小 さいカラムの 順 番 に 表 示 され ます データ 詳 細 に 表 示 しないカラムは 空 欄 にします 6 Download ユーザがダウンロードする CSV ファイルのカラムの 表 示 順 を 設 定 します CSV ファイルのカラムの 順 番 を 数 値 で 入 力 します CSV フ ァイルでは 数 値 の 小 さいカラムの 順 番 になります CSV ファイルに 含 めないカラムは 空 欄 にします 7 Search Simple Search の 検 索 対 象 とするカラムをチェックします 8 Advanced Search Advanced Search の 検 索 対 象 とするカラムをチェックします 9 Sanitize データ 一 覧 やデータ 詳 細 にカラムの 値 を 表 示 する 際 HTML タ グをサニタイズ(エスケープ)して 表 示 する 場 合 にチェックし ます 10 PrimaryKey テーブルの 主 キーとなるカラムをチェックします 11 Sort データ 一 覧 表 示 の 際 に デフォルトでソートするカラムをチェ ックします 12 Web Service Web サービス 連 携 の 設 定 を 行 います ( 6.10 節 ) カラムの 設 定 を 入 力 後 画 面 下 の Save ボタンをクリックすると カラムの 設 定 が 保 存 され ます 30

6.10. Web サービス 連 携 の 設 定 を 行 う Web サービス 連 携 とは データ 一 覧 表 示 やデータ 詳 細 表 示 の 際 に NCBI EBI DDBJ の REST Web サービスへのリンクを 自 動 的 に 付 加 する 機 能 です 対 応 している REST Web サ ービスは 次 の 通 りです GenBank エントリー 取 得 (Text, XML) GenBank エントリーの 配 列 データ 取 得 PubMed abstruct の 取 得 EMBL エントリー 取 得 (Text, XML) EMBL エントリーの 配 列 データ 取 得 DDBJ エントリーの 取 得 (Text, XML) DDBJ エントリーの 配 列 データ 取 得 Web サービス 連 携 の 設 定 を 行 うには データベース 管 理 画 面 > Column タブのカラム 一 覧 に 表 示 されている configure...リンクをクリックします すると Web サービスの 設 定 画 面 がポップアップ 表 示 されます この 画 面 で 使 用 する Web サービスを 選 択 します Web サービスの 設 定 の 後 [OK]ボタンをクリックすると Web サービスの 設 定 をしても 良 いかどうかを 確 認 するダイアログが 表 示 されます 31

確 認 ダイアログで[OK]ボタンをクリックすると Web サービスが 設 定 されます また カラム 設 定 画 面 に Web サービスが 設 定 された 旨 のメッセージが 表 示 されます Web サービスが 設 定 されているデータベースは データ 一 覧 やデータ 詳 細 に Web サービ スと 連 携 をするリンクが 表 示 されます (データ 一 覧 の 場 合 は 右 から 2 カラム 目 データ 詳 細 の 場 合 は 一 番 下 )リンクをクリックすると そのデータがポップアップ 表 示 されます Web サービスと 連 携 するリンク 32

6.11. カラムを 追 加 する データベースにカラムを 追 加 するには データベース 管 理 画 面 [Column]タブの Add Column をクリックします すると カラム 設 定 のウィンドウがポップアップ 表 示 されま す 追 加 するカラムの 設 定 では 以 下 の 項 目 を 入 力 します カラム 名 ( 必 須 ) カラムのデータ 型 ( 必 須 ) カラムのラベル 名 ( 任 意 : 入 力 されなければ カラム 名 と 同 じ) カラム 設 定 入 力 後 [Add column]ボタンをクリックします すると カラムを 追 加 して もよいかどうかを 確 認 するためのダイアログが 表 示 されます 確 認 ダイアログで[OK]ボタンをクリックすると カラムが 追 加 されます Column 設 定 画 面 には カラムが 追 加 されたことを 示 すメッセージが 表 示 され 追 加 したカラムの 内 容 も 表 示 されます 33

34

6.12. インデックスを 追 加 する インデックスを 追 加 するには データベース 管 理 画 面 [Column]タブの Add index を クリックします すると インデックスを 追 加 するカラムを 選 択 するためのウィンドウが ポップアップ 表 示 されます ポップアップしたウィンドウで インデックスを 追 加 するカラムのチェック ボックスを チェックし [Add index]ボタンをクリックします すると インデックスを 追 加 しても 良 いかどうかを 確 認 するためのダイアログが 表 示 されます 35

確 認 ダイアログで[OK]ボタンをクリックすると インデックスが 追 加 されます また カラム 設 定 画 面 に インデックスが 追 加 された 旨 のメッセージが 表 示 されます 36

6.13. HTML リンクを 生 成 する カラムの 値 に Prefix と Suffix をつけることで データ 一 覧 表 示 やデータ 詳 細 表 示 で カラ ムの 値 に 関 連 した HTML のリンクを 生 成 することができます 例 えば あるカラムの 値 が GenBank の Gene ID 185041 の 場 合 リンク 生 成 機 能 を 使 わなければ データ 一 覧 やデ ータ 詳 細 では カラムの 値 の 表 示 は 単 に 185041 と 表 示 されるだけですが リンク 生 成 機 能 を 使 って Prefix を <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=185041"> Suffix を</a> とすると データ 一 覧 表 示 やデータ 詳 細 表 示 ではこのカラムを 表 示 する HTML が <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=185041">185041 <a> となり NCBI へのリンクをはることができます HTML リンク 生 成 の 設 定 を 行 うには データベース 管 理 画 面 の[Link]タブをクリックし ます Prefix 内 にカラムの 値 を 埋 め 込 むには {カラム 名 } と 記 述 します 例 えば amoeba の pfam カラム(Pfam のファミリー 名 )に 対 して Pfam へのリンクをはるには 以 下 のように 設 定 します Prefix:<a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/{pfam}"> Suffix:</a> この 設 定 で {pfam} の 部 分 が pfam カラムの 値 に 置 き 換 わります 例 えば pfam カラム の 値 が zf-c3hc4 の 場 合 このカラムを 表 示 する 時 の HTML は 次 のようになります <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/zf-c3hc4">zf-c3hc4</a> 37

Link の 設 定 入 力 後 画 面 下 の Save ボタンをクリックすると 設 定 が 保 存 されます 上 のよ うな 設 定 を 行 った 場 合 amoeba のデータ 一 覧 は 以 下 のように 表 示 されます Pfam カラムが Pfam のサイトへの リンクになっている 38

6.14. データベースの Join を 行 う データベースの Join は TogoDB に 登 録 されている 2 つのデータベースを 結 合 し 1 つの データベースとして 扱 うことができる 機 能 です データベースの Join は 以 下 の 手 順 で 行 い ます 1 結 合 元 になるデータベースのデータベース 管 理 画 面 を 表 示 し [Join]タブをクリック します 39

2 右 側 に 表 示 されているデータベース 一 覧 から 結 合 するデータベースのアイコンを Table right の 欄 にドラッグ&ドロップします ドラッグ&ド ロップします 3 2 つのデータベースを 結 合 する 際 に 使 用 するカラムをプルダウン リストで 選 択 します この 2 つのカラムが 等 しいレコードが 結 合 されます 40

4 [Join]ボタンをクリックします 5 Join に 成 功 すると Join したデータベースを 削 除 するためのリンクが 表 示 されます リンクをクリックするとデータベースの Join を 解 除 します 41

6.15. データ 表 示 の HTML を 設 定 する データ 一 覧 表 示 と 詳 細 表 示 の 表 示 設 定 を 行 います データベース 表 示 の 設 定 を 行 うには データベース 管 理 画 面 の[HTML]タブをクリックします データ 一 覧 画 面 とデータ 詳 細 画 面 の HTML の<title>タグの 値 を 設 定 します データ 一 覧 画 面 とデータ 詳 細 画 面 の<head>タグ 内 に 入 れる HTML を 設 定 します データ 一 覧 画 面 とデータ 詳 細 画 面 の 上 部 に 表 示 する HTML を 設 定 します データ 一 覧 画 面 とデータ 詳 細 画 面 の 下 部 に 表 示 する HTML を 設 定 します クリックすると 設 定 を 保 存 します 42

6.16. データベースにアクセスするユーザを 設 定 する TogoDB では 特 定 のユーザのみにデータベースを 公 開 したり 特 定 のユーザがデータベー スの 管 理 ができるようにしたりすることができます このような 設 定 を 行 うには データ ベース 管 理 画 面 の[User]タブをクリックします 権 限 を 設 定 するユーザのログイン ID を 入 力 し Search リンクをクリックします ユーザ 権 限 を 設 定 するフォームが 表 示 されます ユーザに 与 える 権 限 を チェックします クリックすると 設 定 内 容 を 保 存 します ユーザ 権 限 の 種 類 は 以 下 の 通 りです Admin データベースに 対 する 全 権 限 を 持 ちます Read データベースのデータを 閲 覧 することができます Write データベース 内 のデータの 追 加 更 新 削 除 ができます Execute データベース 管 理 (データベース 公 開 非 公 開 の 設 定 等 )ができます 43

6.17. メタデータを 設 定 する メタデータの 管 理 機 能 におけるメタデータとは TogoDB に 登 録 されている 各 データベース について データベース 名 や 作 成 機 関 名 など データベースに 付 随 する 情 報 の 事 です メ タデータ 管 理 機 能 でメタデータとして 格 納 する 情 報 は 表 6-1 の 通 りです 表 6-1 メタデータとして 格 納 する 情 報 No. 項 目 名 説 明 1DB あたりの 数 1 データベース 名 データベース 名 1 2 作 成 機 関 名 データベースを 作 成 した 機 関 の 名 称 1 以 上 複 数 の 機 関 で 作 成 した 場 合 は 関 わっ た 全 ての 機 関 を 登 録 します 3 連 絡 先 データベースに 関 する 問 い 合 わせ 先 1 メールアドレス 電 話 番 号 担 当 者 名 などを 登 録 します 4 オ リ ジ ナ ル サ イ ト の データベースのオリジナルサイトの 1 URL URL 5 統 括 サイトの URL データベースのオリジナルサイトを 統 0 または 1 括 するポータルサイトなどの URL 6 データベースカタログの データベースカタログの URL この 項 0 または 1 URL 目 は TogoDB の 管 理 者 が 登 録 しますの で 入 力 の 必 要 はありません 7 データ 分 類 表 示 オリジナルサイトにおいて データの 1 分 類 によってデータをたどることがで きる 場 合 は を そうでなければ を 登 録 します 8 クエリ 検 索 オリジナルサイトにおいて 検 索 クエ 1 リを 入 力 してデータを 検 索 できる 場 合 は そうでなければ を 登 録 します 9 Web サービス オリジナルサイトにおいて SOAP や REST 等 の Web サービスを 提 供 してい る 場 合 は そうでなければ を 登 録 します また Web サービスに ついての 説 明 ページがある 場 合 は そ の URL を 登 録 します 1 44

10 ユーザ 登 録 オリジナルサイトにおいて データベ 1 ース 中 のデータにアクセスするために ユーザ 登 録 が 必 要 であれば そう でなければ を 登 録 します 11 データの 一 括 ダウンロー オリジナルサイトにおいて ユーザが 0 または 1 ドサイト データベースのデータを HTTP または FTP 経 由 で 一 括 してダウンロードでき る 場 合 ダウンロードページの URL を 登 録 します 12 要 約 データベース 内 容 の 要 約 0 または 1 13 データベース 分 類 NAR カテゴリリスト( 表 6-2)から 該 0 以 上 当 するものを 登 録 します 該 当 するも のが 無 い 場 合 は 自 由 記 述 とし 具 体 的 なデータベース 分 類 を 登 録 します 14 生 物 種 データベースが 対 象 としている 生 物 種 0 以 上 の Taxonomy ID と Taxonomy Name を 登 録 します 生 物 種 が 多 すぎる 場 合 は Taxonomy Name の 記 入 欄 に 対 象 生 物 種 を 参 照 できる 資 料 名 URL 等 を 登 録 します 15 参 照 先 データベース データベース 中 の 各 データからリンク 0 または 1 されているデータベースを 登 録 しま す データベースが 複 数 ある 場 合 は 全 てのデータベースを 登 録 します 16 運 用 開 始 年 月 データベースの 運 用 が 始 まった 年 月 0 または 1 17 最 終 更 新 年 月 最 後 にデータベースが 更 新 された( 単 0 または 1 にページが 更 新 されただけでなく デ ータ 自 体 が 更 新 された) 年 月 18 背 景 プロジェクト データベース 作 成 の 背 景 や データベ 0 または 1 ース 作 成 を 主 に 資 金 面 で 支 援 したプロ ジェクトについて 登 録 します 19 データベースの 特 徴 有 用 性 活 用 方 法 現 在 考 えられるデータベースの 特 長 有 用 性 活 用 方 法 データと 検 索 解 析 インタフェースなどの 観 点 から 登 録 します 0 または 1 45

20 権 利 保 有 機 関 利 用 許 諾 データベースに 関 する 著 作 権 などを 保 有 する 機 関 名 や 利 用 許 諾 について 登 録 します 登 録 する 項 目 は 表 6-3 の 通 りです 21 関 連 文 献 データベースに 関 連 する 論 文 などの 文 献 があれば 文 献 名 著 者 名 発 表 年 所 収 雑 誌 名 などを 登 録 します 登 録 す る 項 目 は 表 6-4 の 通 りです 0 以 上 0 以 上 表 6-2 NAR カテゴリリスト No. カテゴリ 名 1 塩 基 配 列 データベース 2 塩 基 配 列 データベース- 国 際 塩 基 配 列 データベース 連 携 3 塩 基 配 列 データベース-コーディング/ノンコーディング 領 域 DNA 4 塩 基 配 列 データベース- 遺 伝 子 構 造 イントロン/エクソン スプライス 部 位 5 塩 基 配 列 データベース- 転 写 調 節 部 位 転 写 因 子 6 RNA 配 列 データベース 7 タンパク 質 配 列 データベース 8 タンパク 質 配 列 データベース- 配 列 データベース 全 般 9 タンパク 質 配 列 データベース-タンパク 質 属 性 10 タンパク 質 配 列 データベース-タンパク 質 局 在 標 的 タンパク 質 11 タンパク 質 配 列 データベース-タンパク 質 配 列 モチーフ タンパク 質 活 性 部 位 12 タンパク 質 配 列 データベース-タンパク 質 ドメインデータベース タンパク 質 分 類 13 タンパク 質 配 列 データベース-タンパク 質 ファミリー 別 データベース 14 構 造 データベース 15 構 造 データベース- 低 分 子 16 構 造 データベース- 炭 水 化 物 (Carbohydrates) 17 構 造 データベース- 核 酸 構 造 18 構 造 データベース-タンパク 質 構 造 19 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 ) 20 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )-ゲノムアノテーション 用 語 オントロジー 21 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )- 生 物 分 類 / 同 定 22 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )-ゲノムデータベース 全 般 46

23 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )-ウィルスゲノムデータベース 24 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )- 原 核 生 物 ゲノムデータベース 25 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )- 単 細 胞 真 核 生 物 ゲノムデータベース 26 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )- 真 菌 ゲノムデータベース 27 ゲノムデータベース( 無 脊 椎 動 物 )- 無 脊 椎 動 物 ゲノムデータベース 28 代 謝 系 /シグナル 伝 達 系 パスウェイ 29 代 謝 系 /シグナル 伝 達 系 パスウェイ- 酵 素 酵 素 関 連 用 語 30 代 謝 系 /シグナル 伝 達 系 パスウェイ- 代 謝 系 パスウェイ 31 代 謝 系 /シグナル 伝 達 系 パスウェイ-タンパク 質 相 互 作 用 32 代 謝 系 /シグナル 伝 達 系 パスウェイ-シグナル 伝 達 系 パスウェイ 33 ヒト/その 他 の 脊 椎 動 物 ゲノム 34 ヒト/その 他 の 脊 椎 動 物 ゲノム-モデル 生 物 比 較 ゲノム 35 ヒト/その 他 の 脊 椎 動 物 ゲノム-ヒトゲノムデータベース/マップ/ビューワ 36 ヒト/その 他 の 脊 椎 動 物 ゲノム-ヒト ORF 37 ヒト 遺 伝 子 / 疾 患 38 ヒト 遺 伝 子 / 疾 患 -ヒト 遺 伝 子 データベース 全 般 39 ヒト 遺 伝 子 / 疾 患 - 多 型 データベース 全 般 40 ヒト 遺 伝 子 / 疾 患 -ガン 遺 伝 子 データベース 41 ヒト 遺 伝 子 / 疾 患 - 特 定 の 遺 伝 子 / 生 体 システム/ 疾 患 に 関 するデータベース 42 マイクロアレイデータ その 他 の 発 現 データのデータベース 43 プロテオーム 試 料 44 その 他 の 分 子 生 物 学 データベース 45 その 他 の 分 子 生 物 学 データベース- 薬 品 ドラッグデザイン 46 その 他 の 分 子 生 物 学 データベース- 分 子 プローブ プライマー 47 器 官 データベース 48 器 官 データベース-ミトコンドリア 遺 伝 子 /タンパク 質 49 植 物 データベース 50 植 物 データベース- 植 物 データベース 全 般 51 植 物 データベース-シロイヌナズナ 52 植 物 データベース-イネ 53 植 物 データベース-その 他 の 植 物 54 免 疫 学 データベース オリジナルサイト http://www3.oup.co.uk/nar/database/c/ 47

表 6-3 権 利 保 有 機 関 利 用 許 諾 として 登 録 する 項 目 No. 項 目 名 説 明 1 レコードあたりの 数 1 権 利 保 有 機 関 データベースの 著 作 権 を 保 有 す 0 または 1 る 機 関 名 を 登 録 します 複 数 の 機 関 で 保 有 している 場 合 は 保 有 する 機 関 名 を 全 て 登 録 しま す 2 データベースの 再 配 布 ユーザがデータベースを 再 配 布 0 または 1 することが 可 能 であれば 不 可 であれば を 登 録 しま す 3 クレジット 表 示 義 務 ユーザがデータベースを 引 用 ま 0 または 1 たは 再 配 布 する 際 に データベ ースのクレジットを 表 示 する 義 務 があれば 義 務 がなけれ ば を 登 録 します 4 データベースの 改 変 ユーザがデータベースを 改 変 し 0 または 1 て 再 配 布 することが 可 能 であれ ば 不 可 であれば を 登 録 します 5 使 用 許 諾 継 承 義 務 ユーザがデータベースを 改 変 す 0 または 1 る 際 に このデータベースの 利 用 許 諾 を 継 承 する 義 務 があれば 義 務 がなければ を 登 録 します 6 営 利 目 的 での 利 用 ユーザがデータベースを 営 利 目 0 または 1 的 で 利 用 することが 可 能 であれ ば 不 可 であれば を 登 録 します 7 その 他 特 記 事 項 利 用 許 諾 において 上 記 項 目 に あてはまらないもの 例 外 等 が あれば 登 録 します 0 または 1 48

表 6-4 関 連 文 献 として 登 録 する 項 目 No. 項 目 名 説 明 1 レコードあたりの 数 1 文 献 名 文 献 のタイトル 0 または 1 2 著 者 名 文 献 に 記 載 されている 著 者 0 または 1 3 雑 誌 名 / 掲 載 年 月 / 号 雑 誌 名 / 掲 載 年 月 / 号 という 書 0 または 1 式 で 登 録 します 4 Pubmed ID 文 献 に Pubmed IDが 付 与 されて いる 場 合 は 登 録 します 0 または 1 メタデータの 閲 覧 登 録 修 正 は TogoDB の 管 理 画 面 から 行 います データベース 管 理 画 面 の[Metadata]タブをクリックすると 管 理 対 象 となっているデータベースのメタデー タを 表 示 します クリックするとメタデータを 表 示 します メタデータ 閲 覧 画 面 49

メタデータ 表 示 画 面 の 右 上 に [Edit] ボタンがあります [Edit] ボタンをクリックすると メタデータ 編 集 画 面 を 表 示 します メタデータ 編 集 画 面 メタデータ 編 集 画 面 では 以 下 の 操 作 が 可 能 です ヘルプ 機 能 各 項 目 名 の 右 横 に[?]の 画 像 にマウスをのせると その 項 目 に 入 力 する 情 報 について のヘルプがポップアップ 表 示 されます 50

入 力 フォーム 追 加 機 能 作 成 機 関 名 など 複 数 の 内 容 を 登 録 できる 項 目 では 項 目 名 の 下 に "add form" というリ ンクが 表 示 されます このリンクをクリックすると 入 力 フォームが 増 えます add form をクリックすると 入 力 フォームが 増 えます Taxonomy Name の 自 動 補 完 機 能 生 物 種 の 入 力 では Taxonomy ID を 入 力 し auto complete のリンクをクリックすると 対 応 する Taxonomy Name が 自 動 的 に 入 力 されます 自 動 的 に 入 力 されます NCBI Taxonomy では 1 つの Taxonomy ID に 対 して 複 数 の Taxonomy Name が 割 り 当 てられていますが Taxonomy Name の 自 動 補 完 機 能 では scientific name が Taxonomy Name として 入 力 されます 51

文 献 情 報 の 自 動 補 完 機 能 文 献 情 報 の 入 力 では Pubmed ID を 入 力 し auto complete のリンクをクリックすると 対 応 する 文 献 名 と 著 者 名 を 自 動 的 に 入 力 されます 自 動 的 に 入 力 されます 編 集 の 確 定 と 中 止 メタデータ 入 力 後 画 面 下 の Save ボタンをクリックすると メタデータが 保 存 されます 編 集 を 中 止 する 場 合 は 画 面 右 上 の Show ボタンをクリックします Show ボタンをクリック すると 編 集 内 容 を 破 棄 し メタデータ 閲 覧 画 面 に 戻 ります 52