カスタムアレイを 作 成 するにあたって System Requirement( 別 紙 )をご 確 認 のうえ earrayをご 利 用 ください 推 奨 繰 り 返 しスポット 数 等 の 記 載 がありますので Custom Design Guidance を 必 ずご 一 読 ください アプ

遺 伝 子 発 現 CGH/CNV ChIP-on-chip/CpG Island アップロードとは アップロードするファイルの 準 備 アップロード 操 作 アップロードの 状 況 アップロードしたProbeGroupの 確 認 変 更 既 存 プローブのアノテーション 情 報 の 変 更 2010 年 12 月 現 在 mirnaプローブを earrayにアップロードすることはできません Page 1

カスタムアレイを 作 成 するにあたって System Requirement( 別 紙 )をご 確 認 のうえ earrayをご 利 用 ください 推 奨 繰 り 返 しスポット 数 等 の 記 載 がありますので Custom Design Guidance を 必 ずご 一 読 ください アプリケーションタイプを 選 択 後 Design Wizard 内 にリンクがあります Infoをクリックすると 各 機 能 の 簡 単 な 説 明 が 別 ウィンドウで 現 れます より 詳 しい 機 能 説 明 はHelpを 参 照 してください 情 報 の 取 り 扱 い 等 に 関 する 記 載 がありますので 使 用 規 約 をご 一 読 ください earrayログイン 後 は 画 面 下 方 のeArray Terms of Useをクリックすると ご 覧 いただけます Page 2

カスタムアレイ 作 成 の 流 れ Step1. 最 初 にカスタムアレイに 搭 載 するプローブを 選 択 し プローブグループとして 保 存 します プローブグループとは 1つ 以 上 のプローブで 構 成 されるまとまりです Step2. アレイフォーマットを 選 択 し Step1.で 保 存 したプローブグループを 指 定 します 複 数 のプローブグループを 指 定 することもできます(プローブグループごとに 繰 り 返 し 搭 載 数 を 設 定 するので 異 なる 繰 り 返 し 数 で 搭 載 したいプローブはStep1でプローブ グループを 分 けておく 必 要 があります) カスタムアレイのデザイン 作 成 が 終 了 したら デザインの 確 定 (Submit)を 行 います Step1. プローブグループの 作 成 Step2. フォーマットの 選 択 およびデザインの 確 定 (Submit) オーダー ( 担 当 営 業 へ 連 絡 ) この 資 料 ではStep1.プローブグループの 作 成 法 について 説 明 します Page 3

プローブグループ 作 成 法 の 選 択 スタート 遺 伝 子 発 現 CGH/CNV ChIP-on-Chip/CpG Island のカスタムアレイを 作 成 したい! No 別 紙 参 照 遺 伝 子 発 現 プローブの 設 計 ( 別 紙 参 照 ) 既 存 プローブの 検 索 ( 別 紙 参 照 ) Yes Yes Yes プローブ 配 列 を 新 たに 設 計 したい No 既 存 のプローブを 使 用 したい No 搭 載 するプローブ 配 列 情 報 がある or 既 存 のプローブ 情 報 を 変 更 したい Yes ( 本 資 料 ) 何 らかの 方 法 で 設 計 された 搭 載 したい プローブ 配 列 をeArrayに 登 録 します あるいは 既 に 登 録 済 みの プローブ 情 報 ( 遺 伝 子 名 など)を 変 更 します Page 4

Uploadとは お 持 ちのプローブを earrayのworkspaceに 登 録 することです Uploadしプローブグループとして 登 録 することで アレイに 搭 載 することが 可 能 です earray 内 に 希 望 するプローブがない あるいは 遺 伝 子 発 現 用 プローブを 設 計 後 アノテーション 情 報 を 付 加 したいとき 等 に 適 しています また 既 存 のプローブのアノテーション 情 報 を 変 えることも 可 能 です( 後 述 ) Workspace Expression CGH ChIP AgilentCatalog AgilentCatalog AgilentCatalog ユーザースペース ユーザースペース ユーザースペース Your Probe 001 Probes Your Probe 004 Your Probe 002 Your Probe 005 Your Probe 003 Your Probe 006 Expression, CGHおよびChIPのうち 選 択 したアプリケーションの ユーザースペースに 保 存 されます micrornaにはuploadできません 20-60merの 配 列 をuploadできます Page 5

からプローブグループ 作 成 まで この 資 料 では プローブをeArrayに 登 録 し プローブグループ 化 する 手 順 を 説 明 します Step.2フォーマットの 選 択 /デザインの 確 定 操 作 は 別 紙 をご 覧 ください 内 容 1.Uploadするファイルの 準 備 2.Upload 作 業 3.Uploadしたファイルの 確 認 4.UploadしたProbe Groupの 確 認 変 更 既 存 プローブのアノテーションを 変 える 場 合 Page 6 Page 6

1.Uploadするファイルの 準 備 アップロードするプローブをリストとして 準 備 します CompleteフォーマットまたはMinimalフォーマットでプローブリストを 準 備 します デザインファイルはアップロードされた 情 報 が 反 映 されるので より 情 報 が 多 いComplete をお 勧 めします ファイル 名 は 半 角 英 数 字 のみにしてください またファイルを 保 存 するフォルダのパスも 半 角 英 数 字 のみにしてください 注 意 Agilentの 解 析 ソフト Agilent Genomic Workbenchでデータを 解 析 する 際 は 必 ず ChromosomalLocationが 必 要 なので CGH/CNVあるいはChIP-oh-chip?CpG Island arrayのカスタムアレイはcompleteフォーマットをお 勧 めします 一 度 にアップロードする 数 は200,000プローブに 留 めてください Page 7

1.Uploadするファイルの 準 備 Completeフォーマット 以 下 の7 項 目 からなるリストをタブ 区 切 りのテキスト 形 式 またはエクセル 形 式 のファイルで 準 備 してください ProbeID, Sequence, TargetID, Accessions, GeneSymbols, Description, ChromosomalLocation エクセル2007をお 使 いの 場 合 は エクセル2003の 形 式 で 保 存 してください 各 項 目 には 文 字 制 限 や 表 記 フォーマットなどの 注 意 点 があります ProbeIDおよびSequenceは 必 須 です その 他 の 項 目 で 該 当 する 情 報 がない 場 合 は 空 欄 にしてください 例 1プローブにつき TargetID, Accessions, GeneSymbols, Descriptionおよび ChromosomalLocationの 合 計 が 半 角 英 数 字 3500 文 字 以 下 になるようにしてください Page 8

1.Uploadするファイルの 準 備 Completeフォーマット ProbeID: 各 プローブ 配 列 にユニークなIDで 15 文 字 以 内 になるようにつけてください Sequence:プローブ 配 列 は5 3 の 向 きになるように 入 力 してください 20mer ~ 60merの 長 さのプローブがアップロード 可 能 ですが 60mer 以 外 は 保 証 の 対 象 外 です 配 列 はIUB/IUPACの 核 酸 コードの 簡 略 版 で 記 述 します 配 列 は 文 字 A,T,G,C のみを 含 むようにします TargetID: 大 元 の 配 列 にユニークなIDです 各 転 写 産 物 を 代 表 するAccessionID(Primary Accession)として 参 照 することも 可 能 です 情 報 がない 場 合 は 空 欄 にしてください Accessions: 核 酸 の 配 列 またはたんぱくの 配 列 を 参 照 するIDです <ソース> <ID>あるい は<ID>のフォーマットで 準 備 してください <ソース>はデータベースのシンボル <ID>は そのデータベースでのAccessionIDになります 例 ref AK075564 あるいは AK075564 Accessionsは 複 数 のIDを 対 応 させる 事 も 可 能 です 複 数 並 べる 場 合 には の 文 字 で 区 切 ってください 例 gi 7657630 ref NM_015752 情 報 がない 場 合 は 空 欄 にしてください Page 9

1.Uploadするファイルの 準 備 Completeフォーマット GeneSymbols: 表 現 型 遺 伝 子 産 物 遺 伝 子 の 機 能 などを 表 すユニークなシンボルです 情 報 がない 場 合 は 空 欄 にしてください Description: 各 プローブの 詳 細 です 情 報 がない 場 合 は 空 欄 にしてください ChromosomalLocation: 各 プローブの 染 色 体 番 号 と 位 置 情 報 です ChromosomalLocationは2つ 以 上 含 むことはできません 例 chr19:11392326-11391822 情 報 がない 場 合 は 空 欄 にしてください Agilentの 解 析 ソフト Agilent Genomic Workbenchでデータを 解 析 する 際 は 必 ずChromosomalLocationが 必 要 です Page 10

1.Uploadするファイルの 準 備 MINIMAL(Simple)フォーマット ProbeIDおよびSequenceからなるリストをタブ 区 切 りのテキスト 形 式 またはエクセル 形 式 のファイルで 準 備 してください エクセル2007をお 使 いの 場 合 は エクセル2003の 形 式 で 保 存 してください ProbeID: 各 プローブ 配 列 にユニークなIDで 15 文 字 以 内 になるようにつけてください Sequence:プローブ 配 列 は5 3 の 向 きになるように 入 力 してください 20mer ~ 60merの 長 さのプローブがアップロード 可 能 ですが 60mer 以 外 は 保 証 の 対 象 外 です 配 列 はIUB/IUPACの 核 酸 コードの 簡 略 版 で 記 述 します 配 列 は 文 字 A,T,G,C のみを 含 むようにします 例 Agilentの 解 析 ソフト Agilent Genomic Workbenchで データを 解 析 する 際 は 必 ずChromosomalLocationが 必 要 なので CGH/CNV あるいはChIP-on-chip/CpG Island arrayはcompleteフォーマットにしてください Page 11

2.Upload 操 作 1.eArrayのログイン 後 画 面 の 右 上 で 該 当 するアプリケーションタイプ(Expression CGHあるいはChIP)になっていることを 確 認 します アプリケーションタイプを 変 更 するには Switch Application Type をクリックし 該 当 するアプリケーションを 選 択 し Save をクリック します Page 12

2.Upload 操 作 2. Probes タブをクリックし Upload を 選 択 します 選 択 した 項 目 は 白 抜 き 文 字 に 変 わります 3.Uploadする 際 の 設 定 を 入 力 選 択 します Species: 生 物 種 を 選 択 します Remove replicate probes from upload アップロードするファイル 中 に 重 複 があっ た 場 合 チェックが 入 っていると 重 複 した プローブを 除 いてアップロードされます Page 13

2.Upload 操 作 Probe Precedence 3 種 から 選 択 します Overwite matching probes ProbeIDおよび 配 列 が 同 じプローブが workspaceにすでにあった 場 合 その 他 の 項 目 の 情 報 を 上 書 きします Skip matching probes ProbeIDおよび 配 列 が 同 じプローブがworkspaceにすでにあった 場 合 それ 以 外 のプローブをアップロードします Cancel upload if any probes already exist ProbeIDおよび 配 列 が 同 じプローブがworkspaceにすでにあった 場 合 アップロード 自 体 をキャンセルします Page 14

2.Upload 操 作 Upload Type: 2 種 から 選 択 します Upload Probes Only プローブをアップロードしますが プ ローブグループは 作 られません Create New Probe Group アップロードとともに プローブグルー プ 化 します Upload File Browse をクリックし 準 備 したファイルを 指 定 します ファイルは 名 前 に 全 角 を 含 めないフォルダに 保 存 をしてください C: 以 下 に 全 角 が 含 まれると 認 識 されません File Format:COMPLETEあるいはMINIMALから ファイルのフォーマットを 選 択 します File Type:MS-EXCELあるいはTDTから ファイルタイプを 選 択 します Excel2007を お 使 いの 場 合 は Excel2003のファイル 形 式 (.xls)で 保 存 してください Page 15

2.Upload 操 作 4. すべて 選 択 指 定 したら Next をクリックします 5. 各 ヘッダーをプルダウンから 選 択 します この2つをあわせます 準 備 したファイルにヘッダーを 含 んでいる 場 合 は My upload file contains Column Headings に チェックを 入 れます Upload をクリックします Page 16

2.Upload 操 作 6. Close をクリックします プローブ 数 やご 使 用 環 境 により アップロードに 必 要 な 時 間 は 異 なります 数 時 間 あるいは 数 日 かかることもあります(その 間 earrayからログアウトしても 問 題 ありません) 終 了 あるいは 何 らかの 理 由 でUploadできなかった 場 合 その 旨 を 知 らせるメールが 届 きます Page 17

3.Uploadの 状 況 アップロードの 状 態 は Home タブで 確 認 できます アップロードの 場 合 はJob Typeが ProbeUpload となっています Refreshをク リックすると 最 新 の 情 報 に 更 新 されます Status :Upload pending アップロード 待 ち Status :Complete アップロード 終 了 Status :Error 何 らかの 理 由 でアップロー ドがキャンセルされた エラー 原 因 がメールで 送 られます Job Position :Job X of Y Jobs アップロード 待 ち アップロードが 問 題 なく 終 わると Pending Jobsからなくなります Failureの 記 録 は Delete するまで 残 ります Uploadが 問 題 なく 終 了 した 場 合 はHomeタブに 表 示 されないので メールあるいは Probe Group タブから 確 認 してください Page 18

3.Uploadの 状 況 何 らかの 理 由 でプローブ 設 計 が 完 了 しなかった 場 合 その 旨 伝 えるメッセージメール および 原 因 を 簡 単 に 記 載 したファイルが 届 きます 添 付 ファイル エラーメッセージメールに 添 付 されているファイル(html)を 開 くと エラーの 原 因 となったカラム が 赤 く 表 示 されます カーソルを 持 っていくあるいはクリックするとエラー 理 由 が 表 示 されます ファイル 内 容 を 確 認 変 更 後 再 度 アップロード 操 作 を 行 ってください Page 19

3.Uploadの 状 況 よくあるエラー 原 因 これらのエラーが 生 じたときは 必 要 があればファイルを 訂 正 し 再 度 Uploadしてください ファイル 中 に 同 じProbeIDで 異 なる 配 列 のプローブがあり アップロードする 際 に Remove replicate probes from upload を 選 択 した ファイル 中 に 同 じProbeID 同 じ 配 列 のプローブがあり アップロードする 際 に Remove replicate probes from aploadを 選 択 しなかった すでにeArrayに 登 録 されているプローブを 再 度 アップロードした 際 はアノテーション 情 報 が 自 動 で 上 書 きされるが すでに 登 録 されているプローブのオーナーが 異 なるアカウントで あり 上 書 きすることができない すでに 登 録 されているプローブと 同 じProbeIDを 持 っているが 配 列 や 生 物 種 アプリケー ションタイプが 異 なっている 1つ 以 上 のプローブが 指 定 ファイルフォーマットに 沿 っていない Upload 中 にシステムエラーが 起 こった

4.UploadしたProbe Groupの 確 認 変 更 プローブグループとしてアップロードした 場 合 は Probe Group タブから 確 認 できます Search で 検 索 あるいは Browse ProbeGroup でブラウズし 表 示 させます ブラウズして 表 示 させる 場 合 Workspace 名 プローブグループが 作 成 できたら Step2.アレイデザインの 作 成 に 進 みます *デザイン 途 中 で6ヶ 月 経 ったもの あるいはデザイン 終 了 後 6ヶ 月 間 オーダーされなかった デザインは 自 動 的 にProbe Groupごと 削 除 されますのでご 注 意 ください Page 21

4.UploadしたProbe Groupの 確 認 変 更 検 索 結 果 あるいはブラウズした 場 面 で Actions 欄 内 の 青 いリンクをクリックすると 各 種 操 作 ができます Copy:プローブグループを 複 製 し 同 じ 内 容 のプローブグループを 作 ります Edit:プローブの 削 除 プローブグループ 名 の 変 更 等 ができます View:プローブグループの 内 容 を 閲 覧 します Delete:プローブグループを 削 除 します Download: 各 種 フォーマットでプローブのリストをダウンロードします Workspace 名 Probe Groupの 作 成 が 終 了 したら Step2.アレイデザインの 作 成 をしてください Page 22

4.UploadしたProbe Groupの 確 認 変 更 Probe GroupのEdit 画 面 ( 内 容 変 更 ) グループ 名 の 変 更 やDescription, Keyword 等 の 追 記 ができます また プローブの 削 除 追 加 も 可 能 です 変 更 後 はSave Probe Groupを クリックします Page 23

4.UploadしたProbe Groupの 確 認 変 更 Probe Groupのダウンロード Actions 欄 のDownloadをクリックすると ダウンロードする ファイルフォーマットを 選 択 できます ダウンロードできないときには 保 存 をクリックするまで Ctrlキーを 押 し 続 けてください ファイル 形 式 よって 含 まれる 情 報 が 異 なります( 左 図 参 照 ) 必 ずしもすべての 情 報 が 含 まれる わけではありません(アップロード した 情 報 以 外 の 内 容 は 含 まれませ ん) Page 24

既 存 プローブのアノテーションを 変 える 場 合 Uploadと 同 じ 操 作 ですでに 存 在 するプローブグループのアノテーションを 変 えることができます 変 更 したプローブグループが すでにアレイデザインとして 使 われている 場 合 変 更 後 のアノテーション 情 報 が 自 動 的 にデザインファイルやGeneList 等 に 反 映 されます 変 更 前 のデザインファイル 等 はダウンロードできなくなるので ご 注 意 ください 必 要 なもの 更 新 したい 情 報 を 含 んだCompleteフォーマットのファイル プローブグループの 内 容 は 前 ページの 方 法 でダウンロードできます TDTあるいはCompleteフォーマットでダウンロードし アップロードする フォーマットに 成 型 してください ただし ProbeIDおよびSequenceは 変 更 しないでください この2つの 項 目 で 既 存 のプローブと 同 じプローブであることを 判 別 します Page 25

既 存 プローブのアノテーションを 変 える 場 合 操 作 は 前 述 のプローブアップロードと 同 じです ただし Probe Precedenceは 必 ずOverwite matching probesを 選 択 してくだ さい こちらを 選 択 することで 既 存 の 情 報 の 上 書 きが 行 われます Upload TypeはUpload Probes Onlyを 選 択 してください プローブグループの 情 報 アップデートが 完 了 したら メールが 届 きます 前 述 の 方 法 で プローブグループの 内 容 を 確 認 してください アレイデザインとして 使 われているプローブグループの 場 合 は デザインファイル やGeneList 等 にもアップデートが 反 映 されるので 確 認 してください Page 26