GMV 2009 2 1 GMV GMV 1.1 GMV Murasaki GMV (GTK+ based Murasaki Viewer) 1.1.1 GMV GMV Murasaki (http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/gmv.html) 1.1.2 gmv Open Anchors File ( 1) murasaki 1.1.3 GMV 2 GMV on/off bookmark ( ) osana@dna.bio.keio.ac.jp 1
1:.anchors Menubar Sequence Navigation order Plot & Color options Left sidebar ON/OFF Right sidebar ON/OFF History / Bookmark Apply sequence order / plot & color options above Left sidebar Link plot <-> Dot plot toggle Right sidebar 2: GMV 2
(a) (b) 3: 2 CDC1551.gbk (Mycobacterium tuberclosis CDC1551 strain), leprae.gbk (Mycobacterium leprae TN strain), avium.gbk (Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K-10 strain) 3 #1, #2, #3 1 ORF 1 ( ) 1.2 1.2.1 3 ( ) 3 (a) 3 (b) ( 4) 1 Ctrl+Z Inspector (Tool Inspector Ctrl+I) 1 Open Reading Frame: 3
4: Lock zoom ratio while varying start position Back/Forward move stride 5: GMV Inspector (Zoom) Inspector GMV Zoom and Navigate ( 5) Range, From To 3 Range Lock Range From To 1/1, 2/1,... 1.2.2 GMV GenBank GenBank Show Name... Apply (Gene Information Dialog) 4
6: Gene Information Dialog (Browse) 6 Gene information dialog Gene information (Follow to Mouse) (Show connected genes) (Note) (Translation) MIGNGGAGGS- GAPG... Note Translation ( 7) Gene information dialog DB Links NCBI Open All Gene information dialog Browse Search 8 (a) case insensitive Query ( Alt+q) 50 ( 8 (b)) Go 5
(a) (b) 7: 8: Gene Information Dialog (Search) 6
(a) アンカーや遺伝子をクリック (b) 位置調整後 図 9: 拡大表示 (a) All anchors (b) Turn #1 (b) Turn #2 図 10: 画面に入りきらない場合 1.2.3 遺伝子やアンカーを基準にして配列をずらす 拡大表示にすると 見たいアンカーの先が画面の外に行ってしまう場合があります このような 場合には 配列を表す黒い線の近くで (拡大表示するための黒い枠が表示されていないときに) 遺 伝子やアンカーをダブルクリックすると そのアンカーを基準にして配列をずらして表示すること ができます (図 9) ただし ある配列では同じ位置に複数のアンカーがあって それらが別の配列 では遠く離れた位置にある というような場合にはうまく画面に収まらない場合があります このような場合は マウスをその位置のまま移動せずに続けてダブルクリックすると 1 画面に 入る範囲で順番に その遺伝子を通るアンカーを表示することができます (図 10) ダブルクリッ クを続けると すべてのアンカーで位置あわせ いくつかのアンカーで画面に収まる範囲で 位置あわせ (1 回目) 残りのアンカーのいくつかで画面に収まる範囲で位置あわせ (2 回目) のように 該当する遺伝子を通るアンカーをすべて表示し終わるまで順次アンカーを表示していき ます この場合 画面下部に Justification mode: と表示され 現在の表示が何ステップ目なの かを知ることができます これにより どういった遺伝子をアンカーがつないでいるかを把握することができます また 画面の右端のほうにある遺伝子やアンカーを画面中央に持って行きたい場合は 右クリッ クして Align & center this gene や Align & center this anchor を選択します (図 11) ずらして表示した配列を元に戻すには View Justify Left を選択するか Ctrl + < を 押します gmv のデフォルトは左揃えですが Justify Right や Justify Center を選べば右揃えや 中央揃えにすることもできます 7
11: 1. Reorder the sequences by drag & drop 2. Click "Apply" to redraw 12: 1.2.4 GMV Murasaki 12 Sequences & Apply Sequences 1.2.5 ORF Show ORF ORF Load Sequences to show ORFs ( 8
(a) ORF (b) ORF 13: ORF ORF ) Show ORF on/off Apply ORF ORF 3 ( 13) 3 ORF 3 ORF ORF ORF File Load Sequences 1.2.6 Clear 1.2.7 Bookmark Bookmark Add Bookmark Ctrl+D 14 (a) Bookmark ( 14 (b)) Bookmark 14 (b) Bookmark GMV Bookmark Save Bookmarks Now ( GMV ) 9
(a) Ctrl+D (b) 14: Bookmark 15: GMV 1.2.8 File Save PNG Save PDF 1GB PDF 1.2.9 GMV ( ) Ctrl+T ( Dot Plot ) 2 ( 15) ( ) ( ) ( ) 10
(a) (b) 16: tf-idf Ctrl+T Chrom Links 1.3 1.3.1 tf-idf Inspector tf-idf Anchor Filter ( 16) tf-idf 1.3.2 Inspector Annotation Tracks and Filters ( 17) Hide unanchored genes Hide anchored genes tf-idf ( ) 11
17: GMV Inspector (Annotation Tracks and Filters) 18: 1.3.3 Tool Sequence statistics (Ctrl+R) Generate Details ORF Generate Details HTML (Internet Explorer ) ( ) Tool Reports (gene connection report) ( 18) 12
Anchors (from) (to) (strand) (visible: 1 0 ) tf-idf (tfidf) Gene connection N/A Seq#x: (file) (from), (to), (strand) (visible) (#ancs) tf-idf tf-idf ( ) Show Score details tf-idf CSV ( ) 1.4 GMV Ctrl Ctrl-z: Ctrl-y: Ctrl-+: Ctrl--: Ctrl-0: Ctrl-f: Ctrl-b: Ctrl->: Ctrl-<: Ctrl- : Ctrl-g: Gene information Ctrl-i: Inspector Ctrl-s: Ctrl-r: Ctrl-c: Ctrl-o: Ctrl-d: Ctrl-t: Ctrl-q: 13
1.5 Feedbacks GMV (!) (!) <osana@dna.bio.keio.ac.jp> 14