Microsoft PowerPoint - MassBankの検索機能.ppt [互換モード]

第 1 回 本 質 量 分 析 学 会 DBWG MassBankの 検 索 機 能 池 奨 瓶 義 尾 嶌 雄 也 岡 孝 明 奈 良 先 端 科 学 技 術 学 院 学 情 報 科 学 研 究 科 MassBank Project 2011 年 7 30 1 MassBankとは 分 散 型 マススペクトルデータベース ス 複 数 の 研 究 機 関 で 測 定 されたマススペクトルを 分 散 管 理 (20 機 関 9サーバ 約 1 万 化 合 物 3 万 スペクトル) マススペクトルはMassBankレコードとして 管 理 インターネットサービス マススペクトルの 公 開 (http://www.massbank.jp/) 様 々なマススペクトル 検 索 サービスやツールを 提 供 2

MassBankを 利 する 前 に Webブラウザ Internet Explorer 6 もしくは Firefox 2 以 降 JavaScriptの 実 許 可 ポップアップの 許 可 Java 実 環 境 Java Runtime Environment(JRE)1.5 以 上 が 必 須 操 作 マニュアル P3 3 Javaホームページ(http://www.java.com/ja/) Java 実 環 境 の 確 認 操 作 マニュアル P3 Javaバージョン 確 認 結 果 ページ 1 Java の 有 無 のチェック をクリック Javaバージョン 確 認 ページ 3Java の 有 無 とバージョンを 確 認 表 されたバージョンが Version 5 Update xx 以 上 ではない 場 合 や インストールされていない 場 合 はダウンロードが 必 要 2 Java のバージョンの 確 認 をクリック 4

検 索 サービスとツール MassBankホームページ(http://www.massbank.jp/) データベースサービスへのリンク Spectrum Search 類 似 スペクトル 検 索 Quick Search 簡 易 検 索 Peak Search ピーク 検 索 Substructure Search 化 学 構 造 式 検 索 Advanced d Search Record Index カテゴリ 別 検 索 操 作 マニュアル P3 中 性 脱 離 分 を 利 したスペクトル 検 索 Browse Page ツリー 検 索 Batch Service 類 似 スペクトル 括 検 索 サービス Spectral Browser スペクトル 閲 覧 較 ツール その 他 WEB-API Mass Calculator 5 MassBankホームページ(http://www.massbank.jp/) 簡 易 検 索 操 作 マニュアル P13 Quick Search 簡 易 検 索 データベースサービスへのリンク 6

簡 易 検 索 操 作 マニュアル P13 的 簡 単 な でスペクトルを 検 索 する 特 徴 化 合 物 情 報 を してスペクトルの 簡 易 検 索 ができる ピーク による 簡 易 類 似 スペクトル 検 索 ができる 検 索 順 化 合 物 情 報 やピーク と 検 索 パラメータ 設 定 検 索 の 実 7 操 作 マニュアル P13 検 索 条 件 の と 検 索 実 Quick Search(http://www.massbank.jp/QuickSearch.html) 3 検 索 実 1 化 合 物 情 報 Compound Name: 化 合 物 名 ( 部 分 致 検 索 別 名 も 検 索 対 象 ) Exact Mass: 化 合 物 の 質 量 Tolerance: 化 合 物 の 質 量 の 誤 差 範 囲 Formula: 化 合 物 の 組 成 式 ( 完 全 致 検 索 ワイルドカード * 使 可 ) 2 検 索 パラメータ 設 定 Instrument Type: 分 析 装 置 の 種 別 MS Type: 測 定 時 のMS 種 別 Ion Mode: イオン 化 モード 8

検 索 結 果 ページ 検 索 結 果 覧 操 作 マニュアル P13 検 索 条 件 パラメータ 検 索 結 果 件 数 はスペクトルの 件 数 を 表 検 索 結 果 件 数 検 索 結 果 覧 スペクトルを 化 合 物 ごとに 集 約 して 表 25 化 合 物 ごとにページを 分 けて 表 9 検 索 結 果 ページ 検 索 結 果 覧 の 機 能 操 作 マニュアル P20 P22 Open All Tree クリック ク 検 索 結 果 覧 の 括 展 開 検 索 結 果 覧 ヘッダーをクリック 検 索 結 果 覧 の 並 び 替 え 化 学 構 造 式 をクリック 拡 画 像 ( )の 表 化 学 構 造 式 拡 画 像 スペクトルリンク + アイコンクリック 検 索 結 果 覧 の 展 開 化 学 構 造 式 をマウスオーバー 拡 画 像 ( 中 )のリアルタイム 表 10

検 索 結 果 ページ 操 作 マニュアル P20 P24 MassBankレコード 表 MassBankレコード 詳 細 ページ 基 本 的 な 登 録 情 報 化 合 物 情 報 スペクトルリンクをクリック レコードフォーマットの 詳 細 について http://www.massbank.jp/manuals/massbankrecord_en.pdf 分 析 装 置 や 測 定 条 件 に 関 する 情 報 スペクトルに 関 する 情 報 ピーク 情 報 11 MassBankレコード 詳 細 ページ 操 作 マニュアル P24 MassBankレコードの 機 能 化 学 構 造 式 拡 大 画 像 化 学 構 造 式 をクリック 拡 画 像 表 スペクトル 内 でドラッグ スペクトルの 拡 表 スペクトル 内 でダブルクリック スペクトルの 縮 表 任 意 のピークにマウスオーバー ハイライト 表 & 時 的 にm/zと 強 度 表 CH$LINKのIDクリック 外 部 データベースへのリンク show all m/z ボタンクリック 全 てのピークのm/z 値 表 12

検 索 結 果 ページ 複 数 スペクトルの 較 操 作 マニュアル P21 スペクトルチェックボックス 選 択 後 Multiplep Display クリック スペクトル 較 ページ チェックボックスにチェック スペクトルの 複 数 選 択 13 簡 易 類 似 スペクトル 検 索 Quick Search(http://www.massbank.jp/QuickSearch.html) ピーク 情 報 の 例 操 作 マニュアル P8 Search by Peak ラジオボタンを 選 択 状 態 半 スペース 78.54 4456 ; 1ピーク 情 報 m/z 強 度 セミコロン 区 切 り 検 索 結 果 ページ 2 検 索 パラメータ 設 定 クエリスペクトル( したスペクトル) 3 検 索 実 Cutoff threshold of relative intensities: 相 対 強 度 の 閾 値 Number of Results: 分 式 の 値 (m/zのリアルタイム 補 助 ) 検 索 結 果 について クエリスペクトルに 対 して 類 似 度 の いスペクトルを 昇 順 で 表 Score の 列 の 値 が いほど 類 似 度 が い 14

MassBankホームページ(http://www.massbank.jp/) ピーク 検 索 操 作 マニュアル P15 Peak Search ピーク 検 索 データベースサービスへのリンク 15 ピーク 検 索 操 作 マニュアル P15 的 特 徴 的 なピークを 検 索 する 特 徴 数 値 でm/zやm/zの 差 を して 検 索 できる 分 式 でイオンやニュートラルロスを して 検 索 できる 検 索 順 m/zや や 分 式 の と 検 索 パラメータ 設 定 検 索 の 実 16

Peak Search(http://www.massbank.jp/PeakSearch.html) 数 値 によるピーク 検 索 操 作 マニュアル P15 (m/z m/z) m/z: ピークのm/z 値 Formula: 分 式 の 値 (m/zのリアルタイム 補 助 ) Rel. Intensity: 無 視 する 相 対 強 度 の 最 値 Tolerance: 化 合 物 の 質 量 の 誤 差 範 囲 1m/zや / や 検 索 条 件 を MassBankレコード 詳 細 ページ 2 検 索 実 検 索 結 果 覧 表 検 索 条 件 で したピークが づけされる 17 Peak Search(http://www.massbank.jp/PeakSearch.html) 数 値 によるピーク 検 索 操 作 マニュアル P15 (m/z m/zの の 差 ) Peak Differences & m/z-value ラジオボタンを 選 択 状 態 MassBankレコード 詳 細 ページ 1m/zや / や 検 索 条 件 を 2 検 索 実 検 索 結 果 覧 表 検 索 条 件 で したピーク 差 の 該 当 箇 所 が 表 されて づけされる 18

操 作 マニュアル P16 分 式 によるピーク 検 索 Peak Search(http://www.massbank.jp/PeakSearch.html) Peaks & Molecular Formula ラジオボタンを 選 択 MassBankレコード 詳 細 ページでは 検 索 条 件 で したニイオンの 分 式 が 表 されて づけされる イオンの 分 式 を Peak Search(http://www.massbank.jp/PeakSearch.html) Peak Differences & Molecular Formula ラジオボタンを 選 択 MassBankレコード 詳 細 ページでは 検 索 条 件 で したニュートラルロスの 分 式 が 表 されて づけされる ニュートラルロスの 分 式 を 19 分 式 の 補 助 機 能 操 作 マニュアル P17 1 分 式 もしくは 数 値 を 3 分 式 が される 2 分 式 をクリック 候 補 覧 について した 値 で 始 まる 候 補 覧 が 表 される 1 字 するごとに 候 補 がリアルタイムで 絞 り 込 まれる 1 字 に C を した 場 合 は 候 補 が 多 いため 候 補 覧 は 表 されないが 2 字 を すると 候 補 覧 が 表 される 141 と した 場 合 候 補 覧 は 前 致 した 値 を 表 するため 140.9 などの 候 補 は 表 されない 20

MassBankホームページ(http://www.massbank.jp/) 化 学 構 造 式 検 索 操 作 マニュアル P14 データベースサービスへのリンク Substructure Search 部 分 構 造 式 検 索 21 化 学 構 造 式 検 索 操 作 マニュアル P14 的 部 分 化 学 構 造 式 を 含 む 化 合 物 のスペクトルを 検 索 特 徴 化 学 構 造 式 からスペクトルを 検 索 できる KNApSAcKに 登 録 されている 化 合 物 も 検 索 できる 検 索 順 化 学 構 造 式 の と 検 索 パラメータ 設 定 検 索 の 実 22

操 作 マニュアル P14 化 学 構 造 式 によるスペクトル 検 索 Substructure Search(http://www.massbank.jp/StructureSearch.html ) 化 学 構 造 式 画 1 Edit ボタンクリック 部 分 化 学 構 造 式 2その 他 の 検 索 条 件 と 検 索 パラメータを 設 定 Molfileが 元 にある 場 合 は Molfile ボタンでファイルを 読 み 込 み クエリの 化 学 構 造 式 とすることもできる 検 索 結 果 ページ 3 検 索 実 クエリ 化 学 構 造 式 ( した 化 学 構 造 式 ) Comparison of pi-electron for each atom: π 電 数 の 較 法 Peak Search (Option): ピーク 指 定 オプション 23 化 学 構 造 式 による 化 合 物 検 索 Substructure Search(http://www.massbank.jp/StructureSearch.html ) 操 作 マニュアル P14 KNApSAcK 検 索 Search KNApSAcK タブを 選 択 検 索 結 果 ページ 1 部 分 化 学 構 造 式 と 条 件 設 定 2 検 索 実 KNApSAcK 化 合 物 情 報 ページ 化 合 物 リンクをクリック 化 学 構 造 式 表 とKNApSAcKへのリンク 24

その 他 の 検 索 サービスとツール MassBankホームページ(http://www.massbank.jp/) Spectrum Search 類 似 スペクトル 検 索 操 作 マニュアル P4 クエリファイルが 必 要 データベースサービスへのリンク Advanced d Search 中 性 脱 離 分 を 利 したスペクトル 検 索 クエリファイルが 必 要 Record Index カテゴリ 別 検 索 Browse Page ツリー 検 索 Batch Service Spectral Browser 操 作 マニュアル P11 操 作 マニュアル P18 操 作 マニュアル P19 類 似 スペクトル 括 検 索 サービス 操 作 マニュアル P26 スペクトル 閲 覧 較 ツール クエリファイルが 必 要 その 他 WEB-APIリファレンス 操 作 マニュアル P25 WEB-API Mass Calculator 25 各 種 マニュアル MassBank 操 作 マニュアル http://www.massbank.jp/manuals/usermanual_ja.pdf MassBankレコードフォーマット 詳 細 http://www.massbank.jp/manuals/massbankrecord_en.pdf その 他 マニュアル 等 http://www.massbank.jp/ja/manual.html /j / l 26