配布プラグイン 簡易マニュアル 名古屋大学森研究室 2014 年 5 月
まえがき 名古屋大学森研究室にて作成されたプラグインです 作成方法については Pluto ホームページ [1] を参照ください 機能の多くは MIST (Media Integration Standard Toolkit)[2] により実装されています 各ページに 機能 と 使い方 について簡単に記載してあります 配布プラグインは Pluto.exe のあるフォルダに上書きコピーしてください 動作確認等は行なっていますが問題が発生する可能性がありますのでバックアップは必ず行なって下さい プラグインの導入 使用によるデータ破損等に関しては責任を負いかねますのであらかじめご了承ください [1] http://pluto.newves.org/ [2] http://mist.murase.m.is.nagoya-u.ac.jp/trac/
配布プラグイン内容 1. STL 出力 2. Boundingbox 切り出し (VR 表示用のBB) 3. VOI 切り出し ( スライス画像上で座標指定 ) 4. 濃度値プロファイル 5. ラベル値一括変換 6. カラーテーブル操作 7. よく使うフォルダの選択 8. 全スライスキャプチャ (Axial,Coronal,Sagittal 対応 ) 9. 血管名表示 10. 抽出処理用画像処理ツールバー
STL 出力 ラベル画像を STL に変換して出力 画像中の 1 以上のすべてのラベル値を変換 map 形式 (3D モデリングソフト Metasequoia 用 ) も出力 メニュー [ ファイル ]->[ 保存 ]->[STL データを保存 ] を選択 ( 右下図のウィンドウが表示されます ) Scale: 画像の拡大 縮小の倍率 デフォルト :1.0 ASCII 形式で出力 :ASCII 形式で出力します デフォルトはバイナリ形式です
Bounding box 切り出し (VR 表示用の BB) Bounding Box の切り出し ボリュームレンダリング表示に使用する Bounding Box( 下図矢印で指示. 詳細はマニュアル参照 ) 内を切り出し Bounding Box の範囲外を 0 に置き換えた新しい画像が追加されます メニュー [ ツール ]->[ ツール ]->[Boundingbox 切り出し ] Bounding box を設定後, メニューから選択
VOI 切り出し ( スライス画像上で座標指定 ) スライス画像上で指定した座標を中心に指定サイズ ( 単位 : 画素 ) のVOIを切り出し プロパティメニュー ( 右下図 ) 準備 ビュープラグインはスライス表示 切り出したい画像レイヤーを選択状態 1. 図中 1VOI の一辺の長さを指定 デフォルトは 51 画素 2. 図中 2 座標取得モード切り替えボタン押下 3. 図中 3 へアイコン変化後, 切り出したいスライス画像上で左クリックし画面を選択 4. 指定座標上で左クリック 指定サイズ 指定座標
濃度値プロファイル スライス画像上で指定した点間の濃度値プロファイルを別ウィンドウ ( 右下図 ) で表示 Axial,Coronal,Sagittal, 各ビュープラグインの選択が必要 ビュープラグイン (Pluto 右側下表示方法に追加 ) 1. 計測モードに変更 ( 変更方法は Pluto マニュアル参照 ) 2. 左マウスボタン & ドラッグで計測したい 2 点を指定 左マウスボタン押下 (1 点目 ) ドラッグ 左マウスボタン離す 3. 右下図のように 2 点間の濃度値がグラフに表示
ラベル値一括変換 アクティブな画像中の全てのラベル値 (1 以上の値 ) を指定した一つの値に変更 プロパティタブの右下図のようなボタンで値を設定しボタンを押下 1. 図中 1 変更後のラベル値を設定 2. 図中 2 ラベル値変換処理を実行するボタンを押下
カラーテーブルの操作 カラーテーブル操作 CT 用カラーテーブル, マーク用カラーテーブルで擬似カラー表示 ( 現在, 青 赤のみ ) カラーテーブルの読み込み, 保存 ラベル値 ( または CT 値 ) の疑似カラー化手順 1. 図中 1 の青と赤のボックスにそれぞれ始点, 終点となる値を入力 2. マーク用カラーテーブルの疑似カラー化は図中 2, CT 用カラーテーブルの場合は図中 3 を押下 3. 図中 3 上のピン型アイコンのボタンがマーク用カラーテーブル保存, 図中 3 下のボタンがマーク用カラーテーブル読み込み
よく使うフォルダ 登録したフォルダをメニューから開ける ( ブラウザのブックマークのようなもの ) 図中 1 のボタンがプロパティタブに追加 1. 図中 2 の フォルダの追加と削除 メニューから図 3 のウィンドウを出す 2. 追加したいフォルダ内のファイルをドラッグ & ドロップ後,OK 押下 3. メニューに表示 ( 図 4) された開きたいフォルダを選択 1 2 4 3
全スライスキャプチャ スライス表示中の状態 ( ラベル画像等重なった状態等 ) で全スライスを画像ファイルとして出力 出力ファイル形式は,bmp,jpg,png,gif 指定したファイル名 + スライス番号 ( 連番 ) で画像ファイルを作成 不透明度の変更には未対応 メニュー [ ツール ]->[ ツール ]->[Raw to BMP] 1. ファイル保存ダイアログが表示されるので, ファイル名を指定して保存
血管名表示ボリュームレンダリング (1/2) ラベル画像の VR 画像に血管名等アノテーション用の文字列を同時表示 指定した座標と文字列の間を結ぶ線を VR 画像上に描画 文字列の位置は半自動 ビュープラグインを選択後 Pluto 本体右側 プロパティ 拡張 タブ内の 血管名表示表ウィンドウ ボタン ( 図中 1) を押下 血管名情報の入力 ( 詳細は次ページ ) xml ファイル ( 附録 A 参照 ) から読み込み 直接入力 表示例 1
血管名表示ボリュームレンダリング (2/2) xml ファイルから読み込み 1. 血管名表示表ウィンドウ [ ファイル ] [ 開く ] から xml ファイル読み込み 2. ボリュームレンダリング表示を再描画 血管名情報直接入力方法 1. 図中 1 名前を記述 2. 図中 2 文字列から出る線の終端座標指定 3. 図中 3 名前の色 ( マーク用カラーテーブルの番号に対応 ) 4. 図中 4 で追加, または, 変更.( 追加の場合は図中 5 のリストに表示される. 変更時は, リストから選んで変更 ) 5. 線の長さを変える時は図中 6 に数値を入力 ( 正数 : 上側に表示, 負数 : 下側に表示 ) 5 2 4 1 6 3
抽出処理用画像処理ツールバー 手動セグメンテーションによく使用する処理をツールバーにまとめたもの Pluto 初期プラグインの処理等のショートカットボタンツール 左から, ガウシアンフィルタ, メディアンフィルタ, 一様重み平滑化, 血管粗抽出 ( 下記参照 ), 領域拡張処理, ラベリング (26 近傍 ), ラベリング (6 近傍 ), しきい値処理, 穴埋め処理 ( 下記参照 ),Dilation 演算,Erosion 演算,Opening 演算, Closing 演算, 減算演算, 代入演算 血管粗抽出 : 対象は CT 画像. しきい値処理と最大領域選択による簡単な自動抽出 穴埋め処理 : 対象はラベル画像. 空洞 ( 背景領域と連結していない値が 0 の領域のうち体積最大のもの ) を塗り潰し
各プラグインのファイル名 1. STL 出力 STLoutputDLL.dll Plugin/OutputSTL.dll 2. Boundingbox 切り出し (VR 表示用の BB) Plugin/ClipBox.dll 3. VOI 切り出し ( スライス画像上で座標指定 ) Plugin/CutVOI.dll 4. 濃度値プロファイル Plugin/measureview.dll Plugin/MeasureViewCoronal.dll Plugin/MeasureViewSagittal.dll 5. ラベル値一括変換 Plugin/LabelValueChange.dll 6. カラーテーブル操作 Plugin/MarkColorTableCoordinate.dll 7. よく使うフォルダの選択 Plugin/FrequentlyFolder.dll 8. 全スライスキャプチャ (Axial,Coronal,Sagittal 対応 ) Plugin/raw2bmp.dll 9. 血管名表示ボリュームレンダリング Plugin/VolRPluginArteryName2.dll 10. 抽出処理用画像処理ツールバー VesselExtractionCpp.dll
連絡先 PLUTO プラグイン作成方法は Pluto ホームページ (http://pluto.newves.org/), チュートリアルの項を参照ください 配布プラグインについての質問, バグ報告等 名古屋大学情報科学研究科メディア科学専攻森研究室中村嘉彦 (ynakamura@mori.m.is.nagoya-u.ac.jp) までお願いします
附録 A 血管名表示ボリュームレンダリング xml サンプルファイル ( 次ページ ) 以下の項目の記述が必要です 名称タグ 表示したい文字列 ( 例 : 腹部大動脈,<Ao> </Ao>) 色指定タグ 表示時の色 ( マーク用カラーテーブルの番号 ) 位置指定タグ 文字列から出る線の終端画素 ( 画像上の座標点. 単位は画素 )
表示したい文字列をそのままタグとして使用 文字列から出る線の終端座標 上と同じように記述 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?> <OverlayInfo> <Ao> <Label>42</Label> <Position> <X>278</X> <Y>287</Y> <Z>43</Z> </Position> </Ao> <LRA> <Label>231</Label> <Position> <X>309</X> <Y>259</Y> <Z>225</Z> </Position> </LRA> </OverlayInfo> 終了用タグ 表示時の色を指定するマーク用カラーテーブルの番号