207.08.08 版 プラスアルファの内容です NGS 解析 ( 初 ~ 中級 ) ゲノムアセンブリ後の各種解析の補足資料 ( プラスアルファ ) 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田朋子 門田幸二 Aug 29-30 207
Contents Gepard でドットプロット 連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが Gepard というプログラムで実行可能 動かせなかったらすぐに諦めるのではなく 少ないメモリで動かせるもっといいプログラムがあるはず! という視点で探すべし! BlastViewer の新しいバージョンもある 連載第 8 回 W7-2 で BlastViewer ver. 2.2 を利用したが よく調べると ver. 5.2.0 が存在します Aug 29-30 207 2
ウェブ検索 Google で それっぽいキーワードで検索した結果 2Wikipedia のページを眺めてみる 2 Aug 29-30 207 3
Wikipedia のドットプロット ページ下部に移動 Aug 29-30 207 4
Wikipedia のドットプロット このあたりまで移動して 2Software to create plots のところで手を止める 2 Aug 29-30 207 5
Gepard よさそう H29 年度講習会スライド 94- で用いた seqinr という R パッケージもちゃんとリストアップされている 2genome scale の大きさの配列に対してもドットプロットしてくれる 3Gepard というものもあるようだ 3 2 Aug 29-30 207 6
原著論文もある PubMed 上で 2 gepard dotplot で検索すると 3 原著論文が見つかりました 2 3 Aug 29-30 207 7
原著論文もある ページ下部に移動すると 00 回以上引用されていることがわかります 2 この URL にアクセスすればいいようだ 2 Aug 29-30 207 http://mips.gsf.de/services/analysis/gepard 8
Gepard のページ Gepard のページにアクセスしたところ 2 ここでも原著論文情報がありますね 3 ページ下部に移動してプログラムをダウンロードできるところを探す 3 2 Aug 29-30 207 Krumsiek et al., Bioinformatics, 23: 026-028, 2007 9
Gepard は Java プログラム Gepard は Java プログラムであることがわかります 2Version 5.0 以上という条件があるようです 2 Aug 29-30 207 0
Java バージョン確認 Linux 上での Java のバージョン確認は java -version です ( 第 4 回 W9-2) Aug 29-30 207
Java バージョン確認 java version.7.0_79 は Java Runtime Environment 7.0 という意味 2 要求 (5.0 or later) を満たしています 2 Aug 29-30 207 2
ダウンロード 見るだけ DOWNLOAD の 2jar file のところでクリックして ( 移動が楽なので共有フォルダに )3 保存 2 3 Aug 29-30 207 3
ダウンロード 見るだけ 共有フォルダ (~/Desktop/mac_share) 上で 2Gepard-.4.0.jar が見えていれば OK ですが 2 Aug 29-30 207 4
ダウンロード 見るだけ backup ディレクトリ (~/backup) 上にも 2 Gepard-.4.0.jar がありますのでご安心ください 2 Aug 29-30 207 5
実行 お約束の呪文 (java jar ファイル名 ) を唱えて起動 ここでは Linux 上で起動していますが ホスト OS 上でダブルクリックでの起動でも構いません Aug 29-30 207 6
実行 Gepard の GUI 版が起動します ここで比較したい 2 つのファイルを指定します コマンドライン上での実行方法をまだ把握していません Aug 29-30 207 7
実行 両方に ~/Desktop/mac_share/result/sequence.fa を指定したところ 2Create dotplot 2 Aug 29-30 207 8
作成中 作成中です 0 秒ほどで Aug 29-30 207 9
作成完了 確かに sequence 同士のドットプロットをあっさりと描画してくれました! Aug 29-30 207 20
部分的に拡大したい場合 こんな感じでマウスドラッグで拡大したい領域を指定して 2update dotplot 2 Aug 29-30 207 2
部分的に拡大したい場合 おお! Aug 29-30 207 22
画像を保存したい場合 Advanced mode Aug 29-30 207 23
画像を保存したい場合 こんな感じになります 下部に移動 Aug 29-30 207 24
画像を保存したい場合 Export image Aug 29-30 207 25
画像を保存したい場合 jpeg 形式で保存できるようですね ここでは共有フォルダ上に保存します Aug 29-30 207 26
画像を保存したい場合 共有フォルダ上で 2 seq_5304 と打って 3Save 3 Aug 29-30 207 27
画像を保存したい場合 無事保存されたようです OK Aug 29-30 207 28
保存されたファイルは seq_5304.jpeg というファイル名になっていますね 2 中身 2 Aug 29-30 207 29
Contents Gepard でドットプロット 連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが Gepard というプログラムで実行可能 動かせなかったらすぐに諦めるのではなく 少ないメモリで動かせるもっといいプログラムがあるはず! という視点で探すべし! BlastViewer の新しいバージョンもある 連載第 8 回 W7-2 で BlastViewer ver. 2.2 を利用したが よく調べると ver. 5.2.0 が存在する という話 Aug 29-30 207 30
W7-2:BlastViewer Korilog というところが提供している BlastViewer のウェブページ 2Windows 版と 3 Macintosh 版ともに ver. 2.2 このページは blastviewer でウェブ検索した上位に存在します 2 3 Aug 29-30 207 3
blastviewer で検索 blastviewer でウェブ検索した結果 さきほどの 2Korilog というところが提供している BlastViewer のウェブページはこちら 今着目している BlastViewer ver. 5.2.0 は 3 ページ下部にあります 3 2 Aug 29-30 207 32
blastviewer で検索 今着目している BlastViewer ver. 5.2.0 は こちらの GitHub のサイト Aug 29-30 207 33
GitHub の BlastViewer この GitHub のサイト上で Wiki https://github.com/pgdurand/blastviewer Aug 29-30 207 34
GitHub の BlastViewer Releases https://github.com/pgdurand/blastviewer/wiki Aug 29-30 207 35
GitHub の BlastViewer これ (blastviewer-5.2.0.jar) をダウンロードすれば使えます https://github.com/pgdurand/blastviewer/releases Aug 29-30 207 36
Bio-Linux 上でやると まずは Gepard を終了 Aug 29-30 207 37
Bio-Linux 上でやると Close Aug 29-30 207 38
共有フォルダに移動 この状態から 場所はどこでもいいといえばいいのですが とりあえず共有フォルダに移動します Aug 29-30 207 39
共有フォルダに移動 cd, pwd, ls Aug 29-30 207 40
wget wget c Aug 29-30 207 4
wget そのまま jar ファイルを共有フォルダにダウンロードするのでもよいが ここでは右クリックで 2 ショートカットのコピーで wget に必要な URL 情報をコピーした Aug 29-30 207 42
wget Paste Aug 29-30 207 43
wget リターン Aug 29-30 207 44
wget 完了 ls で確かに約 0MB の jar ファイルがあることを確認 作業ディレクトリは共有フォルダなので?! デフォルトで jar ファイルに実行権限がついている 2 Aug 29-30 207 45
実行 jar ファイルのありかはここなので 2cd でホームディレクトリに移動した状態でも 3 のような感じで相対パス指定すれば blastviewer-5.2.0.jar ファイルを実行できます 2 3 Aug 29-30 207 46
GUI 起動 BlastViewer ver. 5.2.0 起動直後の状態 Open で Blast 実行結果の xml 形式ファイル (sequence_blast.xml) を読み込む Aug 29-30 207 47
読み込み Blast 実行結果の xml 形式ファイル (sequence_blast.xml) は ~/Desktop/mac_share/result ディレクトリにあります Aug 29-30 207 48
読み込み Blast 実行結果の xml 形式ファイル (sequence_blast.xml) を選択して 2Open 2 Aug 29-30 207 49
読み込み後 こんな感じ Aug 29-30 207 50