Rでゲノム・トランスクリプトーム解析

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1 Contents. 貸与 PCのログインパスワード. 貸与 PCのデスクトップ上のアイコンとフォルダ 3. 貸与 PC の VirtualBox( 初期状態と共有フォルダ設定確認 ) 4. 貸与 PC 利用上の注意 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 6. その他 PC 関係の注意 7. 7/9 の自習関連 7-. 第 部出席予定者は 7-. BSgenome パッケージインストール失敗時の対処 7-3. キーボード入力が思い通りにいかないときの対処 8. 第 部用と第 3 部用は別物です 9. 同時起動は非推奨 版受講生全員 どこかが該当します やっていいことといけないことを書いていますので 一通り眺めておいてください

2 . 貸与 PC のログインパスワード PC ごとに異なります 赤矢印部分の clientxx や iupcxx です スペルミスに注意 iupc50 client04

3 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 講習会では デスクトップ上にあるこれらの 4 つを用います R ver だったとしても おそらく問題ないです NGS8 フォルダについては次のスライドで説明します 3

4 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ NGS8フォルダの中身はこんな感じです r_seq.htmlは (Rで) 塩基配列解析 のhtmlファイルです 7/7 時点のものですので 情報が若干古いです 講習会会場の無線 LAN 環境が不調の時は これをダブルクリックしてローカルにウェブページを起動することで対処してください 第 部と第 3 部についてはこれでどうにかなります 3style フォルダは このhtmlの設定情報です 3 4

5 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 乳酸菌 NGS 連載資料の中身はこんな感じです 大きく 第 -7 回の原稿 PDFと 3 第 3-7 回のウェブ資料 PDFに分けられます 具体的な利用法として 06 年 08 月 03 日の必須予習事項として挙げられている4 第 6 回ウェブ資料 PDFの一部をまだ見ていないヒトは当日までにしっかり予習しておきましょう 3 4 5

6 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 第 部 フォルダの中身は さらに7/0- 分の項目ごとのフォルダに分けられています 例えば7/0のフォルダは であり その中には講義資料や実習用データを含むhogeフォルダがあります 3 6

7 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 例えば7/0 参加者は このhoge フォルダをデスクトップにコピーし 講義資料のページ目と同じ中身が見えていることを確認しておいてください 7

8 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ つまり NGS8 第 部 内に hogeフォルダが残っていて デスクトップ上に3hogeフォルダがあるようにしておいてください ということです そして 3 8

9 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ デスクトップ上にあるhogeフォルダの中身が 7/0の場合は 赤枠のようになっていることを確認しておいてください ということです 9

10 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 7/0の講義後は のhogeフォルダはごみ箱に入れといてください 0

11 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 理由は 7/ 用のhogeフォルダの中身は 7/0 用とは異なるからです このあたりは 講義前に自分できっちり確認しておいてください もし昨日のhogeフォルダが残っていたら消してやってください

12 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 第 部のフォルダの中身は空です ( ゆとりができればスタッフが第 部用の講義資料 PDFを手作業でダウンロードしておきますが期待しないでください ) 7/8に門田が思いつきで作成しただけなので このようになっているだけです 第 3 部は一応中身が入ってはいますが 多少当日までに修正すると思いますがそれらを全部入れ替えるゆとりはおそらくありません それゆえ あくまでもネットワーク環境に不具合などが生じたときなどの予備的なものという位置づけです ないよりはあったほうがいいと思ったヒト用です この方針に異論のあるヒトは見ないでください w 第 部と第 3 部用はあくまでもおまけで 受講人数が非常に多い第 部をいかに効率的に行うかに重点を置いています 周りのヒトでhogeフォルダの中身で困っているヒトがいたら助けてあげてください

13 . 貸与 PC のデスクトップ上の アイコンとフォルダ 第 部用 ovaファイル および 第 3 部用 ovaファイル という名前のフォルダの中身です 貸与 PCは このフォルダ中にあるovaファイルをVirtualBox 上でインポートしています 3

14 3. 貸与 PC の VirtualBox VirtualBox 起動後の初期状態は こんな感じです 4

15 3. 貸与 PC の VirtualBox 第 部用と 第 3 部用です このように複数の ova を独立にインポートすることができます 5

16 3. 貸与 PC の VirtualBox 第 部用の ova ファイルインポート直後は 共有フォルダ設定が 3 のようになっていますが 3 6

17 3. 貸与 PC の VirtualBox 貸与 PC は 3 の株式会社の部分が iu になっているはずです もしなっていなかったら このあたりをダブルクリックして 4 デスクトップ上の share フォルダへのパスに変更してください 3 4 7

18 3. 貸与 PC の VirtualBox のあたりをダブルクリックして 設定の編集で その他 を選び 8

19 3. 貸与 PC の VirtualBox の share を選択して OK 3 貸与 PC はここが iu になっています 3 9

20 3. 貸与 PC の VirtualBox 貸与 PC は kadota ではなく iu になっています OK 0

21 3. 貸与 PC の VirtualBox 貸与 PC は kadota ではなく iu になっています OK

22 3. 貸与 PC の VirtualBox 第 3 部用 ( や持込 PC) についても同様な手順で共有フォルダ設定確認を行ってください

23 4. 貸与 PC 利用上の注意 PC 借用者は 貸与 PC 番号を名札にご記入下さい 翌日以降 名札に記入された番号の貸与 PC をお受取下さい 状況次第で 同じ PC を多くの人と共有して使うことになるかもしれません 自分の情報が漏洩しないよう 十分に注意してください 具体的には インターネットエクスプローラーのメニューから セーフティー 閲覧の履歴の削除 を開き すべての項目にチェックを入れて 削除 講師が特に指示しない限りソフトウェアのインストールや設定変更はしないでください Windows0 へのアップグレード禁止! 蓋のない飲み物の持ち込みは禁止 特に の注意事項に違反したヒトは 退場していただきます! 座席で昼食を摂られる際 貸与 PC は必ず閉じた状態にして下さい 万が一 貸与 PC に飲料等による故障が生じた場合には 別途 アグリバイオ事務局からご相談させて頂きます 3

24 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 PC 画面右下の ネットワーク のアイコンを右クリックして ネットワークと共有センターを開く 4

25 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 ワイヤレスネットワークの管理 をクリック 5

26 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 iu-net, iu-net3, iu-net4 のいずれかのアイコン上で右クリックして プロパティ 6

27 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 セキュリティ スタッフから教えてもらった ネットワークセキュリティキー を入力して 3OK これで無線 LAN が使えるはずです 3 7

28 6. その他 PC 関係の注意 東大アグリバイオの無線 LAN 利用時は講習会に関係のないサイトへのアクセス禁止! PC 携帯 スマホの充電関係 机 つ分につき AC タップを つ配置する予定です 電源容量的な観点から 講習会時間の半分程度の時間を目安にランダムに充電してください 概ね 4 時間程度分は電源を指しておいて構いません PC 携帯 スマホなど 全部込みです つまり PC のみの充電なら 4 時間程度使っていいですが 携帯やスマホなども充電したい場合はその分を差し引いて使ってください PC 貸与希望 していなくても 不具合があればノート PC をお貸しますのでスタッフに申し出てください ( 講義室での利用のみ ) 足を引っかけたり引っかけられたりすることがあります 充分注意! 充電は講義中のみにして休み時間になったら抜いておくというのがいいかも 主催 共催機関はこれ系のトラブルには関与しませんので 当事者同士で解決してください 8

29 Contents. 貸与 PCのログインパスワード. 貸与 PCのデスクトップ上のアイコンとフォルダ 3. 貸与 PC の VirtualBox( 初期状態と共有フォルダ設定確認 ) 4. 貸与 PC 利用上の注意 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 6. その他 PC 関係の注意 7. 7/9 の自習関連 7-. 第 部出席予定者は 7-. BSgenome パッケージインストール失敗時の対処 7-3. キーボード入力が思い通りにいかないときの対処 8. 第 部用と第 3 部用は別物です 9. 同時起動は非推奨 9

30 7. 7/9 の自習関連 7/9 に出席して 貸与 PC を利用して自習する方への注意です 第 部の自習をする場合は 項目 ( 貸与 PC のデスクトップ上のアイコンとフォルダ ) は絶対に消さないでください! 30

31 7. 7/9 の自習関連 また デスクトップ上にある NGS8 フォルダ中に ファイルを勝手に作成しないでください! 3

32 7. 7/9 の自習関連 例えば 3 のフォルダを作業ディレクトリとして R で自習をしないでください! これは主に第 部の話です 3 3

33 7. 7/9 の自習関連 基本的に貸与 PC のヒトの話です 第 部と第 3 部については 講習会の自習範囲に限り 自由にファイルを作成して構いません 自習後はそのままゲスト OS のシャットダウンをやっておけばいいです ファイルの削除なども行う必要はありません 7/9 の週は 7/0- の第 部のみであり 第 部と第 3 部は開催されません どの PC が使われたかは主催側が把握しております 利用された貸与 PC については 第 部終了後から第 部開始前までに の ova ファイルをインポートしなおしますので 第 部のスタート時には真っ新な状態に戻せます 持込み PC のヒトも このような考え方で ( もちろんインポートしなおすのは自分ですが )7/9 にガスガス自習してみるといいと思います 33

34 Contents. 貸与 PCのログインパスワード. 貸与 PCのデスクトップ上のアイコンとフォルダ 3. 貸与 PC の VirtualBox( 初期状態と共有フォルダ設定確認 ) 4. 貸与 PC 利用上の注意 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 6. その他 PC 関係の注意 7. 7/9 の自習関連 7-. 第 部出席予定者は 7-. BSgenome パッケージインストール失敗時の対処 7-3. キーボード入力が思い通りにいかないときの対処 8. 第 部用と第 3 部用は別物です 9. 同時起動は非推奨 34

35 7-. 第 部出席予定者は 貸与 PC のヒトも持込 PC のヒトも の利用パッケージの確認を 7/9 にしておくといいでしょう 35

36 7-. 第 部出席予定者は 回目のコピペだとよくわからないが もう一度コピペすることで 4つのパッケージ全てで問題ないことがわかります 36

37 7-. 第 部出席予定者は もしで示すように ヒトゲノムパッケージでインストール失敗が判明したヒトは スタッフに声を掛けてください 37

38 7-. BSgenome 800MB ほどの gzip 圧縮ファイル入りの USB メモリを渡されますので これをデスクトップにコピーしておき Install package(s) from local files 38

39 7-. BSgenome のファイルを選択して 開く 39

40 7-. BSgenome そうすると RGui 画面が のところでしばしフリーズ状態になりますが 約 5 分ほどで 40

41 7-. BSgenome こんな感じになって ローカルファイルからのパッケージのインストールが完了します 4

42 7-. BSgenome 改めてこのパッケージのロードを行い 確認します 4

43 7-. BSgenome 無事ロード成功! 43

44 7-. BSgenome 回目は何も表示されない 44

45 7-. BSgenome ちなみに のファイルは このパッケージの Bioconductor のサイトの 3 ページ下部まで行けば見られる 4 です

46 Contents. 貸与 PCのログインパスワード. 貸与 PCのデスクトップ上のアイコンとフォルダ 3. 貸与 PC の VirtualBox( 初期状態と共有フォルダ設定確認 ) 4. 貸与 PC 利用上の注意 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 6. その他 PC 関係の注意 7. 7/9 の自習関連 7-. 第 部出席予定者は 7-. BSgenome パッケージインストール失敗時の対処 7-3. キーボード入力が思い通りにいかないときの対処 8. 第 部用と第 3 部用は別物です 9. 同時起動は非推奨 46

47 7-3. キーボード入力 主に Bio-Linux 関連でときどき起こる問題です 知ってないとかなりハマりますので 我々がこれまでに経験した現象とその対処法を伝授しておきます 47

48 7-3. キーボード入力 例えば 第 部用のBio-Linuxを 起動後に 何気なくターミナル上で3pwd 4lsをしたら ls にならずに 3s になったりすることがあります これはおそらく一部のWindowsのみで起こる現象

49 7-3. キーボード入力 ls のlの位置はここ lが3になる原因は ( 自分がやったかどうかとは無関係に )num lock がかかっているからです それゆえ の中の数字が入力されてしまうのが原因です 49

50 7-3. キーボード入力 対処法は shiftキーを押しながら NumLk これで 3キーボードの真ん中の で囲われた数字が入力されてしまう現象を回避できます

51 7-3. キーボード入力 shift + NumLk 実行後に 再度 ls 成功! 5

52 7-3. キーボード入力 次は ( 多少表現に語弊があるが ) 日本語キーボードと英語キーボードの違いに起因する問題の紹介とその対処法 赤下線で示す Do から始まる つのディレクトリのみを ls しようとして ls Do* と打ったつもりが ls Do" となってしまう現象に遭遇するヒトもいることでしょう 5

53 7-3. キーボード入力 ls Do* が ls Do" となってしまったときは おそらく のところが英語キーボードであることを示す En になっていることでしょう 53

54 7-3. キーボード入力 のところを日本語キーボードであることを示す Ja に変更すれば * 出せない問題 が解決します 54

55 7-3. キーボード入力 無事解決! 55

56 Contents. 貸与 PCのログインパスワード. 貸与 PCのデスクトップ上のアイコンとフォルダ 3. 貸与 PC の VirtualBox( 初期状態と共有フォルダ設定確認 ) 4. 貸与 PC 利用上の注意 5. 持込 PC の無線 LAN 設定 6. その他 PC 関係の注意 7. 7/9 の自習関連 7-. 第 部出席予定者は 7-. BSgenome パッケージインストール失敗時の対処 7-3. キーボード入力が思い通りにいかないときの対処 8. 第 部用と第 3 部用は別物です 9. 同時起動は非推奨 56

57 8. 第 部用と第 3 部用は別物 今回はたまたま第 部用で発見しましたが 第 3 部用でも不具合があるかもしれませんので注意して下さい 57

58 8. 第 部用と第 3 部用は別物 一見中身も同じに見えるかもしれませんが違います! 例えば 第 部用のホームディレクトリ上には 赤下線で示すようなディレクトリが見られますが 58

59 8. 第 部用と第 3 部用は別物 第 部用のホームディレクトリ上には そのようなディレクトリはありませんので 起動するものを間違えないようにしてください 59

60 9. 同時起動は非推奨 第 部用と 第 3 部用を同時起動することは一応できますが かなり不安定になり ( ゲスト OS のみならまだいいのですが ) いきなりホスト OS 側の再起動がかかったりします 同時起動は非推奨です! 60