Microsoft PowerPoint - XooNIpsWS okumura.pptx

Transcription

1 XooNIps の近況について 理化学研究所脳科学総合研究センター 神経情報基盤センター 奥村嘉宏 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 1

2 XooNIps とは XooNIps は 脳 神経科学に関する多様な研究資源 ( ファイル URL 書籍 論文等 ) をメタデータとともにインターネットを介して効率よく収集 共有を図るための Web データベース基盤システム 脳 神経科学分野だけでなく 学術情報リポジトリにも採用頂いている Site Policies Top Page Detail View List View File Download 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 2

3 XOOPS ベース XooNIps はコンテンツマネージメントシステム XOOPS をベースに拡張モジュールとして開発された 構築 運用コストの削減 無償利用可能なオープンソース ソフトウェア 容易な機能拡張 他の XOOPS モジュールと組合せて多種多彩なサイトを構築可能 容易なデザインの変更 XOOPS の持つテーマやテンプレートを変更することでレイアウトなどの外観を自由に変更可能 XOOPS General Modules Web browser XOOPS PHP Apache Data Item types XooNIps Module RDBMS (MySQL) User Interface Web Application Database 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 3

4 システム概要 アカウントを持つユーザデータの登録 公開を行う 通常のユーザデータを閲覧する サイト全体のシステムの設定を行う グループ共有情報を管理する 公開する情報やサイトのユーザ情報を管理する 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 4

5 情報源など XooNIps 公式サイト ソースコード管理 バージョン 4 module xoonips4 バージョン 3 module xoonips ライセンス GNU General Public License v2.0 最新バージョン 4.30 (GitHub 上のコードが最新 ) 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 5

6 最近の変更点 PSR 4 autoloader の導入と低レベルライブラリの再実装 コア ユーティリティクラス群 全テーブルの ORM( オブジェクト関係マッピング ) ハンドラおよびモデルクラス群 インストーラ アップデータ アンインストーラ システム拡張 HTTP_RANGE リクエストに基づく部分ダウンロード これにより <video> HTML5 タグによる動画再生が可能に e.g. ユーザインターフェースの拡張 モーダルウィンドウを使いやすく インデックスツリーの高速化 3.4 との互換性向上 ランキングブロック対応 アイテム一覧ページの URL その他 累積的な不具合の修正 慶應義塾大学で実施された改修を含む 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 6

7 最近の取り組み 1 J Node Hackathon 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 7

8 神経情報基盤センター ニューロインフォマティクス 脳神経科学と情報科学の接点であり 脳神経科学を発展させる為に多種膨大なデータを総合的に整理 分析する研究分野 1) データベース データ共有 2) 解析のためのツール開発 3) 計算論的モデル 4) 人材の育成 INCF: ニューロインフォマティクス国際統合機構 ニューロインフォマティクス研究の国際協力を推進するために結成された国際機構 INCF 日本ノード ( 事務局 : 神経情報基盤センター ) INCF 作業プログラムの形成と実施に積極的に参加 ローカルなニューロインフォマティクス研究を国家レベルで調整 促進 ニューロインフォマティクスデータの共有を促進 革新的技術による脳機能ネットワークの全容解明プロジェクト ( 革新脳 :Brain/MINDS) データベース データ解析の基盤技術開発 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 8

9 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 9

10 J Node Hackathon 脳 神経科学分野におけるデータ ツール モデルの共有を促進するためのソフトウェアを共同開発するイベント node hackathon.html 共同研究先の関係者だけでなく 公募により各関連分野の方々にも参加頂いている Date Event 2018/3/6, 3/18 20 J Node Hackathon 2018 March 2017/9/25 28 NIX odml Global Workshop & Hackathon 2017 in Japan 2017/3/2 4 Brainhack Global 2017 Japan 2016/7/23 25 J Node and NIDM Join Hackathon 2016 July 2016/4/9 11 J Node Hackathon 2016 April 2015/7/16, 9/5 7 Brain Atlas Ideathon/Hackathon 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 10

11 J Node Hackathon 2015 年 Brain Atlas Ideathon (2015/7/16) 奥村嘉宏 : XooNIps プラットフォーム基盤システムの実装と拡張 ハッカソン実施前の話題提供として XOOPS/XOOPS Cube Legacy ならびに XooNIps のシステム内部の実装方法と拡張可能な点について紹介 2017 年 Brainhack Global 2017 Japan (2017/3/2 4) global 2017/ Daisuke Miyamoto, Yoshihiro Okumura: XooNIps extension for external viewers 外部データビューアとの連携のため XooNIps に新たにプレビュー用のインターフェースを実装 /3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 11

12 最近の取り組み 2 アーティクルへの DOI 登録 研究データへの DOI 登録支援システム 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 12

13 DOI 登録のこれまでの取り組み DOI 登録に関する情報収集 (2013/6~) PF の一つ 脳科学辞典 の記事への DOI 付与を検討 Japan Link Center への訪問 入会についての問合せと正会員への申し込み (2014/1~4) 付与対象コンテンツの種類が多岐に渡るため 付与に関する戦略の検討 アーティクルへの DOI 登録の開始 脳科学辞典 (2014/4~) 国際ワークショップ Advances in Neuroinformatics 予稿集 (2014/11~) 研究データへの DOI 登録実験プロジェクト参加 (2014/10~2015/9) XooNIps を用いた DOI 登録支援のためのメタデータ確認システムを検討 登録実験プロジェクトで作成した仕組みを利用した研究データへの DOI 登録の開始 BrainTx (2016/2) 大量データの一括登録とその確認方法など課題が幾つか残る 革新脳プロジェクト用の Prefix の申請と DOI 登録の開始 (2017/4~) Brain/MINDS データポータル (2017/6~) /3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 13

14 研究データ DOI 登録支援システム 研究データへの DOI 登録実験プロジェクト (2014/10~2015/9) XooNIps を用いた DOI の円滑な登録 管理 相互運用に向けた機能の検討 必要に応じた機能改修 コンテンツのアクセス持続性に関する確認 データの粒度とランディングページの要件の確認 メタデータの品質 ( 有用性の有無 ) の確認 Japan Link Center Register Approve J Node Portal Review DataCite compliant metadata Reject / Withdraw Submit / Modify PF 1 PF 2 PF 3 PF 4 PF 5 J Node Platforms 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 14

15 DOI 登録数 全登録数 :760 件 (2017/12 時点 ) INCF 日本ノード ( ):757 件 国際ワークショップ Advances in Neuroinformatics(AINI) 予稿集 ( アーティクル ) :208 件 aini.html ランディングページとして XooNIps を利用 脳科学辞典 ( アーティクル ):546 件 BrainTx ( 研究データ ) :3 件 DOI 登録支援システムとして XooNIps を利用 Brain/MINDS( ):3 件 Brain/MINDS データポータル ( 研究データ ):3 件 現状手作業で JaLC へ登録 大量データへの DOI の一括登録が今後の課題 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 15

16 ジャパンリンクセンターからの資料 JaLC 関連ドキュメント 研究データへの DOI 登録ガイドライン 日本語 : 英語 : 参考資料として神経情報基盤センターにおける研究データへの DOI 登録実験プロジェクトの活動成果 XooNIps を用いた研究データ DOI 登録支援システムの事例が紹介 2018 年 1 月 10 日 ( 水 ) ジャパンリンクセンターメンバーミーティング 講演 3 2: 理化学研究所脳科学総合研究センターにおける活用事例奥村嘉宏 ( 国立研究開発法人理化学研究所脳科学総合研究センター ) 神経情報基盤センターにおける DOI 登録に関する概要 アクセスログ解析結果 課題などを紹介 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 16

17 最近の取り組み 3 他のデータベース CosmoDB からのデータ移行 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 17

18 CosmoDB 研究資源を統合的に管理することを目的とした汎用データベースシステム XooNIps 同様に XOOPS モジュールとして実装 公式サイト ソースコード管理 module cosmodb 最新バージョン 1.30 (GitHub 上のコードが最新 ) ライセンス GNU General Public License v2.0 開発元 兵庫県立大学生物情報システム研究室 ( 池野英利先生 ) 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 18

19 目的 概要 無脊椎動物脳 PF (IVB PF): 10 以上の CosmoDB によるデータベースが存在 多種多様な動物種とデータ形式 PFの委員の各研究室にて独自に収集 構築されていた それぞれ独自に構築された複数のデータベースの発展的統合 比較神経科学 PF (CNS PF): 新しいPFとして XooNIps を活用し データを統合 幅広い動物種の研究データの高い再現性と再利用性をもつデータ共有を推進 生命知能システム分野神埼亮平先生と研究室メンバーが中心となり実施 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 19

20 基本的な移行手順 1. 受け皿となるデータ形式として XooNIps の新しいアイテムタイプとして定義 2. CosmoDB に登録されているデータ メタデータのエクスポート 3. エクスポートされたデータを整理し Excel 形式に変換 4. Excel 形式のデータを XooNIps のインポート形式 (ZIP) に変換 5. XooNIps へインポート Prepare item type 1 IVB PF (CosmoDB) CNS PF (XooNIps) 2 CosmoAPI (REST API) Import ZIP (XooNIps function) 5 Local computer Excel Format 3 IVBPF manager excel2xoonips /3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 20

21 第 1 段階 : 2015 年度 ~ 2016 年度 1. CosmoAPI の新規開発 CosmoDB からデータ メタデータを抽出する REST API を提供するモジュール J Node Hackathon BAH 2015 成果 実際の移行作業にて判明した足りない機能を追加する追加開発 2. 統合データ格納用にアイテムタイプ CNS_Data を CNS PF に作成 DOI 登録を見据え JaLC 研究データ用メタデータスキーマを参考に excel2xoonips でアイテムタイプ CNS_Data を扱うためのテンプレートと設定ファイルの作成 3. IVB PF manager の新規開発 CosmoAPI を用いて CosmoDB から抽出し データを Excel 形式に変換し excel2xoonips を呼び出して XooNIps のインポート用データを作成する連携ツール 4. データ移行の実施 ( 試行錯誤 ) IVB PF manager を用い 9 個の DB を移行 Brain Gallery, Brain and Neurons(Silkmoth, Honeybee, Cricket, Fly, Cockroach, Crayfish), Movies and Photos, Glomerular Structures 東大先端研神埼研究室宮本大輔氏が中心となり作業実施 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 21

22 移行支援ツール CosmoAPI: Web API implementation for CosmoDB Source code: module cosmoapi License: GNU General Public License v2.0 Latest version: 1.0 (no distribution package available) Activity achievement of J Node Hackathon BAH 2015 IVBPF_manager: Management utilities for IVBPF Source code: License: Apache License 2.0 Latest version: git 0b945dc (31 Mar 2017) excel2xoonips: A data converter from Excel data to XooNIps import file Source code: License: GNU General Public License v2.0 Latest version: /3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 22

23 第 2 段階 : 2018 年度 ~ 現状 文字化けの問題 : 解決済み データファイル名に日本語マルチバイト文字を利用しておりデータ移行に支障をきたしていた IVB PF ファイル名を変更することにより修正 日本語の英訳 : 取組中 登録されているメタデータのいくつかに日本語のみの箇所があるため英訳が必要 新たなアイテムタイプの作成 : 取組中 脳とニューロン専用のメタデータスキーマを持つアイテムタイプの作成を検討中 第 1 段階で実施途中になっていた箇所の継続 Invertebrate Sensory System エラーにより移行されていなかったことが発覚 Honeybee Brain and Neurons (newdb112) 移行後のメタデータに抜けや不揃いが発覚 原因を確認し実施再度移行が必要 東大先端研神埼研究室加沢知毅氏が中心となり作業実施 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 23

24 まとめ 現状としては XooNIps に対する積極的な開発は落ち着いており 既存のデータベースの運用を通じた不具合の修正 様々な用途で応用する中で 新たに出てきた課題などを解決するための機能強化 を継続している 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 24

25 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 25

26 XOOPS 開発プロジェクトに参加 XOOPS 自体の開発プロジェクトへお誘い頂いたので名前を連ねてみた 2018/3/16 XooNIps 研究会 2017 大阪ワークショップ 26