PowerPoint プレゼンテーション

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ゆあかなり
5 years ago
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1 東京大学先端科学技術センター IVBPF 加沢知毅

hachaton 経緯 AINI2015 年にむけて会議 (2015 2 20 東大 ) 山口 :3D アトラスに関する注力したい ( 山口 ) 山口 : ついては

2 hachaton 経緯 AINI2015 年にむけて会議 ( 東大 ) 山口 :3D アトラスに関する注力したい ( 山口 ) 山口 : ついては co-organizer を > 神崎神崎 : 了解加沢 : 海外ではハッカソンが頻繁に行われている日本でもコードを発展させる機会をつくることが大事ではないか? 山口 : 提案してね! 加沢 : (* Д`)

3 ハッカソン (Hackathon) とはなにか? ソフトウェア開発分野の人が集中的に共同作業をするソフトウェア関連プロジェクトのイベントである一般的なハッカソンの流れイベントに関する主題に関する 1 つもしくは複数のプレゼンテーションで始まるその後参加者達は個々の関心ごとや技能に基づきアイデアを出したりチームを結成する ( アイデアソン ) コーディング作業を一日から一週間成果物のプレゼンテーションで締める参考 Wikipedea INCF は多数のハッカソンを主催しているハッカソンハッカソン運営ガイド (google developer) athon-in-a-box/hackathon-guide 今回の方針一週間は無理だから 3 日くらいのコーディング期間でアイデアソンとつなげると不確定要素が増えるからそれは事前にまずコーディング基盤を情報交換で構築し公開することでひとつのアウトプットに

4 国内サイト海外サイト Scalable brain atlas Polish Node 3dbar Allen IVB-PF NIMG-PF ViBrism DB CDT-DB 顕微鏡 3D データとムービー表示いくつかのローカル VIEWER/editer Search with Altas 脳座標から文献ローカルで VCAT から表示する 3D データ JAVA ベースの組織写真表示? index.html f.jp/cdt/top.jsp Human Connectome Project software ITK-SNAP Vaa3D

5 日本ノードには脳画像を扱う PF はたくさんある IVB-PF NIMG-PF ViBrism DB CDT-DB 顕微鏡 3D データとムービー表示いくつかのローカル VIEWER/editer Search with Altas 脳座標から文献ローカルで VCAT から表示する 3D データ JAVA ベースの組織写真表示?

6 スケジュールアイデアソンハッカソンアイデアソン 7 16 本日 7 月某日アイデアソン資料公開 8 月ハッカソン募集ハッカソン土曜月曜神経回路学会のすぐ後和光にて宿泊旅費は援助あり予定 AINI 2015 なんらかのプレゼンテーション ( オーガナイズドセッション + ポスター?) ソフト公開目標各 PF のデータの相互運用のための規格の洗い出し 3D データ自体に対する理解各ツールの相互運用独自の 3D データのツールの開発? AINI2015

7 1 PF 名 BrainTx ViBrism DB Dynamic Brain PF / SimPF Sim-PF NIMG -PF Marmoset Brain Atlas 脳科学辞典回答責任者氏名佐藤明於保祐子我妻広明池野英利柏岡秀紀西部弘純林康紀 2 3 脳の画像データを扱っている? 脳の中の位置領域などの数値的データを扱っている? Yes Yes No Yes Yes Yes No No Yes( 領域を示す数値データ ( マスク ) を導入予定 ) No Yes No Yes No 3-1 データ形は何? 1. 分類 2.pixel 1. voxel 1. voxel 1. voxel 3. vector 1. voxel 4. 点の座標 3. vector 1. voxel 1. voxel 3. vector 2. 形式 TIFF ( ただし Web に表示するときには JPEG や PNG に変換して表示している ) vcat nii.raw,.vol,.vtk Lsm, tiff swc obj 独自形式 Scn または Tif 3. 件数典型的データサイズ約 5600 件 ( 約 2800 遺伝子 x 2 発達ステージ ) 1 件あたり約 70MB(TIFF で ) 1 検体あたり4 万件程度 ( 現在 1 検体今年度中に計 4 検体を公開予定 ) 1 件あたり 200MB 1 検体あたり 2 から 3 件 1 件あたり 5 MB 画像は 100MB 程度数 MB 数 MB サル 1 頭 ( 頭部 byte 脳のみ byte) 人 1 一人 ( byte) 切片 ( 全脳 ) x ISH 画像 1 切片 ( 約 150MB) 4. データの内容遺伝子のマウス脳組織発現 ISH 画像 5. その形式をつかっている理由 6. そのライセンスは何? 画像情報を高密度に保存でき互換性もあるためマウス脳検体に存在するほぼ全遺伝子 (4 万種類程度 ) の濃度分布 3 D 地図マウス脳 MRI 画像データ濃度分布地図作成の計算過程をこ INCFのマウス標準脳の形式で進めるので WHSに準拠今の所我々の PF に保有されている CC-BY-SA CC-BY-SA EEG 計算など FEM 計算に利用可能昆虫の細胞形態脳画像標準的なファイルフォーマットである他の PF, データベースで公開されているものを使うニューロンの形態モデル NEURON などでも活用できる昆虫脳及び脳領域の 3 次元モデルサル人の MRI 画像全脳の多数 ISH 切片から 3D の全脳を構築 ImageJ 3Dモデリン Webブラウザで表示を行う際高速グソフトなどで使用で Leica SCN 400を利用しているために処理するためきる現時点ではライセンスしていない 4 脳神経画像関係で他の PF と連携を取って進めたい項目遺伝子発現の3Dデータを提供しているPFとの相互リンクもしくはページ内に埋め込み表示等ちなみに ViBrism-PFとは今年度より遺伝子対遺伝子での相互リンクでの連携を始めている 1. 2D 詳細遺伝子発現データ (ex. CDT-DB) との比較 2. マウス以外の種との脳構造の比較画像データを利用した数理モデル構築環境の開発標準脳をベースとした解析マーモセットの全脳の多数 ISH 切片から 3D の全脳を構築さらにそ現状のデータ公開は歓迎連携に解説項目のヒトや齧歯ついてはその方法等を含めて要検の指定の座標点から特定のISH 画類での解剖学的位置が討 ( 費用時間等 ) 表示できたら良い像を ( 拡大 ) 表示でいるソフトウェアの開発 5 このワークショップにどのような方向性を望むか 1. 情報共有 3. コードの共有 1. 情報共有 2. コードの開発 3. コードの共有 1. 情報共有 3. コードの共有 1. 情報共有 ( 具体的な内容については要検討 ) 2. コードの開発 4. その他 (Mediawiki の拡張機能の作成 ) 6 このワークショップに対してデータを提供可? Yes Yes No( データを保有していないので ) Yes No( すでに公開している ) Yes そのデータは一般に公開されている? されていない場合公開してもよい? 公開済み公開済み / 今後公開してもよい今後公開してもよい公開済み今後公開してもよい 7 第 1 回ワークショップで紹介できるソフトウェア特に無し VCAT ( 説明者の日程が調整できれば ) PhysioDesigner, ImageViewer, Morphology Editor, Garuda platform ニューロン形態抽出ソフト特段なしなしそれは改変公開が可能なライセンスを持っている? No No( ソースは Open ではありませんが,Free Software です ) Yes No それはどのようなライ ( )BSD

9 使用プログラム言語集計個人 PF python 4 3 java( 含 ImageJ) 2 2 javascript 4 1 R 2 1 C/C PHP 3 2 その他 HOC 2 NMODL 1 imagej 1 MATLAB 1 mysql 1

10 名脳科学辞典回答責任者氏名佐藤明於保祐子我妻広明池野英利柏岡秀紀西部弘純林康紀 PFごとの使用データ 1. 分類 2.pixel 1. voxel 1. voxel 1. voxel 3. vector 1. voxel 4. 点の座標 3. vector 1. voxel 1. voxel 3. vector TIFF ( ただし Webに表 2. 形式 3. 件数典型的データサイズ示するときにはJPEGや PNGに変換して表示している ) 約 5600 件 ( 約 2800 遺伝子 x 2 発達ステージ ) 1 件あたり約 70MB(TIFF で ) 4. データの内容遺伝子のマウス脳組織発現 ISH 画像 5. その形式をつかっている理由 6. そのライセンスは何? 画像情報を高密度に保存でき互換性もあるため vcat nii.raw,.vol,.vtk Lsm, tiff swc obj 独自形式 Scn または Tif 1 検体あたり4 万件程度 ( 現在 1 検体今年度中に計 4 検体を公開予定 ) 1 件あたり 200MB マウス脳検体に存在するほぼ全遺伝子 (4 万種類程度 ) の濃度分布 3 D 地図 1 検体あたり 2 から 3 件 1 件あたり 5 MB マウス脳 MRI 画像データ濃度分布地図作成の計算過程をこ INCFのマウス標準脳の形式で進めるので WHSに準拠今の所我々の PF に保有されている CC-BY-SA CC-BY-SA EEG 計算など FEM 計算に利用可能画像は 100MB 程度数 MB 数 MB 昆虫の細胞形態脳画像標準的なファイルフォーマットである他の PF, データベースで公開されているものを使うニューロンの形態モデル NEURON などでも活用できる昆虫脳及び脳領域の 3 次元モデルサル 1 頭 ( 頭部 byte 脳のみ byte) 人 1 一人 ( byte) サル人の MRI 画像切片 ( 全脳 ) x ISH 画像 1 切片 ( 約 150MB) 全脳の多数 ISH 切片から 3D の全脳を構築 ImageJ 3Dモデリン Webブラウザで表示を行う際高速グソフトなどで使用で Leica SCN 400を利用しているために処理するためきる現時点ではライセンスしていない脳神経画像関係で他の PF と連携を取って進めたい項目遺伝子発現の3Dデータを提供しているPFとの相互リンクもしくはページ内に埋め込み表示等ちなみに ViBrism-PFとは今年度より遺伝子対遺伝子での相互リンクでの連携を始めている 1. 2D 詳細遺伝子発現データ (ex. CDT-DB) との比較 2. マウス以外の種との脳構造の比較画像データを利用した数理モデル構築環境の開発標準脳をベースとした解析マーモセットの全脳の多数 ISH 切片から 3D の全脳を構築さらにそ現状のデータ公開は歓迎連携に解説項目のヒトや齧歯ついてはその方法等を含めて要検の指定の座標点から特定のISH 画類での解剖学的位置が討 ( 費用時間等 ) 表示できたら良い像を ( 拡大 ) 表示でいるソフトウェアの開発このワークショップにどのような方向性を望むかこのワークショップに対してデータを提供可? そのデータは一般に公開されている? されていない場合公開してもよい? 第 1 回ワークショップで紹介できるソフトウェアそれは改変公開が可能なライセンスを持っている? 1. 情報共有 3. コードの共有 Yes Yes 1. 情報共有 2. コードの開発 3. コードの共有 No( データを保有していないので ) 1. 情報共有 3. コードの共有 1. 情報共有 ( 具体的な内容については要検討 ) 2. コードの開発 Yes No( すでに公開している ) Yes 公開済み公開済み / 今後公開してもよい今後公開してもよい公開済み今後公開してもよい特に無し VCAT ( 説明者の日程が調整できれば ) No PhysioDesigner, ImageViewer, Morphology Editor, Garuda platform No( ソースは Open ではありませんが,Free Software です ) ニューロン形態抽出ソフト特段なしなし Yes No 4. その他 (Mediawiki の拡張機能の作成 ) それはどのようなライセンス? ( 修正 )BSD ライセンス voxel 6 pixel 1 vector 3 点データ 1

12 加沢知毅言語使っているデータなにがしたいか提供できるもの (PYTHON) IVB=PF 神経画像データLSM TIFF 神経形態データ (SWC) ソフトウェア開発 SWC 読み込み TIFF の扱いディレクトリ探索とかメール制御 RSS 取得 HTMLのパース ( 適当 )

13 やりたいこと DBで既存のデータを検索 (SWC?) DBからダウンロードローカルでデータ処理 ( たとえばNEURONでシミュレーション ) データ生成 ( たとえば動画 ) DBデータ付加のような一連の流れ

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PowerPoint プレゼンテーションブレインアトラスアイデアソン 2015 2015 年 7 月 16 日 Brain Transcriptome Database (BrainTx) - マウス脳の遺伝子発現アトラス - 東京理科大 BrainTx PF 委員会佐藤明 Brain Transcriptome Database (BrainTx) 2015 年 4 月よりデータベース名を変更 Cerebellar Development