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まなひめい
5 years ago
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1 UNIX講習会シェルスクリプト2 31/July/2015 情報管理解析室西出浩世

2 SGE

3 ~/unix15/sge $ cd ~/unix15/sge $ ls script* script2.sh script3.sh script4.sh ~/unix15/sge/results sam 12 $ ls results/*.sam $ rm -r results $ cp -r /usr/local/data/unix15/sge/results.

4 for script1.sh $ emacs script1.sh #!/bin/sh for sm in results/*.sam do echo ${sm} done script1.sh $ chmod +x script1.sh $./script1.sh results/ecoli.1.sam results/ecoli.10.sam results/ecoli.11.sam results/ecoli.12.sam

5 for for for in do done No do Yes for done for 1 for

6 for for f in./* do done ${f} 1 for i in do done for i in {1..10} do done 1 7 ${i} ${i} 1 10

7 if script2.sh bowtie $ less script2.sh #!/bin/sh if [ -f results/ecoli.10.sam ] then echo 'ok' else echo 'not ok' fi $ chmod +x script2.sh $./script2.sh ok

8 if if [ ] if [ ] then else fi if -> -> then if fi False if True then else if fi elif

9 if if elif False if if [ 1 ] then elif [ 2 ] then elif [ 3 ] then else fi True then elif True then else if fi False

10 if : [ ] test man test 1 -eq 2 1 -ne 2 1 -gt 2 1 -lt 2 1 -ge 2 1 -le 2 1 > 2 1 < 2 1 >= 2 1 =< 2 -n 0! 0 1 = 2 1!= 2! 1 -a 2 1, 2 1 -o 2 1, 2 -d -f -e -L -r -w -x -s 0 1 -nt ot 2 1 2

11 ~/sge/results/ 12.sam.bam samtools sam -> bam samtools view -bs example.sam > example.bam.bam

12 : basename $ basename ~/unix15/sge/results/ecoli.9.sam ecoli.9.sam $ basename ~/unix15/sge/results/ecoli.9.sam.sam ecoli.9 $ basename ~/unix15/sge/results/ecoli.10.sam 0.sam ecoli.1

13 ` ` date $ date :26:31 JST $ echo "Today is date" Today is date $ echo "Today is `date`" Today is :28:08 JST basename $ fn=`basename result/ecoli.9.sam.sam` $ echo ${fn} ecoli.9

14 basename sam -> bam samtools view -bs example.sam > example.bam results/ecoli.1.sam bam result/ecoli.1.bam $ fn=`basename results/ecoli.1.sam.sam` $ echo ${fn} ecoli.1 $ samtools view -bs results/ecoli.1.sam > results/${fn}.bam 1) 2) 1) fn ecoli.1 2) ${fn}.bam bam

15 for, basename, ` ` $ less script3.sh for sm in results/*.sam do fn=`basename ${sm}.sam` echo ${sm} ${fn} done script3.sh results.sam ${sm}, ${fn} $ chmod +x script3.sh $./script3.sh

16 for ~/unix15/sge/results/.sam.bam samtools sam -> bam samtools view -bs example.sam > example.bam script3.sh.bam results/ ecoli.1.bam ecoli.12.bam basename qsub samtools echo./script3.sh echo echo qsub script3.sh

17 #!/bin/sh for sm in results/*.sam do fn=`basename ${sm}.sam` script5.sh echo samtools view -bs ${sm} > results/${fn}.bam done $./script3.sh

18 #!/bin/sh #$ -cwd for sm in results/*.sam do fn=`basename ${sm}.sam` script5.sh samtools view -bs ${sm} > results/${fn}.bam done $ qsub script3.sh

19 ( ) $ { [ ] } $ array=("human" "mouse" "rat") $ echo ${array} human $ echo ${array[2]} rat $ echo ${array[@]} 0,,,,,,,,,,,,,,,,,,,1,,,,,,,,,,,,,,,,2 human mouse rat human mouse rat $ fl=(results/*.sam) $ echo ${fl[0]} $ fl=(`ls`) $ echo ${fl[@]} results/.sam

20 for #!/bin/sh array=(results/*.sam) for i in {1..12} do fn=`basename ${array[i-1]}.sam` echo $fn ${array[i-1]} done results.sam ${array} for i in {0..11} 1

21 #!/bin/sh #$ -t 1-12 #$ -cwd list=(`ls../rnaseq/test_fastq/`) script4.sh bowtie2 -x../rnaseq/ecoli_genome -U../rnaseq/test_fastq/${list[${SGE_TASK_ID}-1]} -S results/ecoli.${sge_task_id}.sam 0 SGE_TASK_ID 1 1 ${list[${sge_task_id}-1]}

シェルプログラミングコマンドをパイプでつなげるだけでは済まないようなある程度まとまった処理を複数のコマンドを制御構文を用いたりしてファイルとしたものを ( シェル ) スクリプトと呼ぶシェルプログラムバッチなどともいう.bash_profile もシェルスクリプトなのでこのファイルを解読し

シェルプログラミングコマンドをパイプでつなげるだけでは済まないようなある程度まとまった処理を複数のコマンドを制御構文を用いたりしてファイルとしたものを ( シェル ) スクリプトと呼ぶシェルプログラムバッチなどともいう.bash_profile もシェルスクリプトなのでこのファイルを解読しシェルプログラミングコマンドをパイプでつなげるだけでは済まないようなある程度まとまった処理を複数のコマンドを制御構文を用いたりしてファイルとしたものを ( シェル ) スクリプトと呼ぶシェルプログラムバッチなどともいう.bash_profile もシェルスクリプトなのでこのファイルを解読したい 163 どのシェルを使うか? シェルスクリプトはどのシェル用のものかということで書き方 ( 文法