事業者ガイダンス－NITE MOLファイル作成システム（Marvin JS）の使い方－

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しおりだいほうじ
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1 事業者ガイダンス -NITE MOL ファイル作成システム (Marvin JS) の使い方 - Marvin JS は化審法の少量新規申出手続きの範囲での使用が認められています商業目的での利用にあたっては Marvin JS のライセンス条項をご確認ください 08 年 9 月 08 年 0 月改訂独立行政法人製品評価技術基盤機構

2 はじめに -NITE MOL ファイル作成システムの利用にあたり - () 利用方法以下の URL にアクセスしてください Marvin JS は基本的に上記のサイトに掲載されているものを利用してください () 利用マニュアル別途 NITE MOL ファイル作成システムの機能説明注意事項利用規約免責事項が記載されたユーザー向け利用マニュアルを公開しています NITE MOL ファイル作成システムをご利用される場合には必ず当該マニュアルをご一読ください ()MOL ファイル作成に関するお問合せ MOL ファイル作成に関してご不明な点等がございましたら下記までお問合せください質問のお問合せ先 : 化審法連絡システム ( 少量新規申出に関するお問合せ ) (4) 推奨環境 NITE MOL ファイル作成システムで使用している Marvin JS は PC スペックに依存せず利用可能ですインターネットを閲覧可能なウェブブラウザであれば基本的には利用可能ですが特段以下の機能をキャンセルしている場合には利用前に有効化してください JavaScript HTML5 canvas なお Internet Explorer 8 以前は HTML5 canvas に対応していないため Internet Explorer を利用する際には最新バージョンを使用してください

はじめに -NITE MOL ファイル作成システムの外観と主な機能 ( 概要 )- ファイル出力 (MOL ファイル専用 ) ファイル出力 ( 形式選択あり ) キャンバスの高さ変更ファイルを開く位置の整形等一括消去 ( 確認機能つき ) 一括消去 ( 確認機能なし ) 消しゴム結合鎖 ( 線種の選択 ) 結合鎖の連続描画電荷を増やす電荷を減らす元に戻す領域の指定 ( 四角領域

3 はじめに -NITE MOL ファイル作成システムの外観と主な機能 ( 概要 )- ファイル出力 (MOL ファイル専用 ) ファイル出力 ( 形式選択あり ) キャンバスの高さ変更ファイルを開く位置の整形等一括消去 ( 確認機能つき ) 一括消去 ( 確認機能なし ) 消しゴム結合鎖 ( 線種の選択 ) 結合鎖の連続描画電荷を増やす電荷を減らす元に戻す領域の指定 ( 四角領域自在の選択 ) やり直し切取りコピー貼付拡大 ( 縮小 ) 位置の整形等ビューの設定回転回転の中心 About Marvin JS Atom ツールバー周期表表示周期表から原子を選択したいときに使用汎用の原子 H : 水素 C : 炭素 N : 窒素 O : 酸素 S : 硫黄 F : フッ素 P : リン Cl : 塩素 Br : 臭素 I : ヨウ素 * : アスタリスク使用不可環状化合物の選択描画領域領域の指定 ( ドラッグ )

4 NITE MOL ファイル作成システムによる構造式ファイル (MOL ファイル ) の作成手順ステップ骨格 ( ア ) 鎖状構造の入力 ( イ ) 環状構造の入力ステップ結合様式の変更ステップ元素の変更 ( ア ) 元素の選択 ( イ ) 元素プロパティの入力ステップ 4 画像処理 ( 整形 / 拡大縮小 / コピー / 移動回転等 ) ステップ 5 MOL ファイル出力と確認 ( ファイルを開く ) 4

5 ステップ骨格 ( ア ) 鎖状構造の入力鎖状構造の入力方法は主に以下のつです方法 Atoms ツールバーから炭素を表示表示した炭素をクリック後ドラッグすることで結合鎖 ( 単結合 ) ができ炭素数が増加方法左側のツールバーから結合ボタン ( ) を選択しキャンバス上でクリック表示した任意の炭素上でクリックすることで結合 ( 単結合 ) がつ生成方法左側ツールバーから結合鎖ボタン ( 任意の数の炭素鎖を生成 ) を選択しキャンバス上でクリック & ドラッグすることにより上記の方法以外にも元素を配置した後左側ツールバーの結合差ボタン ( ) を先に選択し元素同士を結合鎖で連結する方法もあります Atoms ツールバーの時クリックの時クリック方法方法ドラッグクリック * クリッククリック * クリック * ドラッグクリック * ドラッグ 4 クリック * ドラッグ 5 4 の時クリック方法ドラッグ 5

6 ステップ骨格 ( イ ) 環状構造の入力代表的な環状構造は Template ツールバーを利用して描画できます ( 下図上側 ) 縮合環は辺又は点を重ねることで作成できます ( 下図下側 ) 近づける縮合,- ジヒドロ - H- インデン Template ツールバー代表的環状構造のボタン選択移動回転の仕方はステップ 4 を参照してください 6

結合プロパティで結合様式を変更することもできます完成 ( 参考 ) で鉛筆ボタンを選択するとクリックごとに単結合二重結合三重結合 ( 単結合 )

7 ステップ結合様式の変更結合様式の変更方法は下記のとおりです結合ボタン ( ) 右下隅の三角形部分をクリックし鎖の種類を選択変更したい結合をクリック完成 ( 例 : 単結合二重結合 ) なおとは順番を逆にすることもできます ( その場合領域指定アイコンを先にクリックしてください ) 領域指定ボタンクリッククリック ( 参考 ) 結合プロパティで結合様式を変更することもできます完成 ( 参考 ) で鉛筆ボタンを選択するとクリックごとに単結合二重結合三重結合 ( 単結合 ) と結合様式を変えることができます注意使用可能な結合様式は以下の様式のみです単結合 (single) アップ (up) ダウン (down) 二重結合 (double) 三重結合 (triple) 7

8 ステップ元素の変更元素の変更方法は下記のとおりです変更したい元素のアイコンをクリック変更したい箇所をクリック完成 ( 例 :C O) なおとは順番を逆にすることもできます ( その場合領域指定アイコンを先にクリック ) 領域指定ボタンクリッククリック完成 ( 参考 )Atom プロパティ (( イ ) 参照 ) で種類を変更することも可能 8

ステップ元素の変更 ( ア ) 元素の選択元素の選択には Atoms ツールバーを利用する方法と周期表を利用する方法の種類がありますなお M X Me Et 等の省略表記は使用できません注意周期表を利用する方法 Atoms ツールバーを利用する方法描画したい元素のボタンをクリックし選択後キャンバス上に描画された構造式の変更したい元素部分でクリックすると選択した元素 (

9 ステップ元素の変更 ( ア ) 元素の選択元素の選択には Atoms ツールバーを利用する方法と周期表を利用する方法の種類がありますなお M X Me Et 等の省略表記は使用できません注意周期表を利用する方法 Atoms ツールバーを利用する方法描画したい元素のボタンをクリックし選択後キャンバス上に描画された構造式の変更したい元素部分でクリックすると選択した元素 ( 及び水素 ) に変更されますボタンをクリックして周期表を表示させ描画したい元素をクリックし選択した後キャンバス上に描画された構造式の変更したい元素部分でクリックすると選択した元素 ( 及び水素 ) に変更されます原子によって必要な水素の数が計算され自動的に表示されます ( 例えば窒素 (N) では水素は個 ) 表示を取り消す ( 前の状態に戻す ) ときはボタンを押すかキーボードから Ctrl + Z を入力する注意使用する元素はこの中から選択してください金属一般を表す M やハロゲン X アルキル基 ( Me Et CnHn+ ) などは使用不可 9

10 ステップ元素の変更 ( イ )Atom プロパティの設定原子に関するプロパティ ( 電荷等 ) を入力したい場合 Atom プロパティを変更することで電荷同位体ラジカル等を設定することができます変更したい元素を右クリック ( ) Atom プロパティをクリック 5 ( 例 ) 赤字のように入力 ( 参考 ) 電荷 (charge) は左側ツールバーの + - ボタン ( ) でも変更できます 0

11 ステップ 4 画像処理 ( 整形 ) 構造式の整形は以下の ~4 の手順で行うことができます 4 領域指定 4 () 図形の整形領域指定ボタンをクリック図形を囲むようにドラッグ領域が選択される 4 ( ) ボタンをクリックすると図形が整形される ( ) アイコンでも同様に整形されます () 図形郡の整列 () の図形の整形機能を複数の図形に適用すると図形を整列させることができます図を揃える移動と回転は次ページ参照

12 ステップ 4 画像処理 ( 移動回転 ) 構造式の移動 () 及び回転 () は以下のとおりです移動 () 図形の移動領域選択アイコンをクリック図形を囲むようにドラッグ図形の角 ( 元素 ) 又は辺 ( 結合鎖 ) をドラッグ & ドロップで移動角 ( 又は辺 ) を掴んで移動回転結合 () 図形の回転領域選択アイコンをクリック図形を囲むようにドラッグ上部の緑色の丸 ( ) のクリック & ドラッグで図形を回転

13 ステップ 4 画像処理 ( 拡大縮小コピー ) 構造式の拡大縮小 () 及びコピー () は以下のとおりです左から拡大縮小最大化選択部分の拡大拡大縮小のオプション () 図形の拡大縮小ボタンの右下隅の三角形部分をクリックすると拡大縮小などを選択することができます () 図形のコピー領域選択アイコンをクリック図形を囲むようにドラッグしキーボードで [Cnt] キー + [C] キーを同時押しキーボードで [Cnt] キー + [V] キーを同時押しすると画面中央にコピー削除はの後に [Delete] キー [Cnt] キー + [X] キーの同時押しで切り取り

エチル基末端からベンゼン環のメタ位までドラッグして結合線を引く ( 逆からでもよい ) 5 整形して完成 4 回転の中心 (trans (E-) 型 ) (cis (Z-) 型 )

14 ステップ 4 画像処理 ( 異性体の描画 ; その ) 画像処理の手法を使った異性体の描画方法は以下のとおりです [] オルト位メタ位 ( カット & ペースト整形 ) 4 [] トランス体シス体 ( 回転による ) 5 () 官能基の移動領域選択ボタンをクリックエチル基を囲むようにドラッグして切取りと貼付結合 ( ) ボタンをクリック 4 エチル基末端からベンゼン環のメタ位までドラッグして結合線を引く ( 逆からでもよい ) 5 整形して完成 4 回転の中心 (trans (E-) 型 ) (cis (Z-) 型 ) ()trans- から cis- への変更領域選択ボタンをクリックカルボキシル基を囲むようにドラッグ上部の緑色の丸 ( ) のクリック & ドラッグで図形をシス体になるように回転 4 整形して完成 4

15 ステップ 4 画像処理 ( 異性体の描画 ; その ) 画像処理の手法を使った立体異性体の描画方法は以下のとおりです [] D- (R-) 体 L- (S-) 体クリック 4 D-Alanine () 立体異性体の作成領域選択ボタンをクリック楔形結合鎖 Down( 又は Up ) を選択図の結合線をクリック不斉炭素 4 D- (R-) 体 ( 又は L- (S-) 体 4 ) のアラニンが表現される ( 必要に応じて ) 整形して完成 4 L-Alanine 5

16 ステップ 5 MOL ファイル出力構造式ファイル (MOL ファイル ) の出力方法は以下のとおりです MOL ファイル出力ボタン ( ) をクリック MOL ファイルをダウンロードダウンロード方法はブラウザの種類によりファイルダウンロードダイアログがポップアップ表示されファイルの保存先を確認されたりファイルダウンロードが自動的に開始されたりするなどダウンロード時の動作が異なります 6

17 ステップ 5 確認 (MOL ファイルを開く ; その ) 構造式の確認方法は以下のとおりです ( インポート方式 ) 構造式の確認インポート ( ) ボタンをクリック Import ウィンドウが表示される参照... をクリックファイル選択画面が表示されるファイルを指定ファイル名 (N): に指定したファイル名が表示される 4 開く (O) をクリック 5 指定したファイルの構造式が表示 Import ウィンドウ注ファイルを開く前にキャンバスに描画していた図 ( 作りかけの構造式等 ) は全て上書きされるため注意ファイル選択画面 7

18 ステップ 5 確認 (MOL ファイルを開く ; その ) 構造式の確認方法は以下のとおりです ( コピー & ペースト方式 ) 貼付 (Ctrl + V) 構造式の確認 MOL ファイル ( テキスト形式 ) をメモ帳等で開きテキスト部分を全て選択 (Ctrl + A) コピー (Ctrl + C) Marvin JS のキャンバスをクリックした後貼付 (Ctrl + V) 4 貼付した構造式が表示全選択 (Ctrl + A) Mrv D V000 M V0 BEGIN CTAB M V0 COUNTS M V0 BEGIN ATOM M V0 C M V0 C M V0 C M V0 4 C M V0 5 S M V0 6 C M V0 7 C M V0 8 C M V0 9 C M V0 0 C M V0 END ATOM M V0 BEGIN BOND M V0 M V0 6 M V0 MOL file M V0 4 4 M V M V M V M V M V M V M V0 5 9 M V0 END BOND M V0 END CTAB M END コピー (Ctrl + C) 8

( 参考 ) 表示設定について表示設定は標準で以下のとおりとなっております本設定は特段の理由がない限り変更する必要はありませんクリック英語本設定は特段の理由がない限り変更する必要はありません非表示ヘテロ原子のみ表示ヘテロ原子及び末端で表示すべて表示表示設定 ( 標準の設定 ) 絶対立体配置設定の表示異常な原子価の原子を明示

19 ( 参考 ) 表示設定について表示設定は標準で以下のとおりとなっております本設定は特段の理由がない限り変更する必要はありませんクリック英語本設定は特段の理由がない限り変更する必要はありません非表示ヘテロ原子のみ表示ヘテロ原子及び末端で表示すべて表示表示設定 ( 標準の設定 ) 絶対立体配置設定の表示異常な原子価の原子を明示不対電子対を表示原子のインデックス番号を表示対応付けされた原子を表示 Corey-Pauling-Koltun (CPK) 配色を使う炭素原子を表示水素原子 (H) の表示 : ヘテロ原子及び末端表示 : ワイヤーフレーム日本語訳反応式に関する設定のため表示上は使用しませんワイヤーフレームモデル棒球モデル棒モデル空間充填モデル 9

はじめに -BIOVIA Draw の入手方法 - BIOVIA Draw の入手手順を説明しますダウンロードの大まかな流れ 1. BIOVIA/Accelrys の下記ホームページ (Submit Form Page) に接続

はじめに -BIOVIA Draw の入手方法 - BIOVIA Draw の入手手順を説明しますダウンロードの大まかな流れ 1. BIOVIA/Accelrys の下記ホームページ (Submit Form Page) に接続事業者ガイダンス -BIOVIA Draw の簡単な使い方 - BIOVIA Draw は化審法の少量新規低生産量新規申出手続きの範囲での使用が認められています商業目的での利用にあたっては BIOVIA Draw のライセンス条項をご確認くださいより詳しい操作方法については BIOVIA / Draw 2018 Online Help ( 英語版 ) を参照してください ( Help [F1]