STN新プラットフォームの構造作図

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てるえおとじま
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1 STN 新プラットフォームの構造作図本の内容 1 構造検索の概要基本的な構造の作図便利な作図機能属性の指定

2 本の内容 2 構造検索の概要基本的な構造の作図便利な作図機能属性の指定構造検索可能なファイル 3 収録対象ファイル名収録内容特定物質マルクーシュ構造 REGISTRY DCR REAXYSFILESub MARPAT DWPIM 化学物質および核酸タンパク質の物質同定情報, 物性データ DWPI ファイルの特許から収録された特定物質の同定情報 REAXYSFILEBib ファイルの献から収録された物質の同定情報 CAplus ファイルの特許から収録されたマルクーシュ構造 DWPI ファイルの特許から収録されたマルクーシュ構造 * ご契約内容により利可能なデータベースは異なります

構造検索の流れ 4 1 データベース選択 2 作図ツール起動 3 構造質問式を作図 5 コマンドの * 6

構造をアップロードするとデフォールトの条件でコマンドが動的にされる構造検索コマンド 5 STR 番号

CSS 閉構造部分構造検索 FAM ファミリー検索 EXA 完全致検索検索範囲コード検索範囲

3 構造検索の流れ 4 1 データベース選択 2 作図ツール起動 3 構造質問式を作図 5 コマンドの * 6 検索を実 STR 番号が付与され STRUCTURE タブに表される 4 OK をクリック * 構造をアップロードするとデフォールトの条件でコマンドが動的にされる構造検索コマンド 5 STR 番号 / 検索タイプ, 検索範囲検索タイプコード検索タイプ SSS 部分構造検索 ( デフォールト ) CSS 閉構造部分構造検索 FAM ファミリー検索 EXA 完全致検索検索範囲コード検索範囲 FUL フルファイル検索 ( デフォールト ) * 検索タイプ, 検索範囲のを省略するとデフォールトの条件で検索される

4 本の内容 6 構造検索の概要基本的な構造の作図便利な作図機能属性の指定基本的な構造の作図 1 垂直ツール 7 ペンシルツールクリックで原, ドラッグで結合を作図作図した原や結合の変更消しゴムツールノードや結合の削除テンプレートツール鎖ツールドラッグで炭素鎖を作図主な環格やアミノ酸などの構造

5 基本的な構造の作図 1 垂直ツール 8 原メニューツールショートカットツール X メニューツール可変原般式グループ記号ハロゲン属 H 以外 C, H 以外炭素鎖任意の環炭素環ヘテロ環 * Me や Ph は無置換基本的な構造の作図 2 平ツール 9 よく使う原選択されている原その他の原は ( 原メニュー ) から選択選択されている環リングパレット結合パレット体結合パレットリセットボタンで任意のサイズの環を作図炭素 / 単結合に戻す

6 参考 : 体結合の使体結合で作図した場合, 構造検索コマンドの法により回答が異なる.,ABS を付加絶対体配置の致する回答のみが得られる,REL を付加相対絶対体配置が致する回答が得られる指定なし体化学が異なる回答, 平構造の回答も得られる 10 構造検索回答構造質問式コマンド STR#/SSS,FUL,ABS STR#/SSS,FUL,REL STR#/SSS,FUL STR#/SSS,FUL 構造図の呼び出し CAS 登録番号,SMILES,InChI キーから構造図の呼び出しが可能 11

7 本の内容 12 構造検索の概要基本的な構造の作図便利な作図機能属性の指定 Lock Rings ツール指定した環鎖への縮環を禁 13 不要な構造不要な構造

鎖結合は作図したままのデフォールトで Lock Rings が適されている Lock Atoms ツール 15

8 Lock Rings の指定法 Lock Rings ツールで環または鎖をクリック 14 鎖結合への指定も可能 Lock された環は太線で表 ( デフォールト ) 2 環上でクリック 1 Lock Rings ツールを選択鎖結合は作図したままのデフォールトで Lock Rings が適されている Lock Atoms ツール 15 指定したノードへの置換基の追加を禁 2 置換を禁するノードをクリック般式グループにも指定可能 1 Lock Atoms ツールを選択

9 繰り返しグループツール 16 ある構造単位を指定した回数繰り返す 3 繰り返し回数の範囲を指定して Apply をクリック 1 繰り返しグループツールを選択 2 繰り返し範囲を指定可変置換位置ツール 17 環または 1 つの環系に対する可変な置換位置を指定 2 離して作図した置換基から置換位置に向かってドラッグ 1 可変置換位置ツールを選択鎖上や複数の環系への指定は不可

10 R- グループツール 18 1 つのノードに複数の選択肢を指定 N, S, O のいずれかである物質を検索したいまとめて検索したい 6 員環または 5 員環の物質を検索したい R- グループの作図 19 R グループツールで内容を指定して作図 2 作成する R- グループを指定 1 R- グループツールを選択原 3 R- グループの内容を選択 4 R- グループを作図可変原ショートカットフラグメント ( 作図した場合のみ有効 )

11 結合点の指定 20 作図したフラグメントを含める場合はあらかじめ結合点を指定する 1 結合点ツールを選択 2 主格と離して作図したフラグメントに結合点を指定する 3 R- グループツールで Fragments を選択 5 R- グループを作図 4 R- グループに含めたいフラグメントを選択結合点を 2 箇所もつフラグメント 21 結合点ツールでフラグメント上の 2 つの結合点を指定する R1

12 デモンストレーション 22 REGISTRY ファイルで下記の条件の物質を検索する R2 または ( 縮環しない ) 5 7 員環炭素環またはヘテロ環 R1 = C または N 無置換のアルキル鎖デモンストレーション 23 作図例 R2 = F1, F2 A ( 素以外の原 ) 繰り返しグループ R1 = C, N Lock Atom Lock Rings

13 本の内容 24 構造検索の概要基本的な構造の作図便利な作図機能属性の指定ノードの属性 (Node Type) 25 ノードが環上, 鎖上, 環または鎖上にあることを指定 1 右クリック Chain 2Node Type 3 属性を指定 Ring 作図したままのデフォールトでは鎖上のノードは Chain 環上の回答も必要な場合は Ring/Chain に変更

結合の属性 (Bond Type) 26 結合が環上, 鎖上, 環または鎖上にあることを指定 1 右クリック

Chain 環上の回答も必要な場合は Ring/Chain に変更般式属性 (Generic

右クリック飽和度不飽和飽和鎖の種類分岐鎖直鎖炭素数 7 未満 7 以上 2 Generic

14 結合の属性 (Bond Type) 26 結合が環上, 鎖上, 環または鎖上にあることを指定 1 右クリック Chain Ring 2 Bond Type 3 属性を指定作図したままのデフォールトでは鎖上の結合は Chain 環上の回答も必要な場合は Ring/Chain に変更般式属性 (Generic Definition) 27 般式グループ記号 (Hy, Cb, Cy, Ak) の特徴を指定 1 右クリック飽和度不飽和飽和鎖の種類分岐鎖直鎖炭素数 7 未満 7 以上 2 Generic Definition * デフォールトは Any ( 不定 ) 飽和度ちょうど 1 2 以上ヘテロ原数単環多環環の種類炭素数

素ノードの結合数とその属性を指定する 29 結合素数ヒットする回答環 / 鎖結合ちょうど 3 2 1 環結合 : 2 鎖結合 : 0 環 / 鎖 : 2 1 2 1

15 元素数 (Element Counts) 28 般式グループ記号に元素の種類と数を指定 2Element Counts 3 Specific を選択 5 条件を追加 1 右クリック 4 元素の種類と数を指定 * デフォールトは Any ( 不定 ) 複数の元素を指定する場合は 4,5 を繰り返す結合素数指定したノードに対する素ノードの結合数とその属性を指定する 29 結合素数ヒットする回答環 / 鎖結合ちょうど環結合 : 2 鎖結合 : 0 環 / 鎖 : 環結合 : 2 鎖結合 : 1 環 / 鎖 : 環結合 : 2 鎖結合 : 2 環 / 鎖 : 環結合 : 3 鎖結合 : 0 環 / 鎖 : 3 環結合ちょうど 2

デフォールトは Any ( 不定 ) 1 2 1 1 2 1 環 : 2 鎖 : 1 環 / 鎖 : 3 属性表パネル 31

16 結合素数の指定法 30 素ノードへの結合の属性と数を指定する 3 Specific を選択 1 右クリック環または鎖ちょうど 2 2 Non-Hydrogen Count 4 結合の属性と数を指定結合次数は問わない * デフォールトは Any ( 不定 ) 環 : 2 鎖 : 1 環 / 鎖 : 3 属性表パネル 31 ポインタをノードに重ねると指定されている属性が, 属性名に重ねると対応するノードがハイライトされるデフォールトと異なる属性が指定されているノードには * を表

17 デモンストレーション 32 REGISTRY ファイルで下記の条件の物質を検索する縮環しない炭素数 1 5 の飽和アルキル鎖きさ, 原は問わず環を形成環上の任意の位置に置換窒素数 1 2 個の単環の不飽和ヘテロ環デモンストレーション 33 作図例 Lock Rings 元素数 :C 1 5 般式属性 : Saturated を指定ノード属性を環に指定ベンゼン環に対して可変置換位置を指定元素数 : N 1 2 般式属性 : Unstaturated, Monocyclic を指定

18 まとめ 34 便利な作図機能, 属性の指定により複数の構造をまとめて検索したり, 不要な回答を除くことが可能! 作図ツールを使いこなして効率的に検索しましょう! 参考資料 35 構造作図ガイド構造作図チュートリアル

STN新プラットフォーム構造作図ガイド

STN新プラットフォーム構造作図ガイド STN 新プラットフォーム構造作図ガイド (2017 年 4 月 ) * 目次 * 1. 構造検索の基本検索可能なファイル 1 構造検索における検索タイプ, 検索範囲 1 構造検索の基本操作 2 2. 構造検索画面構造作図画面のツールパレット 6 ペンシルツール 7 ショートカットメニューツール 7 X メニューツール 8 R グループツール 9 繰り返しグループツール 12 可変置換位置ツール