ソフトウェアについて Rev 年 1 月 16 日このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元インストール方法の概要インストール場所についてご案内致します ABySS

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ゆりかとみもと
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このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元インストール方法の概要インストール場所についてご案内致します ABySS http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/ abyss 1.3.4.tar.gz tar xvzf abyss 1.3.4.tar.gz cd abyss 1.3.4./configure prefix=/usr/local/abyss 1.

1 このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元インストール方法の概要インストール場所についてご案内致します ABySS abyss tar.gz tar xvzf abyss tar.gz cd abyss /configure prefix=/usr/local/abyss enable mpich with mpi=/usr/local/openmpi 1.4.3/bin/ install ln s /usr/local/abyss /usr/local/abyss ALLPATHS-LG ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/crd/allpaths/release LG/latest_source_code/ LATEST_VERSION.tar.gz AMOS tar zxvf LATEST_VERSION.tar.gz cd allpathslg /configure prefix=/usr/local/allpaths LG CC=gcc44 CXX=g++44 install ln s /usr/local/allpaths LG /usr/local/allpaths LG rc1.tar.gz/download amos rc1.tar.gz BFAST インストール先は /usr/local/abyss ですインストール先は /usr/local/allpaths LG です tar xvzf amos rc1.tar.gz cd amos rc1./configure prefix=/usr/local/amos with q qt4=/usr/lib64/qt4/bin/q install ln s /usr/local/amos /usr/local/amos インストール先は /usr/local/amos です Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 1

2 bfast 0.7.0a.tar.gz tar xvzf bfast 0.7.0a.tar.gz cd bfast 0.7.0a sh autogen.sh./configure prefix=/usr/local/bfast 0.7.0a install ln s /usr/local/bfast 0.7.0a /usr/local/bfast インストール先は /usr/local/bfast です Bioconductor まず Bioconductor の追加パッケージが必要とするソフトウェアを以下の手順でインストールします hdf5 wget releases/hdf /src/hdf tar.gz tar zxvf hdf tar.gz cd hdf /configure prefix=/usr/local/hdf install ln s /usr/local/hdf /usr/local/hdf5 netcdf wget tar zxvf netcdf 4.2.tar.gz;cd export CPPFLAGS=" I/usr/local/hdf /include" export LDFLAGS=" I/usr/local/hdf /lib" export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/hdf /lib" export LDFLAGS=" L/usr/local/hdf /lib"./configure prefix=/usr/local/netcdf 4.2 install ggobi wget tar jxvf ggobi tar.bz2;cd./configure prefix=/usr/local/ggobi install root wget ftp://root.cern.ch/root/root_v linux slc5_amd64 gcc4.3.tar.gz tar zxvf root_v linux slc5_amd64 gcc4.3.tar.gz cp a root /usr/local/root Bioconductor は以下の手順でインストールしています R を起動 source(" bioclite() bioclite(all_group() Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 2

3 バージョンは 2.11 です (CoGAPS, rsbml をのぞく ) biojava biojava legacy tar.gz biojava3 tar zxvf biojava legacy tar.gz cp a bj1.8.2 /usr/local/ ln s /usr/local/bj1.8.2 /usr/local/bj インストール先は /usr/local/bj です biojava all.tar.gz BioPerl tar zxvf biojava all.tar.gz cp a bj3.0.5 /usr/local/ ln s /usr/loca/bj3.0.5 /usr/loca/bj3 インストール先は /usr/local/bj3 です以下の手順でインストールしています Biopython perl MCPAN e shell > install Bio::Perl バージョンはです biopython 1.60.tar.gz BioRuby tar xvzf biopython 1.60.tar.gz cd biopython 1.60 python setup.py build python setup.py install record install_log.txt インストール先は /usr/local/python 2.7.3/lib/python2.7/site packages/bio です bioruby tar.gz Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 3

4 BLAT tar zxvf bioruby tar.gz cd bioruby ruby setup.rb 実行ファイル (bioruby) は /usr/bin/ にインストールされています blatsrc36.zip BOOST unzip blatsrc36.zip cd blatsrc36 export MACHTYPE=x86_64 cp a../blatsrc36 /usr/local/ ln s /usr/local/blatsrc36 /usr/local/blat インストール先は /usr/local/blat です boost_1_52_0.tar.gz Bowtie tar zxvf boost_1_52_0.tar.gz cd boost_1_52_0./bootstrap.sh prefix=/usr/local/boost /b2 install /etc/ld.so.confに/usr/local/boost /lib を追加 ln s /usr/local/boost /usr/local/boost インストール先は /usr/local/boost です bio/files/bowtie/0.12.9/ bowtie src.zip Bowtie2 unzip bowtie src.zip cd bowtie cp../bowtie /usr/local/ ln s /usr/local/bowtie /usr/local/bowtie インストール先は /usr/local/bowtie です bio/files/bowtie2/2.0.4/ bowtie source.zip Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 4

5 BWA unzip bowtie source.zip cd bowtie cp a../bowtie /usr/local/ ln s /usr/local/bowtie /usr/local/bowtie2 インストール先は /usr/local/bowtie2 です bwa/files/ bwa tar.bz2 ClustalW tar xvjf bwa tar.bz2 cd bwa cp a bwa /usr/local/ ln s /usr/local/bwa /usr/local/bwa インストール先は /usr/local/bwa です clustalw 2.1.tar.gz Cufflinks tar xvzf clustalw 2.1.tar.gz cd clustalw 2.1./configure prefix=/usr/local/clustalw 2.1 install ln s /usr/local/clustalw 2.1 /usr/local/clustalw インストール先は /usr/local/clustalw です cufflinks tar.gz tar xvzf cufflinks tar.gz cd cufflinks /configure prefix=/usr/local/cufflinks with boost=/usr/local/boost_1_47_0 with bam=/usr/local/samtools/ install ln s /usr/local/cufflinks /usr/local/cufflinks と実行しインストールしていますインストール先は /usr/local/cufflinks です Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 5

6 Edena EdenaV tar.gz EMBOSS tar tvzf EdenaV tar.gz cp a EdenaV /usr/local/ ln s /usr/local/edenav /usr/local/edena インストール先は /usr/local/edena です EMBOSS tar.gz ERANGE tar zxvf EMBOSS tar.gz./configure prefix=/usr/local/emboss install ln s /usr/local/emboss /usr/local/emboss インストール先は /usr/local/emboss です erange cfc5602.tar.gz tar zxvf erange cfc5602.tar.gz cp a erange cfc5602/ /usr/local/ cd /usr/local/cistematic/core python setup.py install ce7.tgz cf2.tgz dm3.tgz hg19.tgz mm9new.tgz rn4.tgz TAIR8.tgz をダウンロードし /usr/local/erange cfc5602/cistematic/genomes で解凍し配置しています tar.gz を以下の手順でダウンロードインストールしています tar xvzf Imaging tar.gz cd Imaging python setup.py build_ext i Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 6

7 ~/.bashrcへ下記を追加しパスを通しています export ERANGEPATH=/usr/local/erange cfc5602/ export CISTEMATIC_ROOT=/usr/local/erange cfc5602/cistematic/genomes/ export CISTEMATIC_TMP=/home/beowulf/erange cfc5602/tmp export PYTHONPATH=/usr/local/erange cfc5602/:/usr/local/erange cfc5602/cistematic/ :/usr/local/ erange cfc5602/cistematic/genomes/:$pythonpath fastx_toolkit fastx_toolkit tar.bz2 HMMER cd fastx_toolkit export GTEXTUTILS_CFLAGS= I/usr/local/libgtextutils 0.6.1/include/gtextutils export GTEXTUTILS_LIBS=' L/usr/local/libgtextutils 0.6.1/lib lgtextutils'./configure prefix=/usr/local/fastx_toolkit install ln s /usr/local/fastx_toolkit /usr/local/fastx_toolkit インストール先は /usr/local/fastx_toolkit です hmmer 3.0 linux intel x86_64.tar.gz MAFFT tar zxvf hmmer 3.0 linux intel x86_64.tar.gz cd hmmer 3.0 linux intel x86_64./configure prefix=/usr/local/hmmer 3.0 install ln s /usr/local/hmmer 3.0 /usr/local/hmmer インストール先は /usr/local/hmmer です mafft with extensions src.tgz tar xvzf mafft with extensions src.tgz cd mafft with extensions extensions cd extensions/ vi Makefile PREFIX = /usr/local/mafft with extensions install ln s /usr/local/mafft with extensions /usr/local/mafft Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 7

8 Maq core cd core/ vi Makefile PREFIX = /usr/local/mafft with extensions install maq tar.bz2 MEME インストール先は /usr/local/mafft です./configure prefix=/usr/local/maq install ln s /usr/local/maq /usr/local/maq インストール先は /usr/local/maq です download.html meme_4.9.0.tar.gz をダウンロードし openmpi 版とmpich2 版をそれぞれ以下の手順でインストールしています openmpi 版 tar zxvf meme_4.9.0.tar.gz cd meme_4.9.0 wget ftp://ftp.ebi.edu.au/pub/software/meme/r4.9.0/patches/patch_4.9.0_1 wget ftp://ftp.ebi.edu.au/pub/software/meme/r4.9.0/patches/patch_4.9.0_2 cd../ cp a meme meme openmpi cd meme openmpi patch p1 < patch_4.9.0_1 patch p1 < patch_4.9.0_2 autoreconf force install./configure prefix=/usr/local/meme_4.9.0.openmpi with mpicc=/usr/local/ openmpi 1.6.3/bin/mpicc with mpidir=/usr/local/openmpi 1.6.3/ with url= with python=/usr/local/python 2.7.3/bin/python install mpich2 版 cp a meme meme mpich2 cd meme mpich2 patch p1 < patch_4.9.0_1 patch p1 < patch_4.9.0_2 autoreconf force install./configure prefix=/usr/local/meme_4.9.0.mpich2 with mpicc=/usr/local/mpich2 1.5/ bin/mpicc with mpidir=/usr/local/mpich2 1.5/ with url= with python=/usr/local/python 2.7.3/bin/python Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 8

9 MIRA3 install assembler/files/mira/stable/ mira tar.bz2 MUMmer tar xvjf mira tar.bz2 cd mira /configure prefix=/usr/local/mira install MUMmer3.23.tar.gz tar xzvf MUMmer3.23.tar.gz cd MUMmer3.23 cp a../mummer3.23 /usr/local/ ln s /usr/local/mummer3.23 /usr/local/mummer3 ncbitools (Blast, MegaBlast) PHP インストール先はそれぞれ /usr/local/meme.openmpi,/usr/local/meme.mpich2 ですインストール先は /usr/local/mira ですインストール先は /usr/local/mummer3 です ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/ ncbi.tar.gz PHYLIP tar zxvf ncbi.tar.gz cd ncbi ncbi//dis.csh 2>&1 tee out.dis.csh mv ncbi ncbi_ cp a ncbi_ /usr/local/ ln s /usr/local/ncbi_ /usr/local/ncbi インストール先は /usr/local/ncbi ですデフォルトでインストールされている PHP を使用していますインストール先は /usr/bin/php です Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 9

10 phylip 3.69.tar.gz samtools tar xvzf phylip 3.69.tar.gz cd phylip 3.69/src vi Makefile EXEDIR = /usr/local/phylip 3.69 install ln s /usr/local/phylip 3.69 /usr/local/phylip インストール先は /usr/local/phylip です samtools tar.bz2 tar jxf samtools tar.bz2 cp a /home/beowulf/samtools /usr/local/ cd /usr/local/samtools mkdir include lib cp /home/beowulf/samtools /libbam.a lib/ cp /home/beowulf/samtools /*.h include/ mkdir include/bam cp *.h include/bam/ ln s /usr/local/samtools /usr/local/samtools インストール先は /usr/local/samtools です SOAP, SOAPdenovo v2.20 Linux x86_64.tar.bz2 v1.05.tar.gz v1.05.tgz をダウンロードし展開してインストールしていますインストール先は /usr/local/soap です sratoolkit sra_sdk 2.2.2a.tar.gz tar xvzf sra_sdk 2.2.2a.tar.gz cd sra_sdk 2.2.2a vi./libs/ext/zlib/makefile ZLIB_VERS := \ all mkdir /usr/local/sra_sdk 2.2.2a Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 10

11 TopHat cp a linux/pub/gcc/x86_64/* /usr/local/sra_sdk 2.2.2a ln s /usr/local/sra_sdk 2.2.2a /usr/local/sratoolkit tophat tar.gz Tophat2 tar xvzf tophat tar.gz cd tophat /configure prefix=/usr/local/tophat with bam=/usr/local/samtools install ln s /usr/local/tophat /usr/local/tophat tophat tar.gz Trinity tar zxvf tophat tar.gz cd tophat /configure prefix=/usr/local/tophat with boost=/usr/local/boost_1_47_0 with bam=/usr/local/samtools / install ln s /usr/local/tophat /usr/local/tophat2 trinityrnaseq_r tgz Velvet インストール先は /usr/local/sratoolkit ですインストール先は /usr/local/tophat ですインストール先は /usr/local/tophat2 です tar xvzf trinityrnaseq_r tgz cd trinityrnaseq_r cp a trinityrnaseq_r /usr/local/trinityrnaseq_r ln s /usr/local/trinityrnaseq_r /usr/local/trinityrnaseq インストール先は /usr/local/trinityrnaseq です velvet_ tgz Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 11

12 tar xvzf velvet_ tgz cp velvet_ velvet_ openmp standard 版 cd velvet_ cp a../velvet_ /usr/local/ ln s /usr/local/velvet_ /usr/local/velvet openmp 版 cd velvet_ openmp OPENMP=1 cp a../velvet_ /usr/local/velvet_ openmp ln s /usr/local/velvet_ openmp /usr/local/velvet.openmp インストール先はそれぞれ /usr/local/velvet,/usr/local/velvet.openmp です Velvet SC velvet sc.tar.gz tar zxvf velvet sc.tar.gz mkdir /usr/local/velvet sc cp a velvet sc/* /usr/local/velvet sc/ インストール先は /usr/local/velvet sc です Copyright 2013 株式会社ナベインターナショナル 12

（タイトル未定）

（タイトル未定）次世代シーケンシングデータ解析の可能性を拡げる信頼性に優れた道具としての解析システム Takeru for Sequencer シリーズ 2013.10.29 生命医薬情報学連合大会 2013 Luncheon seminar 株式会社ナベンターナショナルセールスマーケテゖング部渡辺理恵 1 今日お話しすることデータ解析ソフトウェゕ使用にあたり発生する問題とそれらへの Takeru による対応

ソフトウェアについて Rev 年 1 月 16 日 このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS

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