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1 BioRuby th SIG-MBI / 14th Open Bio JAIST

2

3 2000 BioPerl KEGG, GenBank Perl BioPerl BioPerl Ruby BioRuby 2000

4 2001 BOSC - Bioinformatics Open Source Conference コペンハーゲンで ISMB/BOSC 2001 が開催された 奥地さんが BioRuby プロジェクトの1年目の成果を発表した すでにゲノムブラウザが作れる程度には成熟していた 他の Open Bio* の開発者たちと出会い 多くの刺激を受けた EBI に寄って Ensembl とオープンバイオのコンセプトを議論した BioRuby what?!%$@

5 BioHackathon の誕生 EBI 訪問をきっかけに 2002, 2003 年の Open Bio* BioHackathon に招待 OBDA - Open Bio* Database Access Open Bio* 共通の DB アクセスプロトコルの合意 Bio::Registry, Bio::Flat, Bio::Fetch, Bio::SQL

6 GenBank location

7 Open Bio* KGB - KNOB, G-language, BioRuby - BioRuby

8

9 IPA Ruby Open Bio* BioRuby 1.0 / ChemRuby 1.0

10 DBCLS BioHackathon で国際連携を強化 しばらく開催されていなかった BioHackathon を統合DBで主催 Web Service によるリソース統合 相互運用性の向上を Open Bio* の課題に 海外の Open Bio* (含 BioRuby) 開発者との緊密な関係を構築 新しい方向性を追求 たとえば Semantic Web / RDF / SPARQL

11 2010 BioRuby Skype 2010/10 BioRuby 1.4.1

12

13 Open Bioinformatics Foundation O B F BioPerl, BioPython, BioJava, BioRuby CVS/SVN BOSC BioHackathon BioPerl

14 BioRuby Open Bio* O B F open-bio.org CVS/SVN BioRuby

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16 GitHub BioRuby 2010 GitHub GitHub GitHub BioRuby fork ( ) BioRuby GitHub pull request

17 GitHub GitHub

18 BioHackathon Raoul Bonnal BOSC 2010 Ruby RubyGems BioRuby BioGem RubyGems 2010/12/24 BioGem NGS GFF3 etc. gem install bioruby-hoge gem install bio-gem biogem hoge cd bioruby-hoge (GitHub ) rake relase

19 BioHelpathon BioHackathon

BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby

BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby BioRuby, BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby Ensembl BioCaml BioPerl OmniGene BioLisp BioPython GMOD BioConductor BioJava Apollo

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