ob14-ktym-revised.key
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- かつかげ みやまる
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1 BioRuby th SIG-MBI / 14th Open Bio JAIST
2
3 2000 BioPerl KEGG, GenBank Perl BioPerl BioPerl Ruby BioRuby 2000
4 2001 BOSC - Bioinformatics Open Source Conference コペンハーゲンで ISMB/BOSC 2001 が開催された 奥地さんが BioRuby プロジェクトの1年目の成果を発表した すでにゲノムブラウザが作れる程度には成熟していた 他の Open Bio* の開発者たちと出会い 多くの刺激を受けた EBI に寄って Ensembl とオープンバイオのコンセプトを議論した BioRuby what?!%$@
5 BioHackathon の誕生 EBI 訪問をきっかけに 2002, 2003 年の Open Bio* BioHackathon に招待 OBDA - Open Bio* Database Access Open Bio* 共通の DB アクセスプロトコルの合意 Bio::Registry, Bio::Flat, Bio::Fetch, Bio::SQL
6 GenBank location
7 Open Bio* KGB - KNOB, G-language, BioRuby - BioRuby
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9 IPA Ruby Open Bio* BioRuby 1.0 / ChemRuby 1.0
10 DBCLS BioHackathon で国際連携を強化 しばらく開催されていなかった BioHackathon を統合DBで主催 Web Service によるリソース統合 相互運用性の向上を Open Bio* の課題に 海外の Open Bio* (含 BioRuby) 開発者との緊密な関係を構築 新しい方向性を追求 たとえば Semantic Web / RDF / SPARQL
11 2010 BioRuby Skype 2010/10 BioRuby 1.4.1
12
13 Open Bioinformatics Foundation O B F BioPerl, BioPython, BioJava, BioRuby CVS/SVN BOSC BioHackathon BioPerl
14 BioRuby Open Bio* O B F open-bio.org CVS/SVN BioRuby
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16 GitHub BioRuby 2010 GitHub GitHub GitHub BioRuby fork ( ) BioRuby GitHub pull request
17 GitHub GitHub
18 BioHackathon Raoul Bonnal BOSC 2010 Ruby RubyGems BioRuby BioGem RubyGems 2010/12/24 BioGem NGS GFF3 etc. gem install bioruby-hoge gem install bio-gem biogem hoge cd bioruby-hoge (GitHub ) rake relase
19 BioHelpathon BioHackathon
BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby
BioRuby, BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby Ensembl BioCaml BioPerl OmniGene BioLisp BioPython GMOD BioConductor BioJava Apollo
10000bp FASTA 1000bp 10000bp 3' i = 1 remainder = seq.window_search(10000, 9000) do subseq puts subseq.to_fasta("segment #{i}", 60) i += 1 puts remain
BioRuby (Bio::Sequence ) atgcatgcaaaa codontable.rb seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa") puts seq puts seq.complement puts seq.subseq(3,8) p seq.gc_percent p seq.composition puts seq.translate puts
KNOB Knoppix for Bio Itoshi NIKAIDO
KNOB Knoppix for Bio Itoshi NIKAIDO Linux Grasp the KNOB! grasp 1, (grip). 2,, (understand). [ 2 ] What s KNOB CD Linux Bioinformatics KNOB Why KNOB? Bioinformatics What
IIJ Technical WEEK 2013 - アプリ開発を楽にするRuby PaaS「MOGOK」について
Ruby PaaS MOGOK 2013/11/19 1 IIJ PaaS MOGOK MOGOK PaaS 2 IIJ PaaS MOGOK PaaS MOGOK MOGOK 3 IIJ PaaS 4 IIJ Internet, Backbone, Mobile IIJ GIO 5 IIJ IaaS IIJ GIO SaaS PaaS 6 PaaS Platform
Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby BioPerl BioPython BioJava BioDAS BioMOBY BioPipe EMBOSS Ensembl OmniGene GMOD GBrowse Apollo OBDA BioCa
BioRuby 片山!俊明! 京大化研バイオインフォマティクスセンター 2003/1/28 infobiologist 第二回研究会 ۆ 伝研 Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby BioPerl BioPython BioJava BioDAS BioMOBY BioPipe EMBOSS Ensembl OmniGene
スライド 1
BioRuby 入 門 はじめてのプログラム 言 語 Naohisa Goto / 後 藤 直 久 Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka Univ. 大 阪 大 学 微 生 物 病 研 究 所 附 属 遺 伝 情 報 実 験 センター Email: [email protected]
理解のための教材開発と授業 (宮内).PDF
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2 485 1300 1 6 17 18 3 18 18 3 17 () 6 1 2 3 4 1 18 11 27 10001200 705 2 18 12 27 10001230 705 3 19 2 5 10001140 302 5 () 6 280 2 7 ACCESS WEB 8 9 10 11 12 13 14 3 A B C D E 1 Data 13 12 Data 15 9 18 2
野岩鉄道の旅
29th 5:13 5:34 5:56 6:00 6:12 6:20 6:21 6:25 6:29 6:31 6:34 6:38 6:40 6:45 6:52 6:56 7:01 7:07 7:11 7:32 7:34 7:50 7:58 8:03 8:17 8:36 8:44 5:50 5:54 6:15 6:38 6:39 6:51 6:59 6:59 7:03 7:08 7:08 7:11 7:15
17. (1) 18. (1) 19. (1) 20. (1) 21. (1) (3) 22. (1) (3) 23. (1) (3) (1) (3) 25. (1) (3) 26. (1) 27. (1) (3) 28. (1) 29. (1) 2
1. (1) 2. 2 (1) 4. (1) 5. (1) 6. (1) 7. (1) 8. (1) 9. (1) 10. (1) 11. (1) 12. (1) 13. (1) 14. (1) 15. (1) (3) 16. (1) 1 17. (1) 18. (1) 19. (1) 20. (1) 21. (1) (3) 22. (1) (3) 23. (1) (3) 24. 1 (1) (3)
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Web Web 1 3 1 21 11 22 23 24 3 2 3 4 5 1 1 11 22 9 2 3 15 11 22 2 11 21 4 5 ( ) 102 ( ) 1 ( 1 2001 Web 1 5 4 1 1 - 7 - [] - 7 10 11 12 12 1 10 1 12 - [] 1 1 2 Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6 Q7 Q8 Q9 Q10 3 1 47
夏目小兵衛直克
39(1906)1222 14(1817) 3(1832)1514(1843) 2628 6 (1853) (1854)3727 3(1856) 1 / 13 5(1858)6(1859) 5(1853) () () () () () () 3(1867)29 504111( 2 / 13 )98 23 18 2(1869)310283 100 50() 58 226 3313200982 5033
20140602-NBDC-DBCLS-共同研究計画.key
26 NBDC/DBCLS http://jp.linkedin.com/in/toshiakikatayama 2014/6/2 @ NBDC (JST ) 26 NBDC RDF DB 国 内 外 に 散 在 しているライフサイエンス 分 野 のデータやデータベー スについて それらの 共 有 を 強 力 に 促 進 し 公 共 財 として 誰 でもが 自 由 に
KNOB Bio KNOPPIX
KNOPPIX for Bio 1CD Linux Itoshi NIKAIDO KNOB Bio KNOPPIX Knoppix for Bio KNOPPIX JP Itoshi NIKAIDO 2004/01/29 1.1.0 1.3.1 bio OS Mac OS X Xcode/fink Windows Cygwin Linux
KNOB? KNOB KNOB
KNOB Itoshi NIKAIDO [email protected] KNOB? KNOB KNOB Bioinformatics? データタイプがいっぱい EMBOSS = 160 aaindexextract,abiview,acdc,acdpretty,acdtable,acdtrace,acdvalid,antigenic,backtranseq,ba nana,biosed,btwisted,cai,chaos,charge,checktrans,chips,cirdna,codcmp,coderet,compseq,
IPA... 3... 4... 7... 8... 8... 10... 11... 13... 14... 21... 21... 23... 27 2
IPA 1 IPA... 3... 4... 7... 8... 8... 10... 11... 13... 14... 21... 21... 23... 27 2 IPA 2011103 3 1 139 2 4 10 4 5 6 7 8 9 2 ID 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 http://www.jpcert.or.jp/research/2008/inoculation_200808.pdf
IIJ GIO, SaaS, MOGOK
Ruby PaaS MOGOK [email protected] 2013/02/23 IIJ GIO, SaaS, MOGOK What s MOGOK http://mogok.jp/ What s PaaS? What s MOGOK? MOGOK What s PaaS? MOGOK... What s Cloud? IaaS PaaS SaaS XaaS What s IaaS? Amazon
目次 1. Serverspec とは 1.1. Serverspecとは 1.2. Serverspecで出来る事 2. セットアップ 2.1. 必要なもの 2.2. インストール 3. デモ 3.1. デモ環境について 3.2. テスト対象サーバーの登録 3.3. サンプルテストの中身 3.4.
Serverspec でインフラテスト 2018 年 4 月 20 日株式会社フルマークス大久保和彦 目次 1. Serverspec とは 1.1. Serverspecとは 1.2. Serverspecで出来る事 2. セットアップ 2.1. 必要なもの 2.2. インストール 3. デモ 3.1. デモ環境について 3.2. テスト対象サーバーの登録 3.3. サンプルテストの中身 3.4.
ソフトウェアについて Rev 年 1 月 16 日 このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS
このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/ abyss 1.3.4.tar.gz tar xvzf abyss 1.3.4.tar.gz cd abyss 1.3.4./configure prefix=/usr/local/abyss
(タイトル未定)
次世代シーケンシングデータ解析の可能性を拡げる信頼性に優れた道具としての解析システム Takeru for Sequencer シリーズ 2013.10.29 生命医薬情報学連合大会 2013 Luncheon seminar 株式会社ナベンターナショナルセールスマーケテゖング部渡辺理恵 1 今日お話しすること データ解析ソフトウェゕ 使用にあたり発生する問題とそれらへの Takeru による対応
20131004-トーゴーの日 提出用.key
(I) (II) 10:10 http://jp.linkedin.com/in/toshiakikatayama 2013/10/4 @ 2013 CC-BY 2013 licensed under CC 2.1 1. RDF 2. 3. 4. RDF 5. 6. 7. (I) 1. RDF 2. 3. 4. RDF 5. 6. 7.? RDF RDF RDF =
2 Rails pico planner camel case camel pico planner _ pico_planner snake case snake - chain case chain pico planner pico-planner CSS id class 2.3 Rails
2 Rails 2.1 DBMS PicoPlanner SimpleGreeter DBMS Ruby on Rails 3 PostgreSQL MySQL SQLite3 SQLite3 2.2 Web PicoPlanner pico planner 11 2 Rails pico planner camel case camel pico planner _ pico_planner snake
GitLab + Dokku で作る CI/ CD 環境 Kazuhiro NISHIYAMA 第 78 回 Ruby 関西勉強会 2017/07/29 Powered by Rabbit 2.2.0
GitLab + Dokku で作る CI/ CD 環境 Kazuhiro NISHIYAMA 第 78 回 Ruby 関西勉強会 2017/07/29 Powered by Rabbit 2.2.0 自己紹介 西山和広 id:znz (github, twitter など ) Ruby コミッター 1/25 GitLab + Dokku GitLab GitLab CI Dokku (+ Heroku)
BioRuby の使い方
BioRuby BioRuby Ruby Ruby Perl Ruby http://www.ruby-lang.org/ BioRuby Ruby BioRuby Ruby Ruby Mac OS X UNIX Windows ActiveScriptRuby http://jp.rubyist.net/magazine/?0002-firstprogramming http://jp.rubyist.net/magazine/?firststepruby
Emacs Ruby..
command line editor 27014533 2018 3 1 5 1.1................................... 5 1.2................................... 5 2 6 2.1 Emacs...................................... 6 2.2 Ruby.......................................
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1 2 3 2004 4 5 6 7 [ ] 2004 12 2 2005 1 2 [ ] 5 [ ] 8 9 22 23 29 23 19 10 11 12 6 13 14 15 16 6000 17 20 20 20 20 6 18 25 25 25 25 25 19 2 20 21 22 23 24 25 NHK 26 27 28 29 30 31 32 33 34 AOR 35 36 CD
利用者
Regional SNS 開発環境構築ガイド 2012 年 2 月 29 日 株式会社ネットワーク応用通信研究所 目次 1. はじめに... 1 2. 前提条件... 1 3. 必要なソフトウェア構成... 1 4. ソフトウェアの導入手順... 1 4.1. 必要ファイルのダウンロード... 1 4.2. 環境設定コマンドの実行... 2 4.3. RegionalSNS の実行... 2 4.4.
クックパッドのテスト自動化
JaSST 14 Tohoku クックパッド株式会社 高井 直人 スマホアプリ累計DL数 ios 1,010万 Android 990万 2014年4月時点 パズドラ 2,700万 黒猫 2,500万 Apache Rails 3.2 Ruby 2.0 Unicorn nginx MySQL Redis Memcached Amazon Web Service V字モデルとV
トーゴーの日シンポジウム 2016 東大弥生講堂, 5 October 2016 生命科学におけるデータサイエンスの課題と PDB 中村春木 大阪大学蛋白質研究所
トーゴーの日シンポジウム 2016 東大弥生講堂, 5 October 2016 生命科学におけるデータサイエンスの課題と PDB 中村春木 大阪大学蛋白質研究所 [email protected] http://pdbj.org/, http://wwpdb.org/ , Sir Isaac Newton (1642-1727) 3 11.3 PF ( 理化学研究所計算科学研究機構ホームページから
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1 2 1 1 2 3 1 2 1 2 4 0,76 4 5 0,1 1970 1974 1993 6 7 8 9 4 1920 10 1960 1971 ( ) IC 11 1980 1990 1992 1987 0,269 1996 0,023 2001 2002 1996 1996 1 98 27 70 1 3 7 12 2003 63 2 13 3 5 1 13 5 14 2 14 2 14
help gem gem gem my help
hikiutils 1234 2017 3 1 1 6 1.0.1 help gem................... 7 gem.................................... 7 gem................................... 7 my help.................................. 7 my help......................
+ Octopress + GitHubPages でブログを作成 Name: さりんじゃー
+ Octopress + GitHubPages でブログを作成 Name: さりんじゃー Twitter: @salinger001101 自己紹介 2 n HN: さりんじゃー n 現在の状況 : n 専門は機械学習 自然言語処理など n 普段はPython 書いてます n 最近 Rのお勉強開始 n Blog:http://salinger.github.com n Twitter:@salinger001101
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13th Annual Worlds of Flavor International Conference & Festival z x c v z x c v 2 b n m, m m, b n 3 . 0 1 2 3 4 5. 0 1 2 3 4 4 5 6 7 8 6 7 8 5 9 0 1 2 3 9 0 1 2 3 6 4 5 6 7 8 4 5 6 7 8 9 7 0 1 2 3 9 0
プレゼンテーション2.ppt
[email protected] BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG
07-第4章村上英吾.indd
1990 1990 2007 2000 2007 9 3 46 1 2 1960 1 1984 60 3 1970 4 2000 2003 2009 2011 12007 2 2007 12 25 2 1 2007 10 19 1 5 2007 12 11 3 Bradshaw, J., et. al., 2008. 41982 47 2010 5 2011 2004 2004 1994 5 2009
ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST
PDBj のウェブサービス 金城 玲 大阪大学蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク PDBj ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST PDBjの提供するウェブサービス 大きく分けて2種類 PDBデータの取得 検索用のRESTfulウェブサービ
Metropolitan Bio Network Japan
Metropolitan Bio Network Japan 2011 2012 1 2 1 3 2 5 3 7 4 16 5 17 6 17 Metropolitan Bio Network Japan 2011 2012 Metropolitan Bio Network Japan 2011 2012 1 2 Metropolitan Bio Network Japan 2011 2012 Metropolitan
WEBサービス超入門 mask.key
WEB WEB 2 3 4 6 7 8 10 11 12 13 15 16 IT UX UI Logic UI Logic DB WEBAPI IT UX UI UI Logic UI Logic API DB DB WEBAPI xunit OS IT JavaScript UI Logic UI Logic Objective-C Swift HTML PHP Ruby Python JavaScript
