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2 目次 Contents カスタマーサービスとテクニカルサポート C of A Q&A 9 ISO9001 -Cyanoethyl phosphoramidite Tm Parallel Array Synthesis Tel / Fax Tel / Fax jpprimerorder@invitrogen.com web

3 Web 44 Web 20 00* FAX Web FAX *19:00 Web 1 invitrogen TM Custom Primers 納期と配送 ' 3' HEX TET ROX ス ール mer S- FAM TAMRA Alexa* ール ビ ール nmol ル ビ ル TexasRede 40N STD 7<=n<= <=n<= <=n<= <=n<= N 81<=n<= <=n<= <=n<= HPLC 10<=n<= PAGE 7<=n<=100 US US US US US US US - 7<=n<= <=n<= <=n<= <=n<= N 7<=n<= <=n<= <=n<= HPLC 7<=n<= PAGE 7<=n<=100 US US US US US - - US US US - 7<=n<= N 7<=n<= HPLC 7<=n<= PAGE 7<=n<=100 US US US US US - - US US :00 web 16:00 mail 14:00 FAX 1 50/200nmol US 2 4 * 50nmol 100 M 200nmol 500 M 1000nmol 2500 M TE 1 mol HPLC 81 S S- 1 HPLC Alexa Alexa 350, 405, 430, 488, 514, 532, 546, 555, 568, 594, 633, 647, 660, 680, 700, mer 80mer

4 カスタムプライマと配送2 ー 地域 1 地域 2 地域 3 地域 4 山口島根鳥取長佐崎賀福岡広島岡山大分愛媛香川宮崎高知徳島鹿児島沖縄 庫三重兵熊本北海道 青森 秋田岩手 山形宮城石川富山新潟福島福井群馬栃木岐阜長野茨城京都滋賀埼玉大阪奈良愛知山梨東京静岡千葉和歌山神奈川 FAX Web FAX Web/ 納期地域 1: ご注文日の翌日午前着 地域 2: ご注文日の翌日午前着 * 地域 3 4: ご注文日の翌日午後着 注意 : 翌日配送を行っていないエリアもございます 詳細は当社 Webページにてご確認ください 受注日出荷日納品日 月曜日火曜日火曜日 火曜日水曜日水曜日 水曜日 木曜日 木曜日 金曜日 木曜日 金曜日 金曜日土曜日 月曜日 ( 1) 1 ご希望により土曜日配送もできます * Web オーダーで 14:00 までにご注文いただいた場合 (30 塩基まで 脱塩 非修飾製品 ) 地域 2: ご注文日の翌々日午前着 (31~44 塩基 脱塩 非修飾製品の場合 ) 受注日 月曜日 火曜日 水曜日 出荷日 火曜日 水曜日 木曜日 納品日 水曜日 木曜日 金曜日 木曜日 金曜日 金曜日 土曜日 月曜日 ( 2) 月曜日 ( 3) 2 ご希望により土曜日配送もできます 3 ご希望により日曜日配送もできます Web FAX 塩基までのカートリッジ精製 修飾なしのプライマー 受注日出荷日納品日備考 月曜日火曜日水曜日 火曜日水曜日木曜日 水曜日木曜日金曜日 木曜日金曜日月曜日ご希望により土曜日配送もできます 金曜日月曜日火曜日 45~80 塩基までの脱塩 修飾なし及び カートリッジ精製 修飾なしのプライマー 受注日出荷日納品日 月曜日水曜日木曜日 火曜日木曜日金曜日 水曜日金曜日月曜日 木曜日月曜日火曜日 備考 ご希望により土曜日配送もできます 金曜日火曜日水曜日

5 S- Phosphorothiioate 2 IUB Code invitrogen TM Custom Primers 表 1-1 Generic modificaions Modification Name Absorption Maximum (nm) Emission Maximum (nm) Extinction Coefficient (OD/mole) At 260nm 5'-position Amine R (Primary) Biotin Phosphate Thiol Aldehyde Internal Deoxy Inosine Deoxy Uridine 5-Methyl Dexycytidine 3'-position Biotin 修飾と標識3 表 1-2 Fluorescent Dye Modifications (Japan, 5'-position ) Dye FAM Fluorescein HEX TET TAMRA RHODAMINE TEXAS RED Alexa Fluor 488 Alexa Fluor 532 Alexa Fluor 546 Alexa Fluor 555 Alexa Fluor 594 Alexa Fluor 647 Alexa Fluor 660 Alexa Fluor 750 Absorption Maximum (nm) Molar Emission Maximum (nm) ' 末端の標識については 対応できる場合もございますのでご相談ください Extinction Coefficient (cm-1m-1) 20,960 31,500 31,580 16,255 32,300 92, ,000 71,000 81, , ,000 73, , , ,000

6 カスタムプライマと標識4 修飾ーAbsorption Molar Emission Dye Maximum (nm) BODIPY FL 表 1-3 Fluorescent Dye Modifications (USA, 5'-position ) BODIPY 530/ BODIPY 493/ BODIPY 558/ BODIPY 564/ BODIPY 576/ BODIPY 581/ BODIPY FL-X BODIPY TR-X BODIPY TMR BODIPY R6G BODIPY R6G-X BODIPY 630/ BODIPY 650/ CASCADE BLUE Dye MARINA BLUE Dye OREGON GREEN OREGON GREEN OREGON GREEN OREGON GREEN 488-X PACIFIC BLUE TM Dye RHODAMINE GREEN TM Dye RHODOL GREEN TM Dye RHODAMINE GREEN TM -X RHODAMINE RED TM -X TEXAS RED ' 末端の標識については 対応できる場合もございますのでご相談ください Extinction Coefficient (cm-1m-1) 82,000 77,000 79,000 97, ,000 83, ,000 85,000 68,000 56,000 70,000 73, , ,000 28,000 19,000 78,000 85,000 76,000 84,000 36,000 78,000 63,000 74, ,000 80,000 表 2 IUB code BASE Deoxyadenine Deoxycytosine Deoxyguanidine Thymidine Deoxyuridine Deoxyinosine da-phosphorothioate dc-phosphorothioate dg-phosphorothioate T-Phosphorothioate da+dc+dg da+dc+dg+t da+t+dg T+dC+dG da+t+dc da+t dc+dg T+dG da+dc dc+t da+dg IUB code A C G T U I F O E Z V N D B H W S K M Y R

7 MALDI TOF MS invitrogen TM Custom Primers 4 PCR 品質および精製5 OPC PCR PCR DNA HPLC HPLC DNA DNA PAGE HPLC 50~60mer DNA 60mer DNA 56mer PAGE

8 カスタムプライマ析書(C of A )6 品質および精製/分表 3 用途別精製ガイド 用途 ー一般的なPCR 特殊 PCR クローニング 50 塩基までのプライマークローニング 50 塩基以上のプライマー制限エンドヌクレアーゼ部位 RNAポリメラーゼプロモータなどの重要な配列を含むプライマーを用いるPCR 蛍光シーケンシングサイクルシーケンシングアイソサーマルシーケンシング部位特異的突然変異誘導 RT-PCR 用の一本鎖 cdna 合成クローニングアダプターの生成ゲルシフト解析 C of A 推奨の精製グレード及び説明 解説 一般的なPCRにはスタンダードグレードを推奨いたします カートリッジ精製以上 ( カートリッジ精製 HPLC 精製 PAGE 精製のいずれか ) をお奨めいたします HPLC 精製をお奨めいたします PAGE 精製をお奨めいたします カートリッジ精製 または HPLC 精製 PAGE 精製が適しております プライマーは 3' 5' 方向に合成されますが 5'- 配列の n-x プライマー ( 不完全長 DNA) が全て または一部失われることがあります PCR 前に組み込みたい配列を失った PCR 産物が生成される可能性を抑えるために 完全長 DNA の純度が高いプライマーを用いる事をお奨めいたします この用途にはすべてのグレードのカスタムプライマーを使用できます ( 但し 未標識の不完全長 DNA が除去されるようにカートリッジ精製以上のグレードをお奨めいたします ) この用途にはスタンダードグレードが適しております この用途にはすべてのグレードのカスタムプライマーが使用できます 特に意図する突然変異がプライマーの 5'- 末端に接近している場合 カートリッジ精製以上 ( カートリッジ精製 HPLC 精製 PAGE 精製のいずれか ) において高効率で突然変異クローンが得られる傾向があります スタンダードグレードではお望みの突然変異が見られても 一部の野生型の親クローンがキャリーオーバーする傾向があります 一般にライブラリー構築のための一本鎖 cdna 合成用プライマーは 5'- 末端に制限エンドヌクレアーゼクローニング部位を含む配列を有しています カートリッジ精製以上 ( カートリッジ精製 HPLC 精製 PAGE 精製のいずれか ) の精製グレードをお奨めいたします クローニングを効率的に行うためには完全長 DNA の純度が高いプライマーを用いる事をお奨めいたします HPLC 精製または PAGE 精製をお奨めいたします アダプターが短い場合はカートリッジ精製の使用も可能です ゲルシフト解析では DNA フラグメントの均質的な集団が得られることから カートリッジ精製以上 ( カートリッジ精製 HPLC 精製 PAGE 精製のいずれか ) を使用することをお奨めいたします AFLP 解析 アンチセンス Amplification Restriction Fragment Polymorphism (AFLP) 解析にはすべてのグレードのカスタムプライマーが使用できます アンチセンスの用途には一般的に HPLC 精製が最も多く使用されています C of A

9 DNA E260 Tm E260 = (A x 15.3)+(C x 7.4)+(G x 11.8)+(T x 9.3)+(U x 10.1)+(I x 12.25)+(N x 10.95)+(B x 9.5)+(D x 12.1)+(H x 10.7)+(K x 10.6)+(M x 11.4)+(R x 13.6)+(S x 9.6)+(V x 11.5)+(W x 12.3)+(X x 11.0)+(Y x 8.35) invitrogen TM Custom Primers Mw =[{(A x 313.2)+(C x 289.2)+(G x 328.2)+(T x 304.2)+(U x 290.2)+(I x 252)+(N x 309)+(B x307.5)+(d x 315.5)+(H x 302.2)+(K x 316.7)+(M x 301.2)+(R x 321.2)+(S x 309.2)+(V x 310.5)+(W x 308.7)+(X x 309.0)+(Yx 296.7)} - 62]+1 GC% %GC =[G+C+S+0.5(N+X+M+Y+K+R)+0.67(B+V)+0.33(H+D)]/ Total Number of Bases 1OD mg/ O.D.= Mw/ E260 分析書(C of A )/出荷形態7 T Tm GC 1 10 bases Tm (Salt concentration) (> 10 bases)= (log [Molar Na+]+41(%GC)-675/ DNA Length 1 M (Annealing) Tm (1M Salt Solution for Annealing) (> 10 bases)= (%GC)-[675/ DNA Length] 0.05 M (PCR) : Tm (0.05M Salt Solution for Annealing) (> 10 bases)= (%GC)-[675/ DNA Length] 2 10 bases Tm(_10 bases)= [{%GC x all bases} x4]-[{(1.00-%gc)x DNA Lengthx2} E260 DNA Mw DNA %GC GC Tm: Tm Buffer 65x(%form amide) *1: 10mM TE Buffer (ph 8) *2: 2mL 96 2 *3: 100 M 50 nmole 500 M 200nmole 2500 M 1 mole *4: TE buffer

10 カスタムプライマたって8 カスタムプライマーのご注文にあ ー 3 1 Web 2 jpprimerorder invitrogen.com 3 FAX FAX FAX Web Web Web Fax :00 1 www Web Web WEB 2 Web jpprimerorder invitrogen.com

11 Q&A Q A DNA CPG DNA -Cyanoethyl phosphoramidite 100%~98% 100% 99% 1% DNA DNA DNA Q A 99% 98% DNA 表 4 合成効率 Length % coupling Main Products (%) % coupling Main Products (%) invitrogen TM Custom Primers カスタムプライマーについてのQ&A9 Q A DNA 5 50 nmole 98% 100% GC 50% 表 5 合成 DNA( プライマー ) の鎖長と収量 合成鎖長 10~20 20~30 30~40 40~50 50~60 予想されるO.D. 値 4~7 7~9 9~ 予想されるnmole 数 32~40 27~32 22~27 18~22 15~18 表 6 20 塩基以上の合成 DNAのカスタムプライマーの最低収量 O.D. UInits Number of Reactions Quantity of DNA Scale of Synthesis PCR primers~ Maximum length=100 bases 5 1,000~5,000 PCR Reactions 20 4,000~20,000 PCR Reactions 50 20,000~100,000 PCR Reactions PCR primers (RP)~ Maximum length=100 bases 2 400~2,000 PCR Reactions 10 2,000~10,000 PCR Reactions 25 5,000~25,000 PCR Reactions Cloning Primers (HPLC)~ Maximum length=50 bases ~3,000 PCR Reactions 3,000~15,000 PCR Reactions 165µg of DNA 660µg of DNA 1.65mg of DNA 66µg of DNA 330µg of DNA 1.65mg of DNA 99µg of DNA 495µg of DNA 50 nmole 200 nmole 1µmole 50 nmole 200 nmole 1µmole 200 nmole 1µmole Q DNA A 50nmole 80mer 81mer DNA 200nmole 100mer

12 Q A DNA DNA DNA Q A 表 7 プライマーの保存期間保存温度乾燥品 液体品 4 保存期間 1 年 6 ヶ月 * 一週間以内 ** * 10µM を超える濃度で保存した場合 ** 加水分解を避けるため 室温または 4 で保存した場合は水ではなく TE buffer で溶解することをお奨めします 最新の価格および在庫数は 弊社ホームページ右上の 製品価格と在庫の検索 でご確認いただけます 研究用にのみ使用できます 診断目的及びその手続上での使用は出来ません 記載の社名および製品名は弊社または各社の商標または登録商標です 標準販売条件はこちらをご覧ください Not for use in diagnostic procedures Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. All trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries unless otherwise specified. Printed in Japan. IVC001-D1409OB 販売店 ライフテクノロジーズジャパン株式会社 本社 : 東京都港区芝浦 jptech@lifetech.com テクニカルサポート オーダーサポート TEL: FAX: 営業部 TEL: FAX:

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