トーゴーの日 提出用.key
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- おさむ たつざわ
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1 (I) (II) 10: CC-BY 2013 licensed under CC 2.1
2 1. RDF RDF
3 (I) 1. RDF RDF ? RDF RDF RDF
4 = 3.0 RDF ID : ID URL Ontology: Linked Data: Ontology RDF
5 : RDF RDF: Resource Description Framework (Subject) - (Predicate) - (Object) - ID () - () - ID() () s RDF p o <> <> <>/ RDF < rdf:type so: < rdfs:label APOE. RDF ID = RDF
6 : RDF ( ) RDF Gene name Drug effect RDF Gene sequence Drug structure Drug
7 : SPARQL SPARQL: SPARQL Protocol and RDF Query Language RDF name RDF SELECT?gene?name?drug?effect WHERE {?gene rdf:type so: ?gene rdfs:label?name.?gene :dose?drug.?drug :has_effect?effect. } effect Gene Drug
8 RDF LinkDB:
9 RDF KEGG DB RDF # KEGG ID ID < < < < < < < < < : RDF(N-triple)
10 CBRC RDF RDF RDF SADI RDF
11 DBCLS+ +CBRC Galaxy - DBCLS
12 DBCLS+ +CBRC DBCLS Galaxy
13 DBCLS+ +CBRC simcomp RDF CBRC SMILES CBRC RDF
14 DBCLS+ +CBRC CBRC AutoDock RDF CBRC RDF
15 DBCLS+ +CBRC DBCLS Galaxy RDF/SADI CBRC RDF/SADI REST API } BioHackathon
16 Twitter #biohack13 Mailing list
17 BioHackathon - DB BioHackathon = bio + hack + marathon = bioinformatics coding camp = emergence of new ideas, new technologies, and a community Happy hacking!
18 BioHackathon NBDC/DBCLS BioHackathon BioHackathon 2008 in Tokyo Web Services BioHackathon 2009 in Okinawa Web Services BioHackathon 2010 in Tokyo Semantic Web BioHackathon 2011 in Kyoto Linked Data BioHackathon 2012 in Toyama Semantic Web
19 Web Services Semantic Web DB DB DB DB DB DB DB DB Web Services! DB DB DB DB Semantic Web! DB DB DB DB
20 BioHackathon BioMart, InterMine, TogoDB etc. UniProt, Reactome, Glycoinformatics etc. NCBO BioPortal, EDAM, RDF Foundry etc. BioDBCore, W3C-HCLS BioSharing, ISA etc. Open Bio*, textmining, visualization etc. SADI, Bio2RDF, BioGateway etc. BioInterchange Semantic interoperability and standardization of bioinformatics data and Web services
21 BioHackathon Identifiers.org BioPortal / UniProt/DDBJ FALDO Metadata RDF data Domain specific models Service quality indicators DB Genome and proteome data Glycome data Database content descriptors Generic metadata for dataset description Text processing Text extraction from PDF Named entity recognition Natural language queries Ontology IRI mapping and normalization Environmental ontologies Lexical resources Enzyme reaction equations Platforms RDFization tools Triple stores Applications Semantic Web exploration & visualization Ontology mapping visualization Identifier conversion service Semantic query via voice recognition RDF RDF
22 BioHackathon SPARQLthon BioHackathon - BH10.10, BH11.11, BH BH SPARQLthon RDF SPARQL RDF RDF RDF SPARQL RDF SPARQL
23 TogoDB - DB RDF 1, 3, 6, 7. RDF,,, TogoWS - DB RDF 3. TogoGenome - RDF DB 1, 5. RDF, BioHackathon - 4. RDF CBRC, -,
24 TogoDB - DB RDF TogoDB - DB RDF TogoDB DB TogoDB DB DB HTML/CSS/JS DB Open Search REST API JSON RDF SPRAQL
25 TogoDB - DB TogoDB Create your DB in 5min configure URL CSV upload DB RDF SPARQL endpoint HTML, CSS, JS deploy REST Atom
26 TogoDB -
27 TogoDB - URL RDF HTML/CSS/JavaScript
28 TogoDB -
29 TogoDB -
30 TogoWS - DB RDF TogoWS - DB RDF NCBI, EBI, DDBJ, UCSC, KEGG, PDBj DB REST API BioPerl, BioRuby JSON/RDF HTML TogoWS URL (REST API) XML, JSON, RDF, FASTA
31 TogoWS - DB RDF NCBI, EBI, KEGG, PDB DB query DB, KEGG, PDB, dbsnp, PubMed field RDF format XML, JSON, RDF, FASTA
32 New! TogoWS - UCSC e.g. >chr1:1,000,000-1,234,567 TGGGCACAGCCTCACCCAGGAAAGCAGCTGGGGGTCCACTGGGCTCAGGGAAGACCCCCT GCCAGGGAGACCCCAGGCGCCTGAATGGCCACGGGAAGGAAAACCTACCAGCCCCTCCGT GTGTCCTCCTGGCACATGGCGACCTCCATGACCCGACGAGGGTGCGGGGCCCGGGGCAGG : e.g. e.g. [ { "bin": 595, "name": "NM_020894", "name2": "UVSSA", "chrom": "chr4", "strand": "+", "txstart": , "txend": , "cdsstart": , "cdsend": , "exoncount": 14, "exonstarts": " , , , , , , , , , , , , , ,", "exonends": " , , , , , , , , , , , , , ,", "score": 0, "cdsstartstat": "cmpl",
33 TogoWS - RDF TogoWS dc: dcterms: rdfs: prism: medline: < < medline:pmid rdfs:label "pmid: " ; dc:title "pmid: " ; dc:identifier < medline:own "NLM" ; medline:stat "MEDLINE" ; medline:da " " ; medline:dcom " " ; medline:lr " " ; medline:is " (Electronic)" medline:is " (Linking)" ; medline:vi "38" ; prism:volume "38" ; medline:dp "2010 Jul" ; prism:publicationdate " " ; medline:ti "TogoWS: integrated SOAP dc:title "TogoWS: integrated SOAP medline:pg "W706-11" ; prism:startingpage "W706" ; medline:ab "Web services have becom medline:ad "Human Genome Center, In medline:fau "Katayama, Toshiaki" ; dcterms:creator "Katayama, Toshiaki" ; medline:fau "Nakao, Mitsuteru" ; dcterms:creator "Nakao, Mitsuteru" ; medline:fau "Takagi, Toshihisa" ; dcterms:creator "Takagi, Toshihisa" ; medline:au "Katayama T" ;
34 TogoGenome - RDF DB ID RDF rrna <exon> rdf:type obo:so_ <gene> rdf:type obo:so_ ; faldo:location [... ] ; rdfs:label "genea" ; rdfs:seealso <UniProt>. Sequence FALDO } RDF SPARQL
35 TogoGenome - RDF DB RefSeq UniProt INSDC Taxonomy FALDO GOLD MEO, MPO, GMO, MCCV BioPortal/OBO :
36 TogoGenome - RDF TogoGenome
37 TogoStanza - RDF可視化パーツ ゲノムDBで多用される部品をスタンザと名付け 組み合わせて 再利用可能なカタチで提供 (MicrobeDB.jp等と共同開発)
38 TogoStanza - <!DOCTYPE html> <head> <title>togostanza example</title> <script src="jquery.min.js" type="text/javascript"></script> <script src=" type="text/javascript"></script> </head> <body> <div data-stanza=" data-stanza-tax-id="103690" data-stanza-gene-id="alr4977"></div> </body> HTML URL /help URL stanza/
39 TogoStanza - DB Stanza Stanza Stanza SPARQL SPARQL HTML IFRAME RDF DB RDF DB RDF DB RDF DB DBCLS
40 TogoGenome - RDF ID () Linked Open Data (LOD) Google map TogoGenome ID DB INSDC ( NCBI, EBI, DDBJ) RDF DDBJ/DBCLS
41 TogoGenome - 今後の課題 セマンティック スタティスティクス データが統合されてはじめて可能となる横断的な統計解析 統合すべきデータの拡充と標準化 ヒトゲノムを含む真核生物のサポートとドラフトゲノムへの対応 UniProt, NCBO などとの国際連携による RDF データの標準化 キュレーション Nanopublication による研究者個々人のアノテーション集約 データ更新 バージョンコントロール (hg19 hg20問題など)
20140602-NBDC-DBCLS-共同研究計画.key
26 NBDC/DBCLS http://jp.linkedin.com/in/toshiakikatayama 2014/6/2 @ NBDC (JST ) 26 NBDC RDF DB 国 内 外 に 散 在 しているライフサイエンス 分 野 のデータやデータベー スについて それらの 共 有 を 強 力 に 促 進 し 公 共 財 として 誰 でもが 自 由 に
20110325-ob14-ktym-revised.key
BioRuby 10 http://bioruby.org/ 46th SIG-MBI / 14th Open Bio 2011/3/25-26 @ JAIST 2000 BioPerl KEGG, GenBank Perl BioPerl BioPerl Ruby BioRuby 2000 2001 BOSC - Bioinformatics Open Source
20140426-TogoDBシステム概説書
データベース 統 合 に 関 わる 基 盤 技 術 開 発 TogoDB システム 概 説 書 平 成 26 年 4 月 24 日 大 学 共 同 利 用 機 関 法 人 情 報 システム 研 究 機 構 ライフサイエンス 統 合 データベースセンター 1. TogoDB 概 説 1.1. 開 発 目 的 生 命 科 学 では 多 種 多 様 なデータが 産 生 されているが その 多 くは 再 利
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Innovation Linked Open Data Resource Description Framework Uniform Resource Identifier Open Government 25 5 23 2011 25 2013 6 26 2014 3 ...1 ICT 2...4...4.....5..6..9..9 13 15 15 22 24 26 26 27 29 32 43
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Web Web 1 Web XML DB Web EAI 2 RDF RDF Schema DAML+OIL OWL (Web Ontology Language) 3 Resource Description Framework (RDF) W3C XML http://www.net.intap.or.jp/intap/s-web/
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Web INTAP Web [email protected] (c)2002 INTAP. All rights reserved. Web HTML RDF 2002/9/18 2 (c)2002 INTAP. All rights reserved. 1 RDF
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0序文‐1章.indd
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m_sotsuron
iphone Web 0848066 1. 1 1 1 2 iphone 2 3 2 4 3 2. 3 1 3 2 iphone Web 6 3 HTML 10 4 CSS 12 5 iphone 14 6 15 7 16 8 ipad 18 3. 22 iphone Web Web 2 iphone Web iphone iphone Web iphone Web PC 1 2000 iphone
1
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76
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ODC FAL CC OKF Open Data Commons (ODC) OKF PDDL ODC-BY ODbL OKF Free Art License(FAL) FAL Copyleft Attitude Creative Commons CC CC0 CC-BY CC-BY-SA CC
1 2 2 3 3 OKF 3-1 ODC FAL CC OKF Open Data Commons (ODC) OKF PDDL ODC-BY ODbL OKF Free Art License(FAL) FAL Copyleft Attitude Creative Commons CC CC0 CC-BY CC-BY-SA CC CC 3-2 http://www.data.go.jp/ CC-BY
プレゼンテーション2.ppt
[email protected] BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG
-34-
-33- -34- ! -35- ! -36- ! -37- -38- -39- -40- -41- -42- -43- -44- -45- -46- -47- -48- -49- -50- ! -51- -52- !! -53- -54- ! -55- -56- -57- !!!!! "" "!!! " "" " -58- -59- !!! -60- -61- -62- -63- ! -64- !
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2019/06/11 A/B -- HTML/WWW(World Wide Web -- (TA:, [ 1 ] !!? Web Page http://edu-gw2.math.cst.nihon-u.ac.jp/~kurino VNC Server Address : 10.9.209.159 Password : vnc-2019 (2019/06/04 : : * * / / : (cf.
KNOB? KNOB KNOB
KNOB Itoshi NIKAIDO [email protected] KNOB? KNOB KNOB Bioinformatics? データタイプがいっぱい EMBOSS = 160 aaindexextract,abiview,acdc,acdpretty,acdtable,acdtrace,acdvalid,antigenic,backtranseq,ba nana,biosed,btwisted,cai,chaos,charge,checktrans,chips,cirdna,codcmp,coderet,compseq,
([ ]!) name1 name2 : [Name]! name10 2. 3 SuperSQL,,,,,,, (@) < >@{ < > } =,,., 200,., TFE,, 1 2.,, 4, 3.,,,, Web EGG [5] SSVisual [6], Java SSedit( ss
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DEIM Forum 2016 H6-3 SuperSQL CSS 223 8522 3-14-1 E-mail: {ryosuke,goto}@db.ics.keio.ac.jp, [email protected] SuperSQL, SQL. SuperSQL HTML, PHP,,,, SuperSQL Web, CSS 1. SQL, SuperSQL, CSS SuperSQL,
BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby
BioRuby, BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby Ensembl BioCaml BioPerl OmniGene BioLisp BioPython GMOD BioConductor BioJava Apollo
Wiki Wiki Wiki...
21 RDB Wiki 0830016 : : 2010 1 29 1 1 5 1.1........................................... 5 1.2 Wiki...................................... 7 1.2.1 Wiki.................... 7 1.2.2 Wiki.................. 8
(1) FRBR(Functional Requirement for Bibliographic Description) (2003 ) MARC MODS(Metadata Object Description Schema) ONIX H-Net Review (2) OpenURL RLG
- 12 :2005.2.23- [email protected] IP IC * * OPAC (1) FRBR(Functional Requirement for Bibliographic Description) (2003 ) MARC MODS(Metadata Object Description Schema) ONIX H-Net Review (2) OpenURL
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COMPLEX ADAPTIVE TRAITS Newsletter 23 (3) The International Plant & Animal Genome XX Conference Vol. 2 No. 7 2011 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DDBJ Linux BLAST R DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DRA
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CONNECT EVERYTHING. ACHIEVE ANYTHING. Sonic XML Server 2005 3 14 Agenda 2 2005 Sonic Software Corporation Sonic Software Corporation 1998 1999 12 SonicMQ 2002 3 Sonic ESB ESB
owl:onproperty rdfs:subclassof; owl:onclass dsp:statementtemplate; owl:minqualifiedcardinality 0 ]. dsp:statementtemplate a owl:class ; rdfs:subclasso
![owl:onproperty rdfs:subclassof; owl:onclass dsp:statementtemplate; owl:minqualifiedcardinality 0 ]. dsp:statementtemplate a owl:class ; rdfs:subclasso](/thumbs/42/22828416.jpg "owl:onproperty rdfs:subclassof; owl:onclass dsp:statementtemplate; owl:minqualifiedcardinality 0 ]. dsp:statementtemplate a owl:class ; rdfs:subclasso")
A4 A4.1 OWL-DSP @prefix owl: . @prefix rdf: . @prefix rdfs: . @prefix dct: .
付加情報をもったファイル共有システム
1 2 1 6 1.1....................................... 6 1.2...................................... 6 1.3..................................... 6 1.4................................... 7 2 8 2.1 Annphony....................................
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V CONTENTS 2 3 25 4~9 26 10 27 11 28 12 29 13 30 30 14 31 15 Google 32~33 16 Yahoo! Site Explorer 34~35 17 Live Search Webmaster Center 36~37 18 SEO 38 19 HTML 39~42 20 21 22 23 24 SEO Tool Operation Manual
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