ACD/2D NMR Processor:基本トレーニング
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- つねたけ みねむら
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1 Quick Start Guide ACD/2D NMR Processor: 基 本 トレーニング Version 12 富 士 通 株 式 会 社 TC ソリューション 事 業 本 部 計 算 科 学 ソリューション 統 括 部 目 次 はじめに... 3 Raw データのインポート... 3 スペクトルデータをインポートするには... 3 高 速 フーリエ 変 換... 5 フーリエ 変 換 実 行 するには... 5 等 高 線 表 示 の 閾 値... 6 等 高 線 表 示 の 閾 値 を 調 節 するには... 6 フェーズ 補 正... 6 スペクトルのフェーズを 自 動 で 補 正 するには... 6 Peak Picking... 7 スペクトルにてピークピッキングを 行 うには... 7 スペクトル 中 のピークラベルを 削 除 するには... 8 スペクトルへの 構 造 式 の 添 付... 8 スペクトルへ 構 造 式 を 添 付 するには... 8 スペクトルから 構 造 式 を 削 除 するには D NMR スペクトルへの 1D NMR スペクトルの 添 付 D NMR スペクトルに 1D NMR スペクトルを 添 付 するには 手 動 でのピーク 帰 属 構 造 式 中 の 対 応 する 水 素 原 子 (または 炭 素 原 子 )とピークを 帰 属 するには スペクトル- 構 造 式 の 帰 属 テーブルを 確 認 するには レポートの 作 成 ChemSketch にてレポートをプレビューするには
2 レポートを PDF 形 式 にて 出 力 するには まとめ
3 はじめに このドキュメントでは ACD/2D NMR Processor を 用 いた 2D NMR スペクトルの 処 理 構 造 式 帰 属 レポー ト 作 成 について 説 明 します Raw データのインポート ACD/2D NMR Processor または Manager を 起 動 します スペクトルデータをインポートするには 1. メインツールバーにて をクリックし Import ダイアログボックスを 表 示 します 2. Look InリストにてRawデータが 保 存 されているフォルダを 選 択 します 3. インポートしたいファイルを 選 択 し をクリックします 3
4 Note もし 目 的 のファイルが 見 つからない 場 合 には File of Typeにて(Autodetect)を 選 択 してくださ い これにより ファイルの 拡 張 子 にて 絞 り 込 むことなく 全 ファイルが 表 示 されます インストールフォルダにある Example_1 FID の FIR ファイルを 開 いてみましょう C:\Program Files\ACDFREE12\EXAMPLES\SPECMAN\2DNMR\EXAMPLE_1.FID\FID 4
5 高 速 フーリエ 変 換 フーリエ 変 換 実 行 するには 1. オペレーション ツールバーにて をクリックします 2. Fourier Transformダイアログボックスが 表 示 されるので 必 要 に 応 じてパラメーターを 調 整 し をクリックします 3. 処 理 結 果 に 問 題 がなければ をクリックしてフーリエ 変 換 結 果 を 確 定 します デフォルトの 設 定 にて Example_1 FID をフーリエ 変 換 してみましょう 5
6 等 高 線 表 示 の 閾 値 等 高 線 表 示 の 閾 値 を 調 節 するには 1. ViewメニューからThresholdを 選 択 します 2. 表 示 されたThresholdダイアログボックスにて 閾 値 を 設 定 し Enterを 押 すと 閾 値 の 設 定 が 適 用 されます First Level の 初 期 値 は 検 出 されたノイズレベルから 自 動 計 算 されます Note または PAGE UP/PAGE DOWNキーやマウスのスクロールボタンを 利 用 すれば いつでも 閾 値 を 調 節 することが 可 能 です 閾 値 の First Lebel を 5%に 設 定 してみましょう フェーズ 補 正 スペクトルのフェーズを 自 動 で 補 正 するには 1. オペレーション ツールバーにて をクリックします 2. Phase Correctionツールバーにて をクリックします 3. 処 理 結 果 に 問 題 がなければ をクリックしてフェーズ 補 正 結 果 を 確 定 します 現 在 読 み 込 んでいるスペクトルに 自 動 フェーズ 補 正 を 適 用 してみましょう 6
7 Peak Picking クイックスタートガイド スペクトルにてピークピッキングを 行 うには 1. オペレーション ツールバーにて をクリックします 2. Peak Pickingツールバーにて をクリックします 3. F1 F2 方 向 の 投 影 スペクトルとマウスポインタとともに 表 示 される 水 平 垂 直 方 向 のガイドラインを 基 に ピークをクリックしてピッキングします 手 動 でピークピッキングされたピークに 対 して ピークラベルの 他 に 上 図 のようにグリッドラインを 追 加 する ことも 可 能 です グリッドラインを 追 加 していくことで 関 連 するピークのピッキングが 容 易 になります Note 構 造 式 との 帰 属 を 行 うには ピークピッキングをしておく 必 要 があります 7
8 スペクトル 中 のピークラベルを 削 除 するには 手 動 ピークピッキングと 同 じ 手 順 で 既 にピッキングされたピークを 再 度 クリックすることで 削 除 で きます 現 在 読 み 込 んでいるスペクトルをピークピッキングしてみましょう スペクトルへの 構 造 式 の 添 付 構 造 式 を 張 り 付 けると 構 造 式 情 報 が ACD/Labs 形 式 のスペクトルデータに 埋 め 込 まれ スペクトルファイル を 直 接 構 造 式 にて 検 索 することが 可 能 となります スペクトルへ 構 造 式 を 添 付 するには 1. 画 面 下 部 のウィンドウ スイッチングバーにて ボタン 上 にマウスポインタを 移 動 します ショ ートカット メニューが 自 動 的 に 表 示 されます 2. 表 示 されたショートカット メニューから Draw in ChemSketchをクリックします 構 造 式 作 図 ツール (ChemSketch)が 起 動 します または Attach from Fileを 選 択 し Attach Structure(s) fromダイアログボックスにて 張 り 付 けたい 構 造 式 ファイ ルを 選 択 します 8
9 3. 構 造 式 作 図 後 ボタン 上 にマウスポインタを 移 動 し 表 示 されたショートカッ ト メニューからAttach Structure to the Current Spectrumを 選 択 すると 構 造 式 がスペクトルに 添 付 され ます 張 り 付 けた 構 造 式 は スペクトルからレポートを 作 成 した 際 にも 自 動 でレポートに 出 力 されます またスペク トルの 帰 属 や 検 証 にも 利 用 可 能 です スペクトルから 構 造 式 を 削 除 するには EditメニューからClearをポイントし Structureを 選 択 します Strychnine の 構 造 式 をスペクトルに 添 付 してみましょう Note 製 品 版 では 構 造 式 を 作 図 する 代 わりに 構 造 式 辞 書 から 構 造 式 を 検 索 し 見 つかっ た 構 造 式 を 作 業 スペースに 張 り 付 けることが 可 能 です 9
10 2D NMR スペクトルへの 1D NMR スペクトルの 添 付 クイックスタートガイド 2D NMR スペクトルに 1D NMR スペクトルを 添 付 するには 1. ToolsメニューからSetup 1D Curvesを 選 択 します 2. Setup 1D Curvesツールバーにて 張 り 付 けたい 軸 のボタン( または )をクリックし 続 い て をクリックします 表 示 されたImportダイアログボックスにて 予 めACD 形 式 で 保 存 してお いた1D NMR スペクトルを 開 きます ( 3. 張 り 付 けた1D NMRスペクトルを2D NMRスペクトルのピーク 位 置 に 合 わせるには 基 準 にする2D NMR スペクトル 中 のピークから 対 応 する1D NMRスペクトルのピークまでドラッグします 10
11 現 在 読 み 込 んでいるスペクトルの 水 平 方 向 の 投 影 スペクトル( 1 H)を 対 応 する 1D NMR スペクトルに 張 り 替 えてみましょう (サンプルの 1D NMR スペクトルは C: Program Files ACDFREE12 EXAMPLES SPECMAN 2DNMR 1D_SPEC に 保 存 されています ) 11
12 手 動 でのピーク 帰 属 構 造 式 中 の 対 応 する 水 素 原 子 (または 炭 素 原 子 )とピークを 帰 属 するには 1. オペレーション ツールバーにて をクリックします 2. スペクトル 上 にて 帰 属 したいピークをドラッグ またはクリックして 選 択 します 選 択 されたピークはハ イライト 表 示 されます または 3. 構 造 式 上 で 対 応 する 原 子 (または 原 子 団 )をクリックすると 選 択 したピークと 帰 属 されます 4. 帰 属 する 原 子 によっては 追 加 帰 属 情 報 を 選 択 するショートカット メニューが 表 示 されることがありま す そのような 場 合 には 適 切 なものをショートカット メニューから 選 択 します 5. 相 関 に 関 連 する 他 の 原 子 もクリックすると 帰 属 が 完 了 します 12
13 Note HSQCなどのように ひとつの 原 子 団 に 水 素 - 炭 素 間 の 相 関 ピークを 帰 属 したい 場 合 には 同 じ 原 子 団 を2 回 クリック(またはダブルクリック)します 他 のピークと 構 造 式 中 の 原 子 も 帰 属 してみましょう スペクトル- 構 造 式 の 帰 属 テーブルを 確 認 するには ジェネラル ツールバーにて をクリックすることで 確 認 できます 13
14 レポートの 作 成 ChemSketch にてレポートをプレビューするには ACD/1D NMR ProcessorのEditメニューにてCreate Reportをポイントし Standardを 選 択 します ChemSketch にて 表 示 されたレポートは 印 刷 するだけでなく ChemSketch 形 式 にて 保 存 することや PDF 形 式 に 出 力 することができます Note 情 報 量 が 多 い 場 合 には 自 動 的 に 複 数 ページにまたがってレポートが 作 成 されます そのような 場 合 画 面 下 部 の にてページを 切 り 替 えることができます ChemSketch に 出 力 したレポート 上 の 各 オブジェクトはコピー&ペーストにて Microsoft Word など 他 のソ フトへ 張 り 付 けることが 可 能 です レポートを PDF 形 式 にて 出 力 するには ACD/1D NMR ProcessorのEditメニューにてExport to PDFをポイントし Standardを 選 択 します または ChemSkletchにてレポートをプレビューした 後 に ACD/ChemSketchの EditメニューからExport to PDFをポイントし Standardを 選 択 します PDF 形 式 のレポートを 作 ってみましょう 14
15 まとめ ここまで ACD/2D NMR Processor での 基 本 的 な 処 理 フローの 概 要 を 説 明 しましたが この 製 品 にはさらに 多 くの 機 能 設 定 があります それら 機 能 を 利 用 することで 処 理 解 析 作 業 をより 便 利 に 進 めていただくこと が 可 能 です ここでご 紹 介 した ACD/2D NMR Processor や ACD/ChemSketch の 各 機 能 やその 他 の 機 能 の 詳 細 については 以 下 フォルダ 内 のマニュアルをご 確 認 ください C: Program Files ACDFREE12 DOCS または 各 機 能 に 切 り 替 えた 際 に 表 示 されるダイアログボックスから 機 能 紹 介 ムービーを 閲 覧 することも 可 能 です 15
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