TSUBAME利用手引き

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はすななかじゅく
3 years ago
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pub ( 公開鍵 ) 鍵のパスフレーズ ( ログインパスワード ) OpenSSH 形式のもの TSUBAMEポータル公開鍵の登録 id_rsa.

2 TSUBAME3.0 の利用開始手順 1) TSUBAME ポータルにアクセスしメール送信 2) Web ブラウザでアクセスし公開鍵を登録 TSUBAME3.0 利用者 ssh クライアント ssh-keygen (rsa) id_rsa ( 秘密鍵 ) id_rsa.pub ( 公開鍵 ) 鍵のパスフレーズ ( ログインパスワード ) OpenSSH 形式のもの TSUBAMEポータル公開鍵の登録 id_rsa.pub 3) SSH によるログイン ( 公開鍵方式 ) ~/.ssh/authoraized_keys パーミッション 600 TSUBAME3.0 利用開始ジョブの状況確認ノード予約の設定 Web サービス利用

3 TSUBAME ポータルページへのアクセスをクリックメールが届く TSUBAME ポータルページにアクセスします TSUBAME ログイン名に自分の TSUBAME アカウントを入力し [ メールの送信 ] をクリックしますあらかじめ登録されたメールアドレスに URL が送られますメールで送られてきた URL をブラウザでアクセスすることで TSUBAME ポータルページにアクセスできます 1 度のみ有効一部のメーラーでは URL が正しく解釈されない場合がありますご注意ください

4 TSUBAME ポータルページのトップ初めにすること 1 SSH 公開鍵登録にて SSH 公開鍵をアップロード 2 パスワード設定にて linux パスワードを設定利用可能な項目ジョブ一覧 ( ジョブの確認 ) 予約ノード一覧 ( 予約状況を確認 ) Web サービス利用 (Jupyter Lab) 利用しない項目利用者情報表示支払コード管理予算コード承認依頼所属グループ管理グループ作成

5 トップページ > SSH 公開鍵登録作成した SSH 公開鍵のテキストをこの欄にコピペした場合は [ 追加 ] を参照から id_rsa.pub を選択した場合は [ アップロード ] をクリックします TSUBAME3.0 への SSH 接続は公開鍵認証のみとなります従って SSH 公開鍵アップロードが必要です公開鍵を作成し TSUBAME ポータルページからアップロードしますアップロードした公開鍵は ~/.ssh/authorized_keys ファイルの末尾に追加されます ssh-keygen で作成した場合はファイル id_rsa.pub の内容をアップロードします.ssh ディレクトリはコマンド + SHIFT +. で見えるようになります (Mac) PuTTY をお使いの場合は右の URL を参考にしてください TSUBAME ポータル利用の手引き PuTTYgen で作成する場合は表示された OpenSSH の公開鍵をコピペします参考 : Windows で利用可能な SSH クライアント

6 トップページ > パスワード設定 TSUBAME のパスワードを設定します (TSUBAME のコマンドラインでは変更できません ) 注 )TSUBAME ポータルのパスワードは TSUBAME のログインパスワードですパスワードを忘れた場合は再度メールを送信して設定します関連情報 :

7 トップページ > ジョブ一覧 TSUBAME で実行したジョブの一覧を表示します資源共有予約投入〇利用者グループのみ選択し [ 検索 ] をクリックします終了したジョブの一覧が表示されます表示されたエリアをすべてコピー & ペーストすることでエクセル等に取り込むことが可能です

トップページ > 予約ノード一覧 TSUBAME で予約したジョブの一覧を表示します予約は [ 所属グループ管理 ] の画面から行います 9. 計算ノードの予約所属グループ管理グループの詳細表示利用オプションノード予約設定画面下部のノード予約にて操作 https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.

8 トップページ > 予約ノード一覧 TSUBAME で予約したジョブの一覧を表示します予約は [ 所属グループ管理 ] の画面から行います 9. 計算ノードの予約所属グループ管理グループの詳細表示利用オプションノード予約設定画面下部のノード予約にて操作 1 時間で 4,500 ポイント消費します ( 予約係数 1.25 倍となります ) 10 月以降 ( 繁忙期 ) の最大予約可能ノード数は 135 ノードとなります繁忙期の最大資源上限予約状況は t3-user-info compute ars コマンドにて表示されます

トップページ > 予約ノード一覧ノードの予約設定ノードを予約するには TSUBAME ポータルにログインしサイドメニューから所属グループ管理を選択ポイント利用するグループの詳細表示を選択利用オプションのノード予約の設定ボタンを押しノード予約設定画面を開きますこの画面の最下部に存在するノード予約を操作してノード予約を行います

予約をキャンセルする場合はノード予約のキャンセルのページから検索しキャンセルしたいジョブをしたのち予約キャンセルボタンをクリックします (24 時間前までキャンセル可能です ) No.

9 トップページ > 予約ノード一覧ノードの予約設定ノードを予約するには TSUBAME ポータルにログインしサイドメニューから所属グループ管理を選択ポイント利用するグループの詳細表示を選択利用オプションのノード予約の設定ボタンを押しノード予約設定画面を開きますこの画面の最下部に存在するノード予約を操作してノード予約を行います 1 時間 1 ノードを最小単位として予約することができます 1 日以上のジョブの実行も可能となります予約確認ボタンを押すとノード予約確認ダイアログが表示されます表示された予約期間予約ノード数支払ポイント数などを確認したうえで上記を承認の上予約のボタンを押すことで予約が完了し予約したノードがリストに表示されます予約をキャンセルする場合はノード予約のキャンセルのページから検索しキャンセルしたいジョブをしたのち予約キャンセルボタンをクリックします (24 時間前までキャンセル可能です ) No. 名称説明 1 開始予約ノードの開始日時を指定します期間 2 終了予約ノードの終了日時を指定します 3 時間開始日時からの長さを時間で指定することが可能です ( 実際のジョブは 10 分前まで ) 4 日開始日時からの長さを日で指定することが可能です 5 資源予約するノード数を指定します (f_node が 1 ノード単位となります ) 6 コメント本予約に対するコメントを記載します 7 予約確認予約可能かシステムに確認します予約時の注意

10 トップページ > Web サービス利用 Jupyter Lab が利用可能です学外利用者は有償サービス利用お試し利用の上記 2 つが利用可能です詳細につきましては手引きをご覧ください Jupyter Lab 利用の手引き Code Server が利用可能です Web アプリケーションにて選択します詳細につきましては下記をご参照ください

11 TSUBAME + シングルサインオン + JupyterLab = みんなのビッグデータ利活用環境 TSUBAME ポータルから Web アプリケーション (Jupyter Lab) を起動 Web ブラウザだけで TSUBAME を直接利用できます Python3 Notebook $HOME/t3workspace ディレクトリのみアクセス可能 Python3 Console Terminal 等が利用可能 15

12 トップページ > Web サービス利用 Web ブラウザから計算ノードを利用する公開鍵の設定 SSH でのログインが不要ファイアウォールに SSH のポート 22 を開けなくてよい学外利用者は有償サービスとお試し利用のみ利用可能混雑時には資源の割当てに時間がかかります資源の割当てにはノードと時間を設定する必要があります 1. お試し利用を選択した例 2. 資源タイプに q_node を選択お試しの場合は 10 分まで 3. 起動ボタンを押す

13 トップページ > Web サービス利用 [ 上記を承認の上登録 ] ボタンを押す

14 トップページ > Web サービス利用 OK を押ししばらくするとメールで URL が送付されます

15 トップページ > Web サービス利用メールで送られてきた URL をクリックすると Web ブラウザが立ち上がり Jupyter Notebook のサービスが利用できます Other の Terminal をクリックすることで Web ブラウザから計算ノードが利用できます

16 トップページ > Web サービス利用割り当てられた資源タイプの計算ノードを Web ブラウザから直接利用できます必要なコマンドを入力しそのままジョブを実行できます X Window のアプリケーションは表示できません

17 公開鍵秘密鍵の作成 (Mac) 公開鍵の作成例 Mac にてターミナルソフトを起動します [ 移動 ] [ ユーティリティ ] [ ターミナル ] ssh-keygen と入力するリターンするパスフレーズをつける同じものを 2 回入力する (5 文字以上の任意の文字列 ) 注 ) パスフレーズは表示されません SSH の秘密鍵についてはパスフレーズで保護するとともに厳重に管理し他人に使われることのないようにしてください本人以外の公開鍵を登録した場合アカウントの不正利用とみなされアカウントの利用が停止されます上の例で作成された ssh 鍵ペア (/Users/kyoyo/.ssh ディレクトリ ) -rw id_rsa 秘密鍵 -rw-r--r-- id_rsa.pub 公開鍵

18 ssh によるログインターミナルソフトにて操作を行います $ ssh ssh ログインノード yes と入力します ( 最初だけ ) さきほど設定したパスフレーズを入力注 ) パスフレーズは表示されませんログインノードにログインできました HPCI のアカウントでログインする場合もでログインできます

19 公開鍵秘密鍵の作成 (Windows) Tera Term による公開鍵秘密鍵の作成の例 1.Tera Term を起動します ( 例 : スタートメニュー [ すべてのプログラム ] [Tera Term] を選択 ) 2.[ 新しい接続 ] 画面で [ キャンセル ] を選択します 3.[ 設定 ] のメニューから [SSH 鍵生成 (N)] を選択し鍵生成の画面を表示させます

20 公開鍵秘密鍵の作成 4.[TTSSH: 鍵生成 ] の画面で [ 生成 (G)] を選択し鍵を生成します 5. 鍵のパスフレーズを設定し公開鍵および秘密鍵を保存します上下に同じパスフレーズを入力します任意のフォルダに保存してください (id_rsa.pub および id_rsa )

21 MobaXterm による接続 (1) MobaXterm をダウンロードして起動します Settings の Configuration を選択し SSH タブをクリックし SSH agents 画面にて設定します Use Internal SSH agent MobAgent をチェックし右側の + をクリックし秘密鍵のファイルを選択します

MobaXterm による接続 (2) local terminal を起動し ssh ユーザー名 @login.t3.gsic.titech.ac.

22 MobaXterm による接続 (2) local terminal を起動し ssh -YC にてログインします右上の X server アイコンの影に色がついていれば X server が起動していますログインノードにて xeyes などを実行し X Window アプリが起動することを確認します

23 MobaXterm によるファイル転送ログインしたのち左側に表示されるファイル一覧エリアを利用してファイルのドラッグ & ドロップが可能です Follow terminal folder をチェックしておくと cd した後のディレクトリのファイル内容が表示されます

TSUBAME利用手引き

TSUBAME利用手引き TSUBAME3.0 利用の手引き TSUBAME ポータル編 2018/10/30 東京工業大学学術国際情報センター共同利用推進室 Copyright (C) 2010-2018 GSIC All Rights Reserved. TSUBAME ポータル利用の手引きもご参照ください http://www.t3.gsic.titech.ac.jp/docs/tsubame3.0_portal_users_guide.html