1.b. 日本語入力キーボード入力の ( アルファベット日本語 ) の切替えは Shift キーを押しながらスペースキーを押すことによって行う 2 日本語入力モードのときにはウィンドウの左下に [ あ ] と表示される 1.c. ウェブブラウザ Firefox というインターネットウェブブラ

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さいぞうやまがた
5 years ago
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1 生命情報科学専門実習 2 UNIX 再入門 2 回生前期の実習の初回に述べたようにコンピューターを使いこなし効率良く大量のデータ処理を行うためには UNIX 環境を利用することが望ましいこの実習で行う多数の遺伝子のアノテーションもそのような大量処理を必要とするここでは既に学んだ UNIX の操作法の基礎を代表的な LINUX ディストリビューションのひとつである Fedora core LINUX の環境の最低限の利用法を練習することによって復習する 1. LINUX デスクトップツアー近年 LINUX でもデスクトップ環境の利便性の向上が著しくウェブブラウザメーラーワープロ表計算ソフトなどの定番のソフトウェアは GUI (Graphical User I nterface) で使用できるまずはそれらの起動方法や設定方法を説明する 1.a. ログインログアウト 1.a.1. ログイン 1. 実習室のコンピュータで Linux を使用するためには電源投入後に表示される OS 選択画面でキーを使い Fedora core Linux を選び Enter キーを押す 2. ユーザー名の入力を促されるのでウィンドウズでログインするときと同じものを入力する 3. パスワードの入力を要求される Windows とまったく同じパスワードを入力する [ 重要 ] 実習室の Linux 環境ではパスワードを変更してはならないパスワードの変更は Windows で行うこと 1.a.2. ログアウトログアウトするには画面上部のデスクトップのログアウトを実行するログアウトと同時にコンピューターの電源を切るときには表示されるダイアログウィンドウでシャットダウンを選択してから OK を押す 1 1 メニューの位置などが他の人と異なる人は教員に申し出なさい Y1 1

2 1.b. 日本語入力キーボード入力の ( アルファベット日本語 ) の切替えは Shift キーを押しながらスペースキーを押すことによって行う 2 日本語入力モードのときにはウィンドウの左下に [ あ ] と表示される 1.c. ウェブブラウザ Firefox というインターネットウェブブラウザが利用可能である画面上部 3 に並んでいるアイコンのうち地球の形のアイコンをクリックすると起動する使い方の説明は不要だろう日本語も問題無く表示される 1.d. メーラー Linux 環境でも Windows で利用されるのと同様の電子メールソフトが使えるそのような電子メールのソフトウェアは既に複数種類がインストールされているここでは Thunderbird( サンダーバード ) というメーラーの起動方法設定方法を解説する 1.d.1. Thunderbird の起動と設定 1. 画面左上部の赤い帽子のアイコン (Windows のスタートメニューに相当 ) を押しメニューを表示する 2. 上から 2 段目のインターネットから Thunderbird を選び起動 3. Account Wizard 画面が表示されるこれからメールアドレスなどの設定を行う 4. New Account Setup では account を選択して Next を押す 5. 名前と E mail アドレスを入力 a i bio.ac.jp までを入力する 6. Server information ではまず POP を選び Incoming Server の欄には pop.nagahama i bio.ac.jp と入力 Outgoing Server の欄には smtp.nagah ama i bio.ac.jp と入力 7. User name は多分いじる必要なし 8. Account Name は好きな文字列を入れる既定値のままでよいだろう 9. 以上の入力が完了するとまとめ画面が表示される間違いが無いようなら Fi nish を押す 10. なおこのときに設定を間違っても後から訂正することは可能である 2 実習室の環境では Ctrl キーを押しながらスペースキーを押すのでもよい 3 人によっては下部かもしれない Y1 2

3 11.Thunderbird のアイコンをパネル ( 画面左下アイコンが並んでいる場所のこと ) に追加するにはアイコンを右クリックしてパネルに追加を選択する 1.d.2. Thunderbird 使用上の注意 1.d.2.1 送信するメールのフォーマット新規作成するメールのフォーマットはデフォルトでは HTML メールになるメッセージ毎にこれをプレインテキストなどに変更ことが可能である作成ウィンドウの Op tions メニューにある Format の項目で設定できる新規作成するメールのフォーマットが常にプレインテキストになるようにするには Edit > Account setting > Composition & Addressing で表示される設定ウィンドウで Compose messages in HTML format をオフにする 1.d.2.2 受信したメールをサーバーに残す LINUX 環境と Windows 環境の両方でメールを利用する場合一方で受け取ったメールが他方では受け取れなくなることを防止するために一度受信したメールをしばらくの間はサーバーに残すように設定しておいたほうがよい方法は Edit > Account setting > Server Settings で Leave messages on se rver をオンにし残しておく日数の数字をそのすぐ下の欄に入力するこれで LIN UX 環境で受け取ったメールが指定された日数以内であれば Windows 環境でも受信することが可能になるだろう 1.e. OpenOffice ( オープンオフィス ) Linux 環境ではマイクロソフトワードやエクセルは利用できないその代わりに OpenOffice というソフトウェア群が利用できる登場当時には日本語が使いづらいなど欠点が多かったが徐々に完成度もあがり使いやすいソフトウェアになってきた赤帽子メニューのオフィスの中にある OpenOffice.org Writer がワープロソフトである使用法はマイクロソフトワードと非常によく似ているので説明しないワードを使いこなしていた者ならば使いながらコツをつかむことができるはずだレポートの作成時などに使うと良いだろうこのテキストは OpenOffice.org Writer を使用して作成したないエクセルの代替ソフトは OpenOffice.org Calc であるこれの使用法も説明し 1.f. グラフィックソフトレポートや論文の作成は図の作成や画像の処理を伴うことが多いワープロ作業中に簡単な図形の組み合わせで図を作るときには図形描画機能ボタンを押すウィンドウ下方に描画のためのツールが表示され図形の入力が可能 Y1 3

4 になる Rasmol で作成した分子の立体構造の図などを加工するには The GIMP を使用すると良い起動法は赤帽子メニューグラフィックス The GIMP である初回起動時には簡単な設定を行う必要がある 1.g. アイコンとウィンドウによる視覚的なファイル操作最後にファイルディレクトリのコピーや移動削除の方法を説明するデスクトップに **** のホーム (**** は自分のユーザーネーム ) という名前のフォルダのアイコンがあると思うダブルクリックして開いてみよう使用法はウィンドウズとほとんど同じである新規ディレクトリ作成複製ごみ箱へ入れるなども可能 ( アイコン表示リスト表示 ) の切替えは表示メニューの最下段で行う 2. Linux におけるコマンドベースインターフェースの利用ここまでの説明でも分かるように最近の Linux コンピューターはコマンドを使いこなせなくても Windows パソコンとほとんど同様に便利な文具として使用することができるしかし私達はコンピューターを単なる文具として使いたいのではない配列情報や分子構造情報を解析して生物学的な知識を獲得するための道具として使いたいそのために使うことになるソフトウェアの多くはグラフィカルユーザーインターフェースで使用することができないよって 2 回生前期の実習でも利用したような端末ウィンドウによるコマンドベースの利用法に慣れることが必要である 2.a. 端末ウィンドウの出し方新しい端末ウィンドウを出すには赤帽子メニューシステムツール GNOME 端末を実行する次の図のような端末ウィンドウが表示される Y1 4

5 端末ウィンドウこの中で様々なソフトウェアを実行する端末ウィンドウは今後頻繁に使うのでパネル (MacOS X のドックに相当 ) へ追加しておこう方法は赤帽子メニューシステムツール GNOME 端末を反転させた状態でマウスの右ボタンを押しパネルへ追加を選択する ( 次の図 ) アイコンをパネルへ追加マウス右クリックでサブメニューが表示される端末ウィンドウはデスクトップで右クリックすることで表れるメニューからも起動できる GNOME 端末は日本語も表示できるがファイル名やディレクトリ名には日本語を使うべきではない Y1 5

6 2.b. ディレクトリツリーするここで実習室の Linux 環境におけるシステムのディレクトリ構成について説明 2.b.1. ホームディレクトリ起動直後の端末ウィンドウでは各自のホームディレクトリがカレントディレクトリ 4 になっているホームディレクトリのパスは /home/student/ ユーザー名であるホームディレクトリには容量制限がある Windows 環境と Linux 環境の容量の合計が 11 0 MB 5 を越えてはならないであるデスクトップにある **** のホーム (**** はユーザー名 ) がホームディレクトリ 2.b.1. ワークディレクトリ 110 MB では実習を行うことができないので生命情報科学コースに配属された学生用にホームとは別のディスク領域が確保されている 7 ページの図の bis3 以下がそれである例えばユーザー名が b の人のワークディレクトリのパス ( 後述 ) は /mnt/bis2/b となるホームディレクトリからワークディレクトリへ移動するにはあるいは cd../../../mnt/bis3/b cd /mnt/bis3/b とすればよいが文字の個数が多くて面倒なのでホームディレクトリからワークディレクトリへ移動するときに限り cd works とすればよいように設定されている 4 端末ウィンドウにおいてユーザーが現在作業を行っている場所 ( ディレクトリ ) のこと 5 B( バイト ) とは電子的な情報のサイズの単位で 1 バイトは英数字一文字分日本語の 1 文字は 2 バイト Y1 6

7 / 実習室のシステムのディレクトリツリー home student b b 灰色の領域と斜線の領域が b のユーザーが使える領域灰色の領域の容量は 110 Mb まで斜線部は個人用の works 領域容量は約 10 Gb まで最初は他の人のディレクトリの中身は見えないようになっている picture b00002 のユーザーのホームディレクトリ mnt documents bis3 b b programs perl db pdb data 今後生命情報科学専門実習 2 で使うプログラムやデータは全てワークディレクトリ以下 ( つまり 7 ページの図の斜線部分 ) に置くこと以上で実習室の Linux 環境の解説を終える以降は UNIX の基本の復習である Y1 7

8 2.c. ディレクトリファイル関連の基本コマンドの復習 (1) カレントディレクトリ名を表示 (pwd) pwd (2) ディレクトリの中身のを表示 (ls) ls ( 簡略表示アルファベット順 ) ls -t ( 簡略表示最終更新日付順 ) ls -l ( リスト表示アルファベット順 ) ls -lt ( リスト表示最終更新日付順 ) (3) ディレクトリ間の移動 (cd) cd ( ホームディレクトリに移動 ) cd ディレクトリ名 ( 指定したディレクトリに移動 ) cd.. ( 一つ上のディレクトリへ移動 ) (4) ファイル ( ディレクトリ ) の名前の変更場所の移動 (mv) mv ファイル ( ディレクトリ ) 名前 (1) 名前 (2) 名前 (2) が既存のディレクトリ名の場合名前 (1) のファイルディレクトリを名前 (2) の場所へ移動するそれ以外の場合名前 (1) のファイルディレクトリ名を名前 (2) に変更する (5) ファイルのコピー (cp) cp ファイル又はディレクトリの名前 (1) 名前 (2) 名前 (2) が既存のディレクトリ名の場合名前 (1) のファイルディレクトリを複製し複製を名前 (2) の場所に置くそれ以外の場合名前 (1) のファイルディレクトリを複製する複製の名前を名前 (2) とする (6) ディレクトリの作成 (mkdir) mkdir 新しいディレクトリ名 (7) ファイルの削除ディレクトリの丸ごと削除 (rm) rm ファイル名 ( ファイルの削除 ) rm -r ディレクトリ名 ( ディレクトリの削除内容物も消える ) (8) ( 空の ) ディレクトリの削除 (rmdir) rmdir ディレクトリ名 Y1 8

9 (9) テキストファイルの中身を表示テキストファイルの結合 (cat) cat ファイル名 ( 中身を表示 ) cat ファイル (1) >> ファイル (2) ( ファイル (2) の末尾にファイル (1) の内容を追加 ) (10) テキストファイルの中身を 1 ページごとに表示 (more, less) more ファイル名または less ファイル名基礎と実習バイオインフォマティクスの 9 13 ページにも代表的なコマンドのまとめが載っているので見ておこう 2.d. パスの表記法 2.d.1. 絶対パスファイルやディレクトリの場所を / ( ルートディレクトリ ) からたどれるように完全に表記することを絶対パス表示という例えば 6 ページの図においてディレクトリ db の絶対パスは /mnt/bis2/b000002/db となる 2.d.2. 相対パス絶対パスに対してカレントディレクトリを起点として目的のディレクトリやファイルの場所を表記することを相対パス表示という例えば 6 ページの図においてカレントディレクトリが documents の時 picture の相対パスは../picture であるなお.. はひとつ上のディレクトリ ( この例では b のこと ) を表す 2.e. 練習問題問題 1 works 以下のディレクトリツリーが 6 ページの図の斜線部のようになるように 5 つのディレクトリ (programs, data, db, perl, pdb) を作成しなさい問題 2 今 6 ページの図において db がカレントディレクトリであると仮定するディレクトリ perl と pdb のそれぞれを相対パスで表せまた絶対パスで書くとどうなるか Y1 9

10 問題 3 各自隣の端末に座っている人のホームディレクトリへ移動してみなさい移動できるだろうか? 2.f. アクセス権限先ほどの問題 3 はうまくいかなかったはずであるホームディレクトリのひとつ上のディレクトリへ移動して ls l を実行しようみんなのホームディレクトリの名前が詳細表示で表示される 2 回生前期の実習書の第 1 章または基礎と実習バイオインフォマティクスの第 1 章を参考にして各列の左端にあるアクセス権限についての情報を読み取ってみよう自分が所有するファイルやディレクトリのアクセス権限を変えるには chmod コマンドを使用するのだった例えば他人が自分のホームディレクトリの中身を見れるようにするには chmod 755 ディレクトリ名とすればよいあるいは次のようにするのでもよい chmod go+rx ディレクトリ名より詳しい使いかたを知りたい人は man chmod として chmod コマンドのマニュアルを参照しよう主要なコマンドについては日本語のマニュアルが表示されるまた 2 回生のときの実習書の該当部分を pdf ファイルとして置いておくので参照しよう 2.g. シェル (tcsh) 端末ウィンドウを開くとシェルと呼ばれるプログラムが自動的に起動するシェルは利用者のキーボード入力を受け取ってコマンドやプログラムに情報を流しまたプログラムやコマンドの実行結果を画面に表示する役割を果たす一言で言えばシェルはユーザーとプログラムとの仲介者であるれている 6 実習室のコンピューターは初期状態では tcsh というシェルを使うように設定さシェルを対話的 7 に使うときの便利な機能としてファイル名の補完機能コマンドライン編集機能と過去に実行したコマンド文字列の履歴機能がある 6 シェルにはいろいろな種類があるがそれらの中で将来も使われ続けるのは tcsh と bash の 2 種類だけと考えてよい 7 対話的でない使いかた ( シェルスクリプト ) は後日学ぶ Y1 10

11 2.g.1. コマンド名ファイル名補完機能端末ウィンドウでコマンド名を途中まで入力して Tab キーを押すと残りが自動的に補完される場合がある例えば gnup と入力して Tab を押すと ot が補完されて gnuplot になる 8 しかし gn だけを打ち込んで Tab を押しても補完が行われない gn で始まるコマンドが他にも存在することがその理由だ UNIX のコマンド入力の文法は多くの場合次の型に当てはまるコマンド名オプション引数 & オプションと & は入力しないことも多い 9 引数はファイル名であることが多いそこでシェルは入力されたコマンド文字列の 2 個目以後の単語が途中まで入力されてから Tab キーが押されるとカレントディレクトリにあるファイルディレクトリ名のうち当てはまるものを探して補完する機能をもつ例えばワークディレクトリに居るときに ls pro と入力し pro の直後に Tab キーを押すと補完機能により ls programs となる 2.g.2. コマンドライン編集機能コマンド入力でスペルミスをおかすことは多いキーで直したいところまでカーソルを動かして編集することができるなお Ctrl キーを押しながら a を押すとカーソルが行頭へ移動する 10 また Ctrl キーを押しながら e を押すとカーソルが行末へ移動する 11 これは知っておくと便利である 2.g.3. ヒストリー機能既に知っている者も多いと思うがキーを押すと 12 過去に実行したコマンド文字列を呼び戻すことができる同じ操作を何度も繰り返すときに便利だまた上述のコマンドライン編集機能と併用することもできるので過去に実行した処理のファ 8 gnuplot はグラフを描画するソフトウェア 9 オプションは通常 ( ハイフン ) の直後にアルファベットや数字という書式であるまた行末の & はその処理をバックグラウンドで実行せよ!! とコンピューターに指令する役割をもつ UNIX システムはマルチタスクなので同時に複数の処理を実行することができる 10 キーボードの矢印キーの上側にある Home キーを押すのでもよい 11 同様に End キーを押すのでもよい 12 Ctrl キーを押しながら P を押すのでもよい遠い過去に実行したコマンド文字列に遡った後でつい最近のコマンド文字列へ戻るときにはキーを押すか Ctrl キーを押しながら N を押す Y1 11

イル名だけを変えて再実行するときなどに便利だ history というコマンドを使うと過去に実行したコマンド文字列のリストを見ることができる次の図に実行例を示す [t_yoda@ippc101 ~/works]# history 1 12:33 ls 2 12:33 ls -l 3 12:34 ssh 172.17.1.49 4 12:34 ssh yoda@172.17.1.49 5 12:39 man chmod 6 12:43 q 7 12:43 ls 8 12:43 cd 9 12:43 ls 10 12:43 cd.

12 イル名だけを変えて再実行するときなどに便利だ history というコマンドを使うと過去に実行したコマンド文字列のリストを見ることができる次の図に実行例を示す ~/works]# history 1 12:33 ls 2 12:33 ls -l 3 12:34 ssh :34 ssh yoda@ :39 man chmod 6 12:43 q 7 12:43 ls 8 12:43 cd 9 12:43 ls 10 12:43 cd :43 ls 12 12:43 ls -ld t_yoda/ 13 12:43 chmod go+rx t_yoda 14 12:43 ls -ld t_yoda/ 15 12:43 chmod go-rx t_yoda 16 12:43 ls -ld t_yoda/ 17 12:44 man chmod 18 12:49 man ls [t_yoda@ippc101 ~/works]# 表示された中で例えば 17 番目に実行されたコマンド (man chmod) を再度実行するには次のようにすればよい!17 以上で基本的な UNIX コマンドの復習を終える一度に全部覚えられるものでもないのでこのプリントや参考書を常備しておくとよいだろう Y1 12

1 ログインとログアウト 1.1 ログインログイン画面で [ password ] 欄にパスワードを入力します (図 1) 図 1 ログイン画面正しくログインができると Ubuntu のデスクトップ画面図２が表示されます図２ Ubuntu デスクトップ画面 2

1 ログインとログアウト 1.1 ログインログイン画面で [ password ] 欄にパスワードを入力します (図 1) 図 1 ログイン画面正しくログインができると Ubuntu のデスクトップ画面図２が表示されます図２ Ubuntu デスクトップ画面 2 仮想型端末(Ubuntu)の基本的な操作方法第1版目次 1 2 ログインとログアウト...2 1.1 ログイン...2 1.2 ログアウト...3 Terminal の操作...4 2.1 Terminal の起動...4 2.2 Terminal でよく使う基本コマンド...5 3 日本語入力...6 4 ファイルアクセスとディレクトリ構造...7 5 6 7 8 4.1 ホームディレクトリ...7