: western blot Photoshop () () NIH (National Institute of Health) Image JWindowsMac ( ) () Image J 2017.5.13 1
2 n ImageJ (intensity) ImageJ 0 0 0 0 26 26 26 26 234 234 232 238 255 255 245 131 0255 256 Bit
Resolution Depth n (resolution, dpi = dot per inch) (resolution) dpi (2.54 cm ) n Bit (bit depth) Bit depth - ( ) (N bit 2 N ) 1bit 2bit- - -4 8 bit0-255 256 8 bit intensity dynamic range (300 ) 16 bit 65536 10000 dynamic range 8bit 16bit 8bit( )viewer16bit (Windows viewer) 16-bit v.s. 8-bit 3
n vendor specific format TIFF JPEG OK TIFF (Tagged Image File Format): LZW (1-3MB) JPEG: () (100-300KB) PNG (Portable Network Graphics): TIFF JPEG (500-1MB) JPEG Vendor specific format 4
サイエンス向けの画像処理ソフトImage J n 研究室での基本的な画像の取り扱いは ImageJで十分 研究目的の画像処理では 有料のPhotoshopを使 う必要性はあまりない むしろ Photoshopは写 Image Jの入手 NIHより入手: https://imagej.nih.gov/ij/index.html ImageJ.netから入手: https://imagej.net/imagej 真の修正などが本来の用途であり サイエンス分 Image Jのバリアント 野では使うべきではない機能も多い その点で ImageJには現在複数のバリアント(亜種)が存在する 上 ImageJは誤って使ってはならない機能を使ってし 記二つは本流と思われるものである まう危険性は低い 有名なバリアントとしてFijiがある サイエンス分野で よく使うプラグインをまとめたもので使い易い (この資料 でImage Jを説明しているのは 単純に筆者は説明できる ほどFijiを使っていないため) Fiji: https://fiji.sc 新しいバリアントの一つに ImageJFXがある これは ImageJのユーザーインターフェースを改良したもので ImageJの 使いにくさ を改善している データのブラ ウズ機能なども加わり 商用ソフトウェア並みに使いやす くなっている 今後 ユーザーが増える可能性がある た だし 2017.5現在 Mac用はまだベータ版で安定に動作 せず (OS X 10.10 Yosemiteでテストしたところ 動作 はするが多少エラーがでている) Enhance Contrastな どの機能が見当たらないなどの問題もあると思われる ImageJFX: http://www.imagejfx.net 5
Image J n Image J ImageJ (+ or -) Image J Image J ImageJ p p p p p p p p p p p ( ) Line Rectangular p p p p p 6
() Image J () n Image J PC ( ) Image J Image J Parallel threads ( ) 7
Image J (Adjust Brightness) n () saturation () (Adjust Brightness) saturation OK OK Saturation saturation Cut-off cut-off OK 8
Image J (Enhance Contrast) n EnhanceContrast Enhance Contrast% saturation (100) intensity saturation 0.1% 0.05% Enhance Contrast saturation Image > LUT > HiLo (Gray + Invert LUT) Enhance Contrast (autorange) Enhance Contrast (0.05% saturation) Enhance Contrast (0.5% saturation) (LUT: HiLo ) 9
Image J n Image J8-16- 24-bit ( ) 16-bit 32-bit 8-bit n Image J RGB Color R (red) / G (green) / B (blue) 8-bit 16-bit 24-bit 8-bit (256) Image J 8-bit Color256 10
Image J : JPEG quality n JPEG quality85-100 JPEG quality 75 TIFF JEPG quality 100 JPEG TIFF JPEG quality Original (TIFF) 225KB 100% JPEG 85KB 90% JPEG 35KB 70% JPEG 15KB 11
Mac Preview16bit TIFF n Image J Preview (Mac) 16-bit tiff Image J Preview autorange Preview 16-bit(1-2 16 -)Image J - 16-bit / Mac Preview range Image J (default) Image J autorange 12
n (interpolation ) Interpolation Interpolation () () interpolation ( ) 13
(crop) n (crop) crop (supporting ) (crop) Rectangular crop # ( ) saturation 14
n Image Jintensity intensity n intensity Gray (LUT) Inverted Pseudo-color ( Royal ) 15
n Composite (stack) ( ) merge 16
n 10% n ( ) 8-bit 256 p p p 17
Montage n (montage) ImageJ (montage) Green Red merge montage 18
n stack Enhance Contrast Image J Adjust > Brightness & Contrast ( ) Stack ( ) Stack montage 19
n ( )( ) Set Display Range min max Image J 20
n n ( ) () binning n live () n replicate ( ) ( ) Flow cytometry n 21
n RectangularAnalyze > Measure (Command+M) ROI Manager MeanIntDen ROI Manager 22
ImageJ n File extension for tables.xls xlscsv ( ) Excel.csv n table Copy column headers table n table Analyze > Set Measurements (Result table Set Measurements) Area: ROI(TIFF) (ImageJROI inch ) Mean: ROI IntDen&RawIntDen: IntDen RawIntDen ROI ( ) 23
n calibration calibration 10µm etc. 24
Calibration bar n calibration bar calibration bar ( ) Calibration bar 25
n saturation n ( ) Photoshop n () Photoshop(S ) ( ) () n 26