2018/3/7 HΦ version 3.0.0 インストール手順書 (Linux 64 ビット版 )
目次 1. アプリケーション概要...- 1-2. システム環境...- 1-3. 必要なツール ライブラリのインストール...- 1-1 cmake...- 2-2 numpy...- 3-4. アプリケーションのインストール...- 4-5. 動作確認の実施...- 5 -
本手順書は HΦ の入手からインストールまでを説明した資料です 2018/3/7 1. アプリケーション概要 本手順書が対象としているアプリケーションは以下の通りです アプリケーションの詳細につきまし ては オフィシャルサイトをご参照下さい アプリケーション名 HΦ バージョン 3.0.0 オフィシャルサイト http://issp-center-dev.github.io/hphi/index_en.html ダウンロードサイト https://github.com/issp-center-dev/hphi/releases/download/ 2. システム環境 本手順書が想定するシステム環境は以下の通りです 実際のシステム環境に応じて パスやコマンド 等を読み替えてご利用下さい OS RedHat Enterprise Linux 7.2 コンパイラインテル Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux 17.0.4 インストール先 /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196 MPI ライブラリインテル MPI ライブラリ for Linux 2017 Update 3 ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) 数学ライブラリインテル Math Kernel Library for Linux ( 上記コンパイラに同梱のバージョン ) 各種アプリケーション プログラムのインストールディレクトリ $HOME/package インストール用の作業ディレクトリ $HOME/src 3. 必要なツール ライブラリのインストール HΦ をインストールするにあたって 必要となるツール ライブラリ等のプログラムをインストールします - 1 -
2018/3/7 1 cmake 環境変数の設定ロケールを変更します $ LANG=C インストールディレクトリの作成 インストールディレクトリ ($HOME/package/cmake) を作成します $ mkdir -p $HOME/package/cmake コンパイル用の作業ディレクトリの作成コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し 移動します $ mkdir -p $HOME/src $ cd $HOME/src プログラムの入手 プログラムをダウンロードします (2018/2/1 時点の最新版 3.10.2) $ wget https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.2.tar.gz プログラムファイルの展開 プログラムの圧縮ファイル ($HOME/src/cmake-3.10.2.tar.gz) を展開します $ tar xvf cmake-3.10.2.tar.gz 展開されたディレクトリ ($HOME/src/cmake-3.10.2) に移動します $ cd cmake-3.10.2 コンパイルオプションの設定 インストールディレクトリ ($HOME/package/cmake) を指定します 1 $./bootstrap --prefix=$home/package/cmake --parallel=8 インストール実行 8 並列にてコンパイルを実行し インストールします $ make -j8 $ make install 1 名古屋大学環境の場合 初期状態で利用可能な GCC のバージョンが古いため失敗します 新しいバージョンの GCC を使用するため 以下を設定してから bootstrap を実施してください $ PATH=/center/local/apl/cx/OpenFOAM/gnu/bin:$PATH $ LD_LIBRARY_PATH=/center/local/apl/cx/OpenFOAM/gnu/lib64:/center/local/apl/cx/OpenFOAM/gnu/lib: $LD_LIBRARY_PATH(1 行で入力してください ) - 2 -
2018/3/7 動作確認の実施環境変数 PATH にインストールディレクトリ ($HOME/package/cmake) にある bin ディレクトリのパスを追加し どのディレクトリからでも cmake コマンドを実行できるようにします $ PATH=$HOME/package/cmake/bin:$PATH プログラムを起動し バージョンを表示させます $ cmake -version 下記の通り表示されれば インストール完了です cmake version 3.10.2 CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake). 2 numpy 環境変数の設定ロケールを変更します $ LANG=C コンパイル用の作業ディレクトリの作成コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し 移動します $ mkdir -p $HOME/src $ cd $HOME/src 数学ライブラリの設定数学ライブラリの環境設定を行います ( インストール環境に応じて パスやコマンド等を読み替えて下さい 2 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) プログラムの入手 プログラムをダウンロードします (2018/2/1 時点の最新版 1.14.0) 2 コンパイラおよびライブラリの設定については 環境に応じて 下記の通り実行してください 名古屋大学環境の場合 $ source /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/bin/compilervars.sh intel64 $ source /center/local/apl/cx/intel/impi/5.0.3.049/bin64/mpivars.sh $ source /center/local/apl/cx/intel/composer_xe_2015/mkl/bin/mklvars.sh intel64 九州大学環境の場合 $ module load intel/2017-3 -
2018/3/7 $ wget https://pypi.python.org/packages/ee/66/7c2690141c520db08b6a6f852f a768f421b0b50683b7bbcd88ef51f33170/numpy-1.14.0.zip#md5=c12d4bf380ac92 5fcdc8a59ada6c3298(1 行で入力してください ) プログラムファイルの展開 プログラムの圧縮ファイル ($HOME/src/numpy-1.14.0.zip) を展開します $ unzip numpy-1.14.0.zip 展開されたディレクトリ ($HOME/src/numpy-1.14.0) に移動します $ cd numpy-1.14.0 インストール実行 setup.py を使用してインストールします 3 $ python setup.py build $ python setup.py install --user インストールの際に--user を指定する事で $HOME/.local に numpy がインストールされます 4. アプリケーションのインストール HΦ のインストールを実施します 環境変数の設定 ロケールを変更します $ LANG=C コンパイラおよびライブラリの設定を行います ( インストール環境に応じて パスやコマンド等を読み替えて下さい 2 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) インストールディレクトリの作成 インストールディレクトリ ($HOME/package/hphi) を作成します $ mkdir -p $HOME/package/hphi コンパイル用の作業ディレクトリの作成 コンパイル用の作業ディレクトリ ($HOME/src) を作成し 移動します $ mkdir -p $HOME/src 3 名古屋大学環境の場合 初期状態で利用可能な python のバージョンが古いため失敗します 新しいバージョンの python を使用するため 以下を設定してから python setup.py を実施してください $ export PATH=/center/local/apl/cx/amber/16.0/miniconda/bin:$PATH - 4 -
$ cd $HOME/src 2018/3/7 アプリケーションの入手アプリケーションをダウンロードします $ wget https://github.com/issp-center-dev/hphi/releases/download/v3.0.0/ HPhi-3.0.0.tar.gz(1 行で入力してください ) アプリケーションファイルの展開 アプリケーションの圧縮ファイル ($HOME/src/HPhi-3.0.0.tar.gz) を展開します $ tar xvf HPhi-3.0.0.tar.gz 展開されたディレクトリ ($HOME/src/HPhi-3.0.0) に移動します $ cd HPhi-3.0.0 コンパイルオプションの設定コンパイルを実施するディレクトリ ($HOME/src/HPhi-3.0.0/build) を作成し 移動します $ mkdir build $ cd build インストールディレクトリ ($HOME/package/hphi) を指定します 1 3 $ cmake.. -DCONFIG=intel -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/package/hphi >& CO NFIGURE.LOG(1 行で入力してください ) 他のオプションは,HPhi-3.0.0/config ディレクトリの下のファイル名を参照して下さい 例えば gcc.cmake(gcc 使用 ) を選択する場合は,-DCONFIG=gcc を指定します インストール実行 8 並列でコンパイルを実行します ( コンパイルに数分要します ) $ make -j8 >& MAKE.LOG インストールを実行します $ make install 5. 動作確認の実施 テストデータを用いた 4 並列および 16 並列計算による動作確認を実施します ( 合わせて 30 分程度要 します ) 計算実行の際は インストール環境の方針に応じて ジョブスケジューラを使用してください 計算の実行 展開されたディレクトリ ($HOME/src/HPhi-3.0.0) に移動します - 5 -
$ cd $HOME/src/HPhi-3.0.0 2018/3/7 MPI ライブラリの設定を行います ( インストール環境に応じて パスやコマンド等を読み替えてください 2 ) $ source /opt/intel/compilers_and_libraries_2017.4.196/linux/bin/ifortva rs.sh intel64(1 行で入力してください ) 4 並列および 16 並列でテストを実行します $ make test MPIRUN="mpiexec.hydra -np 4" >& TEST.LOG.4 $ make test MPIRUN="mpiexec.hydra -np 16" >& TEST.LOG.16 出力結果 ( ここでは TEST.LOG.4 および TEST.LOG.16) に 100% tests passed, 0 tests failed out of 47 が出力されている事を確認して下さい $ tail TEST.LOG.16 Start 45: te_hubbard_chain_interall_diagonal 45/47 Test #45: te_hubbard_chain_interall_diagonal... Passed 0.91 sec Start 46: te_spin_chain_interall 46/47 Test #46: te_spin_chain_interall... Passed 2.56 sec Start 47: te_kondo_chain_interall 47/47 Test #47: te_kondo_chain_interall... Passed 85.69 sec 100% tests passed, 0 tests failed out of 47 Total Test time (real) = 779.23 sec 以上 - 6 -