BioRuby 10 <k@bioruby.org> http://bioruby.org/ 46th SIG-MBI / 14th Open Bio 2011/3/25-26 @ JAIST
2000 BioPerl KEGG, GenBank Perl BioPerl BioPerl Ruby BioRuby 2000
2001 BOSC - Bioinformatics Open Source Conference コペンハーゲンで ISMB/BOSC 2001 が開催された 奥地さんが BioRuby プロジェクトの１年目の成果を発表した すでにゲノムブラウザが作れる程度には成熟していた 他の Open Bio* の開発者たちと出会い 多くの刺激を受けた EBI に寄って Ensembl とオープンバイオのコンセプトを議論した BioRuby what?!%$@
2002-2003 BioHackathon の誕生 EBI 訪問をきっかけに 2002, 2003 年の Open Bio* BioHackathon に招待 OBDA - Open Bio* Database Access Open Bio* 共通の DB アクセスプロトコルの合意 Bio::Registry, Bio::Flat, Bio::Fetch, Bio::SQL
2002-2005 GenBank location
2004-2011 Open Bio* KGB - KNOB, G-language, BioRuby - BioRuby http://open-bio.jp/book
2005-2006 IPA Ruby 2005 2006 Open Bio* BioRuby 1.0 / ChemRuby 1.0
2008-2010 DBCLS BioHackathon で国際連携を強化 しばらく開催されていなかった BioHackathon を統合DBで主催 Web Service によるリソース統合 相互運用性の向上を Open Bio* の課題に 海外の Open Bio* (含 BioRuby) 開発者との緊密な関係を構築 新しい方向性を追求 たとえば Semantic Web / RDF / SPARQL
2010 BioRuby Skype 2010/10 BioRuby 1.4.1
Open Bioinformatics Foundation O B F BioPerl, BioPython, BioJava, BioRuby CVS/SVN BOSC BioHackathon BioPerl
BioRuby Open Bio* O B F open-bio.org CVS/SVN BioRuby
GitHub BioRuby 2010 GitHub GitHub GitHub BioRuby fork ( ) BioRuby GitHub pull request
GitHub GitHub
BioHackathon Raoul Bonnal BOSC 2010 Ruby RubyGems BioRuby BioGem RubyGems 2010/12/24 BioGem NGS GFF3 etc. gem install bioruby-hoge gem install bio-gem biogem hoge cd bioruby-hoge (GitHub ) rake relase
BioHelpathon BioHackathon http://biohelpathon.org/ http://groups.google.com/group/biohelpathon