26 NBDC/DBCLS <ktym@dbcls.jp> http://jp.linkedin.com/in/toshiakikatayama 2014/6/2 @ NBDC (JST )
26 NBDC RDF DB 国 内 外 に 散 在 しているライフサイエンス 分 野 のデータやデータベー スについて それらの 共 有 を 強 力 に 促 進 し 公 共 財 として 誰 でもが 自 由 に 活 用 できるようにするとともに 生 物 種 や 個 々の 目 的 やプロ ジェクトを 超 えて 幅 広 い 統 合 化 を 実 現 することにより データがよ り 多 くの 分 野 の 研 究 者 開 発 者 技 術 者 に 簡 便 に 利 活 用 できるよう にして データの 価 値 を 最 大 化 することを 目 指 すものです
= 3.0 RDF ID : ID URL Ontology: Linked Data: Ontology RDF
: RDF RDF: Resource Description Framework (Subject) - (Predicate) - (Object) - ID () - () - ID () () s RDF p o <> <> <>/ RDF <http://genome.db/gene1> rdf:type so:0000704. <http://genome.db/gene1> rdfs:label APOE. RDF ID = RDF
: SPARQL SPARQL: SPARQL Protocol and RDF Query Language RDF name RDF SELECT?gene?name?drug?effect WHERE {?gene rdf:type so:0000704.?gene rdfs:label?name.?gene :dose?drug.?drug :has_effect?effect. } effect gene drug RDF
(OWL, RDF, RDFS, DC, SKOS, OBO,...) W3C RDF (RDF/XML, Turtle, TriG,...) RDF W3C SPARQL 1.1 SPARQL RDF (REST API, HTML, CSS, JavaScript, JSON,...) (NGS,,...)
25 DB TogoDB TogoWS TogoTable OReFiL BioHackathon SPARQLthon DB OpenID LSQA Galaxy TogoGenome TogoStanza GGGenome GGRNA SRA RefEx Bodyparts 3D LODQA OntoFinder OntoFactory PubAnnotation TogoDoc inmexes Allie Colil TV
26 NBDC/DBCLS NBDC/DBCLS 1. RDF RDF 2. RDF 3. RDF 4. /
NBDC/DBCLS 2. DB P DB RDF 1. RDF RDF W3C-HCLS DB FALDO Identifiers.org BioHackathon / SPARQLthon DDBJ/EBI/NCBI/UniProt RDF 3. DB QA 4. / (NBDC/DDBJ )
NBDC/DBCLS 1. RDF RDF RDF DB RDF
NBDC/DBCLS 1. RDF RDF RDF DB - - - RDF RDF ( )
NBDC/DBCLS 2. DB P DB RDF BioHackathon TogoGenome/MicrobeDB.jp/CyanoBase/MBGD TogoStanza NBDC/DBCLS SPARQLthon = TPP RDF TPP RDF
NBDC/DBCLS (TPP) RDF 2. DB P DB RDF - RDF - RDF - TPP RDF - SPARQLthon - BioHackathon RDF summit TPP 2 SPARQLthon 1 TPP 5 RDF RDF INSDC <-> Ensembl RDF 11 BioHackathon
NBDC/DBCLS NGS DDBJ RefEx RNAi, CRISPR SPARQL RDF BioPortal TogoStanza 3. DB QA
NBDC/DBCLS - NGS - - - RDF DB α - IBM - TV - DB - 3. DB QA
NBDC/DBCLS RDF - - - RDF DB - DB 4. / (NBDC/DDBJ )
26 RDF summit 5/17-20 ( ) INSDC, Ensembl RDF SPARQLthon 6/18-19 21 DBCLS 7/15-16 22 10/5 BioHackathon 2014 11/9-14 14.14 biohackathon-jp@googlegroups.com