05..9 版 仮 想 マシンの 作 成 およびBio- Linux 8のインストール Windows 版 東 京 大 学 大 学 院 農 学 生 命 科 学 研 究 科 孫 建 強 湯 敏 西 岡 輔 清 水 謙 多 郎 門 田 幸 二 kadota@bi.a.u-tokyo.ac.jp http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
はじめに ここではiso 形 式 ファイルのイメージファ イルを 用 いたインストール 法 を 示 します 前 提 条 件 :VirtualBoxおよびExtension Packを 導 入 済 み Bio-Linux 8のインストールはつのやり 方 がある ova 形 式 を 利 用 :HDDやメモリ 容 量 など 予 め 設 定 されたものをイ ンポートして 利 用 するやり 方 導 入 は 簡 単 ですぐに 利 用 開 始 で きるというメリットがあるものの 大 きなデータを 取 扱 う 場 合 に 容 量 不 足 になるなど 本 格 的 なデータ 解 析 時 には 不 具 合 が 生 じる 場 合 が 多 い iso 形 式 を 利 用 : 自 分 でBio-Linux 8(ゲストOS)の 最 大 利 用 HDD 容 量 などを 設 定 しながらインストールしていくやり 方 手 順 は 多 いが 利 用 中 に 空 き 容 量 が 足 りない などのエラーに 遭 遇 した ときに 何 が 問 題 かを 把 握 しやすいのではないだろうか
はじめに 特 に 番 目 の 項 目 の 3 bitマシンでどんな 不 具 合 がで ますか?どんなことならできますか? 的 な 質 問 をよく 受 けますが 答 えは やってみなければわかりません です この 資 料 作 成 は VirtualBox ver. 5.0.0で 行 っています バージョンによってはうまくインストールできないかもしれません Windows7 64bit 環 境 (NTFSフォーマット)で 動 作 確 認 を 行 っています 3bit 環 境 では( 成 功 例 も 有 るが) 失 敗 する 可 能 性 が 高 い FAT3フォーマットでは4GB 以 上 の 大 きなファイルを 扱 えない BioLinux8のインストール 言 語 は 初 期 設 定 のまま(English)がよい 日 本 語 を 選 ぶと インストールがクラッシュしました と 出 る 3
ダウンロード(Bio-Linux 8) Bio-Linuxのウェブページにいく Bio-Linux などでググります Bio-Linux Downloadをクリック 4
ダウンロード(Bio-Linux 8) ダウンロードサイト Download from main site 約 3.6GBなので 結 構 時 間 がかかる 任 意 の 場 所 に 保 存 (ここでは ダウンロード ) bio-linux-8-latest.isoというファイ ルがあるはず 5
仮 想 環 境 の 設 定 VirtualBoxの 起 動 新 規 ボタン を 押 して 仮 想 マシンの 作 成 をスタート ここでの 目 的 は Bio-Linux 8の 導 入 である VirtualBoxを 利 用 して どんな OSのものを 導 入 して どの 程 度 のHDD 容 量 を 与 えるか みたいな 設 定 をする という 理 解 でよい 6
仮 想 環 境 の 設 定 (Windows 7 環 境 なので)デフォルトはのように なっている 任 意 の 名 前 をつけてよいが Bio- Linux 8を 導 入 したいのでここでは BioLinux8 と 入 力 している そうすると 名 前 のところのLinux というキーワードを 自 動 検 知 して タイプのところ も 変 更 される ただし 3バージョンのところが 目 的 の Ubuntu (64 bit) になっていないので バー ジョンのところを 手 作 業 で 変 更 する 必 要 がある 3 7
仮 想 環 境 の 設 定 バージョンのところを Ubuntu (64 bit) に 変 更 そうなっていることを 確 認 して 3 次 へ 3 8
仮 想 環 境 の 設 定 ( 私 のノートPCは8GBメモリなので) 最 大 89MB まで 設 定 可 能 NGS 解 析 は 最 低 GB 程 度 はないと 厳 しいため 048MBに 変 更 して 3 次 へ 3 9
仮 想 環 境 の 設 定 (デフォルトの) 仮 想 ハードディスクを 作 成 する 作 成 3(デフォルトの) VDI (VirtualBox Disk Image) 4 次 へ 3 4 0
仮 想 環 境 の 設 定 (デフォルトの) 可 変 サイズ 次 へ 3 仮 想 マシンの 名 前 をBioLinux8にし たヒトはこうなっているはず 4HDD 容 量 は(デフォルトの8.00 GBは 少 なすぎるの で)ここでは00 GBに 変 更 する 3 4
仮 想 環 境 の 設 定 4HDD 容 量 を00 GBに 変 更 した 後 の 状 態 もちろんホストOS( 私 のWindows 7ノ ートPCの 場 合 )のHDDの 残 り 容 量 が300 GB 程 度 以 上 あるのでこのぐらいの 大 き さを 指 定 できた 手 間 のかかるisoファイ ルから 行 う 主 な 理 由 が ここで 自 分 の PC 状 態 に 合 わせられる 点 です 5 作 成 3 4 5
仮 想 環 境 の 設 定 VirtualBoxマネージャー 画 面 にBioLinux8の 設 定 が 表 示 されました 確 かに 自 分 が 指 定 した3048 MBメモリ 4ファイルタイプはvdi 形 式 500 GBの HDD しかし ここまでの 作 業 はまだ これくらいの 箱 を 用 意 する という 設 定 をしたにすぎない また ここでの BioLinux8という 名 前 は 単 純 にVirtualBox 内 での 識 別 用 にすぎず 仮 想 PC 本 体 のPC 名 とは 異 なる 3 5 4 3
仮 想 環 境 の 設 定 設 定 システム 3プロセッサー ここでCPU 数 を 割 り 当 てることができる 例 えば マッピング 時 に CPU 使 い たい 場 合 には 4をに 変 更 する 3 4 4
仮 想 環 境 の 設 定 設 定 システム 3プロセッサー ここでCPU 数 を 割 り 当 てることができる 例 えば マッピング 時 に CPU 使 い たい 場 合 には 4をに 変 更 して 5 OK 3 4 5 5
isoファイルのマウント ここからが 予 めダウンロードしておい たBio-Linux 8のisoファイルの 導 入 作 業 設 定 ストレージ 3 空 4を クリックし 5 仮 想 光 学 ディスクファイ ルを 選 択 4 3 5 6
isoファイルのマウント ( 私 はココにisoファイルをダウンロー ドした ) isoファイルを 選 択 して 3 開 く 3 7
isoファイルのマウント isoファイルが 見 えるようになったの を 確 認 して OK 8
isoファイルのマウント isoファイルがvirtualboxマネージャー 上 でも 見 えるようになった( 光 学 ドライブに 挿 入 された)ことがわかる これでOSの 新 規 インストールを 始 めることができる 起 動 9
インストール(Bio-Linux 8) 分 ほどでこのような 画 面 にな る 言 語 は 日 本 語 を 選 ぶこと もできるが 無 難 にEnglishのま まで 行 う Install Bio-Linux 0
インストール(Bio-Linux 8) Continue
インストール(Bio-Linux 8) Install Now Erase disk と 書 いてあるが ホストOSのデ ータが 消 えるわけではないので 特 に 気 にしなくてよい
インストール(Bio-Linux 8) 何 を 聞 かれているのかよくわか らないが とりあえずContinue 3
インストール(Bio-Linux 8) どこに 住 んでいますか?と 聞 かれるの で 居 住 地 のタイムゾーンを 指 定 基 本 的 にそのままでよい Continue 4
インストール(Bio-Linux 8) キーボードの 設 定 をします 通 常 は 番 上 の Japanese を 選 びます Continue 5
インストール(Bio-Linux 8) Your nameのところでは 任 意 の 名 前 を 入 力 します アグリバイ オ 貸 与 PCは iu で 統 一 していま す 他 の 設 定 部 分 を 変 えなくてい いので iuにしておくのが 無 難 6
インストール(Bio-Linux 8) Your nameのところで iu と 入 力 す ると 自 動 的 にyour computer s name とPick a usernameが 埋 まる Your computer s nameが 長 いと 見 づらくな るので biolinux に 変 更 する 7
インストール(Bio-Linux 8) ヒトによって 環 境 が 異 なるが biolinux にしようとしてエラーが 出 てい るところ これは 門 田 のPCネットワー ク 環 境 では 既 にbiolinuxというPC 名 の ものが 存 在 するため 同 一 のbiolinux という 名 前 にすることはできない とい うものです 8
インストール(Bio-Linux 8) 次 善 の 策 として PC 名 を bielinux に 変 更 したところ 特 に 文 句 を 言 われて いないので ここではこれで 進 めます ここで 指 定 した 名 前 がターミナル 起 動 時 に 見 られるPC 名 となります 9
インストール(Bio-Linux 8) ログインパスワードを 設 定 ここでは passと 打 ったところを 示 している あ まり 短 いとShort passwordと 文 句 を 言 われて 先 に 進 めません 30
インストール(Bio-Linux 8) パスワードをpass409としてみたら Fair passwordとなり 大 丈 夫 なようです 3
インストール(Bio-Linux 8) Confirm your password のところ にも 同 じpass409を 打 ち 込 むと Continueボタンを 押 せるようになる 3
インストール(Bio-Linux 8) インストール 作 業 がはじまる 約 0-5 分 で 33
インストール(Bio-Linux 8) Restart Now (ホストOSで はなく)ゲストOSの 再 起 動 です 34
インストール(Bio-Linux 8) 数 分 程 度 でこのような 画 面 になります 私 のPC 環 境 では このような 状 態 に なって 以 降 は 何 も 変 化 がありません こうなったら 自 分 でリセットします 35
インストール(Bio-Linux 8) 仮 想 マシン リセット 3リセット 3 36
Bio-Linux 8にログイン うまく 再 起 動 がかかると このように Bio-Linux 8のログイン 画 面 となる 自 分 で 設 定 したパスワード(この 場 合 pass409)を 入 力 してログイン 37
Bio-Linux 8 初 期 画 面 これがBio-Linux 8の 初 期 画 面 ここ では 壁 紙 が 海 ですが 違 うことがあ ります ランダムで 変 わるようです 38
Bio-Linux 8 初 期 画 面 別 のPCでやったものを 示 しています 赤 矢 印 のようなものが 見 える 場 合 もあるようですが 次 回 からこのメ ッセージを 表 示 しない にしておく 39
Bio-Linux 8 初 期 画 面 赤 色 の 点 線 枠 内 がBio-Linux 8の 画 面 で 枠 外 はVirtualBoxのソフトウェ アのメニュー 画 面 です 赤 矢 印 の 始 点 から 終 点 までGUI 画 面 を 広 げても 40
Bio-Linux 8 初 期 画 面 仮 想 マシン(つまりBio-Linux 8) 側 の 画 面 の 大 きさ( 画 面 解 像 度 )は 変 わりませ ん このため 仮 想 マシン 側 の 画 面 解 像 度 がVirtualBoxのGUI 画 面 の 大 きさに 合 わせて 変 わるように 設 定 変 更 します 4
Guest Additions デバイス Guest Additions のCDイメージを 挿 入 4
Guest Additions こんな 画 面 になります Cancelの 右 側 の Runボタンを 押 したいので 左 に 移 動 させます 43
Guest Additions 左 に 移 動 させたのち Run 44
Guest Additions パスワードを 要 求 される 45
Guest Additions ログインパスワード(pass409)を 入 力 し Authenticate この 画 面 はシステム 変 更 時 によく 出 てくるので パスワードは 覚 えておこう 46
Guest Additions インストール 途 中 経 過 今 やっているのは Guest Additionsのインストール 作 業 です 47
Guest Additions Press Return と 出 たら キーボ ードの Enter キーを 入 力 します すると テキストの 画 面 が 閉 じます 48
Guest Additions こんな 感 じになります 49
一 旦 終 了 仮 想 マシンの 電 源 オフ 3OK 3 50
Guest Additionの 取 り 出 し VBoxGuestAdditions.isoを 取 り 出 す 作 業 を 行 います ここを 空 にするのが 目 的 5
Guest Additionの 取 り 出 し 設 定 ストレージ 3 取 り 出 したいisoファイル 4の ディスクアイコン 5 仮 想 ドラ イブからディスクを 除 去 3 5 4 5
Guest Additionの 取 り 出 し 空 になったのを 確 認 して OK 53
ゲスト ホスト 間 の 設 定 ゲストOS (Bio-Linux 8)とホストOS (この 場 合 Windows 7) 間 のやり 取 り をスムーズに 行 うためのおまじない です 設 定 一 般 3 高 度 3 54
ゲスト ホスト 間 の 設 定 赤 枠 部 分 をつとも 双 方 向 に 変 更 して OK 55
設 定 変 更 確 認 特 段 の 必 要 がなければ 常 に 空 の 状 態 でゲストOS ( つまりBioLinux8)を 起 動 したほうがいいらしい 起 動 56
設 定 変 更 確 認 ログイン 後 の 状 態 GUI 画 面 サイズの 変 更 に 合 わせてBio-Linux 8の 画 面 サイズも 変 わることを 確 認 しておきましょう ただし この 操 作 を 頻 繁 にやるとフリーズしたり いきなり 再 起 動 がかか ったりしますのでやりすぎないほうがいいです 57
Tips: 背 景 を 白 にする ( 印 刷 時 のインク 容 量 削 減 のため)ゲストOSの 背 景 画 面 を 白 に 変 更 します 画 面 中 央 あたり で 右 クリック Change Desktop Background 58
Tips: 背 景 を 白 にする Wallpapersのところを 59
Tips: 背 景 を 白 にする Colors & Gradientsに 変 更 60
Tips: 背 景 を 白 にする 一 番 左 のやつをクリックし て ここで 色 を 選 択 する 6
Tips: 背 景 を 白 にする 白 にして Select 6
Tips: 背 景 を 白 にする ここが 白 に 変 わった ことを 確 認 して 63
Tips: 背 景 を 白 にする 確 かに 背 景 が 白 になりました 64
ターミナルの 起 動 Macintoshユーザは 直 観 的 にわかると 思 いま すが これが ターミナル です Windows の コマンドプロンプト みたいなやつです 65
ターミナルの 起 動 ユーザ 名 @PC 名 となっていて Linuxコマ ンド 入 力 待 ち 状 態 であることがわかります 66
Tips:ターミナルの 設 定 ターミナル 画 面 の 背 景 のクリーム 色 を 白 に 透 過 度 を0%にします 67
Tips:ターミナルの 設 定 ターミナル 画 面 中 央 あたりで 右 クリッ ク Profiles 3Profile Preferences 3 68
Tips:ターミナルの 設 定 のチェックを 外 せば 文 字 の 大 きさを 変 更 できます 69
Tips:ターミナルの 設 定 Colors Background colorのとこ ろをクリーム 色 から 白 色 に 変 更 します 70
Tips:ターミナルの 設 定 Colors Background colorのとこ ろをクリーム 色 から 白 色 に 変 更 します 7
Tips:ターミナルの 設 定 透 過 度 の 設 定 Background こ こをMaximumにすることで ターミナ ル 画 面 の 背 景 が 見 えないようにできる 7
Tips:ターミナルの 設 定 透 過 度 の 設 定 Background こ こをMaximumにすることで ターミナ ル 画 面 の 背 景 が 見 えないようにできる 3 73
Tips:ターミナルの 設 定 変 更 後 の 状 態 74
Tips: 終 了 時 に 仮 想 マシンの 電 源 オフ 3OK 4に チェックしてOKすると ターミナルが 起 動 してい る 状 態 から 次 回 始 まります(ここではしません) 4 3 75
Tips: 別 のPC 上 でも 別 のPC(ホストOS) 上 で Bio-Linux 8をイ ンストールするたびにこのような 面 倒 な 設 定 をする 必 要 はもちろんありません これを 行 うためには ここまで 作 成 したゲストOS の 状 態 をそのままファイルに 保 存 しておく 必 要 があります これが 一 番 最 初 のところで 述 べたovaファイルというものに 相 当 します つまりここで 伝 授 しようとしているのは ovaファイルの 作 成 法 になります 76
Tips:ovaファイルとして 保 存 ファイル 仮 想 アプライア ンスのエクスポート 3 次 へ 3 77
Tips:ovaファイルとして 保 存 BioLinux8.ovaという 名 前 のovaファイルはここに 作 成 される 次 へ 3エクスポ ート 4 残 り 時 間 などとなる が 実 際 には5 分 程 度 3 4 78
Tips:ovaファイル 確 認 たしかにDocumentsフォルダ 中 にovaファイ ル(BioLinux8.ova)が 作 成 されていることがわ かる ファイルサイズが5.35 GB 程 度 と 非 常 に 大 きいが 元 となったisoファイルですら 3.4 GB 程 度 あったのだからこんなもんです 79