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LAS AF Lite Manual 2007.08.23

Ⅰ.Viewerについて Viewer: 画 像 が 表 示 されているウインドウを 指 します 画 像 の 左 右 にあるボタンで 取 得 した 画 像 の 表 示 方 法 を 変 更 などを 行 います 画 像 取 得 後 に 色 を 変 更 したい 場 合 はカラーバ ーをクリックして Lut 設 定 の 中 か ら 色 を 選 択 しま す 分 割 画 面 画 像 上 でのダブルクリック で 分 割 画 面 フル 画 面 の 表 示 を 切 り 替 えられま す フル 画 面 1

ボタンの 機 能 挿 入 した 注 釈 を 選 択 し 移 動 できます 選 択 した 注 釈 などを 削 除 します スケールを 挿 入 します 長 さを 計 測 できます スケールを 選 択 後 マウスを 右 クリックして Properties を 選 択 し 長 さを 入 力 すると 任 意 スケールを 作 成 できます 画 面 表 示 拡 大 ボタン 取 り 込 み 画 像 を 拡 大 します 画 面 表 示 縮 小 ボタン 取 り 込 み 画 像 を 縮 小 します 画 面 表 示 切 替 ボタン 取 り 込 み 画 像 を1:1 表 示 にします デフォルトで Viewer の 大 きさに 合 わせた 表 示 になっています 2

Quick Look Up Table ボタン ボタンを 押 すと Grow Over/Under Gray Original と 表 示 が 変 わります Original Grow over/under Gray 検 出 器 の 表 示 切 替 ボタン 赤 くなっているチャンネルの 画 像 を 表 示 します そのチャンネルの 画 像 を 非 表 示 にしたい 場 合 はクリックして 黒 い 状 態 にします Overlay 表 示 ボタン 複 数 チャンネルでの 取 り 込 み( 多 重 染 色 )のとき 重 ね 合 わせ 表 示 を 行 いま す 再 度 ボタンを 押 すと 解 除 されます Maximum projection ボタン 連 続 断 層 像 の 画 像 の 重 ね 合 わせを 行 います 連 続 断 層 像 方 向 に 最 高 輝 度 の シグナルのみをつなぎ 合 わせて1 枚 の 画 像 を 合 成 します サンプルの 構 造 を 観 察 する 場 合 に 使 用 するための 重 ね 合 わせ 機 能 です 3

ギャラリー 表 示 ボタン 連 続 画 像 をギャラリー 表 示 します 連 続 データを 小 さく 表 示 します 白 色 の 破 線 で 囲 まれている 部 分 を 上 段 で 大 きく 表 示 します Orthogonal Sectioning 3D データの XZ YZ 断 面 を 表 示 します XY 画 像 YZ 画 像 XZ 画 像 Aoto Contrast ボタン 自 動 で 取 得 した 画 像 のコントラストをチャンネルごとに 調 整 を 行 います Contrast 調 整 ボタン コントラストやガンマレベルの 調 整 を 行 うときに 押 すボタンです 4

Reset ボタン ひとつ 前 の 状 態 に 戻 ります コントラスト 調 整 ガンマレベル 調 整 連 続 断 層 画 像 の 先 頭 ページを 表 示 する 前 ページを 表 示 する 連 続 断 層 画 像 を 動 画 で 再 生 次 ページを 表 示 する 連 続 断 層 画 像 の 最 終 ページを 表 示 する 5

Ⅱ. 画 像 の 保 存 Experiments に 表 示 されているデータが 現 在 RAM メモリー 上 で 展 開 しているデータを 表 示 して います これらは 一 時 保 管 されているものであり 保 存 作 業 を 行 う 必 要 があります また 保 存 を 行 うと Experiment の 下 にあるデータが 全 て ひとまとめになって 保 存 されます Experiment 下 にあるデータ 全 て が ひとつの *.lif ファイルに なって 保 存 されます 取 得 画 像 の 保 存 方 法 として 次 の4つから 選 択 できます 1.Leica Image format.lif 形 式 で 保 存 する(SP5(LAS AF)でデータを 読 み 出 すときの 形 式 ) 2. 生 データを 汎 用 ファイル.Tiff または.JPEG 形 式 で 保 存 する SP5 での 再 解 析 は 不 可 ですので 生 データは.lif 形 式 で 保 存 してください 3.Snapshot( 画 面 ハードコピー)として 保 存 する Tiff や JPEG で 出 力 可 能 4.アニメーションファイル.Avi 形 式 で 保 存 する (( 注 意 )) LAS AF で 取 得 した 画 像 の 生 データ(lif 形 式 )を LAS AF Lite で 保 存 するときは 別 名 で 保 存 して ください LAS AF で 再 度 読 み 込 みができなくなってしまいます 6

1. Leica Image format.lif 形 式 で 保 存 する(SP5(LASAF)でデータを 読 み 出 すときの 形 式 ) 1-1. Save Experiment Experiment As を 選 択 します 保 存 したいデータを 反 転 させ マウス 右 ク リ ッ ク を し Save Experiment Experiment As を 選 択 します 1-2.つぎのダイアログが 開 きます 保 存 先 とファイル 名 を 決 め Save ボタンを 押 します 2 回 目 以 降 の 保 存 は Experiment 上 でデータを 選 択 し 右 クリックを 押 し Save Experiment を 選 択 すると 上 書 き 保 存 できます 7

2. 汎 用 ファイル.Tiff または.Jpg 形 式 で 保 存 する 2-1. 保 存 したいデータをアクティベイトし マ ウ ス 右 ク リ ッ ク を し Export Experiment を 選 択 し さ ら に As Tiff... ま た は As JPEG.. を 選 択 します 2-2-1.(TIFF を 選 択 したとき)つぎのダイアログが 開 きます データの 保 存 先 を 決 め OK ボタンを 押 します Destination Folder Browse ボタンを 押 し 保 存 先 を 決 めます Overlay channels チェックがあると 重 ね 合 わせた 画 像 のみを TIFF 形 式 に 変 換 します チェックがないと 各 チャンネルの画 像 を 全 て TIFF 形 式 に 変 換 します 8

2-2-2.(JPEG を 選 択 したとき)つぎのダイアログが 開 きます データの 保 存 先 を 決 め OK ボタンを 押 します Destination Folder Browse ボタンを 押 し 保 存 先 を 決 めます Overlay channels チェックがあると 重 ね 合 わせ た 画 像 のみを TIFF 形 式 に 変 換 します チェックがないと 各 チャンネ ルの 画 像 を 全 て TIFF 形 式 に 変 換 します Quality 数 値 を 小 さくすると 画 像 が 粗 くなります 9

3. Snapshot( 画 面 ハードコピー)として 保 存 する モニターに 表 示 している 重 ね 合 わせ 画 像 などを 保 存 します Annotation Tool を 用 いて コメ ントや 矢 印 などを 入 れた 状 態 でも 保 存 可 能 です モニターに 表 示 されている 画 像 数 のままで 保 存 されます 3-1. 保 存 したい 画 像 上 でマウス 右 クリックをします 3-2. Snapshot または SnapshotAll を 選 択 します Snapshot : 画 像 上 の 選 択 した 領 域 ( 白 の 破 線 で 選 択 された 領 域 )をスナップショット します SnapshotAll : Viewer に 表 示 されている 画 像 をそのままスナップショットします 3-3.Experiment ダイアログに Snapshot または SnapshotAll 画 像 が 追 加 されます 10

3-4. 保 存 します 右 クリックを 押 し Save Experiment を 選 択 し 上 書 き 保 存 します 3-5. 画 像 を 出 力 します 作 製 した Snapshot を 選 択 し アクティベイト し マ ウ ス 右 ク リ ッ ク を し Export Experiment を 選 択 し さら に As Tiff... または As JPEG.. を 選 択 し Export します 3-6-1.(TIFF を 選 択 したとき)つぎのダイアログが 開 きます データの 保 存 先 を 決 め OK ボタンを 押 します Destination Folder Browse ボタンを 押 し 保 存 先 を 決 めます Overlay channels チェックがあると 重 ね 合 わせた 画 像 のみを TIFF 形 式 に 変 換 します チェックがないと 各 チャンネルの 画 像 を 全 て TIFF 形 式 に 変 換 します 11

3-6-2.(JPEG を 選 択 したとき)つぎのダイアログが 開 きます データの 保 存 先 を 決 め OK ボタンを 押 します Destination Folder Browse ボタンを 押 し 保 存 先 を 決 めます Overlay channels チェックがあると 重 ね 合 わせ た 画 像 のみを TIFF 形 式 に 変 換 します チェックがないと 各 チャンネ ルの 画 像 を 全 て TIFF 形 式 に 変 換 します Quality 数 値 を 小 さくすると 画 像 が 粗 くなります 12

4.アニメーションファイル.Avi 形 式 で 保 存 する 4-1.データを Export します 保 存 したいデータを 反 転 させ マウス 右 クリ ックをし Export Experiment を 選 択 し さらに As Avi... を 選 択 します 4-2.Export to AVI ウインドウが 開 きます データの 保 存 先 を 決 め OK ボタンを 押 します Frames/sec 画 像 のフレームレート を 決 めます Overlay channels チェックがあると 重 ね 合 わせ た 画 像 のみを TIFF 形 式 に 変 換 し ます チェックがないと 各 チャンネ ルの 画 像 を 全 て TIFF 形 式 に 変 換 します Use Compression チェックがあるとこの 後 (3-3.) で データを 圧 縮 するか 聞 かれま す チェックがないときはデータを 圧 縮 しないで 保 存 されます 4-3.ビデオの 圧 縮 ウインドウが 開 きます (Use Compression にチェックがあるとき)データを 圧 縮 するかを 決 め OK ボタンを 押 しま す 13

5. 画 像 取 得 条 件 の 確 認 5-1.Properties を 選 択 する 画 像 取 得 条 件 を 確 認 したいデータのとこ ろで マウス 右 クリックをし Properties of を 選 択 する 5-2.Experiment Data ウインドウが 開 きます このデータシートから 画 像 を 取 得 したときの 条 件 がわかります 5-3.Description 欄 に 文 字 をいれることができます Description 欄 に 文 字 をいれ View Description を 押 すと データシートに 追 加 されま す ApplySettings このデータを 取 得 した 時 のセッティングに 戻 します レーザーパワー(AOTF) PMT 感 度 ピンホールサイズ 蛍 光 検 出 幅 が 再 現 されます Save As ボタンを 押 すと *.xml フ ァイルとして 保 存 することができ ます 14

6.その 他 experiments タグ 内 にあるデータを 選 択 し 右 クリックをすると 次 のようなウインドウが 開 き 保 存 やコピーといったことが 可 能 になります Close Experiment : のデータを 閉 じるときに 使 用 します このとき データが 保 存 されていなかったら Save Experiment : のデータを 追 記 して 保 存 するときに 使 用 しま す Save Experiment As : のデータに 名 前 を 付 けて 保 存 します ( 詳 しく は Ⅱ-4. 取 得 画 像 の 保 存 1.Leica Image Format.lif 形 式 で 保 存 する を 参 照 ) Delete : のデータを 削 除 します Rename : のデータの 名 前 を 変 更 します Cut : のデータを 切 り 取 ります Copy : のデータをコピーします Export : のデータを TIFF や JPEG AVI といったファイル 形 式 にし 出 力 します ( 詳 しくは Ⅱ-4. 取 得 画 像 の 保 存 2. 汎 用 ファイル.Tiff または.Jpg 形 式 で 保 存 する 及 び Ⅱ-4. 取 得 画 像 の 保 存 4.アニメーションファイル.Avi 形 式 で 保 存 する を 参 照 ) Properties of : のデータの 取 得 条 件 などを 確 認 します ( 詳 しくは Ⅱ-4. 取 得 画 像 の 保 存 5. 画 像 取 得 条 件 の 確 認 を 参 照 ) 15

Ⅲ.Contrast & Brightness LAS AF Lite では 画 像 の 編 集 として Contrast & Brightness のみご 使 用 いただけます 1. Experiment タブにあるデータを 選 択 し Process メニューをクリックします 上 図 が 表 示 されます 2. Channel から どのチャンネルに 対 し 補 正 を 行 うのか を 決 めます 16

3. Contrast Brightness Gamma のスライダーまたは 数 値 入 力 を 行 います Preview ウインドウの 画 像 に 反 映 されます 4. Apply ボタンを 押 し その 設 定 を 適 用 します 5. 必 要 に 応 じて 画 像 を 保 存 してください (( 注 意 )) LAS AF で 取 得 した 画 像 の 生 データ(lif 形 式 )を LAS AF Lite で 保 存 するときは 別 名 で 保 存 して ください LAS AF で 再 度 読 み 込 みができなくなってしまいます 17

Ⅵ.Quantify LAS AF Lite で Quantify メニューは 画 面 上 での 長 さ 面 積 輝 度 などの 測 定 をする Intensity の みご 使 用 いただけます 画 像 上 での 長 さ 面 積 輝 度 などの 測 定 及 びレシオの 設 定 とグラフの 表 示 等 モードは 以 下 3つがあります それぞれのボタンを 押 して 測 定 モードを 選 択 してから 実 際 の 測 定 作 業 に 入 ります Line Stack Histogram ラインプロフィールツールは 線 に 沿 って 強 度 分 布 の 測 定 を 行 います 取 得 した 画 像 に 描 いた 線 に 沿 って 強 度 デー タを 画 像 から 読 み 込 んで グラフや 簡 単 な 統 計 処 理 を 行 い ます グラフをチャンネルごとに 表 示 するか ROI ごとに 表 示 するか 選 択 することができます Stack Profile 機 能 は ROI(Region of Interest)の 中 で 輝 度 強 度 を 測 定 して それをグラフ 表 示 や 様 々な 統 計 的 な 値 について 計 算 します Stack Profile は XYZ 画 像 や Time-Lapse 画 像 に 対 して 使 用 します Histogram はサンプル 中 で 強 度 分 布 と 頻 度 を 測 定 しま す Histogram 機 能 は 強 度 の 頻 度 を 測 定 して カーブを 表 示 して 様 々な 統 計 的 な 値 について 計 算 します 一 平 面 において 設 定 された ROI 内 のヒストグラムを 表 示 させま す 18

Line Profile ラインプロフィールツールは 線 に 沿 って 強 度 分 布 の 測 定 を 行 います 取 得 した 画 像 に 描 いた 線 に 沿 って 強 度 データを 画 像 から 読 み 込 んで グラフや 簡 単 な 統 計 処 理 を 行 います グラフをチ ャンネルごとに 表 示 するか ROI ごとに 表 示 するか 選 択 することができます 1. Tools タグから Line Profile を 選 択 します 2. Viewer( 画 像 が 表 示 されているウインドウ)の 左 側 に 並 んでいる または を 使 用 し 画 像 上 に 線 を 描 きます (( 注 意 )) Line Profile の 時 に も 選 択 することが できますが グラフや 統 計 に 反 映 されません 19

3. Graphs タグを 押 すと 2.で 指 定 した 線 上 値 の 結 果 をグラフで 表 示 します Tools タグにある Select Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 条 件 を 変 更 できま す チェックがついているものについて 表 示 するようになります Tools できます タグにある Sort charts by Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 方 法 を 変 更 Sort Channels: 検 出 器 ごとに 結 果 を 表 示 します Sort ROIs:ROI ごとに 結 果 をひょうじし ます All in One: 全 てまとめて 表 示 します 4. Statistics を 押 すと 2.で 指 定 した 場 所 の 結 果 を 表 示 します Tools タグにある Select Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 条 件 を 変 更 でき ます チェックがついているものについて 表 示 するようになります Tools タグにある Sort charts by Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 方 法 を 変 更 できます Sort Channels: 検 出 器 ごとに 結 果 を 表 示 します Sort ROIs:ROI ごとに 結 果 をひょうじし ます All in One: 全 てまとめて 表 示 します 20

Line Profile における Statistics の Prameter について Parameter Length Pixels Count Mean Variance Standard Deviation Average Deviation Max. Amplitude Max. Position Min. Amplitude Min. Position Center of Mass Pos. 意 味 ROI で 指 定 した 領 域 の 線 の 長 さ ROI で 指 定 した 領 域 のピクセル 数 ROI で 指 定 した 領 域 の 平 均 輝 度 ROI で 指 定 した 領 域 の 分 散 ROI で 指 定 した 領 域 の 標 準 偏 差 ROI で 指 定 した 領 域 の 平 均 偏 差 ROI で 指 定 した 領 域 の 輝 度 の 最 大 値 ROI の 始 点 から 最 大 値 を 指 名 した 位 置 の 距 離 ROI で 指 定 した 領 域 の 輝 度 の 最 小 値 ROI の 始 点 から 最 小 値 を 指 名 した 位 置 の 距 離 5. 測 定 データの 保 存 ToolウインドウにあるReportボタンをクリックして 保 存 先 を 選 択 します 保 存 データは 1Excel での 数 値 データ 2xml 形 式 (インターネットエクスプローラー 上 で 閲 覧 可 能 )での 画 像 データ 3 画 像 取 得 時 のプロパティ(p.14 参 照 ) が 同 一 フォルダ 内 にそれぞれ 保 存 されます 21

Stack Profile Stack Profile 機 能 は ROI(Region of Interest)の 中 で 輝 度 強 度 を 測 定 して それをグラフ 表 示 や 様 々な 統 計 的 な 値 について 計 算 します Stack Profile は XYZ 画 像 や Time-Lapse 画 像 に 対 して 使 用 します 1. Tools から Stack Profile を 選 択 します 2. Viewer( 画 像 が 表 示 されているウインドウ)の 左 側 に 並 んでいる す または または を 使 用 し 画 像 上 に 線 を 描 きま 22

3. Graphs を 押 すと 2.で 指 定 した 場 所 の 結 果 を Graphs で 表 示 します Tools タグにある Select Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 条 件 を 変 更 できま す チェックがついているものについて 表 示 するようになります Tools できます タグにある Sort charts by Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 方 法 を 変 更 Sort Channels: 検 出 器 ごとに 結 果 を 表 示 します Sort ROIs:ROI ごとに 結 果 をひょうじし ます All in One: 全 てまとめて 表 示 します 4.Statistics を 押 すと 2.で 指 定 した 場 所 の 結 果 を 表 示 します Tools タグにある Select Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 条 件 を 変 更 できま す チェックがついているものについて 表 示 するようになります 23

Tools タグにある Sort charts by Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 方 法 を 変 更 できます Sort Channels: 検 出 器 ごとに 結 果 を 表 示 します Sort ROIs:ROI ごとに 結 果 をひょうじし ます All in One: 全 てまとめて 表 示 します Stack Profile における Statistics の Prameter について Parameter 意 味 Mean Value ROI で指 定 した 領 域 ( 体 積 )の 平 均 輝 度 Pixel Count ROI で 指 定 した 領 域 のピクセル 数 Pixel sum ROI で 指 定 した 領 域 ( 体 積 )のピクセル 総 数 Length 画 像 の 取 得 開 始 点 から 終 了 点 までの 厚 さ Frame Counts 取 得 したフレーム 数 Standard Deviation ROI で 指 定 した 領 域 ( 体 積 )の 標 準 偏 差 Average Deviation ROI で 指 定 した 領 域 ( 体 積 )の 平 均 偏 差 Max. Amplitude ROI で 指 定 した 領 域 ( 体 積 )の 輝 度 の 最 大 値 Max. Position Min. Amplitude ROI で 指 定 した 領 域 ( 体 積 )の 輝 度 の 最 小 値 Min. Position Center of Mass Pos. 5. 測 定 データの 保 存 ToolウインドウにあるReportボタンをクリックして 保 存 先 を 選 択 します 保 存 データは 1Excel での 数 値 データ 2xml 形 式 (インターネットエクスプローラー 上 で 閲 覧 可 能 )での 画 像 データ 3 画 像 取 得 時 のプロパティ(p.14 参 照 ) が 同 一 フォルダ 内 にそれぞれ 保 存 されます 24

Histogram Histogram はサンプル 中 で 強 度 分 布 と 頻 度 を 測 定 します Histogram 機 能 は 強 度 の 頻 度 を 測 定 して カーブを 表 示 して 様 々な 統 計 的 な 値 について 計 算 します 1. Tools から Histogram を 選 択 します 2. Viewer( 画 像 が 表 示 されているウインドウ)の 左 側 に 並 んでいる または または を 使 用 し 画 像 上 に 線 を 描 きます 3. Graphs を 押 すと 2.で 指 定 した 場 所 の 結 果 を Graphs で 表 示 します Tools タグにある Select Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 条 件 を 変 更 できます チェックがついて いるものについて 表 示 するようになり ます 25

Tools できます タグにある Sort charts by Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 方 法 を 変 更 Sort Channels: 検 出 器 ごとに 結 果 を 表 示 します Sort ROIs:ROI ごとに 結 果 をひょうじし ます All in One: 全 てまとめて 表 示 します 4. Statistics を 押 すと 2.で 指 定 した 場 所 の 結 果 を 表 示 します Tools タグにある Select Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 条 件 を 変 更 できま す チェックがついているものについて 表 示 するようになります Tools タグにある Sort charts by Channels and ROIs でグラフ 表 示 する 方 法 を 変 更 できます Sort Channels: 検 出 器 ごとに 結 果 を 表 示 します Sort ROIs:ROI ごとに 結 果 をひょうじし ます All in One: 全 てまとめて 表 示 します Histogram における Statistics の Prameter について Parameter 意 味 Area ROI で 指 定 した 領 域 の 面 積 Mean Value ROI で 指 定 した 領 域 の 平 均 輝 度 Pixel Count ROI で 指 定 した 領 域 のピクセル 数 Pixel sum Maximum ROI で 指 定 した 領 域 の 輝 度 の 最 大 値 Minimum ROI で 指 定 した 領 域 の 輝 度 の 最 小 値 26

5. 測 定 データの 保 存 ToolウインドウにあるReportボタンをクリックして 保 存 先 を 選 択 します 保 存 データは 1Excel での 数 値 データ 2xml 形 式 (インターネットエクスプローラー 上 で 閲 覧 可 能 )での 画 像 データ 3 画 像 取 得 時 のプロパティ(p.14 参 照 ) が 同 一 フォルダ 内 にそれぞれ 保 存 されます 27