Partner logo サイエンス 右 揃 え 上 部 に 配 置 ActivityBase XE, SARViewのご 紹 介 マーケティング 部 2015 年 3 月 23 日
ID Business Solutions Ltd. 1989 年 イギリスで 設 立 設 立 当 初 は 創 薬 / 探 索 部 門 対 象 のコンサルティングがメイン 1993 年 に Activity Base を 開 発 /リリース 2006 年 に 電 子 実 験 ノートE-WorkBook BioBookを 開 発 /リリース 本 社 :イギリス 社 員 数 :325 名 (その 他 アメリカ3カ 所 中 国 豪 州 に 拠 点 ) 製 品 の 向 上 ならびに 周 辺 製 品 の 拡 充 により 創 薬 / 探 索 以 外 にも GMPを 含 む 前 臨 床 農 薬 化 学 化 粧 品 食 品 分 野 などにもマーケットを 拡 大 2
ActivityBaseとは Chemistry( 化 合 物 情 報 ), Biology( 生 物 試 験 情 報 ) 両 方 のデータを 一 つのシステムで 管 理 する 統 合 システム for Biologist HTS から NonHTS in vivo 試 験 ADME/DMPK/Tox まで 創 薬 全 般 をカバー 実 験 データの 他 プロトコル サンプル プレート 情 報 等 を 管 理 可 能 Excelをアッセイデータの 登 録 インターフェースに 使 用 し 研 究 者 に 使 いやすい 環 境 を 実 現 HTS 業 務 にフォーカスして 機 能 拡 張 したTemplate module (XE = extended Edition) 一 般 的 なHTSで 必 要 とされる 解 析 画 面 を 用 意 Testset 内 の 解 析 にフォーカス 3
XE 概 要 従 来 のExcel Templateと 併 用 して 使 える 高 機 能 Template ActivityBase Client Excel with XLfit Reporting tool 同 一 のProtocolで2つの Template typeを 設 定 可 能 XE with MathIQ 4
ABase XE の 特 徴 ( 概 要 ) 計 算 処 理 登 録 処 理 のパフォーマンスが 飛 躍 的 に 向 上 UHTS 業 務 にフォーカスし 384Template100 枚 1000 以 上 のDose Response カーブをストレス なくハンドリング 可 能 デモ 環 境 での 実 績 では384x100 枚 の 処 理 に1~2 分 程 度 同 様 に 1200 程 度 のDRカーブの 計 算 描 画 も2~3 分 にて 対 応 パフォーマンスはH/W 環 境 に 依 存 します ExcelのTemplateよりも 向 上 したチャート(QCにフォーカス) 機 能 Histogram Scatter plot Plate Viewといった 各 グラフが 標 準 装 備 され Tile 形 式 に 複 数 表 示 可 能 チャート 上 からデータのValidation Reject 処 理 や 他 のチャートや 表 へのジャンプなどが 可 能 (データ 修 正 された 情 報 はOracle 側 へ 自 動 反 映 される( 随 時 )) フレキシブルな 実 験 に 対 応 したTemplate 各 ウェルのCompound IDや 濃 度 をXEが 判 断 し n=2のレプリケーションやdose Responseを 計 算 したがってTemplate 上 でプレートフォーマットを 固 定 する 必 要 がなく 異 なるプレートフォーマットを 使 用 し てもTemplateを 変 更 する 必 要 がない Automatic Validation 機 能 QC 対 応 にフォーカス Zprimeの 値 やRejectしたコントロールウェルの 数 などから 自 動 的 にプレート 全 体 の 棄 却 が 可 能 (CTRL を 半 分 以 上 Rejectしたらそのプレートは 全 てReject, など) 5
XEの特徴 -多彩なView機能 Test Validationを効率的に行えるよう 様々なViewが 用意されている チャート上から直接Knock-Outなどの処理が可能 チャートの表示個数は随時変更できる 表示色の設定も自由 Tiled Dose Response View Tiled Plate View Tiled Plate Scatter Plot Tiled Plate Histogram 6
XEの 特 徴 - 多 彩 なView 機 能 の 応 用 各 Viewerを 上 下 や 左 右 に 並 べて 表 示 させることが 可 能 それぞれのViewerで 表 示 している Plateは 連 動 している 7
XEの 特 徴 -QC 機 能 /QCプレート 対 応 プレート 単 位 (プレート 内 ) Testset 単 位 など 様 々なQC 指 標 が 計 算 でき 推 移 等 をVisualize 可 能 ま た QCプレートについてもハンドリングし QCプレート 用 のViewも 用 意 されている QC 用 のVisualization View ZPrime, Z, Control Ave, S/Bなどプレート 単 位 やTestset 単 位 で 計 算 されるQCパラメータもABase 内 に 保 存 可 能 プレートのバーコードIDから 自 動 的 にQCプレートを 判 断 QCプレートの 計 算 値 を 各 サンプルの 計 算 に 利 用 可 能 8
XEの 特 徴 -Kineticデータのサポート- Molecular Devices FLIPR 浜 松 ホトニクス FDSS" などで 解 析 されるCellベースの Kinetic Assay Dataをサポート rawdataファイル 内 の 時 系 列 データを 全 て 取 り 込 み プロットします このWell 内 時 系 列 データを 元 にMax Min 値 等 を 取 得 し Well 代 表 値 とします Well 代 表 値 からの 計 算 ( 例 えば 特 定 のTime Pointでのレシオ 計 算 など)も 可 能 9 9
XEの 特 徴 -Knock-out/Validation XEでは 従 来 Excel Templateで 行 っていた2ステップ でのKnock-out Validation (Verify/Unverify) 機 能 が 簡 略 化 され XE Template 上 でKnock-out 処 理 とValidationが 行 える 各 チャート 上 から 直 接 Knock-out(Invalid) 各 Well 単 位 ( 個 別 ) プレート 全 体 特 定 のWellを 串 刺 し QCチャート(whole testset) 上 での 処 理 3SD 等 計 算 値 ベースでのKnock-outなど Testset 全 体 のステータス 等 を 一 覧 で 簡 単 に 確 認 可 能 Testset 単 位 の Validationメニュー Plate 単 位 の Validationメニュー 10
XEの 特 徴 -Automatic Knock-out XEでは さらに 不 正 値 を 自 動 的 にKnock-outする Automatic Knock-out 機 能 が 用 意 されている この 機 能 を 利 用 することで 解 析 スピードの 短 縮 と 統 一 され た 基 準 による 確 実 なパラメータ 計 算 を 支 援 する 一 般 的 なCriteriaによるKnock-Out (SD 値 によるCTRL, BLANKのKnock-outなど) IC50カーブにおける 統 計 値 ベースのKnock-Out Andrew s Sine Tukey s Bi-Weight Prediction Limits( 信 頼 区 間 によるKnock-out) 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0-10 -20 0.01 0.1 1 10 Andrew s Sine Tukey s Bi-Weight Prediction Limits 11
Posi.CTRL BLANK Posi.CTRL BLANK Posi.CTRL BLANK XEの 特 徴 -flexibleなplateレイアウト 設 定 XE では プレート 上 のCompound IDと 濃 度 を 認 識 し 自 動 的 に 計 算 を 行 うことが 可 能 そのため プレートフォーマットが 異 なる 毎 にTemplateを 再 作 成 する 必 要 がない 同 じCompound ID で 同 じ 濃 度 の 場 合 Replication (n=2など)と 認 識 し 自 動 的 にAverage を 計 算 同 じCompound ID で 濃 度 が 異 なる 場 合 Dose Responseであると 認 識 し 自 動 的 にIC50を 計 算 プレート 間 に 跨 るn=2やDose Responseでも 同 様 に 計 算 可 能 1Testset 内 に 異 なるDoseパターンのプレートを 混 在 させることも 可 能 Control/Blankの 位 置 についても 生 データの 数 値 レンジをベースに 自 動 的 に 判 別 計 算 可 能 異 なるDoseパターンを 一 つのTemplateで 対 応 可 能 12
HCS 対 応 Thermo Cellomics and PE Columbus image store 対 応 その 他 測 定 器 への 対 応 についてはご 要 望 に 応 じて 対 応 致 します 13
IDBS SARview のご 紹 介 14
SARview とは 構 造 式 を 始 めとしたChemistry 情 報 と 様 々な 生 物 試 験 データを 検 索 するレ ポートツール データソースはIDBS 製 品 のみならず 通 常 のOracleデータベースであれば 全 て 検 索 可 能 3 種 類 の 出 力 レイアウト SARview -SAR 形 式 Profile View -1 化 合 物 に 対 する 様 々なプロファイルデータを 表 示 Tile View - 複 数 の 構 造 式 をグリッド 形 式 で 表 示 数 値 や 文 字 データだけでなく 画 像 やグラフデータも 表 示 可 能 Microsoft Excel SD File テキストファイル 等 様 々なフォーマットに 出 力 可 能 pdf ファイル 経 由 で 印 刷 可 能 Data Visualization 機 能 15
SARview - 基 本 的 な 検 索 - フォームを 事 前 に 設 定 されたリストから 選 択 し 検 索 条 件 を 設 定 して 検 索 を 行 います フォームを 選 択 検 索 先 の 選 択 DBへの 検 索 か 検 索 結 果 に 対 する 絞 り 込 みかを 選 択 可 能 検 索 条 件 設 定 パネル 検 索 条 件 には 数 値 や 文 字 の 条 件 の 他 部 分 構 造 検 索 等 も 可 能 です フォームのイメージを 表 示 (Preview) 16
Profile View Profile Viewは 一 つの 化 合 物 に 対 する 様 々なプロパティ 情 報 を 表 示 するための 画 面 レイアウトです SARviewで 選 択 しているデータの 他 その 化 合 物 が 他 の 試 験 ではどのような 結 果 だったのか などを 網 羅 的 に 表 示 することも 可 能 です ActivityBase 以 外 のOracleのデータベース 項 目 をリンク 可 能 ISISの 化 合 物 情 報 など Report Table = SARviewで 選 択 した 項 目 Database Table = ABase 内 の 全 試 験 結 果 Report Table 内 にGraphical Resultを 表 示 可 能 SARview で 選 択 しているデータ 項 目 ActivityBaseに 保 存 されている 全 ての 試 験 結 果 17
Tile View Tile Viewは 表 形 式 で 複 数 の 構 造 式 やグラフを 同 時 に 表 示 出 来 るViewです スケールを 変 更 することで 構 造 式 グラフの 大 きさや 一 度 に 表 示 する 数 を 変 更 可 能 です 表 示 するデータ 項 目 はSAR 形 式 で 選 択 した 項 目 の 中 から 選 択 します 表 示 項 目 を 選 択 スケールスライダー 18
Save / Export 機 能 SARview では 検 索 結 果 のデータセットの 他 各 画 面 レイアウトや 検 索 条 件 を Favourite としてデー タベースへ 保 存 することが 可 能 です また データベース 以 外 にファイルへの 保 存 も 可 能 です データベース 中 に Favourite としてデザインや Queryを 保 存 することが 可 能 Export 機 能 では 以 下 のフォーマットをサポート MS-Excel フォーマット SD File SARview データファイル 19
Data Visualization 検 索 結 果 をチャート グラフなど 視 覚 的 に 表 示 することが 可 能 です スライダーを 使 用 しての データの 絞 り 込 み 20
画 面 デザイン -SARview- デザインは Designer 上 で 行 います Designer 画 面 下 のデータ 項 目 タイルをマウスでドラッグ&ドロップ して 項 目 を 選 択 していきます 編 集 中 はレポートイメージがプレビューされるためデザインの 作 成 や 修 正 が 容 易 です 作 成 されたフォームはデータベース 中 に 保 存 されます データ 項 目 の 選 択 ヘッダ(タイトル)の 編 集 表 示 桁 数 やScientific notification 設 定 ピボッティング 設 定 検 索 したいデータ 項 目 を 選 択 (マウスでドラッグ&ドロップ) 参 照 先 データベースのmapping 設 定 をすることでフィールド/データ 項 目 のアイテ ムが 変 更 されます 21
画 面 デザイン -SARview- アッセイ 系 の 選 択 Result を 選 択 した 場 合 どの Resultを 表 示 するか 一 覧 から 選 択 する 表 示 する 実 験 条 件 も チェックボックスで 選 択 チェックボックスで 表 示 する 試 験 系 (テーマ プロトコルなど)を 選 択 22
画 面 デザイン -SARview- 表 示 レイアウトの 調 整 不 要 なカラムの 削 除 やピボッティング が 簡 単 な 操 作 で 行 えます %Inhibition (0.1uM) %Inhibition (1.0uM) %Inhibition (10uM) 12% 67% 93% 不 要 なカラムは 列 もしくは アイコンをマウスで 選 択 して 外 へ 出 すことで 削 除 Column エリア Conc %Inhibition 0.1uM 12% 1.0uM 67% 10uM 93% Raw エリア ピボッティングの 操 作 は ピボッティングの 基 準 としたいアイコンを 行 のエリアか 列 のエリアに 移 動 する 23
画 面 デザイン -Profile View- Profile View デザイン 画 面 左 側 の 項 目 リストからドラッグ &ドロップでデザインを 作 成 リストに 表 示 されるデータ 項 目 はxmlのmapping file 内 で 設 定 Designはデータベース 中 に 保 存 Report TableはSARview 設 定 に 同 期 するため SARviewの 設 定 が 変 わると 自 動 的 に 表 示 項 目 が 変 更 Portlait / Landscapeで ベースのフォームの 大 きさを 設 定 24
Statistics / Miscellaneous カラム SARview では 検 索 結 果 のカラムを 選 択 するだけでなく AverageやSDを 計 算 するカラムやコメント 日 付 などを 入 力 するカラムを 追 加 することも 可 能 です 検 索 結 果 の 画 面 上 で 入 力 することが 可 能 Statistics カラム 一 覧 Miscellaneous カラム 一 覧 25
データソース Client データの 検 索 元 はActivityBaseのみならず Oracle を 使 用 した 他 の 社 内 データベースともリンクが 可 能 です Server Middle layer 検 索 先 のテーブル 情 報 を 設 定 Activity Base 社 内 DB Activity Base 社 内 DB 社 内 DB 構 造 式 DB 26
データソース Mapping ファイル 例 データベースへ 接 続 するための 情 報 やリンクするテーブルの 情 報 をxml 形 式 で 記 述 27
お 問 い 合 せ 先 本 製 品 に 関 するご 質 問 等 は 下 記 までご 連 絡 下 さい 日 本 代 理 店 開 発 元 開 発 元 ロゴ 上 の 製 の 文 字 に 左 揃 え マーケティング 部 Tel:03-5789-2340 E-mail:ls-marcom@ctc-g.co.jp 141-0022 東 京 都 品 川 区 東 五 反 田 2-10-2 東 五 反 田 スクエアビル http://www.ctcls.co.jp/ ID Business Solutions Ltd. http://www.idbs.com/en/ 28