2 n ImageJ (intensity) ImageJ Bit

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ゆゆこたかにし
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1 : western blot Photoshop () () NIH (National Institute of Health) Image JWindowsMac ( ) () Image J

2 2 n ImageJ (intensity) ImageJ Bit

3 Resolution Depth n (resolution, dpi = dot per inch) (resolution) dpi (2.54 cm ) n Bit (bit depth) Bit depth - ( ) (N bit 2 N ) 1bit 2bit bit bit intensity dynamic range (300 ) 16 bit dynamic range 8bit 16bit 8bit( )viewer16bit (Windows viewer) 16-bit v.s. 8-bit 3

4 n vendor specific format TIFF JPEG OK TIFF (Tagged Image File Format): LZW (1-3MB) JPEG: () ( KB) PNG (Portable Network Graphics): TIFF JPEG (500-1MB) JPEG Vendor specific format 4

サイエンス向けの画像処理ソフトImage J n 研究室での基本的な画像の取り扱いは ImageJで十分研究目的の画像処理では

nih.gov/ij/index.html ImageJ.netから入手: https://imagej.

ImageJには現在複数のバリアント(亜種)が存在する上 ImageJは誤って使ってはならない機能を使ってし記二つは本流と思われるものである

Jを説明しているのは単純に筆者は説明できるほどFijiを使っていないため) Fiji: https://fiji.

を改善しているデータのブラウズ機能なども加わり商用ソフトウェア並みに使いやすくなっている今後ユーザーが増える可能性があるただし 2017.

5 サイエンス向けの画像処理ソフトImage J n 研究室での基本的な画像の取り扱いは ImageJで十分研究目的の画像処理では有料のPhotoshopを使う必要性はあまりないむしろ Photoshopは写 Image Jの入手 NIHより入手: ImageJ.netから入手: 真の修正などが本来の用途でありサイエンス分 Image Jのバリアント野では使うべきではない機能も多いその点で ImageJには現在複数のバリアント(亜種)が存在する上 ImageJは誤って使ってはならない機能を使ってし記二つは本流と思われるものであるまう危険性は低い有名なバリアントとしてFijiがあるサイエンス分野でよく使うプラグインをまとめたもので使い易い (この資料でImage Jを説明しているのは単純に筆者は説明できるほどFijiを使っていないため) Fiji: 新しいバリアントの一つに ImageJFXがあるこれは ImageJのユーザーインターフェースを改良したもので ImageJの使いにくさを改善しているデータのブラウズ機能なども加わり商用ソフトウェア並みに使いやすくなっている今後ユーザーが増える可能性があるただし現在 Mac用はまだベータ版で安定に動作せず (OS X Yosemiteでテストしたところ動作はするが多少エラーがでている) Enhance Contrastなどの機能が見当たらないなどの問題もあると思われる ImageJFX: 5

6 Image J n Image J ImageJ (+ or -) Image J Image J ImageJ p p p p p p p p p p p ( ) Line Rectangular p p p p p 6

7 () Image J () n Image J PC ( ) Image J Image J Parallel threads ( ) 7

8 Image J (Adjust Brightness) n () saturation () (Adjust Brightness) saturation OK OK Saturation saturation Cut-off cut-off OK 8

05% Enhance Contrast saturation Image > LUT > HiLo (Gray + Invert LUT)

9 Image J (Enhance Contrast) n EnhanceContrast Enhance Contrast% saturation (100) intensity saturation 0.1% 0.05% Enhance Contrast saturation Image > LUT > HiLo (Gray + Invert LUT) Enhance Contrast (autorange) Enhance Contrast (0.05% saturation) Enhance Contrast (0.5% saturation) (LUT: HiLo ) 9

Image J n Image J8-16- 24-bit ( ) 16-bit 32-bit 8-bit n Image J RGB Color R

10 Image J n Image J bit ( ) 16-bit 32-bit 8-bit n Image J RGB Color R (red) / G (green) / B (blue) 8-bit 16-bit 24-bit 8-bit (256) Image J 8-bit Color256 10

11 Image J : JPEG quality n JPEG quality JPEG quality 75 TIFF JEPG quality 100 JPEG TIFF JPEG quality Original (TIFF) 225KB 100% JPEG 85KB 90% JPEG 35KB 70% JPEG 15KB 11

12 Mac Preview16bit TIFF n Image J Preview (Mac) 16-bit tiff Image J Preview autorange Preview 16-bit( )Image J - 16-bit / Mac Preview range Image J (default) Image J autorange 12

13 n (interpolation ) Interpolation Interpolation () () interpolation ( ) 13

14 (crop) n (crop) crop (supporting ) (crop) Rectangular crop # ( ) saturation 14

15 n Image Jintensity intensity n intensity Gray (LUT) Inverted Pseudo-color ( Royal ) 15

16 n Composite (stack) ( ) merge 16

17 n 10% n ( ) 8-bit 256 p p p 17

18 Montage n (montage) ImageJ (montage) Green Red merge montage 18

19 n stack Enhance Contrast Image J Adjust > Brightness & Contrast ( ) Stack ( ) Stack montage 19

20 n ( )( ) Set Display Range min max Image J 20

21 n n ( ) () binning n live () n replicate ( ) ( ) Flow cytometry n 21

22 n RectangularAnalyze > Measure (Command+M) ROI Manager MeanIntDen ROI Manager 22

Measurements (Result table Set Measurements) Area: ROI(TIFF)

23 ImageJ n File extension for tables.xls xlscsv ( ) Excel.csv n table Copy column headers table n table Analyze > Set Measurements (Result table Set Measurements) Area: ROI(TIFF) (ImageJROI inch ) Mean: ROI IntDen&RawIntDen: IntDen RawIntDen ROI ( ) 23

24 n calibration calibration 10µm etc. 24

25 Calibration bar n calibration bar calibration bar ( ) Calibration bar 25

26 n saturation n ( ) Photoshop n () Photoshop(S ) ( ) () n 26

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