Microsoft PowerPoint - mzCloud 使い方

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ひろみかんざとばる
5 years ago
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1 mzcloud の使用法サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社 The world leader in serving science 目次ウェブサイトとData viewer ライブラリの概要データの見方登録スペクトルの表示について Quick searchによる化合物検索ライブラリに対する検索方法 Spectral Search Tree Search Structure Search Peak Search Managing and Editing Searches スペクトルデータの比較スペクトルデタの比較 Breakdown Curves mzcloudのデスクトップアプリのインストール rawファイル以外のマススペクトルの検索 2

2 ウェブサイトと Data viewer (https// https// org mzcloudアプリケーションの利用には Microsoft Silverlightのインストールが必要ですルが必要ですサポートされているブラウザ : 3 ウェブサイトと Data viewer (https// ナビゲーションバークリックライブラリ 4

3 ウェブサイトと Data viewer (https// さまざまな検索 5 Data Viewer をクリックすると mzcloud Library が閲覧できますをクリックしデータベースに入ります 1 初めてライブラリを閲覧する場合 Microsoft Silverlight li plug-in をダウンロードするかポップアップがでます 2 Silverlight がインストールされるとライブラリが開きます 6

HCD and CID data, MS 2 and MS n MSn スペクトルツリー

Resolution Spectra Any additional conditions e.g.

4 ライブラリの概要現在は Reference ライブラリが使用可能ですライブラリに登録された化合物リスト左のリストから選択した化合物の情報 7 データの見方 : HCD and CID data, MS 2 and MS n MSn スペクトルツリー (HCD MS2, CID MSn) Collision-Induced Dissociation Higher-energy Collisional Dissociation Low Resolution Spectra High Resolution Spectra Any additional conditions e.g. different isolation width, wide band activation, various solvents, ph 上記のスペクトルツリーから選択したマススペクトル 8

5 データの見方 : Extensive Metadata Metadata: エントリされている化合物スペクトルの付加情報スペクトルツリーや個々のスペクトルは独自の URL が登録 9 データの見方 : Filtered and Recalibrated すべてのスペクトルは生データ (Raw) のシグナルを除去して表示 Filtered: ノイズシグナル除去 Recalibrated: 質量誤差補正 Raw Filtered 10

6 データの見方 : Optimizing the View クリックすると化合物リストが縮小スペクトルを大きく表示できるそれぞれのパネルはドラッグすることでサイズ変更可能 11 登録スペクトルの情報についてスペクトルツリー中のクリックしたスペクトルがクしたスペクトルが下に表示されますプルダウンプルダウンあるいは < or > ボタンをクリックすることで興味のあるマススペクトルを選択できます 12

7 Quick search による化合物検索 Quick Search を使って化合物名や質量で検索可能 13 Quick search による化合物検索例検索ワードを入力して Enter 例として Leuc を検索 Meta data の Synonyms も検索するので化合物名に Leuc が含まれていない Adenineもヒットヒットした化合物数の表示 14

8 Spectral Search Search 横のをクリックするとさまざまな検索法が表示される 15 Single Spectrum Search Qual Browser あるいは MassFrontier からスペクトルを Paste Spectrum をクリックク右のWindowが表示 FreeStyle で mzcloud Search をクリックすると Spectrum Search 画面に自動的に Paste されます注意 : データはセントロイドのフォーマットが対応しておりますプロファイルのフォーマットの場合 MassFrontierでデータを開いてからスペクトルをPasteしてください 16

9 Spectral Search: スペクトルのコピーし方 Mass Frontier 7.0 SR3 Qual Browser Chromatogram Processor で Raw ファイルを開き解析したいスペクトルを表示しますスペクトル上で右クリック Mass Frontier: Copy Copy MS Spectrum to mzcloud. Qual Browser: Export Clipboard (Exact or Nominal Mass: データに応じて ) 17 Single Spectrum Search スペクトルをコピー後 Paste をクリック mzcloud がペーストしたデータからAccuracyを読み込めなかった場合 mass accuracy toleranceを入力します推奨値 Accurate Mass Th: to ppm: 5. m/z 100 以下のフラグメントイオンがある場合 ppmのマストレランスは非常にシビアになるので Thの設定を推奨推奨値 Nominal Mass mmu: 250. Th: mmu と同じトレランス 18

10 Single Spectrum Search Window 設定が終了するとスペクトルが表示検索結果の絞込みを行いたい場合プレカーサーイオンの m/z を設定 ( 任意 ) 前ページの Accuracy の設定と同じノイズカットの閾値 Num. of highest peaks: 高強度からN 番目までのイオンで検索 Intensity Threshold AutomaticとManualを選択通常 Automatic を使用 19 Spectral Search: 検索結果検索条件の設定後 OK をクリックすると結果の表示 MS2 スペクトル検索で L-Tryptphan がヒット 20

11 Tree Search Tree をクリック右の Window が表示 MassFrontier からスペクトルを Paste 21 Tree Search: スペクトルツリーのコピーし方 MassFrontier 7.0 SR2でMSnデータを開き Component detectionを行うことでms n スペクトルツリーを作成可能スペクトル上で右クリック Copy Copy MS Tree to mzcloud 22

12 Tree Search Window 設定が終了するとスペクトルツリーが表示未知化合物の検索の場合部分構造情報が得られる Substructure t Identification が有用ノイズカットの閾値 Num. of highest peaks: 高強度からN 番目までのイオンで検索 Intensity Threshold スペクトルツリーの検索ではAutomaticを推奨 23 Tree Search Results ワインサンプルをイオントラップで分析した整数質量データの検索結果 Epicatechin がヒット 24

13 Tree Search Results MS 2 MS 2 vs MS 2 の比較クエリのスペクトルをクリックすると最も類似性の高いライブラリのスペクトルが自動で表示ライブラリに登録されたスペクトル差スペクトルクエリスペクトル 25 Tree Search Results MS 3 クエリの MS3 をクリック自動で相同性の高いライブラリ MS3 が表示される 26

14 Structure Search 構造から検索 Identify: クエリの構造と完全一致した化合物の検索 Substructure: クエリの構造を部分構造として持つ化合物の検索 Structure をクリック右の Window が表示 New: Structural Editorが開く Open:.molファイルを開く Paste:.mol ファイルをペースト Previous Structure: 既に一度検索している場合は呼び出し可能 27 Structure Search: Structure Editor 構造を入力して OK をクリック 28

15 Structure Search: Substructure 検索結果の例赤で示す構造がクエリ構造 29 Peak Search m/zおよびシグナル強度を設定し特徴なフラグメントイオンを持つ化合物の検索 30

16 Peak Search Window フラグメントイオンの検索は必ずMsnを選択注意 : Min.intensity と Max. intensity の幅が狭すぎると化合物がヒットしにくくなるので注意フラグメントイオンの情報を設定 Thermo ではない他社の装置をお使いの場合 Intensity の幅は広めに設定 Tips: Min. intensity を低く設定 (1-5%) し複数のイオン (3-6 イオン ) で検索すると偽陽性は多くなるが関連化合物を検出できる可能性が高まる 31 Peak Search: 検索例トリプル四重極測定したテストステロンのプロダクトイオン情報を参考に m/z 97 と 109 を設定 32

17 Peak Search Results クエリのピークがヒットした化合物を表示ヒットしたピークを赤く表示 33 Managing and Editing Searches: 検索履歴 2Edit search options をクリックすると検索条件を再設定できます 1 検索履歴は保存されています過去の履歴をクリックすることで検索結果を再表示できます * 注意検索結果はブラウザを開いている間は保存されますがブラウザを閉じると削除されます 34

18 Managing and Editing Searches: 検索条件の再設定例部分構造検索のクエリ構造を編集します 35 Managing and Editing Searches: 検索条件の再設定例新しい条件に見合う化合物のみがヒットします 36

19 スペクトルデータの比較ライブラリに登録されたスペクトル同士の比較エントリされている化合物スペクトルの付加情報比較したいスペクトルを選択表示させ右上の Compare をクリック 37 スペクトルデータの比較 Compare selected library spectrum をクリックすると選択していたスペクトルが表示される 38

20 スペクトルデータの比較選択していたスペクトルの表示スペクトル表示後比較対象をリストから選択 39 スペクトルデータの比較 : Library vs. Library Comparison Quercetin と Epicatechin の HCD MS 2 at 50% NCE の比較結果異なるスペクトルを比較したい場合 Discard をクリックして Query を削除し再度スペクトルを選択 40

21 Breakdown Curve プルダウンから Breakdown curve を選択 41 Breakdown Curve の表示表示データの選択 Breakdown curve の表示 42

22 HCD Breakdown Curve スペクトルは CID( イオントラップの MSn) と HCD( コリジョンセルの MS2) シグナル強度は絶対値と相対値を表示できる同じ化合物の相対表示と絶対表示 43 Breakdown Curve Interactivity Breakdown curveをクリックするとそのエネルギーのマススペクトルも自動表示 ( プロダクトイオンも同色で紐付け ) 44

23 mzcloud のデスクトップアプリのインストールデスクトップに Browser と独立した mzcloud アプリをインストールできる 45 Desktop Application デスクトップアイコン注意 : ライブラリをローカルインストールしたわけではないのでネットワークがつながっていないとな使用できません使い方はブラウザから立ち上げたData viewerと同じです 46

24 raw ファイル以外のマススペクトルの検索 : 使用できるフォーマット Open をクリック表示されるファイルフォーマットでMS2スペクトルを保存いただき読み込むことで検索可能 47 Excel を使った簡易検索左の行にm/z 右の行にイオン強度を記載した2 行のデータを作成データをCtl+Cでコピーします ( 上記は適当な数値を使ってます ) 48

25 Excel を使った簡易検索 1 2 mzcloud を開き 1 Search の Spectrum をクリック 2 paste をクリック 49 Excel を使った簡易検索 : マストレランスの設定ポップアップウィンドウとしてマストレランスの設定が表示プ数値とプルダウンから単位を設定 OKをクリック 50

26 スペクトルの表示極性プリカーサーイオンの m/z( 任意 ) Threshold( 任意 ) Excelで示していたスペクトルが表示されます極性 ( 任意で ) プリカーサーイオンのm/zとThresholdを設定して OK をクリックすると検索できますクすると検索できます 51

Microsoft PowerPoint - MassBankの検索機能.ppt [互換モード]

Microsoft PowerPoint - MassBankの検索機能.ppt [互換モード] 第 1 回本質量分析学会 DBWG MassBankの検索機能池奨瓶義尾嶌雄也岡孝明奈良先端科学技術学院学情報科学研究科 MassBank Project 2011 年 7 30 1 MassBankとは分散型マススペクトルデータベースス複数の研究機関で測定されたマススペクトルを分散