Rインストール手順

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なおちかひらみね
5 years ago
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1 R 本体は最新のリリース版 R パッケージは必要最小限プラスアルファの推奨インストール手順を示します R 本体とパッケージのインストール Windows 版東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1

2 R 本体のインストール R 本体は最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 2

3 R 本体のインストール R 本体は最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 1 2 3

4 R 本体のインストール R 本体は最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 1 2 4

5 R 本体のインストールここに R 本体がインストールされます 1 2 5

6 R 本体のインストール R 本体だけで 100MB 程度あります 1 2 6

7 R 本体のインストール基本はいわれるがままに次へです 1 2 7

8 R 本体のインストール基本はいわれるがままに次へです 8

9 PC 環境設定ファイルの拡張子を明示させる作業です 9

10 PC 環境設定ファイルの拡張子を明示させる作業です

11 PC 環境設定 1 登録されている拡張子は表示しないのチェックを外す 2 11

12 R の起動デスクトップ上に 2 つのアイコンが作成されます R i386 3.X.Y のほうは 32 bit 版で私は通常使わないのでゴミ箱行きにします R x64 3.X.Y のほうを使いますダブルクリックで起動 12

13 R の起動起動直後は画面いっぱいに開くので 13

14 R の起動黒点線で囲まれた部分が R コンソール画面 14

15 R の終了 1 1 通常のソフトウェアと同様右上のボタンを押せばよい 2 作業スペースを保存しますか? というダイアログが出るが最初のうちはいいえでよい ( 間違ってはいを押してしまっても.Rdata と.Rhistory という 2 つのファイルが作成されるだけなので特に問題はない ) 2 15

16 R パッケージのインストール必要最小限プラスアルファの推奨インストール手順を示します 16

17 R パッケージのインストール 1 R 本体を起動 17

18 R パッケージのインストール 2 CRAN から提供されているパッケージのインストールを行いますブラウザが Internet Explorer の場合は黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリックすることで全選択できます 18

19 R パッケージのインストール 2 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリックすることで全選択し右クリックでコピーしたところ 19

20 R パッケージのインストール 2 R コンソール画面上でペースト 20

21 R パッケージのインストール 2 R 本体のバージョンがの場合は Documents R win-library 3.1 というフォルダを作成して R パッケージ群をインストールします

22 R パッケージのインストール 2 どこからダウンロードするかを聞かれているので 1 近いところを指定して 2OK ボタンを押す

23 R パッケージのインストール 2 パッケージのインストールがスタートします東大有線 LAN 環境では数分程度で起動直後と同じコマンド入力待ち状態 (>) になります 23

24 R パッケージのインストール 3 Bioconductor から提供されているパッケージのインストールを行いますブラウザが Internet Explorer の場合は黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリックすることで全選択できます 24

25 R パッケージのインストール 3 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリックすることで全選択し右クリックでコピーしたところ 25

26 R パッケージのインストール 3 R コンソール画面上でペースト東大有線 LAN 環境で約 2 時間かかりますコンピュータがスリープ状態にならないようにしておきましょう 26

27 R パッケージのインストール 3 コピペ直後の状態 ( 左上 ) とインストール途中経過の状態 ( 右下 ) 27

28 R パッケージのインストール 3 続 : 途中経過 ( 左上 ) と終了後の状態 ( 右下 ) 東大有線 LAN 環境では 2 時間程度で起動直後と同じコマンド入力待ち状態 (>) になります 28

29 R パッケージのインストール 4 Bioconductor から提供されているパッケージのうち一つ一つのサイズが大きいゲノム配列パッケージ群のインストールを行いますブラウザが Internet Explorer の場合は黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリックすることで全選択できます R 本体は一旦終了して再起動してもいいし前のスライドの続きからやってもよい約 30 分かかる 29

30 R パッケージのインストール 4 インストール途中経過 ( 左上 ) と終了後の状態 ( 右下 ) 30

31 パッケージインストール確認パッケージが正しくインストールされているかを確認しますまず Biostrings というパッケージの読み込みができるかどうかを調べるべく library(biostrings) と打ってリターンキーを押す 31

32 パッケージインストール確認こんな感じでエラーメッセージが出ていなければ OK 32

33 パッケージインストール確認キーボードの上矢印キーを 1 回押すと直前に打ち込んだコマンドが表示されるもう一度リターンキーを押して実行すると何のメッセージも表示されなくなるこれもエラーが出ていないので OK 33

34 パッケージインストール確認キーボードの上矢印キーなどを利用して次に ShortRead パッケージの確認を行うエラーメッセージが出ていないことがわかる 34

35 パッケージインストール確認スペルミスに注意 35

36 パッケージインストール確認最後に TCC パッケージのインストール確認これはうまくいった場合の成功例 36

37 エラー遭遇例と対処法これは TCC パッケージが要求している RcppArmadillo パッケージがないからだめ! と文句を言われている例です 37

38 エラー遭遇例と対処法基本的な対処法は文句を言われたパッケージのみ個別にインストールすることです 38

39 エラー遭遇例と対処法ここでの目的は RcppArmadillo パッケージの個別インストール 1 既存の R コードをテンプレートとして利用すべくコピー 2 任意のテキストエディタにペーストしてパッケージ名部分のみ変更しコピー

40 エラー遭遇例と対処法ここでの目的は RcppArmadillo パッケージの個別インストール 1 既存の R コードをテンプレートとして利用すべくコピー 2 任意のテキストエディタにペーストしてパッケージ名部分のみ変更しコピー 3R コンソール画面でペースト

41 エラー遭遇例と対処法ここでの目的は RcppArmadillo パッケージの個別インストール 1 既存の R コードをテンプレートとして利用すべくコピー 2 任意のテキストエディタにペーストしてパッケージ名部分のみ変更しコピー 3R コンソール画面でペースト

42 エラー遭遇例と対処法もう一度 library(tcc) と打ち込んで確認さきほどこけた RcppArmadillo のところでつまづくことなく TCC パッケージのロードに成功していることがわかる 42

Rインストール手順

Rインストール手順 R 本体は最新のリリース版 R パッケージは必要最小限プラスアルファの推奨インストール手順を示しますスライドは Windows0 環境でのスクリーンショットですウェブブラウザによって挙動が多少異なるのでご注意ください私は Chrome を使っています R 本体とパッケージのインストール Windows 版東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二