NGSハンズオン講習会

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1 版 プラスアルファの内容です NGS 解析 ( 初 ~ 中級 ) ゲノムアセンブリ後の各種解析の補足資料 ( プラスアルファ ) 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田朋子 門田幸二 Aug

2 Contents Gepard でドットプロット 連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが Gepard というプログラムで実行可能 動かせなかったらすぐに諦めるのではなく 少ないメモリで動かせるもっといいプログラムがあるはず! という視点で探すべし! BlastViewer の新しいバージョンもある 連載第 8 回 W7-2 で BlastViewer ver. 2.2 を利用したが よく調べると ver が存在します Aug

3 ウェブ検索 Google で それっぽいキーワードで検索した結果 2Wikipedia のページを眺めてみる 2 Aug

4 Wikipedia のドットプロット ページ下部に移動 Aug

5 Wikipedia のドットプロット このあたりまで移動して 2Software to create plots のところで手を止める 2 Aug

6 Gepard よさそう H29 年度講習会スライド 94- で用いた seqinr という R パッケージもちゃんとリストアップされている 2genome scale の大きさの配列に対してもドットプロットしてくれる 3Gepard というものもあるようだ 3 2 Aug

7 原著論文もある PubMed 上で 2 gepard dotplot で検索すると 3 原著論文が見つかりました 2 3 Aug

8 原著論文もある ページ下部に移動すると 00 回以上引用されていることがわかります 2 この URL にアクセスすればいいようだ 2 Aug

9 Gepard のページ Gepard のページにアクセスしたところ 2 ここでも原著論文情報がありますね 3 ページ下部に移動してプログラムをダウンロードできるところを探す 3 2 Aug Krumsiek et al., Bioinformatics, 23: ,

10 Gepard は Java プログラム Gepard は Java プログラムであることがわかります 2Version 5.0 以上という条件があるようです 2 Aug

11 Java バージョン確認 Linux 上での Java のバージョン確認は java -version です ( 第 4 回 W9-2) Aug

12 Java バージョン確認 java version.7.0_79 は Java Runtime Environment 7.0 という意味 2 要求 (5.0 or later) を満たしています 2 Aug

13 ダウンロード 見るだけ DOWNLOAD の 2jar file のところでクリックして ( 移動が楽なので共有フォルダに )3 保存 2 3 Aug

14 ダウンロード 見るだけ 共有フォルダ (~/Desktop/mac_share) 上で 2Gepard-.4.0.jar が見えていれば OK ですが 2 Aug

15 ダウンロード 見るだけ backup ディレクトリ (~/backup) 上にも 2 Gepard-.4.0.jar がありますのでご安心ください 2 Aug

16 実行 お約束の呪文 (java jar ファイル名 ) を唱えて起動 ここでは Linux 上で起動していますが ホスト OS 上でダブルクリックでの起動でも構いません Aug

17 実行 Gepard の GUI 版が起動します ここで比較したい 2 つのファイルを指定します コマンドライン上での実行方法をまだ把握していません Aug

18 実行 両方に ~/Desktop/mac_share/result/sequence.fa を指定したところ 2Create dotplot 2 Aug

19 作成中 作成中です 0 秒ほどで Aug

20 作成完了 確かに sequence 同士のドットプロットをあっさりと描画してくれました! Aug

21 部分的に拡大したい場合 こんな感じでマウスドラッグで拡大したい領域を指定して 2update dotplot 2 Aug

22 部分的に拡大したい場合 おお! Aug

23 画像を保存したい場合 Advanced mode Aug

24 画像を保存したい場合 こんな感じになります 下部に移動 Aug

25 画像を保存したい場合 Export image Aug

26 画像を保存したい場合 jpeg 形式で保存できるようですね ここでは共有フォルダ上に保存します Aug

27 画像を保存したい場合 共有フォルダ上で 2 seq_5304 と打って 3Save 3 Aug

28 画像を保存したい場合 無事保存されたようです OK Aug

29 保存されたファイルは seq_5304.jpeg というファイル名になっていますね 2 中身 2 Aug

30 Contents Gepard でドットプロット 連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが Gepard というプログラムで実行可能 動かせなかったらすぐに諦めるのではなく 少ないメモリで動かせるもっといいプログラムがあるはず! という視点で探すべし! BlastViewer の新しいバージョンもある 連載第 8 回 W7-2 で BlastViewer ver. 2.2 を利用したが よく調べると ver が存在する という話 Aug

31 W7-2:BlastViewer Korilog というところが提供している BlastViewer のウェブページ 2Windows 版と 3 Macintosh 版ともに ver. 2.2 このページは blastviewer でウェブ検索した上位に存在します 2 3 Aug

32 blastviewer で検索 blastviewer でウェブ検索した結果 さきほどの 2Korilog というところが提供している BlastViewer のウェブページはこちら 今着目している BlastViewer ver は 3 ページ下部にあります 3 2 Aug

33 blastviewer で検索 今着目している BlastViewer ver は こちらの GitHub のサイト Aug

34 GitHub の BlastViewer この GitHub のサイト上で Wiki Aug

35 GitHub の BlastViewer Releases Aug

36 GitHub の BlastViewer これ (blastviewer jar) をダウンロードすれば使えます Aug

37 Bio-Linux 上でやると まずは Gepard を終了 Aug

38 Bio-Linux 上でやると Close Aug

39 共有フォルダに移動 この状態から 場所はどこでもいいといえばいいのですが とりあえず共有フォルダに移動します Aug

40 共有フォルダに移動 cd, pwd, ls Aug

41 wget wget c Aug

42 wget そのまま jar ファイルを共有フォルダにダウンロードするのでもよいが ここでは右クリックで 2 ショートカットのコピーで wget に必要な URL 情報をコピーした Aug

43 wget Paste Aug

44 wget リターン Aug

45 wget 完了 ls で確かに約 0MB の jar ファイルがあることを確認 作業ディレクトリは共有フォルダなので?! デフォルトで jar ファイルに実行権限がついている 2 Aug

46 実行 jar ファイルのありかはここなので 2cd でホームディレクトリに移動した状態でも 3 のような感じで相対パス指定すれば blastviewer jar ファイルを実行できます 2 3 Aug

47 GUI 起動 BlastViewer ver 起動直後の状態 Open で Blast 実行結果の xml 形式ファイル (sequence_blast.xml) を読み込む Aug

48 読み込み Blast 実行結果の xml 形式ファイル (sequence_blast.xml) は ~/Desktop/mac_share/result ディレクトリにあります Aug

49 読み込み Blast 実行結果の xml 形式ファイル (sequence_blast.xml) を選択して 2Open 2 Aug

50 読み込み後 こんな感じ Aug