STN 新プラットフォーム　マルクーシュ構造検索

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1 ST 新プラットフォーム マルクーシュ構造検索 2016 年 8 月

2 * 目次 * 1. 概要特許中の化学物質情報 1 ファイル概要 2 構造検索を用いた特許調査の流れ 3 参考 : lassic ST とのファイル構成の違い 4 2. MARPAT ファイル MARPAT ファイルの概要 5 レコード例 6 検索の流れ 7 構造検索 8 検索例 1 9 参考 : Aplus MARPAT のクロスオーバー 14 マッチレベル 15 元素数レベル 18 マッチレベルと元素数レベル 19 マッチレベル指定のポイント 20 参考 : acyl を検索する上での注意点 24 参考 : マッチレベルのまとめ 25 マッチレベルの理解度チェック 27 マッチレベル 元素数レベルの指定方法 29 R グループ内のノードに対するマッチレベルの指定 30 検索例 2 32 参考 : イタレーションが不完全な回答 AS FILES を用いた特許調査 Aplus,MARPAT,REGISTRY ファイルの関係 35 AS FILES を用いた特許調査 36 検索例 3 37 参考 : REGISTRY,MARPAT ファイルの一括検索 41 参考 : larivate Analytics 作成のデータベースも用いた複数ファイルの検索 練習問題練習問題 49 練習問題 1 50 練習問題 2 52

3 1. 概要 特許中の化学物質情報が,ST 新プラットフォームの各ファイルにどのように収録されているかをご紹介します.

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5 特許中の化学物質情報 特許明細書中で化学物質は, マルクーシュ構造や特定物質として記載されている. マルクーシュ構造 : 選択肢の組み合わせで記載することで, 多数の物質を表現した構造式 ( マーカッシュ構造, マーカッシュクレームなどとも呼ばれる ) 式中 R1 は ハロゲン原子又は1-6 アルキル基を示し Lは 1-6 アルキレン基を示し 環 Aは 5 乃至 7 員の含窒素飽和複素環基を示し 環 Bは ハロゲン原子 1-6 アルキル基及び1-6 アルキルオキシ基からなる群から選ばれる少なくとも1つの置換基を有してもよい2 環性芳香族複素環基を示す 特定物質 : 具体的な構造が特定できる物質 特許中の化学物質情報の収録 Aplus ファイル,DWPI ファイルの収録特許に記載されている化学物質のうち, マルクーシュ構造は MARPAT,DWPIM ファイルに, 特定物質は REGISTRY,DR ファイルに収録される. 書誌情報, 抄録 Aplus DWPI 共通の番号でリンク マルクーシュ構造 MARPAT DWPIM 特定物質 REGISTRY DR 1

6 更新頻度毎日毎日毎日収録物質ファイル概要 AS (hemical Abstracts Service) が作成するデータベース (2016 年 8 月 ) マルクーシュ構造 特定物質 特許 文献情報 ファイル名 MARPAT REGISTRY Aplus 収録内容 Aplus ファイルに収録された特許中のマルクーシュ構造 Aplus ファイルに収録された特許, 文献などから収録された特定物質の物質同定情報, 物性値など 世界中の化学分野の特許, 雑誌論文等の書誌情報, 抄録, 索引 レコード構成マルクーシュ構造単位化学物質単位 文献単位 ( 特許ファミリー単位 ) 収録期間 1961 年 ~ 1800 年初頭 ~ 1808 年 ~ 収録件数 113 万件以上 1 億 8,400 万件以上 4,370 万件以上 有機化合物 ポリマー 無機化合物 タンパク質 核酸 ( 低分子 ) (AS 登録番号を索引 ) larivate Analytics が作成するデータベース (2016 年 8 月 ) マルクーシュ構造 特定物質 特許情報 ファイル名 DWPIM DR DWPI 収録内容 DWPI 収録特許のうち B ( 医薬 ), ( 農薬 ),E ( 一般化学 ) セクションに分類された特許中のマルクーシュ構造 DWPI 収録特許中の特定物質 レコード構成マルクーシュ構造単位化学物質単位 世界中の全技術分野の特許の書誌情報, 抄録, クレーム, 索引 文献単位 ( 特許ファミリー単位 ) 収録期間 1961 年 ~ 1981 年 ~ 1963 年 ~ 収録件数 198 万件以上 270 万件以上 3,160 万件以上 更新頻度週 1~2 回週 1~2 回週 1~2 回収有機化合物 録物質ポリマー * 無機化合物 タンパク質, 核酸 ( ペプチド ) * B ( 医薬 ), ( 農薬 ) セクションに分類された特許中のポリマーを収録 (DR レコード番号,DWPIM レコード番号を索引 ) AS および larivate Analytics のデータベースは, それぞれ収録期間や, 収録国, 化学物質の索引方針などが異なるため, 化学物質関連の特許調査では, 両方のファイルを併用するとより包括的な情報が得られる. 2

7 構造検索を用いた特許調査の流れ 特定物質からの調査に加えてマルクーシュ構造検索を行えば, より包括的な化学物質関連の特許調査が可能である. マルクーシュ構造検索 特定物質の構造検索 マルクーシュ構造に包含されるが, 実施例やクレーム中に構造質問式に合致する具体的な化合物の記載がない特許 マルクーシュ構造のない特許 非特許文献 (Aplus) 構造検索を用いた特許調査の流れ 特定物質を REGISTRY,DR ファイルで, マルクーシュ構造を MARPAT,DWPIM ファイルで検索する. - マルチファイル環境で, 同時に複数ファイルの構造検索を実行することもできる. ヒットした物質が記載されている特許は,Aplus または DWPI へクロスオーバー検索すると得られる. reate Term List 機能を用いて特許番号をクロスオーバーすることにより,Aplus と DWPI 間の重複を除くことができる. 構造検索 REGISTRY 特定物質 MARPAT マルクーシュ構造 DR 特定物質 DWPIM マルクーシュ構造 Aplus 特許 文献情報 DWPI 特許情報 reate Term List 機能を利用したクロスオーバー検索で重複除去 3

8 参考 : lassic ST とのファイル構成の違い ST 新プラットフォームでは,AS 作成のファイルと larivate Analytics 作成のファイルが, 同じファイル構成に変更された. AS 作成のファイル MARPAT ファイルは書誌情報や抄録を含む文献単位のファイルから, マルクーシュ構造単位のファイルに変更された. Aplus MARPAT Aplus 書誌情報抄録 書誌情報抄録 書誌情報抄録 REGISTRY REGISTRY MARPAT 特定物質 マルクーシュ構造 特定物質 マルクーシュ構造 lassic ST ST 新プラットフォーム larivate Analytics 作成のファイル 特許情報を収録する DWPI セグメントと, 特定物質を収録する DR セグメントが単一ファイルで提供されていたが, それぞれ DWPI ファイル,DR ファイルに分割された. また, マルクーシュ構造のデータベースである DWPIM は ST 新プラットフォームのみで利用できる. WPI DWPI セグメント書誌情報抄録 DWPI 書誌情報抄録 DR セグメント ( なし ) DR DWPIM 特定物質 マルクーシュ構造 特定物質 マルクーシュ構造 lassic ST ST 新プラットフォーム 4

9 2. MARPAT ファイル MARPAT ファイルの基本的な検索方法と, 検索時に指定するマッチレベル, 元素数レベルについてご紹介します.

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11 MARPAT ファイルの概要 MARPAT ファイルは, 化学およびその周辺分野の世界の特許を収録する Aplus ファイル由来のマルクーシュ構造を収録するデータベースである. ファイル概要 製作者 AS (hemical Abstracts Service) (2016 年 8 月 ) 収録源収録物質レコード構成収録件数収録期間更新頻度特長 1984 年 ( 特許発行年 ) 以降 : Aplus ファイルのベーシック特許 年 ( 特許発行年 ) : IPI より提供されたデータ ( ベーシック特許とは限らない ) 低分子有機化合物, 有機金属化合物 * 無機化合物, ポリマー, バイオシーケンスは収録対象外 マルクーシュ構造単位 113 万件以上 1961 年 ~ 毎日 マッチレベルや元素数レベルによって, 一般式で記載された置換基でのヒットを回答に含めるかどうかを指定することができる Assembled 表示形式や, ヒット部分のハイライト機能により, マルクーシュ構造中のヒット部分を容易に確認できる. レコード構成はマルクーシュ構造単位.1 件の特許から複数のレコードが作成される場合もある. 共通の Aplus レコード番号 5

12 レコード例 レコード例 (Full 形式 ) 構造番号, 図番号 記載位置 Aplus レコート 番号 表示形式の切り替え ( 検索例 1 参照 ) 基本骨格 置換基 : Specifically laimed : 従属項等でクレームされている置換基を選択的に収録 数字はフラグメント中のノード番号に対応 追加情報 Examples : 実施例等に記載されている置換基を選択的に収録 6

13 検索の流れ マルクーシュ構造検索による特許調査は以下のような流れで行う. Step 1. 構造作図 : クエリーパネルから構造作図ツールを起動して, 構造質問式を作図する Step 2. 構造検索の実行 : MARPAT ファイルで構造検索を実行する Step 3. Aplus ファイルへクロスオーバー : ボタンをクリックして出典の特許を得る * 自動的に Aplus, ファイルに入る MARPAT ファイルに入る * REFX REFX コマンドを直接入力してもよい Aplus ファイルでは, サマリー表示画面にて,3 種類の表示形式 (Brief, Extended, Hit) が選択できる 7

14 構造検索 構造検索コマンド 構造質問式を作成すると STR 番号が付与されるので, この STR 番号を用いて構造検索を実行する. STR 番号 / 検索タイプ, 検索範囲 検索タイプ 検索範囲 コード 検索タイプ コード 検索範囲 SSS 部分構造検索 ( デフォールト ) FULL フルファイル検索 SS 閉構造部分構造検索 * 検索タイプ, 検索範囲の入力を省略すると, 部分構造検索のフルファイル検索が実行される. - 入力例 STR1 STR1/SSS,FULL STR1/SSS STR1/FULL STR1/SS STR1/SS,FULL 部分構造検索のフルファイル検索 閉構造部分構造検索のフルファイル検索 構造作図画面で OK ボタンをクリックすると新しい STR 番号が付与され,STR#/SSS,FULL が自動的にクエリーパネルに入力される. デフォールトの条件で検索式が自動入力される Submit をクリックして実行 MARPAT ファイルで実行できない検索内容 完全一致 (EXA), ファミリー (FAM) 検索は実行できない. 結合の属性 (Bond Attributes) に環 / 鎖 (Ring/hain) を指定できない. - 結合属性が異なる部分を R グループとして作図し, 結合属性 環 のフラグメントと, 結合属性 鎖 のフラグメントをその R グループに含めることで代用する. 8

15 検索例 1 検索例 1 : 下記の構造を含むマルクーシュ構造が記載されている特許を調査する. * 各種属性はデフォールトの設定とする 1) 構造質問式を作図する 1. ボタンをクリックして, 新規プロジェクトを開始する. 2. ボタンをクリックして,MARPAT ファイルを選択する. 3. クエリーパネルのボタンで構造作図画面を起動して, 構造質問式を作図する. * 構造作図の詳細については ST 新プラットフォーム構造作図ガイド ( を参照. 9

16 4. OK ボタンをクリックすると構造質問式に STR 番号が付与され, クエリーパネルにデフォールトの条件の検索式が自動入力される. 構造質問式は STRUTURES タブで確認できる 2) 構造検索を実行する 1. ボタンをクリックして検索を実行すると, サマリー表示画面に回答が Assembled 形式で表示される. Assembled 形式 : ヒットした G グループの選択肢を組み立てた構造 2. レコード番号をクリックすると, 詳細を確認できる. サマリー表示中の MARPAT ファイルのレコード番号は Document ID,Structure #,Diagram # と対応している 10

17 3. 詳細画面の上部にあるプルダウンで 3 つの表示形式を切り替えられる. * デフォールトの表示形式は Settings の Display タブで変更できる FULL : 基本骨格とすべての G グループの定義 : ヒットした置換基がハイライトされる : Assembled HIT+ : Assembled 形式のヒット構造と関連するその他の G グループの定義 : ボタンクリックで内容を展開 : Unassembled HIT+ : 基本骨格とヒットに関与した G グループの定義 ( 非 Assembled 形式 ), およびヒットに関与していない G グループの定義 : : 11

18 3) Aplus ファイルへクロスオーバーして特許情報を確認する 1. サマリー表示画面上部のボタンをクリックすると, ヒットしたマルクーシュ構造が索引されている Aplus ファイルの特許レコードが検索される. クエリーパネルの内容が上書きされることを確認するメッセージ チェックを付けた回答のみをクロスオーバーすることもできる 自動的に Aplus,MARPAT のマルチファイル環境に切り替わり,REFX コマンドが実行される クエリーパネルに直接 REFX コマンドを入力してもクロスオーバー検索を実行できる. REFX L# L# は MARPAT ファイルの回答の L 番号 - ファイルは自動的には切り替わらないため,Aplus ファイルに切り替えてから実行する. - L 番号中の全件がクロスオーバーされる. 12

19 2. 標題をクリックして詳細を確認する. 特定物質の索引 : マルクーシュ構造の索引 クリックするとヒットしたマルクーシュ構造を Assembled 形式で表示できる 13

20 参考 : Aplus MARPAT のクロスオーバー Aplus ファイルのレコードから索引されたマルクーシュ構造を確認したい場合は, 下記のいずれかの方法で Aplus ファイルから MARPAT ファイルへクロスオーバー検索する. 1 MARPAT ファイルで SUBX コマンドを実行する SUBX L# L# は Aplus ファイルの回答の L 番号 - L 番号中の全件がクロスオーバーされる. 2 Aplus レコード番号を /AX フィールドで検索する Aplus レコード番号 /AX クロスオーバー検索はレコード番号を用いて実行されるため, 構造のヒット情報がなく, Assembled 形式では表示できない. 詳細画面では Full 形式で表示できる. 構造のヒット情報がないため Assesmbled 形式では表示できない 構造検索の結果の L 番号とかけ合わせればヒット構造を確認できる. Aplus ファイルの回答画面に表示される Get Substances ボタンは,REGISTRY ファイルへのクロスオーバー検索が実行されるため利用できない. 14

21 マッチレベル マッチレベルによって, アルキル基 や ヘテロ環 のように一般化して記載されている置換基を回答に含めるかどうかを指定することができる. マルクーシュ構造を構成する基本骨格や置換基は, 特定原子, 一般式グループ,R グループに分類される. 特定原子 一般式グループ R グループ,,O,S,l 等, ショートカット (H3,Et 等 ), 構造フラグメント 可変原子 (halo,metal 等 ), 一般式テキストショートカット (alkyl,aryl 等 ) 脱離基 等の構造式で表現できないグループ内容が < > 内に収録されている場合がある マッチレベルには Atom,lass,Any の 3 種類があり, 同じ構造でもマッチレベルの指定により一般式グループや R グループが回答に含まれるかどうかが異なる. マッチレベル ヒットする構造 Atom 特定原子 lass 特定原子 一般式グループ Any 特定原子 一般式グループ R グループ 15

22 マッチレベルの種類 Atom 特定原子のみがヒット 1 特定原子で作図したノードにマッチレベル [Atom] を指定した場合 構造質問式 MARPAT ファイルの回答 [Atom] を指定 H Me H Me H i-pr * マッチレベル [Atom] を指定したノードは, 特定原子の回答のみがヒットする. この場合は,Me のみ. * alkyl や i-pr はヒットしない. H alkyl alkyl や alkylene などの回答も必要な場合は [lass] の指定に変更する i-pr の回答も必要な場合は,Me で作図したノードを Ak などに変更する 2 一般式グループで作図したノードにマッチレベル [Atom] を指定した場合 構造質問式 MARPAT ファイルの回答 [Atom] を指定 H Ak H Me H i-pr * マッチレベル [Atom] を指定したノードが一般式グループノード Ak であっても, 特定原子の回答のみがヒットする. * alkyl はヒットしない. H Alkyl alkyl や alkylene の回答も必要な場合は [lass] の指定に変更する 16

23 lass 特定原子 + 一般式グループがヒット 1 特定原子で作図したノードにマッチレベル [lass] を指定した場合 構造質問式 [lass] を指定 MARPAT ファイルの回答 H Me H Me H i-pr * マッチレベル [lass] を指定したノードは, 特定原子または一般式グループの回答がヒットする. * i-pr はヒットしない. H alkyl i-pr の回答も必要な場合は,Me で作図したノードを Ak などに変更する 2 一般式グループで作図したノードにマッチレベル [lass] を指定した場合 構造質問式 MARPAT ファイルの回答 [lass] を指定 H Ak H Me H i-pr * マッチレベル [lass] を指定したノードは, 特定原子または一般式グループの回答がヒットする. H alkyl Any 特定原子 + 一般式グループ + R グループがヒット 構造質問式 MARPAT ファイルの回答 [Any] を指定 H Me H Me H i-pr * マッチレベル [Any] を指定したノードは, 特定原子または一般式グループ,R グループの回答がヒットする. H alkyl H R 17

24 元素数レベル 元素数レベルによって, マッチレベル lass でヒットする一般式グループを, 作図上で指定した元素の種類と数を満たす記載があるものに限定することができる. 元素数レベルは Limited,Unlimited の 2 種類がある. - Limited : 指定した元素数を満たす記載のある一般式グループのみがヒットする. G1 元素の種類と数 alkyl <containing 1-20 > cycloalkyl <containing 3-20 > - Unlimited : Limited で得られる回答に加えて, 下記の回答も得られる. 元素数の記載がない一般式グループ G1 alkyl alkoxy alkylamino 指定した元素数を否定しない条件が記載された一般式グループ (p.19 の表 4 を参照 ) 元素数は, 具体的な構造を作図するか, 一般式グループ記号の属性 Element ounts で指定した内容が考慮される. O ちょうど 1 ちょうど 1 ちょうど 1 を指定する Hy を右クリック - Element ounts を指定していない一般式グループ記号の場合は, 元素数レベルの指定による回答の違いはない. 18

25 マッチレベルと元素数レベル マッチレベルと元素数レベルの指定により得られる回答が異なる. マッチレベル [Atom] : [Limited],[Unlimited] のいずれを指定しても回答に影響なし マッチレベル [lass] : [Limited],[Unlimited] の指定で回答に違いがある. * 元素数の指定がある場合 マッチレベル [Any] : 必ず [Unlimited] を指定して検索する. Atom H 3 i-pr 炭素数 1-3 を指定 l l H Ak lass Limited ( 1-3) ( 2-) H H X Ak 以外のノードはマッチレベル [Atom] lass Unlimited Any H R 3 l R は, 具体的な置換基が記載されていないことを表す 検索例 : マッチレベル, 元素数レベルと回答の関係 Hy ( 元素数 ちょうど 1) を作図した場合 回答 Hy ( ちょうど 1) のマッチレベル, 元素数レベル Atom lass Limited lass Unlimited Any Unlimited 1 / pyridyl 2 heterocycle <containing zero or more > 3 heterocycle 4 heterocycle <containing 1-2 O> 5 heterocycle <containing 2-3 > * * 元素数レベル Unlimited でも, 指定した元素数に一致しない条件が記載された一般式はヒットしない. Hy に元素数を指定せず作図した場合 : すべての heterocycle がヒットする. 回答 Hy ( 元素数指定なし ) Atom lass Any 1 2,3,4,5 19

26 マッチレベル指定のポイント マッチレベル指定のポイント 特定原子で表現されている置換基に回答を限定したい場合は, Atom に指定する. 一般式グループで表現されている置換基も回答に含めたい場合は, lass に指定する. R グループで表現されている置換基も回答に含めたい場合は, Any に指定する. 構造質問式中の " グループ原子 " に対するマッチレベルの指定 ハロゲン, 金属はマルクーシュ構造中では halo (halogen) や metal のように一般的表現で記載されていることが多いため, マッチレベル lass にする. [ 構造質問式 ] [MARPAT ファイル中の回答例 ] H 3 H 3 X 以外のノードはマッチレベル [Atom] Atom F l H H 3 H X H lass 推奨 H 3 halogen X H 3 Any XR R : R グループ (P.15 参照 ) ハロゲン (Br, l, F, I, At) は, X で作図し, マッチレベルは [lass] にするのがおすすめ 20

27 構造質問式中の " 鎖ノード " に対するマッチレベルの指定 特定原子からなる鎖に加えて, 一般式グループ (alkyl や alkenyl など ) も回答に含めたければ, 鎖ノードのマッチレベルを lass にする. 構造で明記されている鎖に限定したいときは, 鎖のノードのマッチレベルを Atom にする. [ 構造質問式 ] [MARPAT ファイル中の回答例 ] Atom H 3 H 3 F l H H 3 lass 推奨 H H X H3 以外のノードはマッチレベル [Atom] Any Atom H 3 i-pr l l 推奨 H Ak lass H H X Ak 以外のノードはマッチレベル [Atom] Any 21

28 構造質問式中の " 環ノード " に対するマッチレベルの指定 回答中に明確に存在してほしい重要な環のマッチレベルは Atom にする. 特定原子から成る環構造に加えて, 作図した環構造に合致した一般式グループ ( たとえば, aryl や heteroaryl も回答に含めたければ, 環系の全ノード / 一般式グループ (Hy,b,y) のノードのマッチレベルは lass にする. [ 構造質問式 ] [MARPAT ファイル中の回答例 ] Atom 推奨 特定の環構造が発明において重要な場合 F H 3 l H 3 H H X H H 3 lass 推奨 H3 heterocycle F H3 heteroaryl l 環以外のノードはマッチレベル [Atom] Any H3 R l H 3 H 3 Atom l Br lass 推奨 H3 heterocycle F H3 heteroaryl l Hy 以外のノードはマッチレベル [Atom] Any H3 R l 22

29 マッチレベルを Any にしたほうがよい部分 構造質問式のノードにマッチレベル Any を指定したときにのみ,R グループがヒットする. R に続く < > 内のテキストの内容は照合しないため, ノイズがヒットする可能性もある. マッチレベルを Any にしたノードは, 必ず元素数レベルを Unlimited にする. 回答に含めたい内容 マッチレベルの指定 置換基の部分が, 特許のクレーム中で一般的によく使われる表現のもの ( 構造では表現できない部分 ) も回答に含めたいとき 置換基のノードのマッチレベルを Any にする. 例 : G1= R <TX "leaving group"> G2= R <TX "electron withdrawing group"> G1=O2//X O2,, X のいずれかのノードのマッチレベルを Any にする 置換基が許される (opt. substd by), または必要 (substd. by) と記載されているが, 具体的な置換基の記載がない置換基も回答に含めたいとき 例 : G1= X/O2/Ph (opt. substd by) Ak のノードのマッチレベルを Any にする テキスト記載された "acyl" も回答に含めたいとき 例 : G1=OH/acyl X のノードのマッチレベルを Any にする 23

30 参考 : acyl を検索する上での注意点 特許中の記載 MARPAT ファイルでの索引 acyl をヒットさせることができる構造質問式 Atom Atom Any Atom acyl Any 注意 ) Atom lass R の部分に該当する構造質問式中のノードは, マッチレベル Any で指定する.Ak の部分に該当する構造質問式中のノードに炭素鎖を作図した場合には, マッチレベル lass を指定する. lass Any lass Any Atom * マッチレベルが Atom でヒットする場合,lass,Any でもヒットする. * マッチレベルが lass でヒットする場合,Any でもヒットする lass Atom 24

31 参考 : マッチレベルのまとめ マッチレベル, 元素数レベルと回答の比較表 ( 検索タイプは部分構造検索 ) 構造質問式中のノード マッチレベル 元素数レベル 回答 Atom * Br Br lass * X Br Br Any * X R Atom * F,l,Br,I,At F,l,Br,I,At lass * X X F,l,Br,I,At Any * X R Atom * lass * heteroatom Any * heteroatom R Atom *,O,S,O,S lass * heteroatom Q,O,S Any * heteroatom R Atom * H2 Limited H2 Alkyl<(1-2) > lass H2 H2 Unlimited Alkyl<(1-2) > Ak Any Unlimited H2 Alkyl<(1-2) > Ak R Atom * H2-H2-H2 H2-H2-H2 lass * Alkyl<(1-5) >, Ak AK H2-H2-H2 Any * Alkyl<(1-5) >, Ak R Atom * -H2-H2-H3 -H2-H2-H3 -n-pr -AK 元素数 : 炭素 3 ( 飽和, 直鎖 ) lass Any * 元素数レベルの指定は回答に影響しない. Limited Unlimited Unlimited -H2-H2-H3 -Alkyl<(1-5) >- -H2-H2-H3 -Alkyl<(1-5) >- -Ak- -H2-H2-H3 -Alkyl<(1-5) >- -Ak- -R 25

32 構造質問式中のノードマッチレベル元素数レベル回答 Atom * ピリジン環 ピリジン環 HY lass Any Limited Unlimited Unlimited ピリジン環 Hy <(1) (0-) O> Hy <(0-2) > ピリジン環 Hy <(1) (0-) O> Hy <(0-2) > Hy heteroaryl ピリジン環 Hy <(1) (0-) O> Hy <(0-2) > Hy heteroaryl R Atom * ピリジン環 lass * Any Unlimited ピリジン環 Hy <(1) (0-) O> Hy <(0-2) > Hy heteroaryl ピリジン環 Hy <(1) (0-) O> Hy <(0-2) > Hy <(2) O> Hy heteroaryl R Atom * morpholinyl Limited lass -HY- Unlimited 元素数 : 窒素 1 Any Unlimited * 元素数レベルの指定は回答に影響しない. morpholinyl Hy <(1) (0-) O> Hy <(1-) heteroatom (1-) > morpholinyl Hy <(1) (0-) O> Hy <(1-) heteroatom (1-) > Hy heteroaryl morpholinyl Hy <(1) (0-) O> Hy <(1-) heteroatom (1-) > Hy heteroaryl R 26

33 マッチレベルの理解度チェック 左欄の構造質問式を作図し, マッチレベル Atom lass (Limited/Unlimited) を指定した場合に, 回答 ( 候補 ) 欄の部分構造がヒットするかどうかを考えます. ヒットする場合は を, ヒットしない場合は を記入してみましょう. マッチレベル 構造質問式回答 ( 候補 ) Atom Limited lass Unlimited F F F l F X X F/l/Br/I/At X X Hy Hy<containing zero or more O> Hy Hy Hy Hy ( 元素数 O (2-3)) Hy<containing -1 O> Hy ( 元素数 O (2-3)) Hy 27

34 前ページの回答 マッチレベル 構造質問式回答 ( 候補 ) Atom Limited lass Unlimited F F F l F X X F/l/Br/I/At X X Hy Hy<containing zero or more O> Hy Hy Hy Hy ( 元素数 O (2-3)) Hy<containing -1 O> Hy ( 元素数 O (2-3)) Hy 28

35 マッチレベル 元素数レベルの指定方法 マッチレベル, 元素数レベルは作図したままのデフォールトの状態では以下のように設定される. マッチレベル 元素数レベル : Limited - 環ノード,y,Hy,b : Atom - 鎖ノード,Ak : lass デフォールトの設定から変更する場合は, 変更したいノードを右クリックして,Markush Attributes を選択し,Match Level,Element ount Level を変更する. マッチレベル 元素数レベル 複数のノードの Markush 属性をまとめて変更する場合は, 選択ツールで対象のノードをすべてハイライトしてから, いずれかのノードを右クリックして変更する. 元素数レベルの設定が検索に関与しない場合は,Element ount Level は選択できない. - マッチレベルが Atom の場合 - 一般式グループ記号に元素数を指定していない場合 29

36 R グループ内のノードに対するマッチレベルの指定 R グループのノードに直接マッチレベルを指定することはできないため,R グループの内容をフラグメントとして作図し, フラグメントに対してマッチレベルを指定する. 例 : 右記の構造で, 赤枠には酸素または硫黄を含める. OMe, OEt のマッチレベルは Atom とする. ( 注意 ) - R-group ツール ( ) の Atoms から選ぶと, 原子のマッチベルは lass になる. 作図手順 OMe または OEt 1 構造質問式を作図する.R グループに含めたい置換基は, すべて構造フラグメントとして同一作図画面中に作図する. 2 Assign Attachment ツール ( ) を利用して, フラグメントに結合点を付ける. 30

37 3 R-group ツール ( ) をクリックし,Fragments の項目より OMe,OEt を選択し, 作成された R1 を利用して作図する. 31

38 検索例 2 検索例 2 : 下記の構造を含むマルクーシュ構造を検索する. 条件 1 両端の環系はこれ以上縮環しない. 2 右のベンゾチアゾール環は具体的な構造が明記されているものに限定する. 3 左のピリジン環は, ヘテロ環 と記載されているものも回答に含める. このとき, 窒素の数が 1 である条件を満たす記載のあるヘテロ環に限定する. 1) 構造質問式を作図する 1. 構造を作図して,Lock Rings ツールで両端の環の縮環を禁止する. 2. 左のピリジン環で一般式グループ heterocycle をヒットさせるため, マッチレベルを lass に変更する. 窒素原子数 1 を満たす記載のあるヘテロ環に限定するため, 元素数レベルはデフォールトの Limited のままとする. 32

39 2) 構造質問式をアップロードして, 検索を実行する OK ボタンをクリックして構造質問式をアップロードする. 検索を実行 Add tag をクリックするとコメントの付与が可能 属性表示パネルを利用してマッチレベル等を確認できる 3) 回答を確認する 特定原子のピリジン環がヒット ヒットした G5 の定義 1-4 のヘテロ原子を含み, は 0 以上,O は 0 以上,S は 0 以上, その他のヘテロ原子は存在しない,10 原子以下の heteroaryl 環 ( 置換基が置換してもよい ) 窒素原子数 1 を満たす記載のある一般式グループがヒット 33

40 参考 : イタレーションが不完全な回答 構造検索を実行した時に, 一定の時間内に構造質問式との照合が完了しなかったレコードは, イタレーションが不完全な回答として構造検索の回答セットに含まれる. イタレーションが不完全な回答は,Iteration Status: IOMPLETE と表示される. イタレーションが不完全な回答は, 目的の回答であるかどうかを目視で確認する必要がある. フィルタまたはソートを利用すると, イタレーションの不完全な回答を区別できる. - フィルタ IOMPLETE にチェックを付けて Apply をクリックする フィルタではマルクーシュ構造の記載位置でも解析可能 - ソート プルダウンから Iteration Status を選択する 34

41 3. AS FILES を用いた特許調査 MARPAT,REGISTRY,Aplus ファイルを用いた化学物質関連の特許調査の手法についてご紹介します.

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43 Aplus,MARPAT,REGISTRY ファイルの関係 Aplus ファイルでは, 特許中の特定物質およびマルクーシュ構造を索引している. 特定物質 : REGISTRY ファイルに収録し,Substance Indexing に AS 登録番号を索引 マルクーシュ構造 : MARPAT ファイルに収録し,Markush Indexing に構造番号を索引 Aplus ファイル AS 登録番号 : REGISTRY ファイル Aplus ファイルのレコード番号 : マルクーシュ構造番号 : MARPAT ファイル 35

44 AS FILES を用いた特許調査 Aplus ファイルで化学物質に関する特許を広く調査する場合は, 特定物質を対象とした REGISTRY ファイルでの検索に加えて,MARPAT ファイルでマルクーシュ構造検索も行うと, より包括的な情報が得られる. REGISTRY,MARPAT,Aplus ファイルを用いた検索の流れ 構造検索は,REGISTRY ファイル,MARPAT ファイルのそれぞれで実行するか, またはマルチファイル環境で一括で実行することができる. 各ファイルで構造検索する場合 一括で構造検索する場合 STR1 構造質問式 STR1 構造質問式 REGISTRY ファイル MARPAT ファイル REGISTRY MARPAT L1 STR1/SSS,FULL L3 STR1/SSS,FULL L1 STR1/SSS,FULL Aplus ファイル L2 (REFX L1) L4 (REFX L3) L5 Aplus ファイル L2 OR L4 ( 回答をまとめる場合 ) = L2 (REFX L1) L2 OT L4 L4 OT L2 ( どちらかのファイルのみでヒットした回答を確認する場合 ) Aplus ファイル 各ファイルでそれぞれ構造検索を実行する場合のメリット - REGISTRY ファイル,MARPAT ファイルで異なる構造質問式を使用できる. - 一方のファイルの構造検索のみで得られた特許を確認できる. 両ファイルまとめて構造検索を実行する場合のメリット - シンプルな操作で両ファイルの構造検索, クロスオーバー検索を実行できる. 36

45 検索例 3 検索例 3 : 下記の構造を含む物質に関する特許 文献を REGISTRY,MARPAT,Aplus ファイルで調査する.MARPAT ファイル由来で得た回答は,REGISTRY ファイル由来で得た回答との重複を除いて確認する. Hy のマッチレベルを lass に指定 1) 構造質問式を作図してアップロードする 1. 構造を作図して,Hy のマッチレベルを lass に変更する. * 特に条件の指定がないノードのマッチレベルは, 鎖ノードを lass, 環ノードを Atom とする * 環は縮環してもよい Hy に元素数を指定していないため, 元素数レベルは関与しない 2. 作図画面の OK ボタンをクリックして構造をアップロードする. 37

46 2) REGISTRY ファイルで構造検索して,Aplus ファイルへクロスオーバー検索する 1. REGISTRY ファイルを選択して部分構造検索を実行する. STR1/SSS,FULL L1 2. ボタンをクリックして,Aplus ファイルにクロスオーバーする. 物質の文献中での役割で限定できる ( 今回はチェックを付けずにすべての文献を検索する ) Aplus ファイルではサマリー表示で, ヒット部分を確認したい場合は,Hit 表示形式を選択する 構造検索で得られた特定物質の AS 登録番号でヒット : 38

47 3) MARPAT ファイルで構造検索して,Aplus ファイルへクロスオーバー検索する 1. MARPAT ファイルを選択して部分構造検索を実行する. STR1/SSS,FULL L3 2. ボタンをクリックして Aplus ファイルにクロスオーバーする. ボタンで以前入力したコマンドを呼び出せる 39

48 4) MARPAT 由来の回答から REGISTRY 由来の重複を除く MARPAT ファイルからクロスオーバーして得られた回答から,REGISTRY ファイルからクロスオーバーして得られた回答を除く. L4 OT L2 L5 MARPAT Aplus REGISTRY Aplus - マルクーシュ構造検索のみで得られた L5 の回答例 ヒットしたマルクーシュ構造の番号 40

49 参考 : REGISTRY,MARPAT ファイルの一括検索 REGISTRY,MARPAT の 2 ファイルを選択して構造検索を実行すると, 一括で構造検索を実行できる. また,Get References ボタンをクリックした場合も両ファイルの回答が同時にクロスオーバーされる. 各ファイルの回答はタブを切り替えて確認できる ( 注 ) Get References をクリックした際に表示される Limit Results to を利用して回答を限定すると, REGISTRY ファイルの回答のみがクロスオーバーされる 両ファイルからクロスオーバー検索した回答の和集合 ( 前ページの L2 OR L4 と同じ ) が得られる 自動クロスオーバー検索を設定しておくと,REGISTRY,MARPAT ファイルから Aplus ファイルへのクロスオーバー検索も一括で実行できる. 自動クロスオーバー検索は,Settings から設定画面を開き,Search タブの ross File Search にチェックを付けて設定する. * Aplus ファイルの回答をさらに限定する場合は, 別途 REFX L1 を実行する必要がある. 41

50 参考 : larivate Analytics 作成のデータベースも用いた複数ファイルの検索 検索例 : 下記の構造に関する特許を調査する. 利用するファイル : REGISTRY,MARPAT,Aplus,DR,DWPIM,DWPI ファイル 環はいずれも縮合してもよい. マッチレベル 元素数レベルはデフォールトの設定のまま [ 検索の流れ ] 1) 6 ファイル同時に選択し, 構造検索を実行する.(REGISTRY, MARPAT, DR, DWPIM) 2) クロスオーバー検索を実行して, 文献ファイルの回答を得る.(Aplus, DWPI) 3) Aplus と DWPI ファイル間の重複除去を実行する. 1) 6 ファイル同時に選択し, 構造検索を実行する 1. Select Databases から 6 ファイルを選択する. AS References & Substances や Derwent References & Substances を選択すると, その下にある 3 ファイルを一括で選択できる 2. 構造質問式を作図したのち,OK をクリックする. 42

51 3. 構造質問式がアップロードされ, クエリーパネルに STR 番号が自動的に入力される.Submit をクリックし, 構造検索を実行する. 構造検索を実行 REGISTRY, MARPAT, DR, DWPIM の回答はファイル別のタブに表示される * 上記の構造検索では, 文献データベース (Aplus, DWPI ファイル ) が対象になっていない. そのため, のマークが表示されたが, 今回の検索には影響を与えない. 2) クロスオーバー検索を実行して, 文献ファイルの回答を得る 4. REFX コマンドを実行する. クロスオーバー検索を実行 Aplus ファイルの回答 = [REGISTRY Aplus のクロスオーバー検索の結果 ] + [MARPAT Aplus のクロスオーバー検索の結果 ] DWPI ファイルの回答 = [DR DWPI のクロスオーバー検索の結果 ] + [DWPIM DWPI のクロスオーバー検索の結果 ] Aplus : 167 件 DWPI: 61 件 特許 + 非特許 特許 今回の検索では, 優先して表示するファイルを Aplus ファイルとする. Aplus ファイルの回答全件 (167 件 ) を確認する. 43

52 5. Aplus ファイルの回答を確認する. 特許のレコード例 雑誌のレコード例 : : : : REGISTRY ファイルでヒットした構造 : MARPAT ファイルでヒットした構造 44

53 3) Aplus と DWPI ファイル間の重複除去を実行する 重複除去の方法 - 異なるファイルの回答集合 (L 番号 ) は OT 演算できないため, あるファイルの回答集合を別のファイルで再現する必要がある. DWPI Aplus の回答 全件確認 Aplus の回答を DWPI で再現 重複を除いて表示 - あるファイルの特許の回答集合を別の特許ファイルで再現するには, ファイル間で共通する情報である特許番号 ( または種別付き特許番号 ) を抽出し, 別ファイルで検索する. reate Term List 機能 - reate Term List 機能を利用すると, 指定したフィールドの情報を抽出してタームリスト ( 検索語の集合 ) を作成できる. タームリストには Q 番号が付与される. 6. reate Term List 機能を用いて,Aplus ファイルから特許番号 (P) を抽出する. reate Term List アイコンをクリック Aplus ファイルのタブを選択 P ( 特許番号 ) をクリック 抽出した特許番号のリストに Q# が付与された (Q 番号は連番である ) 抽出したタームに名称を付けて,OK をクリックする - reate Term List 機能の詳細は, 利用ガイド参照. 45

54 7. DWPI ファイルの集合から Aplus ファイルで得られた特許の集合を除く. L2 OT Q 番号の検索を実行する Aplus ファイルの非特許の集合 ( すでに 5. の段階で全件を確認しているので, さらに確認する必要はない ) DWPI ファイルでのみ得られた回答が 49 件あった Aplus : 167 件 DWPI: 61 件 特許 151 非特許

55 8. DWPI ファイルの回答を確認する. : : DR ファイルでヒットした構造 DWPIM ファイルでヒットした構造 Assembled 形式 Full 形式 : 47

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57 4. 練習問題

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59 練習問題 練習問題 1 : 以下の構造を含むマルクーシュ構造が記載されている特許を MARPAT,Aplus ファイルで検索する. R1 の内容 : 酸素 (O) またはハロゲン (X) * 特に指定がないノードのマッチレベルは, 鎖ノード lass, 環ノード Atom * 環は縮環してもよい 練習問題 2 : 以下の構造を含む化合物に関する特許を REGISTRY,MARPAT,Aplus ファイルで検索する. 回答は, 国際特許分類 A01 が付与されている特許に限定する. マルクーシュ構造検索で得られた特許は, 特定物質の構造検索で得られた特許との重複を除いて確認する. Hy の属性元素数 : 窒素 () 1-3 個マッチレベル : lass 元素数レベル : Limited * 特に指定がないノードのマッチレベルは, 鎖ノード lass, 環ノード Atom * 左右の環はこれ以上縮環しない ( ヒント ) REGISTRY ファイルと MARPAT ファイルでそれぞれ構造検索を実行して Aplus ファイルへクロスオーバー検索する. 国際特許分類は /IP フィールドで検索する (A01/IP) MARPAT ファイル由来で得られた特許は,REGISTRY ファイル由来で得られた特許を除いて確認する. 49

60 練習問題 1 練習問題 1 : 以下の構造を含むマルクーシュ構造が記載されている特許を MARPAT,Aplus ファイルで検索する. R1 の内容 : 酸素 (O) またはハロゲン (X) * 特に指定がないノードのマッチレベルは, 鎖ノード lass, 環ノード Atom * 環は縮環してもよい 1. MARPAT ファイルを選択し, 構造質問式を作図する. Ak,y は可変原子ツール,R1 は R グループツールを用いて作図する. マッチレベルはデフォールトの指定のままでよい. スーパーアトムは,DWPIM, DR ファイルでのみ利用可能 R1 の作成 : Atoms から O を,Variables から X を選択する 50

61 2. 構造をアップロードして,MARPAT ファイルで部分構造検索を実行し, 回答を確認する. STR1/SSS,FULL L1 3. をクリックして Aplus ファイルへクロスオーバーして, 出典の特許を確認する. Get References をクリックすると, 自動的に Aplus と MARPAT ファイルに入り,REFX の検索式が実行される : 51

62 練習問題 2 練習問題 2 : 以下の構造を含む化合物に関する特許を REGISTRY,MARPAT,Aplus ファイルで検索する. 回答は, 国際特許分類 A01 が付与されている特許に限定する. マルクーシュ構造検索で得られた特許は, 特定物質の構造検索で得られた特許との重複を除いて確認する. Hy の属性 元素数 : 窒素 () 1-3 個 マッチレベル : lass 元素数レベル : Limited * 特に指定がないノードのマッチレベルは, 環ノード Atom * 左右の環はこれ以上縮環しない 1. 構造質問式を作図する. Hy に対して Element ounts で元素数,Markush Attributes でマッチレベルと元素数レベルを指定する. Lock Rings ツールで縮環を禁止する. より,Hy を作図する 縮環を禁止 Element ounts で元素数を指定すると, マッチレベル lass で元素数レベルを指定できる 52

63 2. REGISTRY ファイルで部分構造検索を実行して,Aplus ファイルにクロスオーバーする. STR1/SSS,FULL L1 Get References をクリックすると, 自動的に Aplus ファイルに入り, REFX の検索式が実行される 3. 国際特許分類で限定して, 回答を確認する. L2 AD A01/IP L3 : : : 特定物質の索引と IP でヒット 53

64 4. MARPAT ファイルで部分構造検索を実行して,Aplus ファイルにクロスオーバーする. STR1/SSS,FULL L1 Get References をクリックすると, 自動的に Aplus, MARPAT ファイルに入り,REFX の検索式が実行される 5. 国際特許分類で限定する. L5 AD A01/IP L6 54

65 6. REGISTRY ファイルからのクロスオーバーで得られた回答を除き, マルクーシュ構造のみでヒットした回答を確認する. L6 OT L3 L7 : : マルクーシュ構造の索引と IP でヒット REGISTRY Aplus MARPAT Aplus

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