Ligases の分類クラス下に階層構造として表検索機能を持つ公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度からることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる

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ゆりかおうじ
6 years ago
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LSKB Version 4.3.0 リリースノートこのリリースノートには LSKB -Life Science Knowledge Bank の新機能問題点の修正などが記載されています [ 新機能 ] 1.

1 LSKB Version リリースノートこのリリースノートには LSKB -Life Science Knowledge Bank の新機能問題点の修正などが記載されています [ 新機能 ] 1. トップ画面の "Gene & Proteins" に以下のメニューの追加あるいは改良 Browser (Metabolizing) EC Classification GPCR SARfari KINASE SARfari これらの項目を追加することで代謝酵素その他の酵素の分類や酵素からの化合物探索と同様に GPCR や KINASE からの探索が可能になる各カテゴリは検索ができる他階層構造状の管理をっているので分類や中分類からのターゲット選択が容易 2. Browser (Metabolizing) DrugBank 由来の代謝酵素ブラウザ DrugBank 由来の代謝酵素を Oxidoreductases, Transferases, Hydrolases, Lyases, Isomerases, 1

Ligases の分類クラス下に階層構造として表検索機能を持つ公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度からることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド

brenda-enzymes.info/ EC2PDB: http://www.ebi.ac.uk/ (EC->PDB) ExPASy: http://enzyme.expasy.org/ MEDLINE: http://www.ncbi.nlm.nih.

2 Ligases の分類クラス下に階層構造として表検索機能を持つ公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度からることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる分類項目は後述の Enzyme データベースと同様だが DrugBank 由来の代謝酵素に絞ってあるところが異なる公共データベースへのリンクアウトは以下のとおり IntEnz: BRENDA: EC2PDB: (EC->PDB) ExPASy: MEDLINE: KEGG: PROSITE: UNIPROT: 階層表の例下部には IntEnz でカテゴリを指定検索ではヒットした階層をすべて表できない Unclassified Enzyme を表 2

3. EC Classification IntEnz 由来の酵素ブラウザ EBI IntEnz(Enzyme) より収集した約 6000 の酵素データを Oxidoreductases, Transferases, Hydrolases, Lyases, Isomerases, Ligases の

公共データベースへのリンクアウトは以下のとおり IntEnz: http://www.ebi.ac.uk/intenz/ BRENDA: http://www.brenda-enzymes.info/ EC2PDB: http://www.ebi.ac.uk/ (EC->PDB) ExPASy: http://enzyme.

3 3. EC Classification IntEnz 由来の酵素ブラウザ EBI IntEnz(Enzyme) より収集した約 6000 の酵素データを Oxidoreductases, Transferases, Hydrolases, Lyases, Isomerases, Ligases の分類クラス下に階層構造として表検索機能を持つ公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB リンクにより当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度からることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる公共データベースへのリンクアウトは以下のとおり IntEnz: BRENDA: EC2PDB: (EC->PDB) ExPASy: MEDLINE: KEGG: PROSITE: UNIPROT: 階層表の例検索ではヒットした階層をすべて表 3

4 酵素のアノテーション表さまざまな外部リン LSKB 内部リンクのタンパク質情報クのほか LSKB 内部リンクで選択されたターゲットの詳細情報を参照できる 4

4. GPCR SARfari ChEMBL 由来の GPCR ブラウザ EBI ChEMBL GPCR SARfari より収集した約 900

検索機能を持つこれらのタンパク質に対する BioActivity は約 1,000,000 搭載

ることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる GPCR の分類と階層表

5 4. GPCR SARfari ChEMBL 由来の GPCR ブラウザ EBI ChEMBL GPCR SARfari より収集した約 900 の GPCR(7TM1) を EBI の分類に従い Opsin, Orphan, Peptide, SmallMol に分類し階層構造として表検索機能を持つこれらのタンパク質に対する BioActivity は約 1,000,000 搭載公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB リンクにより当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度からることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる GPCR の分類と階層表検索ではヒットした階層をすべて表階層下の GPCR サマリー化合物とのアッセイ情報などを一覧できる各 GPCR のアノテーションタンパク質の LSKB 内部リンクや OMIM などの外部リンクの他アッセイの詳細を展開できる 5

5. KINASE SARfari ChEMBL 由来の KINASE ブラウザ EBI ChEMBL KINASE SARfari より収集した約

階層構造として表検索機能を持つこれらのタンパク質に対する BioActivity は約 503,000 搭載

タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる KINASE の分類と階層表検索ではヒットした階層をすべて表階層下の

6 5. KINASE SARfari ChEMBL 由来の KINASE ブラウザ EBI ChEMBL KINASE SARfari より収集した約 1,000 の KINASE を EBI の分類に従い AGC, CAMK, CK1, CMGC, RGC, STE, TK, TKL, その他に分類し階層構造として表検索機能を持つこれらのタンパク質に対する BioActivity は約 503,000 搭載公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB リンクにより当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度からることができるほかタンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド文献を参照できる KINASE の分類と階層表検索ではヒットした階層をすべて表階層下の KINASE サマリー化合物とのアッセイ情報などを一覧できる各 KINASE のアノテーションタンパク質の LSKB 内部リンクや OMIM などの外部リンクの他アッセイの詳細を展開できる 6

7. 化合物辞書に特許情報のアノテーションを追加構造検索対象にした LSKB 搭載の 6000 万の化合物構造とそれらにひもづくアノテーションに特許情報を加えた特許情報は SureChem,

7 6. EBI Interpro データベースタンパク質ドメインデータベースの搭載同ドメインのデータベースを搭載従来の Pfam と同時に利することで網羅性を上げることが目的情報量の少ないタンパク質をターゲットとする化合物を探しやすくなったまた Pipeline Pilot の利で距離情報を利して PDB ligand とドメインの結合情報を取得することができる 7. 化合物辞書に特許情報のアノテーションを追加構造検索対象にした LSKB 搭載の 6000 万の化合物構造とそれらにひもづくアノテーションに特許情報を加えた特許情報は SureChem, IBM, SCRIPDB をデータソースとして整形後特許関連化合物として約 11,524,000 エントリーに特許アノテーションを追加した特許化合物には特許アノテーションを追加特許データベースを選択し構造検索が可能 7

8. インハウス実験データ管理のデータタイプに Gene Group を追加インハウス実験データ管理で Gene Group が管理できるようにした本機能によりパスウエイに含まれる遺伝の管理や qpcr の遺伝セットなど複数の遺伝をグループ化して管理できるようになり遺伝のバッチ検索や化合物や疾患との関連性検索に直接利

8 8. インハウス実験データ管理のデータタイプに Gene Group を追加インハウス実験データ管理で Gene Group が管理できるようにした本機能によりパスウエイに含まれる遺伝の管理や qpcr の遺伝セットなど複数の遺伝をグループ化して管理できるようになり遺伝のバッチ検索や化合物や疾患との関連性検索に直接利できるようになった Gene Group で Entrez Gene ID を含む複数の遺伝とそのアノテーションを管理管理したデータは Batch Search と Gene Group Analysis で GO や BioAssay の検索を代表とするアノテーションの取得や文献マイニングをベースとした関連化合物疾患などの情報を取得できる 8

ID からすべての実験結果を検索可能になったひとつの実験に対し複数のサンプル ID を関連付けることができる (

9 9. インハウス実験データ管理で実験に紐づくサンプル ID を管理できるようにした各実験データのアノテーションでひとつの実験に対し複数のサンプル ID を管理する機能を加えた本機能によって各データへサンプル ID を連携できるようになったほかサンプル ID からすべての実験結果を検索可能になったひとつの実験に対し複数のサンプル ID を関連付けることができる ( マイクロアレイの比較試同じサンプルを利した他のデータタイプの実験データも検索表できる験など複数由来のサンプルをいるときに利 ) 9

10 10. 検索結果 Table の表方式に Query モードを追加構造検索結果リストから分を選択して直接次の検索を実できるように改良した構造検索結果の化合物から化合物を選択 ( 複構造検索条件設定後構造検索を実数可能 ) して QUERY をクリックすると次のクエリーが準備される 10

ファイル中の複数化合物を利して構造検索ができる複数エントリーを含む SD ファイルの Drag&Drop

11 11. 化合物構造検索画面で SD ファイルの Drag & Drop に対応ブラウザ上に SD ファイルを Drag&Drop できるように機能を拡張したこのテーブル表を Query モードにすることで SD ファイル中の複数化合物を利して構造検索ができる複数エントリーを含む SD ファイルの Drag&Drop に対応 SD ファイルの内容が一覧表されるさらに QUERY ボタンをクリックすることで直接構造検索が可能 11

を追加したスケッチャーに Framework を描き Seek exactly same

12 12. 構造検索対象に Molecular Framework を追加前バージョンでは Molecular Framework に対しての検索ができなかったためこれに対応する機能を追加したスケッチャーに Framework を描き Seek exactly same framework を選択する指定した Framework 一覧と同一もしくは関連する framework を一覧表 12

13 [ 変更 ] 1. DrugBank 4.0 へのバージョンアップに伴うインポートファイルの URL 変更 2014 年 3 に DrugBank のデータベースが version 3.0 から 4.0 へバージョンアップされた LSKB では DrugBank よりダウンロードしたデータファイルをデータベースにインポートすることにより化合物情報に DrugBank の情報が付加されるがバージョンアップに伴い書式や内容も変更されたため正常にインポートできなくなっている DrugBank のウェブサイトでは 3.0 ウェブページおよびデータファイルも別の URL を割り当てることによって継続して利できるようになっている LSKB へのデータインポートには 3.0 のサイトよりデータファイルを取得する必要がある従来のダウンロードページ URL (version 4.0 のダウンロードページ ) version 3.0 のダウンロードページ URL admin ユーザーによる DrugBank データインポート機能へのリンクにも version 3.0 ダウンロードページへのリンク ( を併設した version 3.0 ダウンロードページ以上 13

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Microsoft PowerPoint - 3rd-jikken-vscreen [互換モード] 生命情報実験第一 ( 情報系 ) バイオインフォマティクスの道具箱タンパク質化合物相互作用解析: バーチャルスクリーニング慶應義塾大学生命情報学科榊原康文, 佐藤健吾リード化合物探索とインフォマティクス High Throughput Screening 実験的検証リード化合物 = 薬剤候補薬剤標的タンパク質初期候補実験的検証 + インフォマティクス 1. 大量化合物の探索 2. 成功率向上