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1 PubMed 2018 年度 大学院基盤医科学実習 文献検索 名古屋大学附属図書館医学部分館 1

2 概要 1. PubMedとは 2. 検索の基本操作 3. 結果の保存 絞り込み検索 4. やや高度な検索テクニック 5. その他 知っていると便利な機能 参考文献 2

3 1.PubMed とは アメリカ国立医学図書館 (NLM) がインターネット上で無料で公開している MEDLINE NLM 内の国立バイオテクノロジー情報センター (NCBI) が作成している Entrez という統合型分子生物学データベースの一部 3

4 PubMed の概要 採録対象誌 : 約 5,600 誌 データ数 : 約 2,600 万件 収録範囲 : 現在 現在 : MEDLINE : OLDMEDLINE それ以前はIndexCat( ) 4

5 初期画面 検索ボックス (Search Box) PubMed のマニュアルツールなどへのリンク PubMed 以外の NLM の各種 DB など 5

6 2. 検索の基本操作 1.Search Box にキーワードを入力して Searchボタンをクリック 2. 検索結果の表示 3. 検索結果の印刷 保存 などまたは 電子ジャーナルで利用 6

7 キーワードの入力 大文字 小文字のどちらでも可 複数のキーワードをスペースをはさんで入力すると概念間の AND( 大文字で ) 検索 lung cancer drug therapy = lung cancer AND drug therapy 熟語を明示する場合 lung cancer ストップワード (a, the, in, of, ) は不要 小文字の and はストップワード扱いになる 7

8 著者名 雑誌名からの検索 著者名からの検索 姓スペース名のイニシャル (2002 年以降出版のものはフルネームも可 ) 雑誌名からの検索 フルタイトル : journal of clinical oncology 略誌名 : j clin oncol ISSN: X N.B.: ハイフンは省略しないこと cf. Journals in NCBI Databases o brien jm 8

9 演算子 前方一致 フィールド限定 演算子 AND OR NOT ( 大文字 ) 前方一致 (truncation) 語の末尾に * 自動マッピングはされなくなるので注意 後方一致, 中間一致はありません フィールドの限定 キーワードの後に [ フィールドタグ ] 著者 [au] 雑誌名 [ta] 論文名 [ti] 言語 [la] など 9

10 MeSH (Medical Subject Headings) MeSH: MEDLINE のシソーラス ( 用語集 ) 1 文献につき 10 ー 15 程度付与 Major Topic( 文献の中心テーマ ) は MeSH 語の 末尾に * があるもの Subheadings: MeSH と組み合わせて利用する共通項目 例 :analysis diagnosis therapy nursing 10

11 MeSH の効果 1: 同義語の整理 文献上の表現 Cancer Tumor Neoplasm MeSH データベースでのキーワード Neoplasms データベースにデータを格納する際に 文献のテーマにふさわしい MeSH 語を付与 MeSH 語を使って検索することにより 言葉の表現の違いによる検索漏れを防ぐ 11

12 MeSH の効果 2: 関連語の組織化 Thoracic Neoplasms Respiratory Tract Neoplasms Lung Neoplasms Carcinoma, Bronchogenic Carcinoma, Non-Small-Cell Lung 上位語 下位語の階層構造 上位 下位 言葉の上位 下位概念を整理することにより 的確な検索ができる 12

13 自動マッピング 入力した語を適切な MeSH 語 熟語 雑誌名 著者名に変換して検索 どのように変換されたかは 検索結果の表示画面右下の Search details で確認できる MeSH 語での検索は下位語も含む (explosion) 13

14 一覧表示 (Summary 形式 ) 表示形式 表示順 表示件数 結果の保存, 送信 著者名 文献タイトルクリックすると詳細なデータおよび抄録を表示 雑誌名 発行年月日 巻号 ページ 文献タイプ 言語 14

15 詳細表示 (Abstract 形式 ) 表示形式 雑誌名 発行年月日 巻号 ページ 利用できる電子ジャーナルへのリンク NULink ( 名大本文情報案内 ) 電子ジャーナルや冊子体が名古屋大学にあるかどうかを探す レコードの状態 MeSH の表示 15

16 レコードの状態 順番状態表示状態 1 [PubMed as supplied by Publisher] 出版社から提供されたばかりのレコード 2 [PubMed in process] データ整備作業中のレコード 書誌事項の確認 索引づけ (MESH 語の付与 ) 等が行われる 3 [PubMed indexed for MEDLINE] MEDLINE データとして登録されたレコード 他 [PubMed] MEDLINEデータとして登録さ れないレコード 16

17 詳細表示の形式 Summary 形式 通常はこの形式書誌情報のみ Abstract 形式 文献の抄録 著者の所属 関連文献へのリンク + をクリックすると publication types MeSH terms を表示できる MEDLINE 形式 全データをタグ付きで表示 EndNoteなど 文献管理ソフトへのデータの取り込み MeSH 語の末尾に * が付いているのは Major Topic heading ( その文献の中心テーマ ) 17

18 3. 結果の保存 絞り込み検索 検索結果の保存など (Send to) Clipboard : クリップボードに張り付け, 参照, 編集 絞り込み検索 : 条件設定による絞りこみ 18

19 検索結果の保存など 検索結果の保存 (Send to) File: text 形式で表示 Collections : 結果をMy NCBIに保存 Citation manager: 文献管理ソフトに取り込む Clipboard : クリップボードに一時保存 電子メールで送信 (html 形式も可 ) 電子ジャーナルの利用 出版社のアイコン もしくは から N.B.: Order は米国の利用者用なので使わない 19

20 Clipboard 最大 500 件まで登録 Clipbord 内にデータがあるとき, 画面右上に表示 検索結果表示画面上部に, 緑色チェックホ ックスで表示 Clipboard: items 必要なら My NCBI に保存可能 保存データの表示は, items をクリック 削除は, クリップボードに張り付けたレコードを表示して, Remove from clipboard Remove all items をクリック 20

21 絞り込み検索 ( その 1) 画面左側のサイドバーに表示されている項目で絞り込み項目を指定する Show additional filters で絞り込み項目の表示を変更できる 必ず表示される ( 非表示に変更できない ) Article types: 文献の種類 Publication dates : 出版年以下は表示 / 非表示の指定が変更できる Text availability: Full Text, Free Full Text, Abstracts Species : 人間 / 動物 Languages : 言語 Sex : 性別 Subjects: 主題 Journal categories: ( 主要誌 / 歯科 / 看護 ) Ages: 年齢 Search Fields : 検索対象フィールド 21

22 絞り込み検索 ( その 2) Side Bar 絞り込んでいる状態 Side bar の Show をクリックしてウィンドウを開く 22

23 例題 1 1 ethics of liver transplantation に関する文献を探す 2 Search details で自動マッピングの結果を確認 3 検索結果を review 論文のみに絞り込む 4 検索結果を 1 ページに表示 5 最初の 2 件を選択してクリップボードに入れる 6 クリップボードの内容を MEDLINE 形式でファイル作成 23

24 回答例 Search Box に ethics liver transplantation と入力 of はストップワードのため不用 2-1 右下の Search details の表示を見る, see more をクリックして検索式の詳細を表示 24

25 回答例 Search ボタンをクリックするか 検索件数をクリックするか, ブラウザの 戻る で先の検索画面にもどる 3 画面左サイドバーの article type の review をクリックして絞り込む 4 items per page の項目の 200 をチェックして apply ボタンをクリック 25

26 回答例 最初の 2 件の論文にチェックをつける Send to をクリックして Clipboard をチェックすると下に出る add to clipboard ボタンをクリック 6 右上の Clipboard 隣の 2 items をクリックする 7 Send to File MEDLINE を選び 下の Create File ボタンをクリック 最後に review のチェックが外れた状態であることを確認 26

27 4. やや高度な検索テクニック Advanced Search Builder Builder: ヒット件数 Index を参照しながら検索 History: 検索履歴を使って検索 MeSH Database MeSH を階層表示させて検索 27

28 Advanced Search Builder (1) Builder ( その 1) ヒット件数を確認して絞り込みながら検索する キーワードを入力し 検索対象のフィールドを選択し ( 検索ボックスに検索式を自動表示 ) Search ボタンをクリック 検索 結果の表示 Add to history をクリック History に # 検索結果 番号 検索式 検索結果件数を表示 文献を表示するには 検索結果件数をクリック 一番上の Search box は Edit で検索式を自由に編集可 (Builder が消える ) 28

29 Advanced Search Builder (1) Builder ( その 2) Index を確認しながら検索する フィールドを選択しキーワードを入力 Show Index list で検索語一覧を表示 一覧から選択し ( 複数の語を選択するときは CTRL+ クリック ) Search ボタンをクリック 検索 結果の表示 Add to history をクリック History に表示!! 注意!!:Search Builder で MeSH のインデックスを一覧するときは自動マッピングはきかない! 29

30 Advanced Search Builder (2) History 検索履歴の参照 以前の検索結果の再利用 History の # 番号 または Add をクリック Builder と検索ボックスに検索式を自動表示 それを繰り返して検索式を作ったら Search ボタンで検索 検索結果集合の演算 #2 OR #4 Clipboard 内の文献は #0 検索履歴のクリア : Clear history 検索後 8 時間で自動削除 必要なら My NCBI に保存可能 30

31 MeSH Database 自然語から MeSH を選んで検索するときに使う 31

32 MeSH Database 成立年 Subheadings 選択した MeSH 用語が文献の中心的主題として索引された文献だけを検索するときにチェックする 選択した MeSH 用語の ( 階層構造での ) 下位語を含めないで検索するときにチェックする 32

33 MeSH Database (1) PubMed search builder ホ ックス (Advanced Search 機能 ): Add to search builder ホ タンで MeSH 語 ( Subheadings 付 ) を送る 演算子のフ ルタ ウンメニューを選んで検索式組立 検索式ができたら, Search PubMed ホ タンで検索実行 (2) Related information の PubMed : Subheadings なしの状態で検索される (3)NLM MeSH Browser: MeSH 用語の詳細な情報 Subheadings なしで検索 Subheadings など組み合わせて検索 MeSH 用語の詳細な情報 33

34 MeSH Database この MeSH 用語への参照語 この MeSH 用語成立以前の検索語 この MeSH 用語の階層構造 ( 二つ以上あることがある ) 34

35 例題 2 1 ヒトの Circadian rhythm と cortisol または melatonin の関係に関する文献を 1 回の検索でさがす 2 Heart surgery に関する文献を検索し, 検索語のマッピングを確認する (Search Details を使う ) 3 Advances Search で,1 の検索結果と 2 の検索結果の AND( 論理積 ) を求める 35

36 回答例 Search Box に circadian rhythm AND (cortisol OR melatonin) AND human と入力 1 回で検索するための検索式 AND と OR は必ず大文字 2 Search box に heart surgery と入力し Search ボタンをクリック 例題 1 と同じようにマッピング確認する 36

37 回答例 Search Box 下の Advanced をクリック history に 12 の検索式と検索結果が表示されていることを確認 37

38 回答例 の検索の行の Add をクリックまたは, # 番号 をクリックして開いた小ウィンドウの AND in builder をクリック 2 も同じようにする Builder と検索ボックスに検索語が入る 3-3 search ボタンをクリック 38

39 例題 3 1 female genital diseases in adolescents について health education の methods と trends に関する文献を探す 2 検索結果を 2002 年以降に英語で書かれた文献に絞り込む ヒント :Builder で検索式を生成, サイドバーで絞り込み 39

40 回答例 Builder で female genital diseases と adolescents で検索を行う 1-2 health education の methods と trends は MeSH Terms で検索 health education と入力して 右側にある Show index list をクリックしてインデックスを一覧させる 40

41 回答例 health education/methods と health education/trends を CTRL を押しながらクリックすると複数選ぶことができる Add to history をクリック history に検索式と件数が表示されるのを確認 41

42 回答例 つの検索の論理積を求める履歴検索式を作る 例 : その 1 #1 AND #2 AND #3 その 2 ((female genital diseases) AND adolescents) AND ((( health education/methods [MeSH Terms] OR health education/trends [MeSH Terms]))) 42

43 回答例 検索結果数をクリックして検索結果を開く 2-2 画面左側サイドバーの Publication dates の custom range をクリックし,2002 以降に絞り込み 2-3 Show additional filters をクリックして Language を追加しその中の English をクリック 次の検索のためにサイドバーの絞り込みを解除しておくこと 43

44 例題 4 MeSH Database を使う 1 prenatal exposure to influenza が原因の schizophrenia に関する文献を探す 2 schizophrenia と influenza は その文献のメインテーマであること 44

45 回答例 検索する言葉を prenatal exposure influenza schizophrenia と分ける 1-2 Schizophrenia の語をクリックして MeSH を表示 2-1 Restrict to MeSH Major Topic にチェックをいれる 2-2 右の PubMed search builder の Add to search builder ボタンを押す 2-3 Search Box に Schizophrenia [Majr] と表示されるのを確認 45

46 回答例 influenza も同様にする 1-4 検索結果の一番上に Influenza, Human があるので 選択して説明文等を読んでこれで良いか判断する 2-4 Restrict to MeSH Major Topic をチェックして Add to search bilder をクリックして PubMed search builder へ追加する 46

47 回答例 prenatal exposure と検索すると 検索結果は Prenatal Exposure Delayed Effects がヒットする 説明文等を読んでこれでいいか判断する 1-6 右の PubMed search builder の Add to search bilder ボタンを押す 1-7 Search PubMed をクリック 47

48 5. その他 知っていると便利な機能 Journal Database : 雑誌名から検索 Single Citation Matcher: 文献の書誌事項 ( 著者, 論題, 誌名, 巻号年頁 ) の確認 Clinical Queries : 臨床研究の方法論などで検索 My NCBI : 検索式の保存 アラート機能 フィルターの設定 48

49 知っていると便利な機能 検索式の保存など 文献の書誌事項 ( 著者, 論題, 誌名, 巻号年頁 ) の確認 雑誌名から検索 臨床研究の方法論 49

50 Journal referenced in NCBI Database 雑誌名 略誌名 ISSN などから検索 雑誌の情報と関連情報を表示 Related information PubMed その雑誌の PubMed 収録文献を表示 Single Citation Matcher Single Citation Matcher に雑誌名を埋め込んで表示 50

51 Single Citation Matcher 特定の論文の書誌事項の確認など 引用文献の確認に便利 書誌事項のうち わかっているものから検索 雑誌名 出版年 巻 号 開始ページ 著者名 ( 第 1 著者への限定可 ) 論題中の語から検索可 例 : Date: 2008, Volume: 26, First page: 124 で検索すると 5 件ヒット 51

52 例題 5 Single Citation Matcher を使う 1 New England Journal of Medicine の November 2000 に掲載された hip protector に関する論文を探す 2 A. M. Adelman が第一著者の論文を探す 3 PLoS Pathogens の Vol. 5, No. 4 に掲載された全論文の文献情報を求める 52

53 Clinical Queries EBM 文献の検索 Clinical Study Categories( 臨床研究カテゴリー ) etiology( 病因 ) diagnosis( 診断 ) therapy( 治療 ) prognosis( 予後 ) clinical prediction guides ( 臨床予測指針 ) narrow, specific( ノイズ小 ) broad, sensitive( 網羅的 ) Systematic Reviews 複数の臨床試験を総合評価した文献の検索 Medical Genetics 遺伝医学に関連した文献の検索 53

54 Clinical Queries 臨床研究カテゴリー 5 種類の Category と 2 種類の Scope で再検索できる 同一のテーマに関する複数のランダム化比較試験などを統計的に処理して総合評価した結果をまとめた論文 遺伝学関係の文献キーワード +7 種類のカテゴリーで再検索できる 54

55 My NCBI ユーザー登録 ( 無料 ) により利用可能 検索式の保存 再利用 検索結果を定期的にメール送信 ( アラート機能 ) 検索結果の保存 (History Clipboardから ) 検索画面のカスタマイズ参照 : 図解 PubMedの使い方 ( 日本医学図書館協会 ) 55

56 参考文献 PubMed Tutorials PubMed Tutorial Review Exercises で 今回の例題 ( 除 : 例題 3) を復習することができます 図解 PubMed の使い方. 岩下愛, 山下ユミ共著 ; 阿部信一, 奥出麻里監修. 第 7 版. 東京 : 日本医学図書館協会, [ 請求記号 Zu バーコード : ] 56