New TaqMan Assay Search 検索ガイド Gene Expression/SNP Genotyping/Copy Number Assay 検索編 2016-12 月版 1 The world leader in serving science
内容 検索及びアクセス方法 P3-4 Gene Expression Assay 検索 P6-28 SNP Genotyping Assay 検索 P30-39 Copy Number Assay 検索 P41-51 2
概要 TaqMan アッセイ及び ambion sirna 及び microrna 関連製品の検索からご注文までを行える新サイトが公開されました http://www.thermofisher.com/jp-asge 主な特長 見やすくなった検索結果表示 操作しやすくなったマップ表示 検索結果の絞り込みや 過去の検索結果表示など多彩なメニュー表示 複数の Assay を比較表示して検討 購入予定の Assay をカートに入れて チェックアウト の操作後は現サイトと同じ画面でご注文可能 3
推奨環境 下記の環境で動作確認を行いました Windows Internet Explorer 6,7,8(Internet Explorer 9 以降は未検証 ) Google Chrome Firefox Macintosh OS X Safari (Safari 6まで検証済 ) Google Chrome Firefox 4
内容 検索及びアクセス方法 P3-4 Gene Expression Assay 検索 P6-28 SNP Genotyping Assay 検索 P30-39 Copy Number Assay 検索 P41-51 5
Gene Expression Assay 検索 Gene Expression をクリック 条件を設定 search をクリックして検索します 次頁以降で各ステップを説明します 生物種を選択します 検索対象を選択します 配列を入力して検索します 6 複数の遺伝子名 遺伝子 ID 等をアップロードして検索します 遺伝子名 遺伝子 ID 等を入力して検索します 配列を含むファイルをアップロードして検索します 検索条件の入力が終了したら search をクリック
Gene Expression Assay 検索 検索対象の選択は下記のとおりです All Gene Expression Assays: 全ての遺伝子発現解析用の Assay から検索を行います Noncoding RNA Only: noncoding RNA 検出用の Assay のみが検索対象になります Markers & Reporters: レポーター遺伝子 マーカー遺伝子検出の Assay のみが検索対象になります Controls: コントロール遺伝子が検索対象になります 7
Gene Expression Assay 検索 生物種の選択は下記のとおりです 選択対象から外す場合 をクリック ヒト マウス ラット以外の生物種で検索をする場合は Other をクリックして下に表示される欄に 学名や種類名を入力します 該当の生物種に対するアッセイがある場合は生物種を表示させた状態で検索を行います 複数の生物種を表示して検索することも可能です 8
Gene Expression Assay 検索 Gene Expression Assay 検索 クリックすると下記画面が表示されます 遺伝子名 遺伝子 ID などを直接入力することができます 入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です 入力できる ID は下記のとおりです ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします 検索条件の設定が終わりましたら search をクリックして検索します 9
Gene Expression Assay 検索 検索結果が表示されます マップ表示 検索結果表示 10
Gene Expression Assay 検索 Best Coverage Assay: 同一ターゲット遺伝子に対する Assay から網羅性 特異性 Assay デザイン等総合的に判断して最もお奨めできる Assay になります 詳細は下記に記載されています クリック 11
Gene Expression Assay 検索 Assay IDには以下の情報が含まれておりAssay 選択の参考になります Assay ID 最初の 2 文字は生物種を示しています Hs Homo sapiens ( ヒト ) Mm Mus musculus ( マウス ) Rn Rattus norvegicus ( ラット ) At Arabodopsis thaliana Bt Bos taurus (Cow) Ce Caenorhabditis elegans Cf Canis familiaris (Dog) Cp Cavia. porcellus (Guinea Pig) Dm Drosophila melanogaster Dr Danio rerio (Zebrafish) Ec Equus caballus (Horse) Gg Gallus gallus (Chicken) Gm Glycine max (Soybean) Oc Oryctolagus cuniculus (Rabbit) Os Oryza sativa (Rice) Rh Macaca mulatta (Rhesus) Sp Schizosaccharomyces pombe (Fission Yeast) Ss Sus scroga (Pig) Xt Xenopus tropicalis (Frog) 次の数字は任意に割り当てられ 数字が大きいものの方が新しいデザインになります 12
Gene Expression Assay 検索 _ 末尾の文字列 _m1: プローブが Exon junction 上にデザインされており ゲノム DNA は検出されません 1 はターゲット遺伝子特異的な Assay であることを示します _s1: 一つの Exon 上にプライマー及びプローブがデザインされており ゲノム DNA が含まれると検出されてしまいます 1 はターゲット遺伝子特異的な Assay であることを示します _g1: ゲノム DNA を検出する可能性のある Assay です 1 はターゲット遺伝子特異的な Assay であることを示します _mh,_sh,_gh: 相同性の高い遺伝子ファミリーのある特定の転写産物に対してデザインされており ターゲット遺伝子から 10-15C T 値差 ( 同一コピー数が存在した場合 1,000~30,000 倍の差に相当 ) で類似の転写産物を検出してしまう可能性があり 特異性が完全には保たれていないことを示します Assay ID 13
Gene Expression Assay 検索 _ 末尾の文字列 _u:assay によって検出する増幅領域は 2 つの Exon 間にありますが プローブがどちらかのエクソン上にデザインされているので ゲノム DNA が検出される可能性があります _ft: 染色体転座による融合した転写産物を検出します 一つのプライマーとプローブが片方の Breakpoint に存在し もう一つのプライマーが別の Breakpoint に存在するため ゲノム DNA は検出されません _at: どの生物種の配列にも含まれない合成 RNA を検出する為にデザインされた Assay です Hs999999 _m1. で示される Assay は 2 つの Exon の領域を増幅しますが プローブのデザインはエクソンの境界線上ではありません Exon Boundary の情報が 1-1 と記載があれば F- プライマー及びプローブは Exon 1 上にあることを示し R- プ ライマーが Exon 2 上にあることを示します Assay ID 14
Gene Expression Assay 検索 View Assay on Map をクリックするとマップ上におよその位置情報が表示されます 15
Gene Expression Assay 検索 View Details をクリックすると公共データベースへのリンクを含む情報が表示されます 16
Gene Expression Assay 検索 Controls をクリックすると オンラインオーダーが可能な内在性コントロール製品群が表示されます 蛍光ラベル及び容量をプルダウンメニューで選択し カートに追加することができます 蛍光ラベル及び容量を選択 カートに追加する 17
Gene Expression Assay 検索 Gene Arrays をクリックすると 同じ Assay が収載されている TaqMan Array Gene Signature Plates が表示されます 18
Gene Expression Assay 検索 デザイン時点から公共データベースの情報が変更になった Assay に関してはその詳細が Important Information をクリックすると表示されます こちらのアッセイの場合 現在の公共データベース情報ではゲノム DNA を検出してしまう Assay であることが記載されています 19
Gene Expression Assay 検索 検索結果画面左欄に 条件変更のメニューがあります 新規の検索条件を行う場合にクリックします 表示結果の絞り込みに使用します Best Coverage: Best Coverage Assay のみを表示 Inventoried Assays: 在庫あり Assay のみを表示 3 Most Assay: 最も 3 末端側にデザインされた Assay を表示 初めに選択した生物種から絞り込みたい場合対象の生物種のみクリックしてチェックを入れます 複数の候補遺伝子が検索結果に含まれた際に 遺伝子を絞り込む場合に使用します Probe のデザインで条件を絞り込む場合に使用します 20 設定した条件をリセットできます
Gene Expression Assay 検索 検索結果上部のメニューは下記の通りです 複数の Assay ID の左横にチェックを入れて add selected to cart: 複数のAssayをまとめてカートに追加します Compare: 下図のように比較の画面が表示されます Email: 入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします 21
Gene Expression Assay 検索 必要な製品が決まりましたらカートに追加し ご注文手続きに進む場合は checkout をクリックします クリックするとカート内容を確認できます クリックしてご注文手続きに進みます add to cart をクリックしてカートに追加します クリックするとカートの中身を確認できます クリックしてご注文手続きに進みます 22
ご注文の流れ Checkout をクリックすると下記の画面が表示されますのでインターネットオーダーシステムにログインしご注文の手続きに進みます ユーザ名とパスワードを入力し Login をクリックします 23
ご注文の流れ 既存のショッピングバスケットに追加するか 新規のバスケットを作成するかを選択します 既存のショッピングバスケットをプルダウンメニューから選択します 新規のショッピングバスケットを作成します 上記選択後 クリックしてカート内の製品をショッピングバスケットに追加します 24
ご注文の流れ カートの内容をこの段階で編集することも可能です 確認が終わりましたら 次へ をクリックします チェックを入れて削除をクリックすると購入をキャンセルできます 確認後クリック 全て選択する場合こちらをクリックしてチェックを入れる 個別に選択する場合クリックしてチェックを入れる 数量の変更が可能です 蛍光ラベルや容量をプルダウンメニューから変更できます 25
ご注文の流れ 出荷先情報を確認し 次へ をクリックします 前画面に戻る場合クリック 確認後クリック お支払方法について : お支払方法の Purchase Order の表示 Blanket Order の空欄はそのままで変更しないでください お名前には 登録ユーザーのお名前を半角のアルファベットでご入力ください 26 弊社受注担当宛ての特記事項がある場合こちらに記載下さい
ご注文の流れ 最終確認後 ご注文 をクリックしてご注文を確定させます 一旦 ご注文 をクリックしますと キャンセルができませんのでご注文の際は十分にご注意ください 27
ご注文の流れ ご注文の確認画面が表示されます 弊社へご連絡頂く際の確認番号になりますのでこちらの画面もしくは情報が送信されるメールで番号をお控え下さい こちらをクリックすると製品ページに戻ります 28
内容 検索及びアクセス方法 P3-4 Gene Expression Assay 検索 P6-28 SNP Genotyping Assay 検索 P30-39 Copy Number Assay 検索 P41-51 29
SNP Genotyping Assay 検索 SNP Genotyping をクリック 条件を設定 search をクリックして検索します 次頁以降で各ステップを紹介します 全ての SNP Genotyping Assay か Drug Metabolism Assay のみを検索対象にするかを選択 生物種を選択 個別に検索キーワードを入力する場合はこちらに入力 30 複数のIDをまとめてアップロードする場合はこちらをクリック検索条件の入力が終了したらsearchをクリック
SNP Genotyping Assay 検索 対象の Assay 及び生物種を選択します All SNP Genotyping は全ての Assay を検索対象にし Drug Metabolism Assay をクリックすると同アッセイのみに限定されます 生物種を選択します 31
SNP Genotyping Assay 検索 検索キーワードの入力は下記のとおりです クリックすると下記画面が表示されます 遺伝子名 遺伝子 ID などを直接入力することができます 入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です 入力できる ID は下記のとおりです ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします 検索条件の設定が終わりましたら search をクリックして検索します 32
SNP Genotyping Assay 検索 生物種を選択し 染色体をプルダウンメニューから選択し 塩基の範囲をすることで 範囲内に含まれる SNP に対する Assay を検索することが可能です 生物種を選択 塩基数を入力 クリックして検索 プルダウンメニューで選択 33
SNP Genotyping Assay 検索 検索結果が表示されます 各 Assay 右上の View Assay on Map をクリックすると Map 上に該当のアッセイが表示されます 34
SNP Genotyping Assay 検索 View Details をクリックすると下に詳細情報が表示されます クリックしてカートに追加できます 別ウィンドウで詳細情報全てが表示されます 35
SNP Genotyping Assay 検索 検索結果画面左欄に 条件変更のメニューがあります 新規の検索条件を行う場合にクリックします アリル頻度情報が既知の Assay に限定します Assay Type を絞り込みます 詳細は? をクリックして下記のとおり表示されます SNP Type を絞り込みます 36 設定した条件をリセットできます
SNP Genotyping Assay 検索 検索結果上部のメニューは下記の通りです まとめて容量を変更できます 複数の Assay ID の左横にチェックを入れて add selected to cart: 複数のAssayをまとめてカートに追加します Compare: 下図のように比較の画面が表示されます Email: 入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします 37
SNP Genotyping Assay 検索 必要な製品が決まりましたらカートに追加し ご注文手続きに進む場合は checkoutをクリックします クリックするとカート内容を確認できます クリックしてご注文手続きに進みます add to cart をクリックしてカートに追加します 38 クリックするとカートの中身を確認できます クリックしてご注文手続きに進みます
ご注文手続きに進む Checkout をクリックすると下記の画面が表示されますので インターネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます ログイン後のご注文方法は P23-28 を参照下さい 39
内容 検索及びアクセス方法 P3-4 Gene Expression Assay 検索 P6-28 SNP Genotyping Assay 検索 P30-39 Copy Number Assay 検索 P41-51 40
Copy Number Assay 検索 Copy Number をクリック 条件を設定 search をクリックして検索します 次頁以降で各ステップを説明します 検索対象を選択します 生物種を選択します 領域を指定して検索します 41 複数の遺伝子名 遺伝子 ID 等をアップロードして検索します 遺伝子名 遺伝子 ID 等を入力して検索します 検索条件の入力が終了したら search をクリック
Copy Number Assay 検索 対象の Assay 及び生物種を選択します All Copy Number Assays は全ての Assay を検索対象にし Markers & Reporters をクリックするとマーカ / レポーター遺伝子用 Assay に限定されます 生物種を選択します 42
Copy Number Assay 検索 検索キーワードの入力は下記のとおりです クリックすると下記画面が表示されます 遺伝子名 遺伝子 ID などを直接入力することができます 入力を始めるとキーワードを含む語句が表示されて選択をすることも可能です 入力できる ID は下記のとおりです ファイル形式でアップロードする場合こちらをクリックします 検索条件の設定が終わりましたら search をクリックして検索します 43
Copy Number Assay 検索 生物種を選択し 染色体をプルダウンメニューから選択し 塩基の範囲をすることで 範囲内に含まれる CNV に対する Assay を検索することが可能です 生物種を選択 塩基数を入力 クリックして検索 プルダウンメニューで選択 44
Copy Number Assay 検索 検索結果が表示されます 各 Assay 右上の View Assay on Map をクリックすると Map 上に該当のアッセイが表示されます 45
Copy Number Assay 検索 View Details をクリックすると下に詳細情報が表示されます クリックしてカートに追加できます 別ウィンドウで詳細情報全てが表示されます 46
Copy Number Assay 検索 Required Reference Assays をクリックするとコントロール用アッセイが表示されますが 日本国内ではウェブ注文ができませんので カートに追加は使用せず 代理店経由でご注文下さい ご注文のステップでエラーがでるので使用しないで下さい 47
Copy Number Assay 検索 検索結果画面左欄に 条件変更のメニューがあります 新規の検索条件を行う場合にクリックします Assay Location による絞り込みが行えます 設定した条件をリセットできます 48
Copy Number Assay 検索 検索結果上部のメニューは下記の通りです 複数の Assay ID の左横にチェックを入れて add selected to cart: 複数のAssayをまとめてカートに追加します Compare: 下図のように比較の画面が表示されます Email: 入力したメールアドレス宛てにAssayの情報が送信されます Export: Assayの情報をテキストファイルでエクスポートします まとめて容量を変更できます 49
Copy Number Assay 検索 必要な製品が決まりましたらカートに追加し ご注文手続きに進む場合は checkoutをクリックします クリックするとカート内容を確認できます クリックしてご注文手続きに進みます add to cart をクリックしてカートに追加します 50 クリックするとカートの中身を確認できます クリックしてご注文手続きに進みます
ご注文手続きに進む Checkout をクリックすると下記の画面が表示されますのでインターネットオーダシステムにログインしご注文の手続きに進みます ログイン後のご注文方法は P23-28 を参照下さい 51
研究用にのみ使用できます 診断目的およびその手続き上での使用は出来ません The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc 本誌に記載の社名および製品名は 弊社または各社の商標または登録商標です 記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますので ご了承下さい 2012 Life Technologies Japan Ltd. All right reserved. 52