Slide 1 - PDF 無料ダウンロード

ラン間のサンプル持ち込みを最大限に防ぐための MiSeq のメンテナンステンプレート洗浄のプロトコール August 22, 2014 崎川真里イルミナ株式会社アソシエイトテクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iselect, MiSeq, Nextera, Sentrix, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. All other brands and names contained herein are the property of their respective owners. 1

本日の Outline MiSeq ウォッシュプロトコール -Maintenance Wash Standby Wash Post-Run Wash ラン間のサンプルキャリーオーバー対策用ウォッシュプロトコール -ご用意が必要なもの - 設定方法 -プロトコールの実施方法 2

3 MiSeq 洗浄方法について

4 MiSeq 洗浄方法について Maintenance Wash/Standby Wash/Post-Run Wash

5 MiSeq 洗浄方法について Maintenance Wash/Standby Wash/Post-Run Wash

MiSeq 洗浄方法について Maintenance Wash/Standby Wash/Post-Run Wash 0.5% Tween 20 溶液 500mlを調製し洗浄を行う使用済みフローセルとウォッシュカートリッジウォッシュボトルを使用 Maintenance Wash 20 分 x3 回のウォッシュ (2 回のwash 溶液交換をはさむ ) 月に1 回実施する Standby Wash 60 分 x2 回のウォッシュ (1 回のwash 溶液交換をはさむ ) 7 日間以上装置を使用しない場合に実施する Standby Washを行うと装置はStandby modeになる次のラン前に必ずMantenance Washを実施する必要がある Post-Run Wash 20 分のウォッシュ (wash 溶液の交換はない ) 6

MiSeq 洗浄方法について Maintenance Wash/Standby Wash/Post-Run Wash 0.5% Tween 20を用い洗浄を行う使用済みフローセルとウォッシュカートリッジウォッシュボトルを使用 Maintenance Wash 20 分 x3 回のウォッシュ (2 回のwash 溶液交換をはさむ ) 月に1 回実施する Standby Wash 60 分 x2 回のウォッシュ (1 回のwash 溶液交換をはさむ ) 7 日間以上装置を使用しない場合に実施する Standby Washを行うと装置はStandby modeになる次のラン前に必ずMantenance Washを実施する必要がある Post-Run Wash 20 分のウォッシュ (wash 溶液の交換はない ) 7

10 ラン間のサンプルキャリーオーバー対策用ウォッシュプロトコール

サンプルキャリーオーバー対策用ウォッシュプロトコールラン間のサンプルキャリーオーバー対策用のウォッシュプロトコールが作成されました前ランからのサンプルキャリーオーバー通常の Maintenance Wash 0.1% サンプルをロードする 17 番ポートを重点的に洗浄するプロトコールです次亜塩素酸ナトリウム溶液を用いた Wash 0.001% 高感度のアプリケーションを利用するお客様を対象としています 11

サンプルキャリーオーバー対策用ウォッシュプロトコール洗浄のステップ 3 番ポート ( ウォッシュボトル ) と 17 番ポート ( ウォッシュカートリッジ ) の切り替えで Wash した後に通常の PostRunWash に進む所要時間 30 分程度 3 番ポート : 0.05% Tween20 1ml 廃棄 17 番ポート : 次亜塩素酸ナトリウム溶液 1mL + 空気廃棄 3 番ポート : 0.05% Tween20 1ml 廃棄 3 番ポートから 17 番ポートへ : 0.05% Tween20 2ml 逆方向に流す 17 番ポート : 0.05% Tween20 2ml + 空気 + 3 番ポート : 0.05% Tween20 1ml 廃棄 3 番ポートから 17 番ポートへ : 0.05% Tween20 2ml 逆方向に流す 17 番ポート : 0.05% Tween20 2ml + 空気 + 3 番ポート : 0.05% Tween20 1ml 廃棄 3 番ポートから 17 番ポートへ : 0.05% Tween20 2ml 逆方向に流す通常の PostRun Wash に進む次亜塩素酸ナトリウム溶液は残りません 12

ご用意が必要なもの 1MiSeq Template Wash 実行用ファイルレシピ (PostRunWash-carryover.xml) 2 洗浄用のチューブ (PN: 15021932) テクニカルサポートより送付 3 次亜塩素酸ナトリウム (Sodium Hypochloride) : 0.01% 溶液 1mLを17 番ポートに使用する 40.5% Tween20 溶液 : 17 番以外のポートの洗浄に500mlを使用するお客様ご負担 13

ウォッシュプロトコール実行までの流れ事前準備テクニカルサポートに問い合わせプロトコールとレシピ (PostRunWash-carryover.xml) と洗浄チューブを入手する 1. Wash レシピの置き換え MiSeq 装置に保存されている既存のレシピを置き換える 2. 洗浄液 (0.01% 次亜塩素酸ナトリウム ) の調製洗浄液の調製は Post Run Wash 実施の直前に行う 3. Post-Run Wash の実行 MiSeq にてキャリーオーバー対策用 Wash を行う 14

ウォッシュプロトコール実行までの流れ事前準備テクニカルサポートに問い合わせプロトコールとレシピ (PostRunWash-carryover.xml) と洗浄用チューブを入手する techsupport@illumina.com にお問い合わせください 1. Wash レシピの置き換え MiSeq 装置に保存されている既存のレシピを置き換える 2. 洗浄液 (0.01% 次亜塩素酸ナトリウム ) の調製洗浄液の調製は Post Run Wash 実施の直前に行う 3. Post-Run Wash の実行 MiSeq にてキャリーオーバー対策用 Wash を行う 15

ウォッシュプロトコール実行までの流れ事前準備テクニカルサポートに問い合わせプロトコールとレシピ (PostRunWash-carryover.xml) と洗浄チューブを入手する 1. Wash レシピの置き換え MiSeq 装置に保存されている既存のレシピを置き換えるレシピ (PostRunWash-carryover.xml) を使用 2. 洗浄液 (0.01% 次亜塩素酸ナトリウム ) の調製洗浄液の調製は Post Run Wash 実施の直前に行う 3. Post-Run Wash の実行 MiSeq にてキャリーオーバー対策用 Wash を行う 16

1. Wash レシピの置き換え 1MiSeq 装置のレシピファイルが保存されている場所に入る C: illumina MiSeq Control Software Recipe Windows の Start を開き Computer を選択する 17

1. Wash レシピの置き換え 1MiSeq 装置のレシピファイルが保存されている場所に入る C: illumina MiSeq Control Software Recipe OSDisc(C:) を開く 18

1. Wash レシピの置き換え 1MiSeq 装置のレシピファイルが保存されている場所に入る C: illumina MiSeq Control Software Recipe 開く 19

1. Wash レシピの置き換え 1MiSeq 装置のレシピファイルが保存されている場所に入る C: illumina MiSeq Control Software Recipe 開く 20

1. Wash レシピの置き換え 1MiSeq 装置のレシピファイルが保存されている場所に入る C: illumina MiSeq Control Software Recipe 開く 21

1. Wash レシピの置き換え 1MiSeq 装置のレシピファイルが保存されている場所に入る C: illumina MiSeq Control Software Recipe Recipe フォルダ内に V1, V2, (MCS v2.3 以降であれば ) V3 のフォルダがあるキャリーオーバー対策の洗浄を実施する場合は V1~V3 すべてのフォルダ内でファイルの置き換えを実施する全てのフォルダで置き換えを実施しないと流路に洗浄液が残りクラスター形成が阻害される場合があるフォルダを開く 22

1. Wash レシピの置き換え 2 ファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 1. V1~V3 の各フォルダ内にある Default フォルダを開く装置の洗浄の内容はこのフォルダ内で制御している 23

1. Wash レシピの置き換え 2 ファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 2. フォルダ内にある Wash フォルダを開く開く 24

1. Wash レシピの置き換え 2 ファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 3. 元の PostRunWash.xml のファイル名を書き換える存在している PostRunWash.xml というファイル名を OriginalPostRunWash.xml に変更する 25

1. Wash レシピの置き換え 2 ファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 4. キャリーオーバー対策用レシピを置くテクニカルサポートから受け取ったレシピを置く PostRunWash-carryover.xml 26

1. Wash レシピの置き換え 2 ファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 5. PostRunWash-carryover.xml から PostRunWash.xml へファイル名を変更するファイルの名称を PostRunWash.xml に変更 Step 6. Step1~5 を繰り返し V1~V3 のすべてのフォルダも同様に行う各フォルダ内にある変更していないレシピを PostRunWash-carryover.xm に置き換えファイル名を PostRunWash.xml に変更する通常の PostRunWash がキャリーオーバー対策用 Wash レシピに置き換わります 27

ウォッシュプロトコール実行までの流れ事前準備テクニカルサポートに問い合わせプロトコールとレシピ (PostRunWash-carryover.xml) と洗浄チューブを入手する 1. Wash レシピの置き換え MiSeq 装置に保存されている既存のレシピを置き換える 2. 洗浄液 (0.01% 次亜塩素酸ナトリウム ) の調製 3. Post-Run Wash の実行洗浄液の調製は Post Run Wash 実施の直前に行う洗浄用チューブを使用 MiSeq にてキャリーオーバー対策用 Wash を行う 28

2. 洗浄液 (0.01% 次亜塩素酸ナトリウム ) の調製 1) 次亜塩素酸ナトリウム (Sodium Hypochlorite) を PW1 や MilliQ 水などで希釈し 0.01% 次亜塩素酸ナトリウム溶液 1mL を調製する次亜塩素酸ナトリウム PW1, MillQ など 0.01% 次亜塩素酸ナトリウム溶液 1mL 市販のブリーチ剤から洗浄液の調製も可能 (NaOHを含むブリーチ剤は不可) 米国本社の使用例 CLOROXブリーチ (6% Sodium Hypochlorite) を希釈して使用 http://www.clorox.com/products/clorox-concentrated-regular-bleach/ 最終的に0.01% 次亜塩素酸ナトリウム溶液 1mLを調製する 29

2. 洗浄液 (0.01% 次亜塩素酸ナトリウム ) の調製 2) 調製した 0.01% 次亜塩素酸ナトリウム溶液を洗浄用チューブに分注し MiSeq ウォッシュカートリッジの 17 番ポートに差しこむ ( 下図 ) 0.01% 次亜塩素酸ナトリウム溶液 1mL 30

3. Post-Run Wash の実行 Washレシピの置き換えと洗浄液の調製が完了したら MiSeqでWashを行う以下のいずれかで Post Run Washに進む 1Home 画面 > PERFORM WASH > PostRun Wash 2MiSeqのランが終了後 > PostRun Wash 32

3. Post-Run Wash の実行 1Home 画面 > PERFORM WASH > PostRun Wash Home 画面から PERFORM WASH > PostRun Wash と進み Wash を開始する PostRun Wash のレシピがキャリーオーバー対策用 Wash レシピに置き換わっているためラン前の PostRun Wash も次亜塩素酸ナトリウム溶液での Wash が適用される 33

3. Post-Run Wash の実行 2MiSeq のランが終了後 > PostRun Wash ラン終了後に Start Wash を選択し洗浄液の準備ができたら Wash を開始する 34

3. Post-Run Wash の実行キャリーオーバー対策用 Washでは 0.01% 次亜塩素酸ナトリウム溶液で 17 番ポートを洗浄した後に通常のPostRun Washを行う 17 番ポート以外 (1~16 18~22ポートおよびウォッシュボトル) には 0.5% Tween20 溶液を満たす 0.5% Tween20 溶液を利用するウォッシュボトル 35

キャリーオーバー対策用 Wash を開始 Wash 画面の表示 3 番ポート ( ウォッシュボトル ) と 17 番ポートで複数回切り替わることをご確認ください 36

キャリーオーバー対策用 Wash を開始 Wash 画面の表示? 3 番ポート以外から開始した場合 Wash レシピの置き換えに問題がある可能性があります 1Exit ボタンで停止し HOME 画面から PostRun Wash にお進みください 2Wash レシピが C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] で正常に置き換わっていることをご確認ください 37

変更後の Wash プロトコールについてキャリーオーバー対策用 Wash レシピに置き換えるとすべての PostRun Wash に適用される Maintenance Wash と Standby Wash はこれまで通りの内容で実施されるキャリーオーバー対策用 Wash が必要ないとき Wash レシピを置き換えたまま行う場合 1 洗浄チューブをささずに 17 番ポートに 0.5% Tween20 を満たす 2PostRun Wash を実行する次亜塩素酸ナトリウム溶液を使用せずに PostRun Wash が行われる PostRun Wash の内容を初期の設定に戻したい場合元のレシピに再度置き換える必要がございますレシピの置き換え時と同様に下記 Wash レシピの保存場所をご確認ください C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash 38

PostRun Wash レシピの置き換えレシピが保存されている場所でファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 1. PostRunWash.xml のファイル名を PostRunWash-carryover.xml に変更 PostRunWash-carryover.xml に変更する 39

PostRun Wash レシピの置き換えレシピが保存されている場所でファイルの置き換えを行う C: illumina MiSeq Control Software Recipe [V1~V3] Default Wash Step 2. OriginalPostRunWash.xml のファイル名を PostRunWash.xml に戻す Step 3. Step1~2 を繰り返し V1~V3 のすべてのフォルダも同様に行う通常の PostRun Wash レシピの置き換えが完了 40

最後に洗浄用チューブは繰り返しご使用いただけますキャリーオーバー対策用 Wash をご利用になりたい場合はテクニカルサポートにお問い合わせください ( techsupport@illumina.com) プロトコールと Wash レシピおよび洗浄用チューブを送付します 41