R 本体は最新のリリース版 R パッケージは 必要最小限プラスアルファ の推奨インストール手順を示します R 本体とパッケージのインストール Windows 版 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ 1
R 本体のインストール R 本体は最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 2
R 本体のインストール R 本体は最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 1 2 3
R 本体のインストール R 本体は最新版 ( リリース版 ) のインストールが基本です 1 2 4
R 本体のインストール ここに R 本体がインストールされます 1 2 5
R 本体のインストール R 本体だけで 100MB 程度あります 1 2 6
R 本体のインストール 基本はいわれるがままに 次へ です 1 2 7
R 本体のインストール 基本はいわれるがままに 次へ です 8
PC 環境設定 ファイルの拡張子を明示させる作業です 9
PC 環境設定 ファイルの拡張子を明示させる作業です 1 2 10
PC 環境設定 1 登録されている拡張子は表示しない のチェックを外す 2 11
R の起動 デスクトップ上に 2 つのアイコンが作成されます R i386 3.X.Y のほうは 32 bit 版で私は通常使わないのでゴミ箱行きにします R x64 3.X.Y のほうを使います ダブルクリックで起動 12
R の起動 起動直後は画面いっぱいに開くので 13
R の起動 黒点線で囲まれた部分が R コンソール画面 14
R の終了 1 1 通常のソフトウェアと同様 右上の ボタンを押せばよい 2 作業スペースを保存しますか? というダイアログが出るが 最初のうちは いいえ でよい ( 間違って はい を押してしまっても.Rdata と.Rhistory という 2 つのファイルが作成されるだけなので特に問題はない ) 2 15
R パッケージのインストール 必要最小限プラスアルファ の推奨インストール手順を示します 16
R パッケージのインストール 1 R 本体を起動 17
R パッケージのインストール 2 CRAN から提供されているパッケージのインストールを行います ブラウザが Internet Explorer の場合は 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリック することで全選択できます 18
R パッケージのインストール 2 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリック することで全選択し 右クリックでコピーしたところ 19
R パッケージのインストール 2 R コンソール画面上でペースト 20
R パッケージのインストール 2 R 本体のバージョンが 3.1.3 の場合は Documents R win-library 3.1 というフォルダを作成して R パッケージ群をインストールします 1 2 21
R パッケージのインストール 2 どこからダウンロードするかを聞かれているので 1 近いところを指定して 2OK ボタンを押す 1 2 22
R パッケージのインストール 2 パッケージのインストールがスタートします 東大有線 LAN 環境では 数分程度で起動直後と同じコマンド入力待ち状態 (>) になります 23
R パッケージのインストール 3 Bioconductor から提供されているパッケージのインストールを行います ブラウザが Internet Explorer の場合は 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリック することで全選択できます 24
R パッケージのインストール 3 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリック することで全選択し 右クリックでコピーしたところ 25
R パッケージのインストール 3 R コンソール画面上でペースト 東大有線 LAN 環境で約 2 時間かかります コンピュータがスリープ状態にならないようにしておきましょう 26
R パッケージのインストール 3 コピペ直後の状態 ( 左上 ) とインストール途中経過の状態 ( 右下 ) 27
R パッケージのインストール 3 続 : 途中経過 ( 左上 ) と 終了後の状態 ( 右下 ) 東大有線 LAN 環境では 2 時間程度で起動直後と同じコマンド入力待ち状態 (>) になります 28
R パッケージのインストール 4 Bioconductor から提供されているパッケージのうち 一つ一つのサイズが大きいゲノム配列パッケージ群のインストールを行います ブラウザが Internet Explorer の場合は 黒点線の枠内で CTRL + Alt + 左クリック することで全選択できます R 本体は 一旦終了して再起動してもいいし 前のスライドの続きからやってもよい 約 30 分かかる 29
R パッケージのインストール 4 インストール途中経過 ( 左上 ) と 終了後の状態 ( 右下 ) 30
パッケージインストール確認 パッケージが正しくインストールされているかを確認します まず Biostrings というパッケージの読み込みができるかどうかを調べるべく library(biostrings) と打ってリターンキーを押す 31
パッケージインストール確認 こんな感じでエラーメッセージが出ていなければ OK 32
パッケージインストール確認 キーボードの上矢印キーを 1 回押すと直前に打ち込んだコマンドが表示される もう一度リターンキーを押して実行すると 何のメッセージも表示されなくなる これもエラーが出ていないので OK 33
パッケージインストール確認 キーボードの上矢印キーなどを利用して 次に ShortRead パッケージの確認を行う エラーメッセージが出ていないことがわかる 34
パッケージインストール確認 スペルミスに注意 35
パッケージインストール確認 最後に TCC パッケージのインストール確認 これはうまくいった場合の成功例 36
エラー遭遇例と対処法 これは TCC パッケージが要求している RcppArmadillo パッケージがないからだめ! と文句を言われている例です 37
エラー遭遇例と対処法 基本的な対処法は 文句を言われたパッケージのみ 個別にインストールすることです 38
エラー遭遇例と対処法 ここでの目的は RcppArmadillo パッケージの個別インストール 1 既存の R コードをテンプレートとして利用すべくコピー 2 任意のテキストエディタにペーストして パッケージ名部分のみ変更しコピー 1 2 39
エラー遭遇例と対処法 ここでの目的は RcppArmadillo パッケージの個別インストール 1 既存の R コードをテンプレートとして利用すべくコピー 2 任意のテキストエディタにペーストして パッケージ名部分のみ変更しコピー 3R コンソール画面でペースト 1 2 40
エラー遭遇例と対処法 ここでの目的は RcppArmadillo パッケージの個別インストール 1 既存の R コードをテンプレートとして利用すべくコピー 2 任意のテキストエディタにペーストして パッケージ名部分のみ変更しコピー 3R コンソール画面でペースト 1 2 41
エラー遭遇例と対処法 もう一度 library(tcc) と打ち込んで確認 さきほどこけた RcppArmadillo のところでつまづくことなく TCC パッケージのロードに成功していることがわかる 42