Ion AmpliSeq Designer デザイン オーダー方法 (Ion AmpliSeq Designer の操作手順 ) 目次 Ion AmpliSeq 概要 3 Ion AmpliSeq テクノロジーとは 4 アカウント作成とログイン 8 Ion AmpliSeq デザ

Ion AmpliSeq Designer デザイン オーダー方法 (Ion AmpliSeq Designer の操作手順 ) 2018.08 1 目次 Ion AmpliSeq 概要 3 Ion AmpliSeq テクノロジーとは 4 アカウント作成とログイン 8 Ion AmpliSeq デザイン方法 11 Ready-to-Use Panels 12 On-Demand Panels 17 Made-to-Order Panels 27 Ion AmpliSeq HD デザイン方法 41 Made-to-Order Panels 42 オーダー手順 53 2

Ion AmpliSeq 概要 Ion AmpliSeq とは ベーシックアカウント作成 Ion AmpliSeq Designer へのログイン Welcome to Ion AmpliSeq Designer 3 ターゲットリシーケンスとは ターゲット領域 - ゲノム全体ではなく 特定領域のみ 手法 - PCR 増幅系 - キャプチャ系 利点 - 必要な領域だけシーケンス可能 - 低頻度変異の検出率が高まる ゲノム上の特定部分にマッピング ゲノム ( リファレンス配列 ) 4

Ion AmpliSeq テクノロジーとは マルチプレックス PCR により 1 チューブで目的の領域を複数同時増幅 1チューブあたり最大 24,576 領域 トータル最大 5 Mb 初期 DNA 量 1ng~ 100 ng (FFPEサンプル対応) ライブラリ作製は 3.5 時間で完了 バーコードを用いて多検体処理 ( 最大 768) が可能 プライマー配列は消化され インサート領域が解析される 5 Ion AmpliSeq DNA ワークフロー ゲノム DNA ターゲット領域の増幅 ( マルチプレックス PCR) 領域 A 領域 B 領域 C プライマー配列の部分的な消化 マルチプレックス PCR アダプターの付加と精製 プライマー配列の消化 ライブラリの増幅 qpcr によるライブラリ定量 Bioanalyzer によるライブラリ定量 Equalizer kit によるライブラリ濃度の均一化 アダプターの付加 * A P1 ライブラリ濃度の調製 ( 複数ライブラリを 1 つにまとめる *) ライブラリ Ion OneTouch 2 / Ion Chef によるテンプレート調製へ * 複数ライブラリを 1 ランで読むためにはライブラリにバーコードアダプタの付加が必要 6

Ion AmpliSeq Designer 概要 カスタムパネルのデザインや設計済みパネルの情報を入手 Ion AmpliSeq Designer https://www.ampliseq.com Thermo Fisher Scientific のオンラインオーダー IDでログイン ターゲット遺伝子名を入力 Gene Symbol や領域 ヒト ( hg19, hg38 ) マウス+ 牛 鶏 豚 羊 トウモロコシ 米 大豆 トマト リファレンスの新規登録が可能 48 時間以内にデザイン完了 ターゲットサイズ250kbp 以内の場合 7 ベーシックアカウント作成方法 https://www.thermofisher.com/ へアクセスします クリック 登録メールアドレスがアカウント名となります 必要事項を入力し アカウントの登録を行います * は必須項目です AmpliSeq Designer では ID とパスワードが共通です 登録メールアドレスがオンラインオーダー ID になります ワンポイント! 下記の操作で日本語表示が可能です ウェブページ右下より日本語をご選択ください 8

Ion AmpliSeq Designer へのログイン https://www.ampliseq.com へアクセス 1Thermo Fisher Scientific のアカウント名と Password を入力 2 Sign In をクリック 初回ログイン時は利用規約に同意をします ワンポイント! クリックすると Ion AmpliSeq Designer のより詳しい情報をご覧いただけます 9 Ion AmpliSeq Designer ホーム画面 これまでにカスタムデザインしたパネルの一覧 Ion AmpliSeq HD Made-to-Oder Panels ( 詳細 :p. 41~) 新しいライブラリ調製技術 Ion AmpliSeq HD Library Kit 対応 カスタム可能な超高感度パネル 変異解析における検出限界 0.1% まで On-Demand Panels ( 詳細 :p. 17~) Made-to-Order Panels ( 詳細 :p. 29~) Ready-to-Use Panels ( 詳細 :p. 12~) 遺伝性の疾患別カテゴリーに分類されたカタログから設計 (Germline 用 FFPEサンプル非対応 ) 実際にプライマー増幅確認のされた遺伝子リスト 1キットにつき 8 もしくは 24 反応のパッケージ あらゆる既知生物種のゲノムに対応 専門家によるデザイン済みのコミュニティパネル DNAとRNAについて柔軟にカスタムデザイン 1 回の合成で ~3,000 反応 がん免疫など複数の研究に対応 予め設計された既製のDNA( エクソームなど ) および RNA( 発現解析 ) パネル 1キットに 8 もしくは 24 反応のパッケージ 10

Ion AmpliSeq デザイン方法 Ready-to-Use Panels On-Demand Panels Made-to-Order Panels Welcome to Ion AmpliSeq Designer 11 Ion AmpliSeq Ready-to-Use Panels 12

Ready-to-Use Panels ( カタログパネル ) の詳細情報の確認方法絞号1 ホーム画面の Ready-to-Use Panels のタブをクリックし DNA もしくは RNA のボタンをクリック カタログパネルのリスト表示 DNA: 変異解析用パネルへ RNA: 発現解析用パネルへ 2 詳細情報を確認したいパネルの Review Panel ボタンをクリック り込み機 Review panel 画面上でアンプリコン数やターゲット遺伝子 カバー率などを確認できる (p. 37 へ ) パネル情報のダウンロード ターゲット遺伝子 領域 ターゲットBEDファイル (Plan Template) プライマー情報 (p. 39 p. 51へ ) 能 Download panel files Copy Amplicons パネルのアンプリコン情報確認 パネルの編集 (Made-to-Order Panel) (p. 65 へ ) 13 日本国内では Ready-to-Use Panel のウェブオーダーは承っておりませんお見積もりのご依頼は営業担当 もしくは代理店様にお問い合わせください 各パネルの詳細 半導体チップ 1 枚当たりのサンプル数を計算 プール数 必要サンプル量 パネルサイズ アンプリコン数 ーゲットターゲット領域タデザインされたターゲット領域 遺伝子 領域染色体番ターゲット遺伝子 領域のカバー率 UCSC 14

Ready-to-Use Panels 一覧 製品番号パネル名反応数価格特徴 4475346 A32914 4477685 Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel Manual 8 Chef 32 30,000 684,000 50 のがん関連遺伝子のホットスポットを対象とした変異解析用パネル (207 アンプリコン ) 8 114,000 がん関連 409 遺伝子の全エクソンをカバーし 包括的に解析可能なパネル A38262 Ion AmpliSeq Exome RDY Kit 1x8 8 264,000 ヒトCCDS 領域の97% 以上をカバーし Germlineのエクソーム解析が可能なパネル 1x8は1プレートで8 検体を調製し 4x2は4プレ A38264 Ion AmpliSeq Exome RDY Kit 4x2 8 286,000 ートで2 検体ずつ調製 ( ライブラリキットを含む ) A25643 HID-Ion AmpliSeq Identity Panel 96 100,000 Y 染色体 34SNP 常染色体 90SNP を124 アンプリコンでタイピングするパネル A25642 HID-Ion AmpliSeq Ancestry Panel 96 120,000 A26325 A26326 A26327 A31446 A36553 A36554 A36555 A36412 Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Research Panel Ion AmpliSeq Transcriptome Human Gene Expression Panel, Chef-Ready Kit Ion AmpliSeq Transcriptome Mouse Gene Expression Panel Ion AmpliSeq Transcriptome Mouse Gene Expression Panel, Chef-Ready Kit 24 96 384 285,000 911,000 2,732,000 Chef 32 510,000 24 96 384 285,000 911,000 2,732,000 Chef 32 510,000 常染色体 165 マーカーを 165 アンプリコンでタイピングするパネル ヒトの 20,802 に及ぶ RefSeq 転写産物について遺伝子単位で発現解析するパネル FFPE RNA に対応 rrna 除去 poly(a) セレクション不要 マウスの 23,930 に及ぶ RefSeq 転写産物について遺伝子単位で発現解析するパネル FFPE RNA に対応 rrna 除去 poly(a) セレクション不要 15 その他 DNA 型鑑定用パネル (A33114) やミトコンドリア DNA 用パネル (A30938, A31443) があります Oncomine シリーズパネル一覧 ( 参考 ) 製品番号パネル名反応数価格特徴 A32840 A32841 A36940 A36941 A37909 A37910 A35864 A35865 Oncomine BRCA Research Assay Oncomine Myeloid Research Oncomine Tumor Mutation Load Assay Oncomine Lung Cell-Free Total Nucleic Acid Research Assay Oncomine Breast cfdna Research Assay v2 Manual 24 Chef 32 Manual 24 Chef 32 Manual 24 Chef 32 480,000 640,000 1,200,000 1,536,000 960,000 1,280,000 8 280,000 8 344,000 A31182 Oncomine Colon cfdna Assay 8 220,000 A37664 A32881 A32928 A35805 A35806 Oncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay Oncomine Immune Response Research Assay Oncomine Comprehensive Assay v3 Manual 32 Chef 32 Manual 24 Chef 32 8 384,000 1,280,000 お問い合わせ A28548 Oncomine Focus Assay 48 お問い合わせ A36485 A36486 A39072 A39359 A35386 Oncomine Childhood Cancer Research Assay Oncomine TCR Beta-SR Assay, DNA Oncomine TCR Beta-SR Assay, RNA Oncomine TCR Beta-LR Assay Manual 24 Chef 32 24 1,680,000 2,240,000 864,000 864,000 768,000 ヒト乳がん卵巣がんに関与するBRCA1および BRCA2 遺伝子の全てのエキソン領域をカバーヒト骨髄性悪性腫瘍の関連遺伝子のSNV 挿入 欠失 CNVおよび融合遺伝子の解析用パネル 409のがん関連遺伝子のコード領域あたりの突然変異の総数を調べ I-O 治療に応答する可能性を評価全血の血漿画分から肺がん由来のcfTNA(cfDNA およびcfRNA) から変異 CNV 融合遺伝子を検出血漿画分由来 cfdnaから乳がん由来のホットスポット変異 CNV 等を検出血漿画分由来 cfdnaから結腸がん由来のsnvおよび短い挿入 欠失を検出血漿画分由来 cftnaから52のがん関連遺伝子について網羅的に遺伝子変異 融合遺伝子等を検出約 400 種類の免疫応答関連遺伝子の網羅的発現解析用アッセイ臨床がん研究に関連する161 遺伝子をターゲットに SNV 挿入 欠失 CNVおよび融合遺伝子を検出固形腫瘍に関連する52 遺伝子をターゲットに SNV 挿入 欠失 CNVおよび融合遺伝子を検出 白血病 脳腫瘍 多様な固形腫瘍群を含むすべての形態の小児がんを対象とした最初のパネル T 細胞のレパートリーの多様性およびクローン性増殖を正確に測定し 抗原特異的 T 細胞を特定 16 Oncomine シリーズのウェブオーダーは承っておりませんお見積もりのご依頼は営業担当 もしくは代理店様にお問い合わせください

Ion AmpliSeq On-Demand Panels 17 Ion AmpliSeq On-Demand Panels の価格 導入しやすい初期コストでパネルデザインの高い選択性を実現 生殖細胞系列の遺伝子変異解析が可能 (~275 bp のアンプリコンサイズ ) FFPE 由来および断片化した DNA サンプルは非対応 コーディング領域の隣接部分まで余裕をもった設計 (5 bp) 2 プールで最大 500 遺伝子までのパネルを提供 スパイクインパネルによって ターゲット遺伝子の追加可能 スパイクインパネルは 246 アンプリコン / 2pool ( およそ 10 遺伝子 ) まで混合して使用できます 1 キット反応数 ライブラリ作製 24 マニュアル調製 96 マニュアル調製 8 Ion Chef 自動調製 32 Ion Chef 自動調製 パネルの遺伝子数 1 ~ 50 51 ~ 300 301 ~ 500 A33093 240,000 A33099 960,000 A33095 96,000 A33102 384,000 A33094 312,000 A33100 1,248,000 A33096 120,000 A33103 480,000 A33097 405,600 A33101 1,622,400 A33098 156,000 A33104 624,000 18 Ion AmpliSeq On-Demand Panel は Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 (4475345) に非対応 Ion AmpliSeq Library Kit Plus (4488990) および Ion AmpliSeq Kit for Chef DL8 (A29024) に対応

遺伝性疾患ごとに特化したパネルの作成が可能 家系における遺伝性疾患 ( メンデル遺伝 ) パーキンソン病など遺伝的原因が複雑な疾患 de novo 突然変異の解析 家族計画 ( 保因者 / 新生児アッセイ ) ( 家族歴はないが 子孫に疾患が現れる ) 19 On-Demand Panel のデザインをスタート これまでにデザインしたパネルの一覧 疾患のカテゴリーからターゲット遺伝子を選択 遺伝子名を入力してターゲット遺伝子を選択 p.21 へ p.22 へ Ion AmpliSeq Designer のログインは p.9 を参照 20

On-Demand Panel デザイン方法 ( 疾患名からターゲット遺伝子を選択 ) パネルのターゲットとする疾患名を選択 デザインの名前 ( 半角英数 20 文字以内 ) を入力し Proceed をクリックして次に進む 疾患カテゴリーからの絞り込みでは 最大 800 種までターゲット遺伝子を選択可能次の画面において 500 遺伝子 (15,000 アンプリコン ) 以下に絞り込んでオーダーします 21 ターゲット遺伝子のパネルへの追加と削除 TP53 Gene Symbol を入力 ( 表示された候補を選択 ) し Add Target をクリックして追加 パネルから除外したい遺伝子は右上のチェックを外す ( グレーアウトする ) On-Demand に登録のない遺伝子群 任意に追加した遺伝子は枠の左下に緑の丸が付く On-Demand に登録のない遺伝子は赤枠で表示 ( 任意追加で遺伝子の登録がない場合は左下に赤丸 ) 選択から除外した遺伝子はグレーで表示 22

Spike-In Panel のデザイン リストに目的の遺伝子がない場合は検索して追加 ( 遺伝子名を入力した CSV File のアップロードも可能 ) 1 必要な遺伝子名にチェックを入れる 2 Create をクリックし 次の画面で Submit を押してデザインを開始 : p.36 へ ( オーダー手順は p.53 参照 ) アッセイ ID は On-Demand と同一番号 (SpikeIn_To_IAD123456) On-Demand のカタログにない遺伝子については Spike-in Panel としてデザインし パネルに混合して使用します ( 例 :On-Demand 150 µl + Spike-In 6 µl ユーザーガイド参照 ) Spike-In Panel 1-pool あたり最大 123 アンプリコン 2-pool で提供 (246 アンプリコン :~10 遺伝子 ) Made-to-Order Panel として設計されるため On-Demand Panel とは別にオーダーします 23 ユーザーガイド : https://assets.thermofisher.com/tfs-assets/lsg/manuals/man0017003_ionampliseqlibarykitplus_ug.pdf https://assets.thermofisher.com/tfs-assets/lsg/manuals/man0013432_ion_ampliseq_library_prep_on_ion_chef_ug.pdf On-Demand Panel のオーダー パネルのコピーを作製する場合 オンデマンドパネル情報のダウンロード ターゲット遺伝子 ターゲット BED ファイル プライマー情報 オーダー後にダウンロード可能 Spike-In Panel の情報は含まれません ターゲット遺伝子のリストをダウンロード 1 クリック 2 注文するパネルタイプの選択 Chef 自動調製用 / マニュアル調製用 反応数 ライブラリキットはウェブオーダー不可 Table タブで遺伝子やデザインの情報一覧を表示 チェックを外す チェックを外す 3 オーダー画面へ (p. 59 ~ 参照 ) 24 上の遺伝子リストで選択されている遺伝子 ( オレンジ枠 ) についてアンプリコンの設計位置と予測されるカバレッジ等を表示

オンデマンドパネルのダウンロードファイル (.zip) On-Demand Panel のダウンロードファイルはデザイン時に入手できません オーダー後に IADxxxxxx_1000.zip をOn-Demand Panel 画面からダウンロードできます IADxxxxxx_1000.zip には Spike-In Panel の情報が含まれません Spike-In Panel を Create ボタンで作成後 別途 ダウンロード可能になります Spike-In Panel のアッセイIDは SpikeIn_To_IADxxxxxx Made-to-Order Panel 画面で Download Results をクリックし ダウンロードします ダウンロードファイル名はOn-Demand Panel と異なる番号のファイル名になります (IADzzzzzz_182.zip) Made-to-Order Panel 画面で得たダウンロードファイルが Plan Template になります IADzzzzzz_182.zipには Spike-In Panel を含んだOn-Demand Panel の情報が含まれます IADzzzzzz_182_amplicon_insert_size_histogram.png を開き 275 bp 以上のアンプリコンの有無を確認します (275 bp 未満は550 Flow 275 bp 以上を含む場合は650 Flowでシーケンシングラン ) 25 参考動画 Learn more というボタンが各所にあります リンク先は YouTube の動画になっており 操作の方法やポイントをご案内しておりますのでご参照ください Ion AmpliSeq On-Demand Panels を用いた NGS ライブラリの設計方法動画の一覧 26

Ion AmpliSeq と Ion AmpliSeq HD の違い 27 高感度と超高感度なマルチプレックス低頻度変異検出技術 複数のコンフィギュレーション Made-to-Order, On-Demand, Ready-to-Use 高感度 - 5% 検出限界 1 微量サンプル - 1 ng ~ アプリケーションの柔軟性を重視 がん研究 Ion AmpliSeq technology 柔軟性を必要とするアカデミック トランスレーショナルおよびクリニカル研究のための NGS 基盤技術 遺伝性疾患研究 遺伝子発現解析 感染症研究 / 微生物研究 ヒト個人識別 アグリバイオ等 Ion AmpliSeq HD technology カスタマイズが必要なトランスレーショナルおよびクリニカル研究のための新しい超高感度ソリューション 単一のコンフィギュレーション Made-to-Order 超高感度 - 0.1% 検出限界 1 微量サンプル - 1 ng ~ アプリケーションの感度を重視 リキッドバイオプシー研究 がん研究 ( 主に体細胞変異 ) 感染症研究 2 遺伝子発現定量 2 遺伝性疾患 2 1 with minimum of 20ng input cfdna 2 Available through Ion AmpliSeq Custom Services (White Glove) 28

Ion AmpliSeq Made-to-Order Panels 29 Ion AmpliSeq カスタムオリゴパネルの反応数と価格 カスタムオリゴパネル ( プライマープール ) の反応数と価格の例 アンプリコン数 750 円 アンプリコン数 *3 マニュアルライブラリ調製 マイクロチューブ (1.5mL 20 本 ) 反応数 ( ライブラリ数 *5 ) 追加オプションマイクロチューブ 384ウェルプレート *2 (2-pool) Ion Chef *4 による自動ライブラリ調製 マイクロチューブ (1-pool) プライマープール価格 アンプリコン 750 円 384ウェルプレート *2 価格 アンプリコン 80 円 12~48 *1 750 *1 1,500 400 200 36,000 3,840 96 750 *1 1,500 400 200 72,000 7,680 192 3,000 6,000 1,600 800 144,000 15,360 384 3,000 6,000 1,600 800 288,000 30,720 768 3,000 6,000 1,600 800 576,000 62,880 1,536 3,000 6,000 1,600 800 1,152000 122,880 3,072 3,000 6,000 1,600 800 2,304,000 245,760 6,144 3,000 6,000 1,600 800 4,608,000 491,520 12,288 3,000 6,000 1,600 800 9,216,000 983,040 *1 12~48 アンプリコンは一律 36,000(96 アンプリコンまではマイクロチューブ 5 本で提供 ) *2 個別のプライマーセットの分注された 384 ウェルプレートを追加した場合 追加費用が発生 *3 Ion AmpliSeq Library Kit Plus を使用し 2X プライマープールを 10 µl 添加して 1 プールのパネルからライブラリを調製した場合 *4 Ion AmpliSeq Kit for Chef DL8 を使用し 2X プライマープールを 150 µl 添加して 8 ライブラリを同時調製した場合 (2 プール時 1 プールの場合はパネルが 2 倍量必要 ) *5 Ion AmpliSeq Custom RNA Panel の場合 12~1,200 アンプリコンまで対応 マニュアル調製は 1,125 ライブラリ 自動調製の場合 1 プールでは 300 ライブラリ 2 プールでは 600 ライブラリ分 30

Made-to-Order Panels デザインスタート 1 Ion AmpliSeq Designer のウェブサイト ( https://www.ampliseq.com ) を開く 2 Thermo Fisher Scientific のアカウントとパスワードを入力し Sign In 3 4 デザインするパネルを選択 画面左側の Ion AmpliSeq の Made-to-Order Panels タブをクリック Genes, Regions or Amplicons をクリックし デザインをスタート ( p. 32 へ ) 3 遺伝子名 特定の領域 Amplicon IDでデザイン 4 専門分野の研究者らによるデザイン済みパネル 対応生物種ゲノム情報 カスタムリファレンスの登録 31 デザインの開始 5 新規デザインのアプリケーション ( DNA / RNA ) とゲノムのリファレンス配列を選択 1 デザインの名前を入力 * * アッセイデザイン名は デザイン開始時に固有の名称を入力 (20 文字以内 ) 2 アプリケーションを選択 DNA Gene designs (multi-pool): DNA Hotspot designs (single-pool): RNA Gene Expression designs (single-pool): Gene A Gene B 3 生物種を選択 対応するゲノムの分類ヒト マウス : hg19, hg38, mm10 UCSC の遺伝子アノテーションや dbsnp COSMIC の情報あり 動物 植物 : 基本的な機能を確認済一部 dbsnp や Ensembl 情報ありリファレンス座標を用いて設計 RNA Gene Fusion designs (multi-pool): Gene A Gene B Custom : 4 Next: Add Targets をクリック 独自リファレンス FASTA ファイルをアップロードリファレンス座標を用いて設計 32

ターゲット遺伝子 / 領域の指定 Add Gene / Region 遺伝子名や領域でターゲットを追加する Gene(CDS Only):Gene Symbol を入力し Add target でターゲットを追加していく Gene(CDS + UTR): Gene(CDS Only) と同様 Region: 領域を指定する場合は その領域の名前 染色体 ローカスを入力し Add target でターゲットを追加する Add Amplicon by ID アンプリコン ID を入力してターゲットを追加する デザイン済みのパネルにあるアンプリコンを追加したい場合は Download Results ボタンで得られた ZIP ファイルの 384WellPlateDataSheet.csv や primerdatasheet.csv の Amplicon_ID を指定して追加が可能 ex) CHP2_HRAS_2 などを入力 Upload File ターゲットファイルをアップロードしてターゲットを追加する ターゲット BED ファイルやターゲット遺伝子 / 領域 アンプリコン ID を指定した CSV ファイルがある場合は それを用いてターゲットのアップロードが可能詳細は Upload File 画面の Input Specifications を確認 33 ターゲット遺伝子 / 領域の指定 1 6 ターゲット遺伝子 / 領域の指定 ( 遺伝子名 (Gene Symbol 名 ) もしくは Region を指定 ) 選択したデザイン名 1 Add Gene/Region を選択 2 Gene を選択した場合は 遺伝子名 (Gene Symbol 名 ) を直接入力 3 Region を選択した場合は Chrom ( 例 : 1 番染色体 1) および Start End を入力 4 エキソンパディングの指定 5 アンプリコンサイズを選択 Status 5 DNA Type によるアンプリコンサイズ Standard DNA : 125~275 bp / 375 bp FFPE DNA : 125~175 bp cell free DNA : 125~140 bp 34

ターゲット遺伝子 / 領域の指定 2 6 ターゲット遺伝子 / 領域の指定 (CSV File BED File をアップロードする場合 ) 1 Upload File を選択 4 ファイルをアップロード 4 エキソンパディングの指定 2 ファイルタイプを選択 3 デスクトップなどからファイルを選択 (Gene List (CSV) file / BED file) 5 アンプリコンサイズを選択 Status 5 DNA Type によるアンプリコンサイズ Standard DNA : 125~275 bp / 375 bp FFPE DNA : 125~175 bp cell free DNA : 125~140 bp 35 デザインの依頼 (Submit Targets) 7 デザインの依頼 (Submit Targets) 1 デザインを確認後 Submit targets をクリック 2 Confirm Submit が表示されたら OK をクリック ( 同時に2つの設計を実施可能 ) 3 デザインが完了すると 登録したメールアドレスに確認メールが届きます ( デザイン時間は 2~48 時間です 時間はターゲットサイズによって異なります ) 36

デザイン結果の確認 8 デザイン結果の確認 (Home 画面で My Designs Made-to-Order Results Ready をクリック 該当の Design 名をクリックし表示 ) DNA のタイプに応じ サイズの異なる 4 種のデザイン * 選択したデザインの結果 画面をスクロールすると詳細が確認可能 ( 次ページ ) 体細胞変異の検出は 175 bp までの Amplicon Range 推奨 375 bp のデザインは 400 bp 対応試薬の使用に限定 37 * 見積もり価格はデザインされたアンプリコン数 750 円で算出できます ( 最低価格 36,000 円 ) デザイン結果の確認 9 デザイン結果の確認 デザイン結果は UCSC サイトにリンクされており UCSC Genome Browser で閲覧が可能 各デザイン結果の UCSC アイコンをクリック UCSC Genome Browser が表示されます ターゲット領域デザインされた領域 デザインできなかった領域 Status 拡大ボタンを押すと塩基単位で確認できます デザインされたターゲット領域 ターゲット領域 38

デザイン結果の確認 10 デザイン結果の確認 半導体チップ 1 枚当たりのサンプル数を計算 1 Download results をクリック 2 Download Now をクリック Zip ファイルに含まれるデータ Zip ファイルとしてダウンロードされます ターゲット領域を指定する bed ファイルトレントブラウザで対応するリファレンスに登録し 解析時に使用します デザイン結果をエクセルで確認することも可能 coverage_details.csv 384WellPlateDataSheet.csv ターゲットエクソンのアンプリコン数 アンプリコン ID ( プライマー配列非公開 ) ターゲットエクソンのカバー率など 39 ダウンロードファイル (.zip) ~ AmpliSeq Designer v7.0.3 ~ IADxxxxxx_xxx_results.zip IADxxxxxx_xxx_384WellPlateDataSheet.csv 個別プライマーペアのプレートを注文する場合の 384 ウェルプレート内の配置 (Amplicon Name, Gene Symbol, Genome Version, Insert Region) IADxxxxxx_xxx_coverage_summary.csv アンプリコン数や カバー率などの遺伝子 ( 領域 ) 別デザイン結果の概要 IADxxxxxx_xxx_coverage_details.csv アンプリコン数や カバー率などのエクソン ( 領域 ) 別デザイン結果の詳細 IADxxxxxx_xxx_Designed.bed デザイン結果 : 解析に利用 * (Amplicon Name, Insert Region, 遺伝子名, プール番号 ) IADxxxxxx_xxx_Missed.bed デザインできなかった位置情報 IADxxxxxx_xxx_Submitted.bed デザイン依頼情報 * variantcaller Plugin や Ion Reporter ソフトウェアなど plan.json Torrent Browser を用いて zip ファイルで Plan Template をアップロードする際に必要 Zip ファイルをアップロードした場合 Designed.bed はサーバーに自動登録される Solution ID の下 3 桁の例 (IADxxxxxx_xxx) Amplicon Range や Solution Type _152 : 125 ~ 140 bp セルフリー DNA サンプルから >5% の体細胞変異を検出 _167 : 125 ~ 175 bp 分解したホルマリン固定パラフィン包埋切片由来 DNA サンプルから >5% の体細胞変異を検出 _182 : 125 ~ 275 bp 高純度 DNA サンプルから生殖細胞系列変異を検出 (Spike-In Panel を含んだ On-Demand Panel はこちら ) _1000 : On-Demand Panel (Spike-In Panel を含まない ) _197 : 125 ~ 375 bp 高純度 DNA サンプルから生殖細胞系列変異を検出 (400bp 対応試薬の使用必須 ) 40

Ion AmpliSeq HD Made-to-Order Panels 41 Ion AmpliSeq HD カスタムオリゴパネルの反応数と価格 カスタムオリゴパネル ( プライマープール ) の反応数と価格の例 オリゴ数 ( 3,300 ~ 2,700 円 ) アンプリコンは FWD と REV の 2 本のオリゴでペア アンプリコン数 ( オリゴ数 ) 反応数 ( ライブラリ数 *1 ) 1 オリゴあたりの価格 1 pool または 2 pool *2 マイクロチューブ ( 各 6 本 ) 384 ウェルプレート *5 12 ~ 96 (24 ~ 192) 3,000 反応 97 ~ 384 (193 ~ 768) 3,000 反応 385 ~ 1,000 (769 ~ 2,000) *4 3,000 反応 *3 *3 *3 3,300 円 3,300 円 3,000 円 3,000 円 2,700 円 2,700 円 アンプリコン数 ( オリゴ数 ) の例 パネル価格 1アンプリコンの価格 384ウェルプレート *5 50 (100) 330,000 円 6,600 円 6,600 円 200 (400) 1,200,000 円 6,000 円 6,000 円 800 (1,600) *2 pool 4,320,000 円 5,400 円 5,400 円 *1 マニュアル調製のみ対応 Chef 自動ライブラリ調製は未対応 AmpliSeq HD 専用ライブラリキット (A37694) とデュアルバーコードキット (A37695) が必要 *2 1 pool では 2 種のプライマープールを提供 (Pool1 FWD, Pool1 REV) 2 pool では 4 種のプライマープールを提供 (Pool1 FWD, Pool1 REV, Pool2 FWD, Pool2 REV) *3 1 プライマープールあたり マイクロチューブ 6 本で提供 各 500 反応 (1 pool では 計 12 本 2 pool では 計 24 本 ) *4 1 プライマープールあたり 最大 500 アンプリコン (1 pool では 500 アンプリコンまで 2 pool では 1000 アンプリコンまで対応 融合遺伝子は 1000 オリゴまで ) *5 個別のプライマーセットが分注された 384 ウェルプレートのみとマイクロチューブのプライマープールのみのいずれかを選択可能 42 500 amplicon / pool で 2 pool まで ( 最大 1000 amplicon)

Ion AmpliSeq HD Made-to-Order Panels デザインスタート 1 Ion AmpliSeq Designer のウェブサイト ( https://www.ampliseq.com ) を開く 2 Thermo Fisher Scientific のアカウントとパスワードを入力し Sign In 3 4 デザインするパネルを選択 画面左側の Ion AmpliSeq の Made-to-Order Panels タブをクリック Genes, Regions or Amplicons をクリックし デザインをスタート ( p. 44 へ ) 3 遺伝子名 特定の領域 Amplicon ID でデザイン 4 43 デザインの開始 5 新規デザインのアプリケーション ( DNA / RNA ) とゲノムのリファレンス配列を選択 1 デザインの名前を入力 * * アッセイデザイン名は デザイン開始時に固有の名称を入力 (20 文字以内 ) 2 アプリケーションを選択 DNA Gene designs (multi-pool): DNA Hotspot designs (single-pool): 3 ヒトゲノムのみ選択可能 hg19 UCSC の遺伝子アノテーションや dbsnp COSMIC の情報あり RNA Gene Fusion designs (multi-pool): Gene A Gene B 4 Next: Add Targets をクリック 44

ターゲット遺伝子 / 領域の指定 Add Gene / Region 遺伝子名や領域でターゲットを追加する Gene(CDS Only):Gene Symbol を入力し Add target でターゲットを追加していく Gene(CDS + UTR): Gene(CDS Only) と同様 Region: 領域を指定する場合は その領域の名前 染色体 ローカスを入力し Add target でターゲットを追加する Add Amplicon by ID アンプリコン ID を入力してターゲットを追加する デザイン済みのパネルにあるアンプリコンを追加したい場合は Download Results ボタンで得られた ZIP ファイルの 384WellPlateDataSheet.csv や primerdatasheet.csv の Amplicon_ID を指定して追加が可能 ex) CHP2_HRAS_2 などを入力 Upload File ターゲットファイルをアップロードしてターゲットを追加する ターゲット BED ファイルやターゲット遺伝子 / 領域 アンプリコン ID を指定した CSV ファイルがある場合は それを用いてターゲットのアップロードが可能詳細は Upload File 画面の Input Specifications を確認 45 ターゲット遺伝子 / 領域の指定 1 6 ターゲット遺伝子 / 領域の指定 ( 遺伝子名 (Gene Symbol 名 ) もしくは Region を指定 ) 選択したデザイン名 1 Add Gene/Region を選択 2 Gene を選択した場合は 遺伝子名 (Gene Symbol 名 ) を直接入力 3 Region を選択した場合は Chrom ( 例 : 1 番染色体 1) および Start End を入力 4 エキソンパディングの指定 5 DNA Type によるアンプリコンサイズ FFPE DNA : 125~175 bp cell free DNA : 75~100 bp 5 アンプリコンサイズを選択 Status 46

ターゲット遺伝子 / 領域の指定 2 6 ターゲット遺伝子 / 領域の指定 (CSV File BED File をアップロードする場合 ) 1 Upload File を選択 4 ファイルをアップロード 4 エキソンパディングの指定 2 ファイルタイプを選択 3 デスクトップなどからファイルを選択 (Gene List (CSV) file / BED file) 5 アンプリコンサイズを選択 Status 5 DNA Type によるアンプリコンサイズ FFPE DNA : 125~175 bp cell free DNA : 75~100 bp 47 デザインの依頼 (Submit Targets) 7 デザインの依頼 (Submit Targets) 1 デザインを確認後 Submit targets をクリック 2 Confirm Submit が表示されたら OK をクリック ( 同時に2つの設計を実施可能 ) 3 デザインが完了すると 登録したメールアドレスに確認メールが届きます ( デザイン時間は 2~48 時間です 時間はターゲットサイズによって異なります ) 48

デザイン結果の確認 8 デザイン結果の確認 (Home 画面で My Designs AmpliSeq HD Results Ready をクリック 該当の Design 名をクリックし表示 ) DNA のタイプに応じ サイズの異なる 2 種のデザイン * 選択したデザインの結果 画面をスクロールすると詳細が確認可能 ( 次ページ ) いずれも体細胞変異の検出に最適な Amplicon Range セルフリー DNA は分解が顕著なため 75 ~ 100 bp 推奨 カバー率が低くなることに注意 49 * 見積もり価格はデザインされたアンプリコン数 6,000 円で算出できます (97~384 アンプリコンの場合 ) デザイン結果の確認 9 デザイン結果の確認 デザイン結果はUCSC サイトにリンクされており UCSC Genome Browserで閲覧が可能 各デザイン結果の UCSC アイコンをクリック UCSC Genome Browser が表示されます ターゲット領域デザインされた領域 デザインできなかった領域 拡大ボタンを押すと塩基単位で確認できます ターゲット領域 デザインされたターゲット領域 50

デザイン結果の確認 10 デザイン結果の確認 半導体チップ 1 枚当たりのサンプル数を計算 2 Download Now をクリック 1 Download results をクリック Zip ファイルに含まれるデータ Zip ファイルとしてダウンロードされます ターゲット領域を指定する bed ファイルトレントブラウザで対応するリファレンスに登録し 解析時に使用します デザイン結果をエクセルで確認することも可能 coverage_details.csv 384WellPlateDataSheet.csv ターゲットエクソンのアンプリコン数 アンプリコン ID ( プライマー配列非公開 ) ターゲットエクソンのカバー率など 51 ダウンロードファイル (.zip) ~ AmpliSeq Designer v7.0.3 ~ IAHxxxxxx_xxx_results.zip IAHxxxxxx_xxx_384WellPlateDataSheet.csv 個別プライマーペアのプレートを注文する場合の 384 ウェルプレート内の配置 (Amplicon Name F / R, Gene Symbol, Genome Version, Insert Region) IAHxxxxxx_xxx_coverage_summary.csv アンプリコン数や カバー率などの遺伝子 ( 領域 ) 別デザイン結果の概要 IAHxxxxxx_xxx_coverage_details.csv アンプリコン数や カバー率などのエクソン ( 領域 ) 別デザイン結果の詳細 IAHxxxxxx_xxx_Designed.bed デザイン結果 : 解析に利用 * (Amplicon Name, Insert Region, 遺伝子名, プール番号 ) IAHxxxxxx_xxx_hotspot.bed デザイン領域内の COSMIC ID などのホットスポット位置情報 : 解析に利用 * Solution ID の下 3 桁の例 (IAHxxxxxx_xxx) Amplicon Range や Solution Type _1009 : 75 ~ 100 bp セルフリー DNA サンプルから >0.1% の体細胞変異を検出 _167 : 125 ~ 175 bp 分解したホルマリン固定パラフィン包埋切片由来 DNA サンプルから >0.1% の体細胞変異を検出 AmpliSeq HD では 20ng DNA から >0.1% の体細胞変異を検出 (200bp 試薬で対応可能 ) IAHxxxxxx_xxx_Missed.bed デザインできなかった位置情報 * variantcaller Plugin や Ion Reporter ソフトウェアなど IAHxxxxxx_xxx_Submitted.bed デザイン依頼情報 plan.json Torrent Browser を用いて zip ファイルで Plan Template をアップロードする際に必要 Zip ファイルをアップロードした場合 Designed.bed はサーバーに自動登録される 52

オーダー方法 オーダー方法 Welcome to Ion AmpliSeq Designer 53 Ion AmpliSeq カスタムオリゴの製品概要 Ion AmpliSeq Custom Oligos (Ion AmpliSeq Made to Order Panels) カスタムオリゴの製造 サーモフィッシャーサイエンティフィック ( 国内 ) 所要日数 プライマーデザイン 48 時間 ( ターゲットサイズによる ) 納期目安 約 30 日 プライマー価格 プライマーペア ( アンプリコン数 ) 750 円 提供形態 12~96 アンプリコン マイクロチューブ 5 本 (2プールでは計 10 本 ) 2Xのプライマープールを提供 97~24,576 アンプリコンマイクロチューブ 20 本 (2 プールでは計 40 本 ) 2X のプライマープールを提供 12~1,200 アンプリコン (Ion AmpliSeq RNA 用 Panel) マイクロチューブ 3 本 (2 プールでは計 6 本 ) 5X のプライマープールを提供 提供形態について プールしたプライマーチューブと個々のプライマペアを各ウェルに分けたプレートを提供 マイクロチューブ プール数について 増幅領域が重なるプライマーペアは 別のチューブ ( プール ) で提供 1 チューブ ( プール ) で 12~24,576 アンプリコンを増幅 マイクロチューブにプールしたオリゴを提供 ( 写真は 3 プールの場合 ) Exon1 Exon2 Primer Pool 1 384 ウェルプレート ( オプション ) 384 ウェルプレートでプライマーペア毎 (Fwd. と Rev.) に別々のウェルに濃縮したオリゴを提供 Primer Pool 2 プール数はターゲットサイズによって異なります (2 ~ 4 プール ) 54

Ion AmpliSeq HD および On-Demand Panel の製品概要 Ion AmpliSeq HD Made to Order Panels カスタムオリゴの製造 サーモフィッシャーサイエンティフィック ( 海外 ) 所要日数 プライマーデザイン 48 時間 ( ターゲットサイズによる ) 納期目安 約 30 日 カスタムオリゴの数 1 pool では 1,000 オリゴまで (500 アンプリコン ) 1 オリゴあたりの価格 (2 オリゴで 1 アンプリコン ) 提供形態 : マイクロチューブ 6 本または個別の 384 ウェルプレート (3,000 反応 ) 24 ~ 192 オリゴ 3,300 円 1プールではフォワード用とリバース用で計 12 本 193 ~ 768 オリゴ 3,000 円 2プールではフォワード用 2 種とリバース用 2 種で計 24 本 769 ~ 2,000 オリゴ 2,700 円 プライマープールは10X 濃度で提供 Ion AmpliSeq On Demand Panels および Spike In Panels カスタムオリゴの製造 サーモフィッシャーサイエンティフィック (On Demand : 海外, Spike In : 国内 ) 所要日数 プライマーデザイン 48 時間 ( ターゲットサイズによる ) 納期目安 約 30 日 パネルのサイズと価格 マニュアルライブラリ調製用 Ion Chef 自動ライブラリ調製用 24 反応 96 反応 8 反応 32 反応 パネル濃度 On Demand Panels 1 ~ 50 遺伝子 240,000 円 960,000 円 96,000 円 384,000 円 51 ~ 300 遺伝子 312,000 円 1,248,000 円 120,000 円 480,000 円 2X 301 ~ 500 遺伝子 405,600 円 1,622,400 円 156,000 円 624,000 円 Spike In Panels 12~123 アンプリコン 2 プールでは 246 まで アンプリコン数 750 円 ( チューブのみの提供 ) Made to Order Panel として個別にオーダー 50X 55 オーダーフロー概要 TEST Thermo Fisher Scientific* 1 オンラインオーダー ID を取得 http://www.thermofisher.com Thermo Fisher Scientific* 1 オンラインオーダーシステム内で注文 Ion AmpliSeq Designer デザインの編集 Thermo Fisher Scientific アカウントで Ion AmpliSeq Designer にログイン ターゲット遺伝子 / 領域を指定 ( 遺伝子名を入力または BED file を添付 ) No デザインを依頼 Submit Targets デザインの確定 お客様のアクション 当社 (Ion AmpliSeq Designer) Ion AmpliSeq Designer でお客様のオリゴをデザイン デザイン結果の提示 *3 2~48 時間 *2 オリゴを合成 当社 代理店 *5 納期 : 約 30~ 営業日 *6 Yes カスタムオリゴをオーダー Add to cart *4 納品 *1 当社のホームページからオンラインオーダー IDを取得します 必須項目を入力し登録してください ( 初回のみ ) *2 デザインを依頼 (Submit Targets) 後 2~48 時間でデザインが完了します デザイン完了時には e-mail( アカウント登録に使用したアドレス ) でお客様にご連絡いたします *3 デザイン結果をご確認頂けます 見積価格はターゲット領域のサイズ ( デザインされたアンプリコン数 ) 750 円 (AmpliSeq HDは除く ) で算出できます *4 オーダーが5,000プライマーペア以上の場合は Request Quoteとなり 後日お見積もりをお出しいたします *5 カスタムオリゴは お客様に直接発送 もしくは代理店様に発送いたします 56 *6 Ion AmpliSeq Designerサイトで Order 後 カスタムオリゴの納期はおよそ30 日 ~( 営業日 ) です

カスタムオリゴのオーダー 11 カスタムオリゴのオーダー 1 Add to Cart をクリック 2 フォーマットを選択 (p. 58 参照 ) プライマープールのチューブのみ 個別プライマーペアの 384 ウェルプレート パネル以外のライブラリキットなどはウェブオーダーできません パネルのみチェック 3 Add to Cart on ThermoFisher.com をクリック 57 5,000 プライマーペア以上をオーダーされる場合は jpprimerorder@invitrogen.com までお問い合わせください その際 デザイン ID(IADxxxxxx_xxx) やお客様情報をお知らせください カスタムオリゴのオーダー 12 フォーマットの選択 Ion AmpliSeq HD の場合 384 ウェルプレートのみ * * プライマープールと同一価格 1 いずれか選択 Ion AmpliSeq の場合 プライマープールのみプール +384 ウェルプレート * * 別途追加費用が発生 2 OK をクリック 58

カスタムオリゴのオーダー 13 カート内の商品の選択 1 デザインしたパネルにチェック 2 注文手続きを始める をクリック 59 カスタムオリゴのオーダー 14 チェックアウト 1 代理店及び出荷先情報が正しいことを確認 2 オプション設定に進む をクリック 3 チェックをいれて注文番号 (. ドット ) を入力 4 確認を続行 をクリック. 60

カスタムオリゴのオーダー 15 チェックアウト 2 標準販売条件へのご同意にチェック を入れ 注文する をクリック 大学 # 123456 大学 #. 1 ご注文内容が正しいことを確認 3 注文完了 ( 製造開始 *) * 製造開始後のキャンセルはできませんのでご注意ください 61 memo 62

その他デザイン 63 カバー領域の拡大 カバー領域の拡大 (increase coverage) 1 increase coverage をクリック Primer 設計条件を緩めて再計算 2 算出された結果を選択 96.85 % から 97.99 % に増加 64 カバー領域は拡大するが オフターゲット領域が増える可能性がある

デザインの編集 ~ デザイン済みの Made-to-Order Panel および Community Panel から ~ アンプリコンのコピー 1 Copy Amplicons をクリックコピー対象 : パネル全体 遺伝子名 領域名選んだ列選んでいない列 2 アンプリコンのコピー 新しいデザインにコピー 作成中のデザインに追加 Amplicon ID を Excel で確認することが可能 Amplicons.csv Amplicon ID 65 デザイン済みアンプリコンの追加 作成中のデザインに Amplicon ID を登録 選択したデザイン名 1 Add Amplicon by ID を選択 2 既存のデザインの Amplicon ID を入力 3 Add amplicon をクリック 追加されたアンプリコンの詳細情報確認 4 デザインを確認後 Submit targets をクリック デザイン結果の確認へ 66

Custom Reference を利用してデザインを実施する場合 1 Reference Genomes 画面 Public Genomes: Ion AmpliSeq Designer 7.0.3で登録済みゲノム配列 Custom References: アカウント所有者が登録した配列 67 Custom Reference を利用してデザインを実施する場合 2~ リファレンスのダウンロード ~ https://genome.ucsc.edu/ 独自のリファレンス リファレンスファイル (FASTA) の追加と削除 2.0GBまでのファイルサイズ ( シロイヌナズナ ショウジョウバエ カイコ フグ ゼブラフィッシュ アフリカツメガエルは対応 ウサギ コムギなど 哺乳類 植物の多くは要相談 ) 暗号化されたパスワード 安全なクラウド環境 ネットバンキングサイトと同等 68 リファレンスは必ずしも UCSC ゲノムブラウザから取得する必要はありません

Custom Reference を利用してデザインを実施する場合 3 ~ リファレンスの登録 ~ 始めに p. 9 を参考に Ion AmpliSeq Designer にログインをします リファレンスの名称 Ion AmpliSeq の Madeto-Order Panels タブから My References ボタンをクリック Add reference をクリック リファレンスの略称 Select File をクリックしてリファレンス fasta や BED File をアップロードし Save ボタンでリファレンスを保存 69 Custom Reference を利用してデザインを実施する場合 4 ~ デザインスタート ~ 新規にパネルをデザインする場合 Genes, Regions or Amplicons をクリックしてデザインスタート Custom Reference をクリックして登録したカスタムリファレンスを選択 その後の操作は p. 35 ~ 参照 70

Torrent Suite へ領域ファイルの登録 Torrent Suite v5.10 への Plan Template 登録 1 Torrent Browser 画面 > Plan タブ > Templates 右上の AmpliSeq.com ボタンからデザインの種類を選択 1 2 2 Torrent Server が外部ネットワークに接続されている場合 3 2,3 のいずれか 推奨 Plan Template の編集 Template Name 右端の歯車マークより Edit を選択し 各種設定を最適化 (Kits や Plugins など ) Configure Account をクリックし Accounts 画面で Connection to AmpliSeq の を押す AmpliSeq.com の Username/Email と Password を入力し 表示されたデザインリストから該当するパネルを選択し 3 Torrent Server が外部ネットワークに接続されていない場合 Manual Upload の Select File をクリックし ダウンロードした Resultsファイル (.zip) を選択機種が表示されている場合は半導体チップの種類を選択し Upload 71 72

ライブラリ調製時に必要な物品リストの例 1 Ready-to-Use Panels の例 詳細な必要物品に関しては 各ユーザーガイドをご確認ください (MAN0017003, MAN0013432) 製品番号 キット 価格 反応数 4475346 Ion AmpliSeq Cancer Hotspot Panel v2 30,000 8 反応 4488990 Ion AmpliSeq Library Kit Plus 221,000 24 反応 4471250 Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 * 1 226,000 160 反応 4468802 Ion Library TaqMan Quantitation Kit * 2 88,200 250 反応 Made-to-Order Panels の例 ( マニュアルライブラリ調製 ) 製品番号 キット 価格 反応数 web order Ion AmpliSeq Made-to-Order Panel (200 amplicon) 150,000 3000 反応 4488990 Ion AmpliSeq Library Kit Plus 221,000 24 反応 4471250 Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 * 1 226,000 160 反応 4468802 Ion Library TaqMan Quantitation Kit * 2 88,200 250 反応 Made-to-Order Panels の例 (Ion Chef 自動ライブラリ調製 ) 製品番号 キット 価格 反応数 web order Ion AmpliSeq Made-to-Order Panel (200 amplicon) 150,000 1600 反応 A29024 Ion AmpliSeq Kit for Chef DL8 * 3 446,200 32 反応 4468802 Ion Library TaqMan Quantitation Kit * 2 88,200 250 反応 *1 Ion Xpress は 96 種のバーコードがある 4 倍希釈するため 最大 640 反応となる IonCode を代用可能 ( 希釈混合作業不要 ) *2 n=2 で使用 ライブラリ以外に検量線とネガコンを反応 *3 IonCode バーコードアダプター付属のため 別途バーコードキットの購入は不要 73 カスタムパネル以外のライブラリ調製キットのウェブオーダーは承っておりませんお見積もりのご依頼は営業担当 もしくは代理店様にお問い合わせください ライブラリ調製時に必要な物品リストの例 2 詳細な必要物品に関しては 各ユーザーガイドをご確認ください (MAN0017003, MAN0013432, MAN0017392) On-Demand Panels + Spike-In Panels の例 ( マニュアルライブラリ調製 ) 製品番号 キット 価格 反応数 A33093 Ion AmpliSeq On-Demand Panel (1-50 遺伝子 ) 240,000 24 反応 web order Spike-in Panel (100Amplicon) 75,000 120 反応 4488990 Ion AmpliSeq Library Kit Plus 221,000 24 反応 4471250 Ion Xpress Barcode Adaptors 1-16 * 1 226,000 160 反応 4468802 Ion Library TaqMan Quantitation Kit * 2 88,200 250 反応 On-Demand Panels + Spike-In Panels の例 (Ion Chef 自動ライブラリ調製 ) 製品番号 キット 価格 反応数 A33095 Ion AmpliSeq On-Demand Panel (1-50 遺伝子 ) 96,000 8 反応 web order Spike-in Panel (100Amplicon) 75,000 64 反応 A29024 Ion AmpliSeq Kit for Chef DL8 * 3 446,200 32 反応 4468802 Ion Library TaqMan Quantitation Kit * 2 88,200 250 反応 AmpliSeq HD Panels の例 ( マニュアルライブラリ調製のみ ) 製品番号 キット 価格 反応数 A29319 MagMAX cfdna Isolation Kit (25 反応 :plasma 4mL 使用時 ) 80,000 25 反応 web order Ion AmpliSeq HD Made-to-Order Panel (100 amplicons) 600,000 3000 反応 A37694 Ion AmpliSeq HD Library Kit 480,000 24 反応 A37695 Ion AmpliSeq HD Dual Barcode Kit 1-24 28,800 24 反応 4468802 Ion Library TaqMan Quantitation Kit * 2 88,200 250 反応 74 カスタムパネル以外のライブラリ調製キットのウェブオーダーは承っておりませんお見積もりのご依頼は営業担当 もしくは代理店様にお問い合わせください

ご不明な点がございましたら弊社テクニカルサポートまでお問い合わせください Technical Support Tel: 0120 477 392 jptech@thermofisher.com 営業時間 : 午前 9 時から午後 5 時 30 分まで The Chip is the Machine 75 For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. 2018 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. 76