Applied Biosystems TaqMan Gene Expression Assays インターネットオーダー方法 2010/06/14
TaqMan Gene Expression Assays の概要 世界最大規模のリアルタイム PCR アッセイ用デザイン済みプライマー &TaqMan プローブセット TaqMan Gene Expression Assays のプライマー & プローブセットは 数多くのアッセイ構築で培われたノウハウと経験に基づいた弊社独自のアルゴリズムを採用しています ヒト マウス ラットのアッセイの デザインの元となる遺伝子配列情報は公共のデータベースとセレラのゲノムデータベースを使用しており リピートや偽遺伝子 SNP などのリアルタイム PCR 定量に影響をあたえる可能性のある要因を排除しています またプライマー & プローブは Exon-Exon バウンダリーを中心に設計されているのでゲノム DNA の影響を受けにくく RNAi の確認 マイクロアレイデータの確認 スプライスバリアントの解析等に最適です 2
TaqMan Gene Expression Assays 製品情報 多くの遺伝子に対して 複数のTaqMan Gene Expression Assaysがデザインされています Exon Boundary 特異的な定量が必要ない場合は 納期が早く 価格も割安なTaqMan Gene Expression Assays, Inventoried がご利用できます スプライスバリアントに注目する定量実験を行う場合は 後述のMapViewでExon Boundaryを確認し 対応するアッセイを選択してください 注 )Inventoried 製品とMade-to-Order 製品には 商品番号 価格 反応数および納期に違いがあるので注文の際にはご注意下さい 3
TaqMan Gene Expression Assays 製品情報 蛍光色素 VIC ラベルが追加されました DuplexでリアルタイムPCRを行う際は 発現レベルが低い遺伝子は従来のFAMラベルを選択し 内在性コントロール等の発現レベルが高い遺伝子についてTaqMan Gene Expression Assays, VIC PL(Primer-Limited) シリーズを選択することをお勧めします Primerの濃度を抑えることで発現量が高い遺伝子増幅が目的遺伝子の増幅を阻害する事を避けることができます 4
TaqMan Gene Expression Assays 製品情報 TaqMan Gene Expression Assays は 2 ステップでのリアルタイム定量 PCR による実験手法にてご使用ください また cdna 調整時の逆転写反応に用いるプライマーは オリゴ dt プライマーだけではなく ランダムプライマーも ご利用ください 逆転写反応推奨試薬 5
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 TaqMan Gene Expression Assays を検索するには? 以下のサイトへアクセスします アプライドバイオシステムズジャパンウェッブサイトからのリンクもございます https://products.appliedbiosystems.com/ab/en/us/adirect/ab?cmd=catnavigate2&catid=60 1267 検索機能をご利用いただくには 特別な登録は必要ございませんが 製品をご注文いただく場合には アプライドバイオシステムズのユーザー ID 事前登録が必要になります ユーザー ID をお持ちでない方は 以下の インターネットオーダーシステムご利用案内 よりユーザー ID の登録をお願いします http://www.appliedbiosystems.co.jp/website/jp/store/pages.jsp?pgcd=15 6
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 トップページ ( http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/home/index.jsp) でサポート アッセイ検索を選択します 7
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Search をクリック 8 内在性コントロールについての情報も参照ください
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Assay Search をクリック 9
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Gene Expression Assays もしくは Non-coding Assays を選択 必要に応じてサーチフィールドを選択 All Text も可 遺伝子名 GeneBank ID 等のキーワードを入力 生物種を選択 設定後 Search をクリック 他の検索オプションを設定後条件を絞り込んだ検索も可能 10
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 キーワード検索のヒント キーワードの一部しか分からない場合は 入力したキーワードの後に * を入力することで曖昧検索ができます 例 ) インターロイキンすべての検索 :IL* キーワード検索は 遺伝子名だけでなく RefSeq や GenBank Locus Link 等の公共データベース ID や遺伝子シンボルでも検索可能です アッセイが見つからない場合は RefSeq ID での検索が有効です RefSeq の見つけ方は こちらを参照ください 11
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Assay ID をクリックすると 各アッセイの詳細情報が確認できます Aligment Map ボタンをクリックすると ゲノム地図上でのアッセイマップ情報が確認できます Availability で Inventoried Made to Order Assays 情報の確認ができます Ambion SiRNA 製品へのリンク Inventoried Assays は Inventoried と表記され non-inventoried Assays は Made to Order と表記されます 12
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 検索結果の絞込みを行う場合 Inventoried Assays のみ Made to order Assays のみ Inventoried Assays + Made to order Assays を含む全製品 チェックボックス選択後 Filter Results をクリック 13
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 アッセイの詳細情報画面 アッセイ ID Aligment Map ボタンをクリックすると ゲノム地図上でアッセイのマップ情報が確認できます 14 アッセイ ID に対応する各種情報の表示 NCBI Entrez Gene に登録されている遺伝子情報 ( 遺伝子名 遺伝子シンボル NCBI ゲノム上のマップ情報など ) NCBI RefSeq に登録されている mrna(nm_xxxxxx) タンパク質 (NP_xxxxxx ) 及び GenoBank に登録されている mrna 情報 Exon Boundary,Assay Location 各転写産物上での TaqMan アッセイの位置情報 (Probe が設計されているエクソンジャンクションの位置とそのおよその塩基番号 ) IMAGE クローンの ID 情報 Amplicon Size PCR 産物のサイズ
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Alignment Map Alignment Mapの表示 選択したアッセイに対応する遺伝子 Mapが表示されます Show GenBank mrnasをチェックすると RefSeq 以外のGeneBank mrnaも表示します 15
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Alignment Map で Zoom in/zoom out します TaqMan Assay の上にマウスを置くと 検出可能なトランスクリプトがハイライトされます トランスクリプトの上にマウスを置くと 対応する TaqMan Assay がハイライトされます TaqMan Assay をクリックすると アッセイ詳細情報ページへリンクします 16
検索リストからのアッセイ選択のフロー エキソンの指定がある YES 全てのアッセイから指定のエキソンを含むアッセイを選択 NO Inventoried アッセイがある YES Inventoried アッセイが複数ある YES 目的に適した Inventoried アッセイを確認 選択 NO NO 全てのアッセイから任意のアッセイを選択 Inventoried アッセイを選択 特に設計位置の指定がないときには Inventoried アッセイをご利用ください 17
Assay ID に含まれる情報 生物種学名の頭文字の組み合わせです Hs: H. Sapience Mm: M. musculus Rn: R. norvegicus At: A. thaliana Dm: D. melanogaster Ce: C. elegans Rh:M. mulatta Cf:C. familiaris プライマー プローブセット固有の番号設計した順番に割り当てられているので 数が大きいほど新規に設計されたセットであることを示します Genomic DNA 由来の増幅 m: genomic DNA が混入していても増幅しません s: 同一のエキソン上にプライマー プローブが設計されているので genomic DNA が混入していたら増幅します g: 染色体上に相同性の高い配列が存在するため genomic DNA から増幅する恐れがあります u: プライマーは異なるエキソン上に設計してありますが プローブはエキソンジャンクションではなく どちらかのエキソン上に設計されています genomic DNA から増幅する恐れがあります 配列の特異性 1: ターゲット遺伝子特異的に検出することができます H: 相同性が高い mrna からも若干 (10-15cycle のずれで ) 増幅する可能性があります 18
複数のアッセイから選択するときのポイント ~Assay ID からの判断 ~ 右から2 番目のアルファベットが m のものを選択 genomic DNAからの増幅を考慮する必要がありません 一番右が 1 のものを選択 特異性の高いセットを選択 番号が大きいものを選択 最新のデータベース上の転写産物配列情報を元に設計 注記 : 上記は目安です ターゲットとなる配列情報も併せてご判断いただくことをお勧めします 19
Inventoried アッセイが沢山ある時の例 1 Assay ID の数字が一番大きい 最新のアッセイ 対象となる配列数が最も多い 網羅的に検出することが可能 20
Inventoried アッセイが沢山ある時の例 2-a Assay ID の数字が一番大きい 最新のアッセイ 対象となる配列数が最も多い 網羅的に検出することが可能 Alignment Map スプライシングバリアントなどを表示 21 このように最新のアッセイの対象とする配列数が多くない場合 全てのバリアントを検出することができない可能性が高い Map にて対象となる Exon 位置の確認
Inventoried アッセイが沢山ある時の例 2-b Hs01124177_m1 : 多くの Splicing Variant の検出 Hs00357143_g1 : 多くの Splicing Variant の検出しかし g なので genomic DNA 由来の増幅の可能性あり Hs00360501_m1 : 3 つの Valiant だけを検出 22
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 Log In が必要です 23
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 Username/Password は インターネットオーダー用のユーザー ID を使用 (6 ページ参照 ) Username Password を入力後 Login をクリック 24
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 2Add to Basket をクリック 1 必要なアッセイをチェック 25
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 Shopping Basket をクリック 26
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 数量の更新 ショッピングバスケット内の製品の数量を変更した場合 このボタンを押して下さい 削除 - 注文した製品 1 つ もしくは複数を削除することができます ご注文を先に進める場合 次へ ボタンを押します 数量を変更することができます 蛍光ラベル スケールの変更 27
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 出荷情報 ページが表示されます お支払方法を確認後 次へをクリックして ご注文を続けます お支払方法について : お支払方法の Purchase Order の表示 Blanket Order の空欄はそのままで変更しないでください お名前には 登録ユーザーのお名前を半角のアルファベットでご入力ください 28
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 ご注文の確認を行います ご注文を完了するには ご注文 ボタンをクリックします 内容を修正したい場合は 戻る ボタンをクリックします 29
TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 ご注文 ボタンを押すと ご注文の確認 ページが表示されます ご注文が完了し 受注伝票番号を発行します 受注伝票番号が表示されます 番号をお控え下さい 印刷用ページ ボタンを押すと印刷に適したページが表示されます ご登録いただいたお客様のe-mailアドレスに確認メールが送信されます お買い物を続ける ボタンを押すと 引き続き Products&Services ページに戻ります yamada JPOrderAdminCS 30
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 : 補足 Advanced Keyword Search Advanced Keyword Search をクリックすると 下記のようなオプションキーワード入力画面が出ます 必要に応じてキーワードを追加入力します 31
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 : 補足 Batch ID サーチ 1 Batch ID サーチの機能を利用すれば 複数のアッセイを同時に検索することが出来ます Batch ID サーチには 複数の ID を直接入力する検索方法 ( オプション 1) と 保存されたファイルを読み込みませて検索する方法 ( オプション 2) があります 1. Batch ID Search をクリックします 32
TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 : 補足 Batch ID サーチ 2 2. オプション 1: 複数の ID を入力 ( コンマ スペース リターンで区切る ) します 3. オプション 2: Browse ボタンをクリックして お客様のローカル PC に保存されている ID リスト もしくは以前にサーチして得られたアッセイリストの Export ファイルを読み込みます 4. 種の選択をします 5. Search ボタンをクリックします 6. アッセイの確認方法は キーワードサーチの場合と同じです 33
研究用にのみ使用できます 診断目的およびその手続き上での使用は出来ません The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc 本誌に記載の社名および製品名は 弊社または各社の商標または登録商標です 記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますので ご了承下さい 2010 Life Technologies Japan Ltd. All right reserved. 34