Microsoft PowerPoint - 理研豊田_JST統合DB資料

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たみじろうまるこ
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1 フェノーム統合 ( 独 ) 理化学研究所豊田哲郎

2 フェノーム情報統合は最重要課題フェノーム = 我々にとって重要な生命現象フェノーム ( 現象の集合 ) 分野ごとに研究コミュメタボローム ( 物質の集合 ) ニティが分かれやすいプロテオーム ( 物質の集合 ) トランスクリプトーム ( 物質の集合 ) ゲノム ( 物質の集合 ) 分野横断的にまとまりやすい

3 現状情報やコミュニティは分断されている ( 主に分子を介した限られた範囲のデータ連携 ) フェノーム統合分野横断的なフェノームの統合化により広範囲の情報とコミュニティの連携化を目指すマウスデータバイオインフォ医者細胞株データ植物データフェノーム統合微生物データ創薬実験生物学者コミュニティの統合化はこれまで成功していない Linked Open Databases for Phenomes

4 BioLOD: Biological Linked Open Databases for Phenomes 分野横断的なフェノームの統合化により広範囲の情報とコミュニティをつなぐ 63のデータベース (764のデータクラス ) を公開中統合されたデータベースのリスト利用者コミュニティ

5 データベース理研の組織理研外の組織

7 1. フェノタイプ記述子の体系化 1. プロパティ標準化と評価 ( 豊田 G) 2. 識別子体系化と評価 ( 桝屋 G) 2. フェノーム統合化 1. バイオリソースフェノーム ( 桝屋 G) 2. 先端計測データフェノーム ( 豊田 G) 3. フェノーム利用ワークフロー開発 ( 豊田 G)

8 プロパティ標準化 OWL 標準形式へ出力公開ダウンロード可能に表現型データ表現型デーマウス表現型タ表現型データタ Mouse_P OWL:Class 表現型デー表現型データ表現型データタ OWL: Instance 表現型データ植物表現型表現型デー表現型データ表現型データタ表現型 OWL:Class Plant_P OWL:Class 表現型デー表現型データタ OWL: Instance 細胞表現型表現型デー表現型データ表現型データタ Cell_P OWL:Class 表現型デー表現型データタ OWL: Instance 平成 23 年度プロパティ標準化作業用プラットフォームを構築し作業を開始する平成 24 年度プロパティ標準化作業を実施しその成果を公開する

9 概要説明テーブル形式でプレビュー様々な標準形式のファイルでダウンロード可能オントロジーでデータクラスを分類統合

11 Basic Formal Ontology (BFO) BFO: Generically dependent continuant is_a 測定対象の個体個体群またはコホート測定部位またはプロセス測定対象プロセスの主体測定対象の形質表現型データ測定対象形質の主体個体器官組織器官組織属性物質 or or or グループプロセス器官組織レコード GO, PO, MA, CHEBI MA, PO PATO CHEBI, PO, MA is_a クラス測定結果測定したステージ特性 (PATO) ステージ or 数値 + 単位 PO PATO YAMATO: representation ti インスタンス form Yet Another More Advanced Ontology (YAMATO) BioLODから公開測定年月日測定項目名測定プロトコル測定環境テキスト測定項目測定プロトコル環境レコードレコードレコードレコード測定者あるいは施設研究施設 or 人物レコード文献テキスト?( Pubmed ID?) or 文献レコード平成 23 年度平成 24 年度識別子体系化作業用プラットフォームを構築し作業を開始する識別子体系化作業を実施しその成果を公開する

12 トップレベルオントロジーミドルレベルオントロジー各データクラス ( 溝口先生 ) ( 桝屋 ) ( 国内外データベース )

14 マウスリソースフェノームインスタンス数 :4929 件トリプル数 :16 項目件更新頻度 :1 回 /1 ヶ月 (BRC 系統の最新情報を配信 ) 細胞リソースフェノームインスタンス数 :2516 件トリプル数 :9 項目件月 1 度の更新を目指す平成 23 年度平成 24 年度バイオリソースデータ収集のプラットフォームを構築しマウス系統から作業を開始するマウス系統と細胞株の統合化作業を実施する

15 マウスにおけるゲノム系統等のパブリックデータベースゲノム情報など多様な情報と解析データを連結 LODとして分野を超え世界に発信アジアと全世界的連携との架け橋アジア圏プロジェクトの解析データの公開をサポートアジア圏マウス表現型解析コンソーシアム AMPC)

16 公開準備中登録データ (2012 年 2 月現在 ) インスタンス数 :2070 件フェノーム 824 件遺伝条件 414 件環境条件 44 件文献情報 788 件トリプル数 : 25 項目 3948 件遺伝情報文献特性環境文献ステージ平成 23 年度文献記載のフェノームデータの収集プラットフォームを構築し収集作業開始ムを構築し収集作業開始平成 24 年度生命動態システム研究分野のデータベース統合化を実施する

17 次世代シーケンサーのデータ解析精度を向上させる新手法を開発 (2 月 13 日 ) プレスリリース S.Kawaguchi et al., Positional correlation analysis improves reconstruction of full-length transcripts and alternative isoforms from noisy array signals or short reads, Bioinformatics, 2012

18 BioSPARQLで必要なデータセットを一瞬で検索 BioLODからクエリ実行に必要な RDFのみダウンロードユーザのローカル環境 SPARQL query SPARQL query & RDF クエリのクエリの実行生成 Query Builder Data File Manager SPARQL ENGINE 平成 23 年度平成 24 年度生物種横断的にフェノーム情報を活用できるインタフェースを開発するフェノーム情報を活用した連携研究を支援するシステムを構築する

19 Your interest, t フェノーム統合データベース generates Suggests keywords IN OUT scientific hypothesis new idea BioResources for experimental verification

20 LOD 73 作品の応募があったデータセット部門 : アイデア部門 : アプリケーション部門 : 21 作品 34 作品 18 作品

21 研究開発項目 H23 年度 H24 年度 H25 年度 1. フェノタイプ記述子の体系化 1. プロパティ標準化と評価 ( 豊田 ) 2. 識別子体系化と評価 ( 桝屋 ) 2. フェノーム統合化 1. バイオリソースフェノーム ( 桝屋 ) 2. 先端計測データフェノーム ( 豊田 ) 3. フェノーム利用ワークフロー開発 1. インタフェース開発 ( 豊田 ) 2. 連携支援システム開発 ( 豊田 ) 3. ダウンロードサイト ( 豊田 )

Microsoft PowerPoint - T07 豊田先生.pptx

Microsoft PowerPoint - T07 豊田先生.pptx 命と環境のフェノーム統合データベース統合化推進プログラム平成 24 年度進捗報告会 2013 年 1 21 ( ) ( 独 ) 理化学研究所豊哲郎桝屋啓志 1 フェノーム統合データベース 1 フェノタイプ情報からバイオリソースを検索できるようにするフェノタイプ ( 献オントロジー ) 中間フェノタイプ (Linked Data) 3 推論検索ワークフロー遺伝資源 ( バイオリソース )