第1回 SPARC Japan セミナー2016

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えみみやのじょう
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第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 生命科学分野における研究者の投稿先誌選択趣向と OA への意味づけ坊農秀雅 ( 情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター ) 講演要旨オープンアクセス

といったゴールド OA 誌に投稿される論文が増え古くからある論文誌も OA オプションが選べるようになってきたその一方 OA 紙で必要となる論文掲載料は研究費から捻出する状況となっており

生命科学研究者の周辺でおこってきた投稿先雑誌選択趣向の変化について実経験に基づいて紹介する坊農秀雅理化学研究所においてFANTOM(Functional annotation of mouse) プロジェクトの立ち上げに関わった後

普及活動として統合 TVや統合データベース講習会 AJACSの立ち上げに関わり現在は国立遺伝学研究所にて日本 DNAデータバンク (DDBJ) と連携して大規模塩基配列データ利用環境の構築とそれを利用した生命科学研究を行っている

本務は生命科学分野における公共データベース統合利用環境の構築ならびにその利用普及で利用普及のためのウェブツールを作成したり講習会を行ったりしていますまた遺伝子配列データを使ったデータ解析もしていますこのようなことをずっと 20

1 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 生命科学分野における研究者の投稿先誌選択趣向と OA への意味づけ坊農秀雅 ( 情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター ) 講演要旨オープンアクセス (OA) 誌に掲載された論文はインターネット検索エンジンの発達に伴い目に触れる機会が格段に増えることとなりその結果 PLOS(Public Library of Science) や BMC(BioMedCentral) といったゴールド OA 誌に投稿される論文が増え古くからある論文誌も OA オプションが選べるようになってきたその一方 OA 紙で必要となる論文掲載料は研究費から捻出する状況となっており実験するのに必要不可欠な試薬代や消耗品代を圧迫し研究活動を行う上で無視できない存在となっている OA 紙に論文を載せて広く自分の研究を知ってもらいたいがそれにはお金がかかるそういった状況となっているのが現状である本講演では生命科学研究者の周辺でおこってきた投稿先雑誌選択趣向の変化について実経験に基づいて紹介する坊農秀雅理化学研究所においてFANTOM(Functional annotation of mouse) プロジェクトの立ち上げに関わった後埼玉医科大学ゲノム医学研究センターを経て 2007 年 7 月より情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) にて統合データベースプロジェクト ( 統合 DB) に従事統合 DBの広報普及活動として統合 TVや統合データベース講習会 AJACSの立ち上げに関わり現在は国立遺伝学研究所にて日本 DNAデータバンク (DDBJ) と連携して大規模塩基配列データ利用環境の構築とそれを利用した生命科学研究を行っている京都大学博士 ( 理学 ) 私は生命科学の研究者で普段はライフサイエンス図 2 に書いてあるように研究分野はゲノム科学分統合データベースセンター (DBCLS) にいます ( 図 1) 本務は生命科学分野における公共データベース統合利用環境の構築ならびにその利用普及で利用普及のためのウェブツールを作成したり講習会を行ったりしていますまた遺伝子配列データを使ったデータ解析もしていますこのようなことをずっと 20 年ぐらい続けていますもう一つ BMC Genomics のアソシエートエディターも務めています私は生命科学の分野にいますがそれが全てではなく researchmap で私のエントリーを見ていただくと ( 図 1) National Institute of Informatics 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 Sep. 9,

子生物学などなのでこんなことを言っている人もいると参考程度に受け止めてください生命科学研究者から見たオープンアクセス私は生命科学の研究者と普段よく話をしたり学会へ行ったりしますがオープンアクセスという言葉は知っていてもゴールドグリーンという話は誰も知りませんそのような話になったことは一度もありません生命科学の研究者がオープンアクセスと言うとそれはゴールドのことを指しています

私が思う研究者から見たオープンアクセスの良い点は誰にでも自分の論文を場所を問わず見てもらえることですインターネットでキーワードを検索されれば自分の論文がヒットします生命科学でもいろいろな分野があって自分の専門誌の人たちが見てその人たちだけで分かっていればいいという時代は終わっています他の人に見てもらって広めていかなければ駄目で

2 子生物学などなのでこんなことを言っている人もいると参考程度に受け止めてください生命科学研究者から見たオープンアクセス私は生命科学の研究者と普段よく話をしたり学会へ行ったりしますがオープンアクセスという言葉は知っていてもゴールドグリーンという話は誰も知りませんそのような話になったことは一度もありません生命科学の研究者がオープンアクセスと言うとそれはゴールドのことを指していますグリーンオープンアクセスへ出すということは生命科学者から言ってみればインパクトファクターの付いていない雑誌に出すようなものでよほど特殊な事情がない限りまず出さないですまた特に生命科学がそうなのかもしれませんがピアレビューを経たものでないと論文の業績として認めないという伝統がありますピアレビューを経ずに誰からでも見られるようにすることには強い抵抗があります私が思う研究者から見たオープンアクセスの良い点は誰にでも自分の論文を場所を問わず見てもらえることですインターネットでキーワードを検索されれば自分の論文がヒットします生命科学でもいろいろな分野があって自分の専門誌の人たちが見てその人たちだけで分かっていればいいという時代は終わっています他の人に見てもらって広めていかなければ駄目で専門誌に出しても見られないのが現実ではないかと私は思いますネット検索に引っ掛かることは重要です別に PubMed に入っていればそれでいいではないかといわれますが PubMed は抄録部分アブストラクトだけです一方オープンアクセスに出していると全文があるので検索ワードがどこかにヒットすれば興味を持って論文を見てもらえるのでやはり全文がインターネットで検索されるのが良い点ではないかと思います悪い点は APC の問題です今は APC を自分の研究費から出していることがほとんどですもちろん大学によっては手当てがあるのかもしれませんが基本的には自分が取ってきた少ない研究費の中から出すのが普通ですまたオープンアクセス誌は長くても 10 年ぐらいですからジャーナルとして格がないのです格がある雑誌とは何かというとインパクトファクターで測る場合もありますがいい雑誌とみんなが言うものです DBCLS では新着論文レビューを行っていますこれは一般に生命科学者がプレステージャスジャーナルいいジャーナルと言っている約 20 誌に掲載された論文について著者自身にレビューを書いてもらい誰でも自由に閲覧利用できるよう Web 上にていち早く無料で公開するサービスです ( 図 3) 既に 6 年間やっていてレビューは 1000 ぐらいありますこの対象になっている雑誌は飯田啓介という編集長が決めたものですがこれが生命科学で言うところのいい雑誌だという意見もあります ( 図 2) ( 図 3) National Institute of Informatics 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 Sep. 9,

論文の探し方の変化そのような良い雑誌とは昔からある雑誌がほとんどですが論文と一口に言っても昔からある雑誌最近になって出てきた雑誌というように論文の探し方は私の中でもだいぶ変化しました私は研究を始めて 20 年ぐらいですが研究を始めた当時はまだ PubMed が試用段階でしたそのころは図書館に来ている雑誌を見に行っていて

cells( 抗原提示細胞 ) や adenomatous polyposis coli( 大腸ポリポーシス ) の略語としてよく使われていることが分かりますちなみに article processing charge の略語としての APC は 19 番目でしただいぶ下の方ですもう一つは Colil という論文の引用情報に関する検索サービスです ( 図 6)

で行っていますさまざまなサービスを使って注目している論文を引用した論文を見ているのではないかと思います今 PubMed はエントリー数がものすごく多くなり全文が入っている PubMed Central も PubMed の 15% ぐらいの割合であるので昔よりはだいぶ信頼できるリソースになったのではないかと思っています ( 図 4) PubMed

3 論文の探し方の変化そのような良い雑誌とは昔からある雑誌がほとんどですが論文と一口に言っても昔からある雑誌最近になって出てきた雑誌というように論文の探し方は私の中でもだいぶ変化しました私は研究を始めて 20 年ぐらいですが研究を始めた当時はまだ PubMed が試用段階でしたそのころは図書館に来ている雑誌を見に行っていてそのうちに電子メールが普及して電子メールでタイトルだけは送られてくるようになりました今でも私は古い人間なので電子メールで来るサービスを利用してどんな新しい雑誌が出ているか確認しますが最近の若い研究者はこんなことをせずに自分の研究に関係ありそうなものを PubMed で定点観測して差分を見てそれで合ったものを見ているまた antigen-presenting cells( 抗原提示細胞 ) や adenomatous polyposis coli( 大腸ポリポーシス ) の略語としてよく使われていることが分かりますちなみに article processing charge の略語としての APC は 19 番目でしただいぶ下の方ですもう一つは Colil という論文の引用情報に関する検索サービスです ( 図 6) ある論文が他の論文から引用されているとき本文中ではどのような文脈で引用されているかについて効率良く検索します PubMed ID またはキーワードで検索すると論文がコンテクストイントロダクションなどどこに引用されたかが出てきますこれは全文が使えるようになっています限定ですが PubMed Central にあるデータだけでこういうものをつくることも DBCLS で行っていますさまざまなサービスを使って注目している論文を引用した論文を見ているのではないかと思います今 PubMed はエントリー数がものすごく多くなり全文が入っている PubMed Central も PubMed の 15% ぐらいの割合であるので昔よりはだいぶ信頼できるリソースになったのではないかと思っています ( 図 4) PubMed のデータは全て研究目的で使えるので DBCLS はそれを使ってサービスを幾つかつくっています一つは PubMed の中に出てくる略語が何のことを意味しているのか検索できる Allie というサービスです ( 図 5) APC で検索すると PubMed では ( 図 5) ( 図 4) ( 図 6) National Institute of Informatics 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 Sep. 9,

4 論文の投稿先投稿順序投稿先雑誌の選択趣向については生命科学者はインパクトファクターの高いジャーナルからとなっています先ほどから議論を聞いていてあれ? と思ったのですが研究者はジャーナルを選ぶ自由を持っていると思っています投稿先はインパクトファクターの高さと自分がその雑誌に出したいという思い入れ自分の研究している分野でよく見られている雑誌かどうかで決まると考えています論文はピアレビューがあるので落とされることがままありますほとんどの場合は 1 回では通りません何回も挑戦しなければいけないので何種類か論文誌のリストを持っていてそれで投稿していきますインパクトファクターが高いもので PubMed に入っていないものはないのですが PubMed に収録されていることは必須です PubMed に登録されていないジャーナルがありますがそれは制約条件になると思います皆さんは就職するときなどに論文リストを書きますが PubMed で検索して真偽を確かめることが多いのでここは必須です分野によっては所属学会誌に投稿します高エネルギー物理学だとそうなると思うのですが私がやっている分子生物学などの分野は所属学会誌が一応ありますが皆さんあまり出したがらないですこういう分野もあります大体分野の雑誌にはあまり出さないのではないかと思っていますオープンアクセスがはやる前の論文を出す順序は私が周りを見たところ図 7 だったと思います Cell Nature Science に出して駄目だったらだんだん下に行き最後の受け皿は速報誌や専門誌になるのではないかと思います私のバイオインフォマティクスという分野でも専門誌ゲノムの研究に特化した雑誌などに出していました ( 図 8) いろいろな道筋をたどっていて Bioinformatics という雑誌は昔は Computer applications in the biosciences(cabios) という変わった名前だったのですがバイオインフォマティクスという言葉が 1998 年ぐらいからはやりだした途端に名前が変わっていい雑誌になりました In Silico Biology という雑誌は一度オープンアクセスで誰でも全部読めるということを打ち出していたのですがつぶれてどこかの雑誌社に買われた途端に非 OA 化になってしまったという非常に悲しい歴史があります私もここに 2 本ぐらい論文があるのですが今は自分も読めなくなっています生命科学には Nature ラブな人が多いのですがそういう人の場合 Nature に出して通らなくてもいいレスポンスがあれば Nature 姉妹誌に出します ( 図 9) 太字になっているのはオープンアクセスの雑誌ですそれでも駄目だったら Nature Communications Scientific Reports です私自身は Public Library of Science(PLOS) に出していますマイクロアレイという遺伝子の発現を測定する実験ツールを開発した人たちが実験するときに ( 図 7) ( 図 8) National Institute of Informatics 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 Sep. 9,

ゲノム全体から新しい遺伝子が発現したある遺伝子がすごく発現していたといったことを探し当てるのですがその遺伝子に関して書いてある論文が読めないことがままありましたそこで誰でも読めるものを始めようと言って PLOS を始めたのです私は PLOS の方が好きで実際に論文を出すときは図 10 の道筋です PLOS が一番推している古い機関誌は PLOS Biology でそれ以外の

5 ゲノム全体から新しい遺伝子が発現したある遺伝子がすごく発現していたといったことを探し当てるのですがその遺伝子に関して書いてある論文が読めないことがままありましたそこで誰でも読めるものを始めようと言って PLOS を始めたのです私は PLOS の方が好きで実際に論文を出すときは図 10 の道筋です PLOS が一番推している古い機関誌は PLOS Biology でそれ以外の PLOS Genetics や PLOS Medicine など割と中間のものもたどって PLOS ONE に行きますいきなり PLOS ONE という場合ももちろんありますがやはりいい仕事をしたという場合は皆さんはより上流からトライするようです私は BMC Genomics のアソシエートエディターをしているので BMC 系の場合も出しておきます ( 図 11) BMC Genomics は多分中間層でその前には Genome Biology Genome Medicine といういい雑誌があります BMC Genomics など中間層で駄目だったら最終的には BMC Research Notes に出してくださいと言われていますがこれも今後変わるそうですどうやって変わるか見ものですではジャーナルはどんなところに出したらいいのかとよく皆さんから質問を受けるのでそれを解決するサービスが PubMed のテキストからできないかということでつくったのが Journal Sug-gestion using MedliNe (JSMN) です ( 図 12) これは PubMed のアブストラクトとの類似度からどの雑誌に投稿するのがよいかサジェストするものです今は動いていないのですがかつて DBCLS が東大の中にあったとき統合牧場という学生アルバイト組織がありそこの技術開発部が JSMN をつくりましたその中で生まれてきたのが統合 TV です ( 図 9) ( 図 11) ( 図 10) ( 図 12) National Institute of Informatics 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 Sep. 9,

6 今はこのようなサービスを雑誌社や査読を引き受ける会社がつくっていて Edanz Journal Se-lector Journal Guide Elsevier Journal Finder などがありますそこに自分の論文のタイトルとアブストラクトを貼り付けるとどんな雑誌がいいかを出してくれますが自分のところの雑誌ばかり出てなかなか面白いですまとめると生命科学研究者はやはり Cell Nature Science に固執してしまっている感がありますそれが無理なら姉妹誌それが駄目なら PubMed に収録されるオープンアクセス誌にという傾向がかなりあると思います PubMed に収録されるオープンアクセス誌は大学によらず全文が見てもらえるしネットでインデックスされるので検索したら出てくるようになっていますしかしそれを出すときは APC が掛かりそれは自分の研究費から出すことがほとんどなのでますますそういう意味でオルトメトリクス (altmetrics) のツールなどは非常に有効なのではないかと思っていてよく使うようにしていますがそれすらも面倒ということでやらない人も多いですそういうものは研究者サイドからやるのは無理である程度トップダウンで強制にしてしまうしかないのではないかと思います自発的な動きははっきり言って期待できませんアメリカ国立衛生研究所 (NIH) のように研究費をもらっているからには出せと強制にしなければ無理ではないかと考えていますその辺はいろいろな意見があると思いますがこの後で議論できたらと思います 2016 年 10 月 29 日に NII のすぐ近くで国立遺伝学研究所公開講演会 2016 出張!! 遺伝研が行われます生命科学者の生態が都内で見られますのでぜひよろしくお願いします減っている研究費からそれを捻出するのは非常に大変になっていますグリーンオープンアクセスの余地は? 受け皿をつくってオープンアクセスにすることはやった方がいいと思います私もデータを使う人間ですからそういうものを蓄えることで今後のテキストマイニングに使えるような材料となればと思います PubMed 収録 DOI 付与などサイテーションの手段を強化して誰がどのようにアクセスしているかいつも統計を取って見えるようにすればインセンティブになって皆さんもっとやる気が起きるのではないかと思いますしかし研究者からしてみれば一回論文を出したからもういいではないかという気持ちが強いです論文を一回出してしまうと続きの研究をされる場合もありますが忘れてしまっている研究者も多いですそれは今の論文が掲載前にピアレビューで評価するという昔のシステムを引きずっているからではないかと思っています評価は後から皆さんがするものだという意識がもっと広まっていくと変わっていくのではないでしょうか National Institute of Informatics 第 1 回 SPARC Japan セミナー 2016 Sep. 9,

Microsoft Word - CiNiiの使い方.doc

Microsoft Word - CiNiiの使い方.doc CiNii の使い方 CiNii とは国立情報学研究所 (NII) では各種サービスごとに提供しているコンテンツを統合するとともに国内外の有用な学術情報資源との連携を可能とすることを目標としたプラットフォーム GeNii ( ジーニイ ) の構築を進めています GeNii の機能の一つとして NII 論文情報ナビゲータ CiNii ( サイニイ ) を提供します CiNii では学協会で発行された学術雑誌と大学等で発行された研究紀要の両方を検索し