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1 IPT2 の基本操作ガイド導入と個人利用 GBIF 日本ノード JBIF 大澤剛士 戸津久美子 更新日 :2017/4/4

2 この資料の目的 z オープンデータ化データペーパー執筆 生物多様性データメタデータ IPT2( データ管理システム ) DwC / DwC-A IPT2 を使って生物多様性データを Darwin Core Arhive に再整備する

3 目次 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データ公開 (publish) とデータペーパー化 付属資料

4 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データ公開 (publish) とデータペーパー化 付属資料

5 IPT2 とは何か Integrated Publication Toolkit ver.2 主な機能 : 生物多様性データをDarwin Coreに対応させる データとメタデータを一括管理する 世界中の IPT2 とデータを共有する データペーパー作成の補助を行う ここでは扱わない GBIF 公式のデータ管理システム

6 IPT2 とは何か Integrated Publication Toolkit ver.2 ソフトとしての特長 : OS 非依存で利用可能 オープンソースソフトウェア 様々な拡張機能が用意されている

7 生物多様性データの標準形式 生物多様性データ 標本等 種名リスト 観察情報 そのデータの説明 ( メタデータ ) Darwin Core (DwC) テキスト形式 項目が標準化 拡張項目も多数 Ecological Metadata Language (EML) XML 形式 拡張性が極めて高い

8 生物多様性データの標準形式 生物多様性データ 標本等 種名リスト 観察情報 そのデータの説明 ( メタデータ ) Darwin Core Archive データとメタデータをまとめて zip で圧縮 Darwin Core Archive(DwC-A)

9 IPT2 とは何か Integrated Publication Toolkit ver.2 IPT2 を使えば 誰でも簡単に Darwin Core Archive を作ることができます

10 IPT2 とは何か Integrated Publication Toolkit ver.2 使いどころ : たとえばエクセル ファイルサイズの大きいデータを 管理したい データとメタデータを一体で管理 IPT2 に移行 したい (DwC-A にしたい )

11 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データ公開 (publish) とデータペーパー化 付属資料

12 IPT2 の導入 GBIF web からダウンロード ( IPT2 の簡単な説明や関連文書が集まっている 現行バージョンがダウンロードできる リリース情報と 過去バージョンも入手可 etc

13 IPT2 の導入 知識のあるあなたは Github にあるプロジェクトページ ( 開発情報が集まっている 最新版も過去版も β 版もダウンロードできる オープンソースなので ソースコードも入手できる バグ等の報告もできる etc

14 IPT2 の導入 PC へ導入する際の要件 ネットへの接続 ( 厳しいファイアウォール等はないほうがいいかも ) 256MB 以上のメモリ 本体 20MB+ データ分のディスク容量 Java プラットフォーム ( 最新版がよいが version 5 以降なら問題なく動作する ) サーブレットコンテナ (Tomcat とか Jetty とか )

15 IPT2 の導入 1. Java プラットフォームの導入 ( Java サイト側で利用可能なバージョン タイプを判定してくれるので 従うのが簡単 あとはガイドに従って導入する

16 IPT2 の導入 2. サーブレット環境の設定 ( 例 :Tomcat) ( バージョン6 以降をダウンロード (8.x 以上を推奨 ) Tomcatをインストール ( 設定は全てデフォルトで問題なし ) Tomcat serverを立ち上げる

17 IPT2 の導入 Tomcat のインストール画面 Next Next Next

18 IPT2 の導入 Tomcat Server の立ち上げ Tomcat を開始するには Start ボタンをクリック (Configure Tomcat) Tomcat を停止するには Stop ボタンをクリック (IPT2 の再インストール アップグレード時に必要な操作後述 )

19 IPT2 の導入 3. IPT2 のインストール 先の web ページから最新版をダウンロード ipt-x.x.war (x.x. はバージョン情報 ) ダウンロードした war ファイルの名前を変える ( 例えば ipt.war とかが使いやすい ) 名前を変えた war ファイルを Tomcat ディレクトリにデプロイする

20 IPT2 の導入 インストール手順 先の web ページから最新版をダウンロード ipt-x.x.war (x.x. はバージョン情報 )

21 IPT2 の導入 インストール手順 ダウンロードした war ファイルの名前を変える ( 例えば ipt.war とかが使いやすい ) ファイル名を適当なものに変更

22 IPT2 の導入 インストール手順 名前を変えた war ファイルを Tomcat ディレクトリにデプロイする Tomcat の webapps ディレクトリに名前を変えた war ファイルをコピーする ex) C:/Program Files (x86)/apache Software Foundation/Tomcat 8.0/webapps

23 IPT2 の導入 インストール手順 名前を変えた war ファイルを Tomcat ディレクトリにデプロイする Tomcat の webapps ディレクトリ内にファイル名と同じディレクトリ ( 例.ipt) が出来ていれば成功!

24 IPT2 の導入 IPT2 の立ち上げ 適当なブラウザ (firefox とか ) を立ち上げ URL に次を入れる ( この画面が出たら無事に動作しています

25 IPT2 の導入 IPT2 の再インストール / アップグレード手順 1. 入れ替えたいバージョンの ipt ファイルを入手し 名前を変更する ( 導入時と同じファイル名 ) 2. Tomcat を停止する 3. 先ほどデプロイした webapps ディレクトリから war ファイルとディレクトリを削除する 4. Webapps ディレクトリに新しい ipt ファイルをコピーする ( デプロイ ) 5. Tomcat を開始する ipt2 を入れ替えてもデータはそのまま引き継がれますが念のためデータディレクトリのバックアップをとりましょう

26 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データ公開 (publish) とデータペーパー化 付属資料

27 基本的な使い方 初期セットアップ License agreement ( チェック必須 ) データディレクトリの設定 ( 任意のディレクトリを指定 ) ex) C:/ipt2data

28 基本的な使い方 初期セットアップ 個人設定を入力 ( グループ利用なら個人が特定できるように 完全な個人利用なら適当でよい ) Test モードを選択 Save!

29 基本的な使い方 初期セットアップ これでセットアップは完了です Continue を選んで利用画面に

30 基本的な使い方 4 つの基本画面 Test mode で設定したので赤いマークが出ていますが 利用上は全く問題ありません

31 基本的な使い方 ログイン ログアウト 言語の選択 日本語も選択できますが 全ての画面で翻訳が済んでいるわけではないので 以降の解説も英語画面で行います

32 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データ公開 (publish) とデータペーパー化 付属資料

33 Darwin Core Archive の作り方 扱えるデータ 生物種の在のみデータを想定 csv( テキスト ) ファイルになっている 日本語は含めず 英語で統一 文字コードはUTF-8で統一 ヘッダの項目は任意 データのイメージ

34 Darwin Core Archive の作り方 Manage Resources 画面 DwC-A の作成は Manage Resource 画面から行う

35 Darwin Core Archive の作り方 Shortname ( 任意で自分がわかるもの ) Type: Occurrence( 在データ ) Create!

36 Darwin Core Archive の作り方 準備した実験データを選択 Add ボタンを押す

37 Darwin Core Archive の作り方 データの基本項目をチェック Character Encoding は UTF-8 Save!

38 Darwin Core Archive の作り方 正しく読み込まれているか確認 ( レコード数 rows ) 問題なかったら Mappings へ Darwin Core Occurrence を選択して Add

39 Mapping とは? Mapping 手元データの項目 Genus name Family name Species name Darwin Core 項目 genus family scientificname 手元データの項目を DwC に対応させること

40 Darwin Core Archive の作り方 今回のデータは在データなので occurrence で問題ない Save

41 Darwin Core Archive の作り方 ここで手元データの項目を選択し DwC に対応させる Darwin Core 項目 必須項目以外は 全て対応させる必要はない

42 Darwin Core Archive の作り方 画面の最下部には まだ Mapping されていない項目が表示されている 事前にデータ項目を DwC と同じにしておくとオートマッピングしてくれるので楽

43 Darwin Core Archive の作り方 必要な項目の Mapping が終わったら Save して Back

44 Darwin Core Archive の作り方 Mapping された項目数が表示される items mapped to 間違いないか確認問題なければ 生物データの DwC 化は完了

45 Darwin Core Archive の作り方 ここからメタデータ作成 Metadata の Edit を押す

46 Darwin Core Archive の作り方 様々なメタデータ項目これを順次入力していく

47 Darwin Core Archive の作り方 例 : メタデータ項目の地理情報地図上で調査地を設定できる 必要なメタデータを全て入力したら上の Manage Resources ボタンを押す

48 Darwin Core Archive の作り方 Manage Resource トップ画面で入力したデータセットが表示される メタデータで入力したデータタイトル データセットを選択すると再び編集画面に入れる

49 Darwin Core Archive の作り方 生物データの DwC 化とメタデータの作成が完了!

50 Darwin Core Archive の作り方 その下にある Preview を押す

51 Darwin Core Archive の作り方 データセット ( 生物データ + メタデータ ) の全体像を見ることができる Download というボタンがあるが この時点では使えない

52 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データ公開 (publish) とデータペーパー化 付属資料

53 データ公開 (publish) とデータペーパー化 Manage Resources の編集画面 Metadata の下にある Publish ボタンこれを押すことで データセットが完成してデータがインターネット上に公開される ( 注意 : 今回は個人利用なので Publish してもデータはインターネット上に公開されない データセットの完成だけ )

54 データ公開 (publish) とデータペーパー化 データセットの完成以後 編集をした場合はバージョン番号が付与され 別バージョン扱いになる

55 データ公開 (publish) とデータペーパー化 完成したデータ ( DwC-A ファイルやメタデータ ) はプレビュー画面からダウンロードできる

56 データ公開 (publish) とデータペーパー化 メタデータ (EML) を開いた例

57 データ公開 (publish) とデータペーパー化 RTF というボタンを押すと メタデータをデータペーパーっぽい形式に整理した RTF ファイルが取得できる データペーパーはこれをベースに準備

58 IPT2 とは何か IPT2 の導入 基本的な使い方 Darwin Core Archive の作り方 データを Darwin Core & Darwin Core Archive に整理する データ公開 (Publish) とデータペーパー化 付属資料

59 付属資料 今回は標本等の 在 データを扱ったが 種名リストや生態学データも扱うことができる

60 付属資料 ここから様々な Darwin Core の拡張項目 ( 遺伝子 画像等 ) を追加できる

61 付属資料 GBIF 日本ノード JBIF 各種 GBIF 発行ドキュメントの和訳版 DwC 項目の概説 フォーマットチェッカー IPT2 マニュアルの和訳版など

62 付属資料 その他役立ちそうな情報 GBIF community site, IPT interest group ( Video: How to install the GBIF IPT ( Paper from PLOS ONE The GBIF Integrated Publishing Toolkit: Facilitating the Efficient Publishing of Biodiversity Data on the Internet (