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- みちしげ てらわ
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1 I I / 47
2 A Flat MPI B 1 2 C: 2 I / 47
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4 #PJM -L "rscgrp=small" π-computer small: 12 large: 84 school: = 1344 small school small large 2 2 large I / 47
5 I / 47
6 MPI + OpenMP = MPI MPI OpenMP do-loop OpenMP 3 fork 3 π-computer 1 16 I / 47
7 3 I / 47
8 プロセッサ 0 プロセッサ 1 プロセッサ 0 コア 00 コア 01 コア 15 プロセッサ 1 コア 00 コア 01 コア 15 プロセッサ N-1 コア 00 コア 01 コア 15 MPI プロセス 0 プロセッサ 2 MPI プロセス 1 プロセッサ N-1 MPI プロセス N-1 Fork & Join Fork & Join Fork & Join OpenMP スレッド 00 OpenMP スレッド 01 OpenMP スレッド 15 プロセッサ 1 OpenMP スレッド 00 OpenMP スレッド 01 OpenMP スレッド 15 プロセッサ N-1 OpenMP スレッド 00 OpenMP スレッド 01 OpenMP スレッド 15 I / 47
9 I / 47
10 CPU Fortran95 cpu time() (wall clock time) MPI MPI WTIME() OpenMP omp get wtime() Fortran90 system clock() I / 47
11 heat5.f90 heat4...f90 system clock() stopwatch m!! heat5.f90! + module stopwatch, to monitor time.! + many calls to stopwatch stt and.. stp.! - data output calls for profile 1d and 2d (commented out.)!! usage (on pi-computer)!! 1) mkdir../data (unless there is already.)!! 2) mpifrtpx -O3 heat5.f90 (copy un to u is slow in default.)!! 3) pjsub heat5.sh I / 47
12 heat5.f90 4 -O3 5 u(1:ngrid,jj%stt:jj%end)=un(1:ngrid,jj%stt:jj%end) 4 usage 5 stopwatch copy un to u I / 47
13 ################################################## job start at Tue Jul 16 21:07:29 JST 2013 ################################################## # myrank= 3 jj%stt & jj%end = # myrank= 0 jj%stt & jj%end = # myrank= 2 jj%stt & jj%end = # myrank= 1 jj%stt & jj%end = //=============<stop watch>===============\\ profile 1d: sec main loop: sec mpi sendrecv: sec jacobi: sec copy un to u: sec Total: sec \\=============<stop watch>===============// ################################################## job end at Tue Jul 16 21:07:39 JST 2013 I / 47
14 I / 47
15 OpenMP heat6.f90!! heat6.f90! + OpenMP (now this is a hybrid parallel code, with MPI.)! - array calc of u(:,:)=un(:,:). see below.! + double do-loops of u(i,j)=un(i,j), for OpenMP.! usage (on pi-computer)! 1) mkdir../data (unless there is already.)! 2) mpifrtpx -Kopenmp heat6.f90! 3) pjsub heat6.sh I / 47
16 OpenMP program main!$ use omp_lib!$omp parallel do do j = jj%stt, jj%end do i = 1, NGRID un(i,j)=(u(i-1,j)+u(i+1,j)+u(i,j-1)+u(i,j+1))*0.25_dp+heat_h end do end do!$omp end parallel do I / 47
17 OpenMP! u(1:ngrid,jj%stt:jj%end)=un(1:ngrid,jj%stt:jj%end)!$omp parallel do do j = jj%stt, jj%end do i = 1, NGRID u(i,j)=un(i,j) end do end do!$omp end parallel do I / 47
18 mpifrtpx -Kopenmp heat6.f90 heat6.sh school pjsub heat6.sh I / 47
19 heat6.sh #!/bin/bash #PJM -N "heat6" #PJM -L "rscgrp=small" #PJM -L "node=4" #PJM -L "elapse=02:00" #PJM -j export FLIB_CNTL_BARRIER_ERR=FALSE.. for opn in do export OMP_NUM_THREADS=$opn echo "# omp_num_threads = " $opn mpiexec -n 4./a.out done.. I / 47
20 x x 2x = 0 x 0 6 x = 2 β β a: b: c: gnuplot y = x x y = 2x x set xrange [xmin:xmax] I / 47
21 a b Emacs M-x animate 1st name M-x zone M-x zone c Emacs M-x dunnet help get shovel, look shovel, e, e, dig, look, get cpu,... I / 47
22 heat6.f90 1 M ( 16) N ( 84) P (= M N) v.s. S 8 gnuplot 9 8 S stopwatch module Total 9 NGRID I / 47
23 (a) (b) NGRID, N, M =OMP NUM THREADS (c) gnuplot (d) (e) I 10 gmail [email protected] pdf x227x Yamada (e) I / 47
24 A Flat MPI A Flat MPI I / 47
25 A Flat MPI Flat MPI MPI OpenMP MPI = 64 MPI Flat MPI OpenMP I / 47
26 A Flat MPI FLAT MPI プロセッサ 0 コア 00 コア 01 コア 15 プロセッサ 1 MPI プロセス 0 MPI プロセス 1 MPI プロセス 15 プロセッサ 1 コア 00 コア 01 コア 15 プロセッサ N-1 コア 00 コア 01 コア 15 プロセッサ 2 MPI プロセス 16 MPI プロセス 17 MPI プロセス 31 プロセッサ N-1 MPI プロセス 16*N-16 MPI プロセス 16*N-15 MPI プロセス 16*N-1 I / 47
27 B 1 2 B 1 2 I / 47
28 C: 2 C: 2 I / 47
29 C: : 16 I / 47
30 C: I / 47
31 C: 2 1 NGRID I / 47
32 C: NGRID 1 2 I / 47
33 C: 2 1 MPI I / 47
34 C: MPI 2 I / 47
35 C: I / 47
36 C: MPI 1 46 I / 47
37 C: MPI 38 I / 47
38 C: 2 2 I / 47
39 C: 2 2 I / 47
40 C: 2 2 I / 47
41 C: 2 2 MPI I / 47
42 C: ,3,5,7 I / 47
43 C: ,2,6,8 I / 47
44 C: 2 MPI CART CREATE MPI MPI CART CREATE I / 47
45 C: 2 π-computer I / 47
46 C: 2 MPI I / 47
47 C: I / 47
OpenMP¤òÍѤ¤¤¿ÊÂÎó·×»»¡Ê£±¡Ë
2012 5 24 scalar Open MP Hello World Do (omp do) (omp workshare) (shared, private) π (reduction) PU PU PU 2 16 OpenMP FORTRAN/C/C++ MPI OpenMP 1997 FORTRAN Ver. 1.0 API 1998 C/C++ Ver. 1.0 API 2000 FORTRAN
OpenMP¤òÍѤ¤¤¿ÊÂÎó·×»»¡Ê£±¡Ë
2011 5 26 scalar Open MP Hello World Do (omp do) (omp workshare) (shared, private) π (reduction) scalar magny-cours, 48 scalar scalar 1 % scp. ssh / authorized keys 133. 30. 112. 246 2 48 % ssh 133.30.112.246
openmp1_Yaguchi_version_170530
並列計算とは /OpenMP の初歩 (1) 今 の内容 なぜ並列計算が必要か? スーパーコンピュータの性能動向 1ExaFLOPS 次世代スハ コン 京 1PFLOPS 性能 1TFLOPS 1GFLOPS スカラー機ベクトル機ベクトル並列機並列機 X-MP ncube2 CRAY-1 S-810 SR8000 VPP500 CM-5 ASCI-5 ASCI-4 S3800 T3E-900 SR2201
OpenMP¤òÍѤ¤¤¿ÊÂÎó·×»»¡Ê£²¡Ë
2013 5 30 (schedule) (omp sections) (omp single, omp master) (barrier, critical, atomic) program pi i m p l i c i t none integer, parameter : : SP = kind ( 1. 0 ) integer, parameter : : DP = selected real
ÊÂÎó·×»»¤È¤Ï/OpenMP¤Î½éÊâ¡Ê£±¡Ë
2015 5 21 OpenMP Hello World Do (omp do) Fortran (omp workshare) CPU Richardson s Forecast Factory 64,000 L.F. Richardson, Weather Prediction by Numerical Process, Cambridge, University Press (1922) Drawing
±é½¬£²¡§£Í£Ð£É½éÊâ
2012 8 7 1 / 52 MPI Hello World I ( ) Hello World II ( ) I ( ) II ( ) ( sendrecv) π ( ) MPI fortran C wget http://www.na.scitec.kobe-u.ac.jp/ yaguchi/riken2012/enshu2.zip unzip enshu2.zip 2 / 52 FORTRAN
2 I I / 61
2 I 2017.07.13 I 2 2017.07.13 1 / 61 I 2 2017.07.13 2 / 61 I 2 2017.07.13 3 / 61 7/13 2 7/20 I 7/27 II I 2 2017.07.13 4 / 61 π-computer gnuplot MobaXterm Wiki PC X11 DISPLAY I 2 2017.07.13 5 / 61 Mac 1.
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01_OpenMP_osx.indd
OpenMP* / 1 1... 2 2... 3 3... 5 4... 7 5... 9 5.1... 9 5.2 OpenMP* API... 13 6... 17 7... 19 / 4 1 2 C/C++ OpenMP* 3 Fortran OpenMP* 4 PC 1 1 9.0 Linux* Windows* Xeon Itanium OS 1 2 2 WEB OS OS OS 1 OS
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Rhpc COM-ONE 2015 R 27 12 5 1 / 29 1 2 Rhpc 3 forign MPI 4 Windows 5 2 / 29 1 2 Rhpc 3 forign MPI 4 Windows 5 3 / 29 Rhpc, R HPC Rhpc, ( ), snow..., Rhpc worker call Rhpc lapply 4 / 29 1 2 Rhpc 3 forign
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A : kerl kerl Erlang/OTP Erlang/OTP 2 2 Elixir/Phoenix URL 2 PDF A.2 Bash macos.bash_profile exp
A Erlang/OTP Elixir Phoenix nvm Node.js A.1 Erlang/OTP 21.1 $ kerl update releases $ kerl build 21.1 21.1 $ kerl install 21.1 ~/erlang/21.1 $ source ~/erlang/21.1/activate Erlang/OTP 1 203 A : kerl kerl
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AICS 村井均 RIKEN AICS HPC Summer School 2012 8/7/2012 1 背景 OpenMP とは OpenMP の基本 OpenMP プログラミングにおける注意点 やや高度な話題 2 共有メモリマルチプロセッサシステムの普及 共有メモリマルチプロセッサシステムのための並列化指示文を共通化する必要性 各社で仕様が異なり 移植性がない そして いまやマルチコア プロセッサが主流となり
120802_MPI.ppt
CPU CPU CPU CPU CPU SMP Symmetric MultiProcessing CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CP OpenMP MPI MPI CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU MPI MPI+OpenMP CPU CPU CPU CPU CPU CPU CPU CP
3. :, c, ν. 4. Burgers : t + c x = ν 2 u x 2, (3), ν. 5. : t + u x = ν 2 u x 2, (4), c. 2 u t 2 = c2 2 u x 2, (5) (1) (4), (1 Navier Stokes,., ν. t +
B: 2016 12 2, 9, 16, 2017 1 6 1,.,,,,.,.,,,., 1,. 1. :, ν. 2. : t = ν 2 u x 2, (1), c. t + c x = 0, (2). e-mail: [email protected],. 1 3. :, c, ν. 4. Burgers : t + c x = ν 2 u x 2, (3), ν. 5. : t +
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内容に関するご質問は まで お願いします [Oakforest-PACS(OFP) 編 ] 第 85 回お試しアカウント付き並列プログラミング講習会 ライブラリ利用 : 科学技術計算の効率化入門 スパコンへのログイン テストプログラム起動 東京大学情報基盤セ
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内容に関するご質問は [email protected] まで お願いします [Oakforest-PACS(OFP) 編 ] 第 85 回お試しアカウント付き並列プログラミング講習会 ライブラリ利用 : 科学技術計算の効率化入門 スパコンへのログイン テストプログラム起動 東京大学情報基盤センター特任准教授伊田明弘 1 講習会 : ライブラリ利用 [FX10] スパコンへのログイン ファイル転送
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超初心者用
3 1999 10 13 1. 2. hello.c printf( Hello, world! n ); cc hello.c a.out./a.out Hello, world printf( Hello, world! n ); 2 Hello, world printf n printf 3. ( ) int num; num = 100; num 100 100 num int num num
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B:,, 2017 12 1, 8, 15, 22 1,.,,,,.,.,,,., 1,. 1. :, ν. 2. : u t = ν 2 u x 2, (1), c. u t + c u x = 0, (2), ( ). 1 3. :, c, ν. 4. Burgers : u t + c u x = ν 2 u x 2, (3), ν. 5. : u t + u u x = ν 2 u x 2,
OpenMPプログラミング
OpenMP 基礎 岩下武史 ( 学術情報メディアセンター ) 1 2013/9/13 並列処理とは 逐次処理 CPU1 並列処理 CPU1 CPU2 CPU3 CPU4 処理 1 処理 1 処理 2 処理 3 処理 4 処理 2 処理 3 処理 4 時間 2 2 種類の並列処理方法 プロセス並列 スレッド並列 並列プログラム 並列プログラム プロセス プロセス 0 プロセス 1 プロセス間通信 スレッド
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OpenMP (1) 1, 12 1 UNIX (FUJITSU GP7000F model 900), 13 1 (COMPAQ GS320) FUJITSU VPP5000/64 1 (a) (b) 1: ( 1(a)) E-mail: {nanri,amano}@cc.kyushu-u.ac.jp 1 ( ) 1. VPP Fortran[6] HPF[3] VPP Fortran 2. MPI[5]
Compiled MODELSでのDFT位相検出装置のモデル化と評価
listsize TPBIG.EXE /Mingw32 ATP (Alternative Transients Program)- EMTP ATP ATP ATP ATP(TPBIG.EXE) EMTP (ATP)FORTAN77 DIMENSION C malloc listsize TACS DIMENSIONEMTP ATP(TPBIG.EXE) listsize (CPU ) RL 4040
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XJTAG
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C
C 1 2 1.1........................... 2 1.2........................ 2 1.3 make................................................ 3 1.4....................................... 5 1.4.1 strip................................................
DocuWide 2051/2051MF 補足説明書
ëêèõ . 2 3 4 5 6 7 8 9 0 2 3 4 [PLOTTER CONFIGURATION] [DocuWide 2050/205 Version 2.2.0] [SERIAL] BAUD_RATE =9600 DATA_BIT =7 STOP_BIT = PARITY =EVEN HANDSHAKE =XON/XOFF EOP_TIMEOUT_VALUE =0 OUTPUT RESPONSE
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2007 6 10.0 * 10.0 6 5 Software &Solutions group 10.0 (SV) C++ Fortran OpenMP* OpenMP API / : 200 C/C++ Fortran : OpenMP : : : $ cat -n main.cpp 1 #include 2 int foo(const char *); 3 int main()