3.1. Velvet は velveth velvetg の 2 つのプログラムから 構 成 されており 設 定 画 面 でそれぞれのパラメーターを 設 定 可 能 です 3.2. Velvetg については より 詳 細 なパラメーターを 設 定 可 能 です 3.3. Multiplex 解

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1 SEQUENCHER V5.1 の 特 長 株 式 会 社 日 立 ソリューションズ SEQUENCER V5.1 で 新 規 に 追 加 された 機 能 や 改 善 された 機 能 について 以 下 にご 紹 介 いたします 追 加 項 目 および 改 善 項 目 は 項 番 を 除 き Windows 版 Macintosh 版 共 に 同 様 の 内 容 と なっております 新 たな 進 化 を 遂 げた Sequencher V5.1 についてご 紹 介 いたします <V5.1 新 規 追 加 機 能 > 1. アセンブリモードの 選 択 プロジェクトウィンドウに 新 たにドロップダウンメニューが 追 加 され アセンブリモードを Standard Assembly by Name Multiplex ID の3つから 選 択 可 能 になりました 2. MUSCLE アルゴリズムを 追 加 アライメントアルゴリズムとして これまでの Clustal に 加 え MUSCLE を 選 択 できるようになりました 3. De Novo アセンブラとして Velvet を 追 加 次 世 代 シーケンサーから 出 力 されたリードシーケンスのアセンブラとして Velvet が 追 加 されました これにより リファレンス 配 列 を 準 備 することなく Single-end Paired-end データをアセンブルすることができます Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 1

2 3.1. Velvet は velveth velvetg の 2 つのプログラムから 構 成 されており 設 定 画 面 でそれぞれのパラメーターを 設 定 可 能 です 3.2. Velvetg については より 詳 細 なパラメーターを 設 定 可 能 です 3.3. Multiplex 解 析 されたリードを Velvet を 使 ってアセンブル 可 能 です 3.4. Paired-end の Multiplex 解 析 リードを Velvet を 使 ってアセンブル 可 能 です Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 2

3 4. GSNAP による Multiplex ID アライメント GSNAP を 利 用 した Multiplex アライメントが 可 能 になりました リファレンス 配 列 を 追 加 すること 以 外 は 実 行 手 順 は Velvet を 用 いる 場 合 と 同 様 です 4.1. GSNAP では Paired-end の Multiplex 解 析 リードもアライメント 可 能 です 5. Multiplex ID アライメント アセンブル 状 況 をダイアログで 表 示 Multiplex ID アライメントおよびアセンブルの 進 行 状 況 を 確 認 するためのダイアログが 追 加 されました 解 析 済 みリードの 割 合 や 失 敗 キャンセルされたアライメント 処 理 についての 情 報 がリアルタイムで 確 認 できます Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 3

4 6. CIGAR 文 字 列 の 処 理 機 能 の 追 加 GSNAP から 出 力 された SAM ファイル 内 の CIGAR 文 字 列 (ヘッダー 部 分 に 使 用 される 特 殊 な 形 式 の 文 字 列 ) を 認 識 し より 詳 細 なアライメント 結 果 を 得 られるようになりました 7. GSNAP Insertion の 閾 値 設 定 SAM ファイルからコンセンサス 配 列 を 作 成 する 際 Insertion を 表 示 する depth の 閾 値 を オプションフィールド で 指 定 できるようになりました 下 図 の 場 合 リファレンスに 対 するコンティグの Depth が 10 以 上 の 場 合 コンセ ンサス 配 列 に Insertion が 表 示 されます 8. GSNAP のパラメーター 設 定 を 詳 細 化 GSNAP のパラメーターをより 詳 細 に 設 定 できるようになりました パラメーターの 追 加 削 除 は GUI 上 で 簡 単 に 行 うことができます Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 4

5 9. 入 力 ファイルフォーマットのチェック 機 能 異 なるフォーマットの 入 力 ファイルを 使 って 解 析 を 行 おうとした 場 合 (たとえば FastA ファイルと FastQ ファイル の 両 方 を 使 って Paired-end アライメントを 行 おうとした 場 合 ) ユーザーへ 警 告 する 機 能 が 追 加 されました 10. Paired-end 解 析 の 自 動 化 入 力 されたリードファイルの 数 に 応 じて GSNAP アライメントまたは Velvet アセンブリに 用 いるファイルを 自 動 的 に 選 択 し 解 析 する 機 能 が 追 加 されました 11. アミノ 酸 検 索 機 能 Sequence Editor または Contig Editor で アミノ 酸 の 検 索 を 行 う 機 能 が 追 加 されました 12. 外 部 データブラウザの 追 加 新 たに 追 加 された 外 部 データブラウザで 次 世 代 シーケンサデータに 含 まれる 結 果 ファイル リファレンス 配 列 ログファイルなどを 閲 覧 可 能 になりました 外 部 データブラウザでは 表 示 したいデータの 種 類 を 使 用 された アルゴリズムをもとに 選 択 することができます また 任 意 のメモを 残 すことも 可 能 です Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 5

6 13. 詳 細 設 定 ファイルのバックアップ Velvet や GSNAP の 詳 細 設 定 ファイルのバックアップ 作 成 機 能 が 追 加 されました もし 解 析 中 に 詳 細 設 定 ファ イルが 壊 れてしまった 場 合 バックアップから 設 定 を 復 元 することができます 14. 新 たな AppleScript コマンドの 追 加 Mac 版 のみ 新 たに 3 種 類 の AppleScript コマンドが 使 用 可 能 になりました Mac 版 でのみお 試 しいただけます Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 6

7 <V5.1 で 改 善 された 機 能 > 15. パフォーマンスの 向 上 ギャップ 解 析 アルゴリズムの 最 適 化 を 行 うことにより 大 きな 配 列 の 処 理 速 度 およびコンセンサス 配 列 の 生 成 速 度 が 向 上 しました 16. Lion & Mountain Lion での 画 像 コピー Mac 版 のみ Mac OS 10.7 および 10.8 において Copy As > Picture メニューでコピーされる 画 像 の 形 式 が PICT 形 式 か ら PDF 形 式 に 変 更 されました 17. Contig Editor での 表 記 の 変 更 Contig Editor において コンティグの 塩 基 がコンセンサス 配 列 とマッチしない 場 合 に が 表 示 されますが そ の 表 示 ルールが 以 下 のように 変 更 されました 18. Find Bases Again メニューの 変 更 Select > Find Bases Again メニューが Select > Find Again に 名 称 変 更 されました それに 伴 い 塩 基 だけで なくアミノ 酸 の 再 検 索 も 可 能 になりました 19. ドングル 使 用 時 のパラレルキーの 廃 止 ドングルからライセンスを 読 み 込 む 際 同 時 にパラレルキーという 値 を 内 部 的 にチェックしていましたが この 仕 組 みを 廃 止 しました Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 7

8 20. Fastq 拡 張 子 の 認 識 ファイル 選 択 ダイアログにおいて.fastq という 拡 張 子 を 認 識 可 能 になりました 21. External Tools Installer のアップデート External Tools Installer で 最 新 版 の Tablet Velvet MUSCLE がインストール 可 能 になりました 22. 外 部 ツールの 実 行 キャンセル Maq GSNAP Clustal MUSCLE Velvet の 実 行 をキャンセルしたとき Gene Codes のホームフォルダに 作 ら れた Run フォルダを 自 動 的 に 削 除 します 23. 拡 張 ASCII に 対 応 ファイル 名 やフォルダ 名 に 日 本 語 などの 拡 張 ASCII 文 字 列 が 使 われていた 場 合 でも 正 常 にインポート エ クスポートができるようになりました 24. Variance Table に 関 する 修 正 (1) Variance Table の 再 描 画 に 関 する 不 具 合 が 修 正 されました 25. Variance Table に 関 する 修 正 (2) Variance Table での Contiguous Coverage に 関 する 不 具 合 が 修 正 されました 26. 保 存 済 みプロジェクトの 日 時 表 記 に 関 する 修 正 プロジェクトを 最 後 に 保 存 した 状 態 に 戻 す 際 確 認 ダイアログが 表 示 されますが このダイアログ 内 の 最 終 保 存 日 時 が 誤 表 記 されていた 不 具 合 を 修 正 しました Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 8

9 27. ファイルパスの 記 憶 Mac 版 のみ Mac OS X において spf ファイルの 読 み 込 み 保 存 名 前 を 付 けて 保 存 インポート 時 に 最 近 使 ったファイル パスがデフォルトで 表 示 されるようになりました 28. Sequencher アップデート 時 の 動 作 Mac 版 のみ Mac において 古 いバージョンの Sequencher がすでにインストールされている 場 合 Sequencher V5.1 をインス トールする 際 にアプリケーション チュートリアル サンプルデータなどが 自 動 的 に 置 き 換 えられるようになりまし た 29. 付 属 ファイルのデフォルト 名 について モチーフ Ambiguity sets などの 付 属 ファイルを 保 存 する 際 デフォルトのファイル 名 およびファイルタイプが 補 完 されるようになりました 30. テンプレートファイル 保 存 時 のダイアログ テンプレートファイルを 保 存 する 際 ダイアログにデフォルトで 既 定 のテンプレートフォルダが 表 示 されるように なりました また 既 定 のフォルダ 以 外 にテンプレートファイルを 保 存 しようとした 場 合 下 記 のエラーダイアログ が 表 示 されるようになりました Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 9

10 31. スペース( 空 白 )を 区 切 り 文 字 に 使 った 場 合 の 挙 動 フラグメント 名 にスペースを 用 い 区 切 り 文 字 を 指 定 するドロップダウンメニューで -Space を 選 択 した 場 合 ド ロップダウンメニューにアンダースコア( 下 線 _ )として 保 存 される 不 具 合 が 修 正 されました 32. Windows 用 External Tools Installer Windows 版 のみ Windows 用 の External Tools Installer がアップデートされました 33. Mountain Lion での 認 証 Mac 版 のみ Mac OS X 10.8 において 信 頼 性 が 確 認 されたソフトウェアとして 認 識 されるようになりました セキュリティとプ ライバシー ウィンドウで Mac App Store と 確 認 済 みの 開 発 元 からのアプリケーションを 許 可 を 選 択 していた 場 合 でも Sequencher を 実 行 することが 可 能 です 34. Windows 8 対 応 Windows 版 のみ Sequencher V5.0 および V5.1 が Windows 8 に 対 応 しました Copyright 2012 Hitachi Solutions, Ltd. All rights reserved. 10