Microsoft PowerPoint - 3_TS-705(TaqMan_GeneExpressionAssays_製品情報及び検索方法修整10.pptx

Size: px

Start display at page:

Download "Microsoft PowerPoint - 3_TS-705(TaqMan_GeneExpressionAssays_製品情報及び検索方法修整10.pptx"

えりかおまた
6 years ago
Views:

1 Applied Biosystems TaqMan Gene Expression Assays インターネットオーダー方法 2010/06/14

TaqMan Gene Expression Assays の概要世界最大規模のリアルタイム PCR アッセイ用デザイン済みプライマー &TaqMan プローブセット TaqMan Gene Expression Assays のプライマー & プローブセットは数多くのアッセイ構築で培われたノウハウと経験に基づいた弊社独自のアルゴリズムを採用していますヒトマウスラットのアッセイの

2 TaqMan Gene Expression Assays の概要世界最大規模のリアルタイム PCR アッセイ用デザイン済みプライマー &TaqMan プローブセット TaqMan Gene Expression Assays のプライマー & プローブセットは数多くのアッセイ構築で培われたノウハウと経験に基づいた弊社独自のアルゴリズムを採用していますヒトマウスラットのアッセイのデザインの元となる遺伝子配列情報は公共のデータベースとセレラのゲノムデータベースを使用しておりリピートや偽遺伝子 SNP などのリアルタイム PCR 定量に影響をあたえる可能性のある要因を排除していますまたプライマー & プローブは Exon-Exon バウンダリーを中心に設計されているのでゲノム DNA の影響を受けにくく RNAi の確認マイクロアレイデータの確認スプライスバリアントの解析等に最適です 2

3 TaqMan Gene Expression Assays 製品情報多くの遺伝子に対して複数のTaqMan Gene Expression Assaysがデザインされています Exon Boundary 特異的な定量が必要ない場合は納期が早く価格も割安なTaqMan Gene Expression Assays, Inventoried がご利用できますスプライスバリアントに注目する定量実験を行う場合は後述のMapViewでExon Boundaryを確認し対応するアッセイを選択してください注 )Inventoried 製品とMade-to-Order 製品には商品番号価格反応数および納期に違いがあるので注文の際にはご注意下さい 3

4 TaqMan Gene Expression Assays 製品情報蛍光色素 VIC ラベルが追加されました DuplexでリアルタイムPCRを行う際は発現レベルが低い遺伝子は従来のFAMラベルを選択し内在性コントロール等の発現レベルが高い遺伝子についてTaqMan Gene Expression Assays, VIC PL(Primer-Limited) シリーズを選択することをお勧めします Primerの濃度を抑えることで発現量が高い遺伝子増幅が目的遺伝子の増幅を阻害する事を避けることができます 4

5 TaqMan Gene Expression Assays 製品情報 TaqMan Gene Expression Assays は 2 ステップでのリアルタイム定量 PCR による実験手法にてご使用くださいまた cdna 調整時の逆転写反応に用いるプライマーはオリゴ dt プライマーだけではなくランダムプライマーもご利用ください逆転写反応推奨試薬 5

6 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 TaqMan Gene Expression Assays を検索するには? 以下のサイトへアクセスしますアプライドバイオシステムズジャパンウェッブサイトからのリンクもございます検索機能をご利用いただくには特別な登録は必要ございませんが製品をご注文いただく場合にはアプライドバイオシステムズのユーザー ID 事前登録が必要になりますユーザー ID をお持ちでない方は以下のインターネットオーダーシステムご利用案内よりユーザー ID の登録をお願いします 6

TaqMan Gene Expression Assays 検索方法トップページ ( http://www.

7 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法トップページ ( でサポートアッセイ検索を選択します 7

8 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Search をクリック 8 内在性コントロールについての情報も参照ください

9 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Assay Search をクリック 9

10 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Gene Expression Assays もしくは Non-coding Assays を選択必要に応じてサーチフィールドを選択 All Text も可遺伝子名 GeneBank ID 等のキーワードを入力生物種を選択設定後 Search をクリック他の検索オプションを設定後条件を絞り込んだ検索も可能 10

11 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法キーワード検索のヒントキーワードの一部しか分からない場合は入力したキーワードの後に * を入力することで曖昧検索ができます例 ) インターロイキンすべての検索 :IL* キーワード検索は遺伝子名だけでなく RefSeq や GenBank Locus Link 等の公共データベース ID や遺伝子シンボルでも検索可能ですアッセイが見つからない場合は RefSeq ID での検索が有効です RefSeq の見つけ方はこちらを参照ください 11

TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Assay ID をクリックすると各アッセイの詳細情報が確認できます Aligment Map ボタンをクリックするとゲノム地図上でのアッセイマップ情報が確認できます Availability で

12 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Assay ID をクリックすると各アッセイの詳細情報が確認できます Aligment Map ボタンをクリックするとゲノム地図上でのアッセイマップ情報が確認できます Availability で Inventoried Made to Order Assays 情報の確認ができます Ambion SiRNA 製品へのリンク Inventoried Assays は Inventoried と表記され non-inventoried Assays は Made to Order と表記されます 12

13 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法検索結果の絞込みを行う場合 Inventoried Assays のみ Made to order Assays のみ Inventoried Assays + Made to order Assays を含む全製品チェックボックス選択後 Filter Results をクリック 13

TaqMan Gene Expression Assays 検索方法アッセイの詳細情報画面アッセイ ID Aligment Map ボタンをクリックするとゲノム地図上でアッセイのマップ情報が確認できます 14 アッセイ ID に対応する各種情報の表示 NCBI Entrez Gene に登録されている遺伝子情報 ( 遺伝子名遺伝子シンボル NCBI ゲノム上のマップ情報など ) NCBI

14 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法アッセイの詳細情報画面アッセイ ID Aligment Map ボタンをクリックするとゲノム地図上でアッセイのマップ情報が確認できます 14 アッセイ ID に対応する各種情報の表示 NCBI Entrez Gene に登録されている遺伝子情報 ( 遺伝子名遺伝子シンボル NCBI ゲノム上のマップ情報など ) NCBI RefSeq に登録されている mrna(nm_xxxxxx) タンパク質 (NP_xxxxxx ) 及び GenoBank に登録されている mrna 情報 Exon Boundary,Assay Location 各転写産物上での TaqMan アッセイの位置情報 (Probe が設計されているエクソンジャンクションの位置とそのおよその塩基番号 ) IMAGE クローンの ID 情報 Amplicon Size PCR 産物のサイズ

15 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Alignment Map Alignment Mapの表示選択したアッセイに対応する遺伝子 Mapが表示されます Show GenBank mrnasをチェックすると RefSeq 以外のGeneBank mrnaも表示します 15

16 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 Alignment Map で Zoom in/zoom out します TaqMan Assay の上にマウスを置くと検出可能なトランスクリプトがハイライトされますトランスクリプトの上にマウスを置くと対応する TaqMan Assay がハイライトされます TaqMan Assay をクリックするとアッセイ詳細情報ページへリンクします 16

17 検索リストからのアッセイ選択のフローエキソンの指定がある YES 全てのアッセイから指定のエキソンを含むアッセイを選択 NO Inventoried アッセイがある YES Inventoried アッセイが複数ある YES 目的に適した Inventoried アッセイを確認選択 NO NO 全てのアッセイから任意のアッセイを選択 Inventoried アッセイを選択特に設計位置の指定がないときには Inventoried アッセイをご利用ください 17

18 Assay ID に含まれる情報生物種学名の頭文字の組み合わせです Hs: H. Sapience Mm: M. musculus Rn: R. norvegicus At: A. thaliana Dm: D. melanogaster Ce: C. elegans Rh:M. mulatta Cf:C. familiaris プライマープローブセット固有の番号設計した順番に割り当てられているので数が大きいほど新規に設計されたセットであることを示します Genomic DNA 由来の増幅 m: genomic DNA が混入していても増幅しません s: 同一のエキソン上にプライマープローブが設計されているので genomic DNA が混入していたら増幅します g: 染色体上に相同性の高い配列が存在するため genomic DNA から増幅する恐れがあります u: プライマーは異なるエキソン上に設計してありますがプローブはエキソンジャンクションではなくどちらかのエキソン上に設計されています genomic DNA から増幅する恐れがあります配列の特異性 1: ターゲット遺伝子特異的に検出することができます H: 相同性が高い mrna からも若干 (10-15cycle のずれで ) 増幅する可能性があります 18

19 複数のアッセイから選択するときのポイント ~Assay ID からの判断 ~ 右から2 番目のアルファベットが m のものを選択 genomic DNAからの増幅を考慮する必要がありません一番右が 1 のものを選択特異性の高いセットを選択番号が大きいものを選択最新のデータベース上の転写産物配列情報を元に設計注記 : 上記は目安ですターゲットとなる配列情報も併せてご判断いただくことをお勧めします 19

20 Inventoried アッセイが沢山ある時の例 1 Assay ID の数字が一番大きい最新のアッセイ対象となる配列数が最も多い網羅的に検出することが可能 20

21 Inventoried アッセイが沢山ある時の例 2-a Assay ID の数字が一番大きい最新のアッセイ対象となる配列数が最も多い網羅的に検出することが可能 Alignment Map スプライシングバリアントなどを表示 21 このように最新のアッセイの対象とする配列数が多くない場合全てのバリアントを検出することができない可能性が高い Map にて対象となる Exon 位置の確認

Inventoried アッセイが沢山ある時の例 2-b Hs01124177_m1 : 多くの Splicing Variant の検出 Hs00357143_g1 : 多くの

22 Inventoried アッセイが沢山ある時の例 2-b Hs _m1 : 多くの Splicing Variant の検出 Hs _g1 : 多くの Splicing Variant の検出しかし g なので genomic DNA 由来の増幅の可能性あり Hs _m1 : 3 つの Valiant だけを検出 22

23 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 Log In が必要です 23

24 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 Username/Password はインターネットオーダー用のユーザー ID を使用 (6 ページ参照 ) Username Password を入力後 Login をクリック 24

25 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 2Add to Basket をクリック 1 必要なアッセイをチェック 25

26 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法 Shopping Basket をクリック 26

27 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法数量の更新ショッピングバスケット内の製品の数量を変更した場合このボタンを押して下さい削除 - 注文した製品 1 つもしくは複数を削除することができますご注文を先に進める場合次へボタンを押します数量を変更することができます蛍光ラベルスケールの変更 27

28 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法出荷情報ページが表示されますお支払方法を確認後次へをクリックしてご注文を続けますお支払方法について : お支払方法の Purchase Order の表示 Blanket Order の空欄はそのままで変更しないでくださいお名前には登録ユーザーのお名前を半角のアルファベットでご入力ください 28

29 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法ご注文の確認を行いますご注文を完了するにはご注文ボタンをクリックします内容を修正したい場合は戻るボタンをクリックします 29

30 TaqMan Gene Expression Assays オーダー方法ご注文ボタンを押すとご注文の確認ページが表示されますご注文が完了し受注伝票番号を発行します受注伝票番号が表示されます番号をお控え下さい印刷用ページボタンを押すと印刷に適したページが表示されますご登録いただいたお客様のアドレスに確認メールが送信されますお買い物を続けるボタンを押すと引き続き Products&Services ページに戻ります yamada JPOrderAdminCS 30

31 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 : 補足 Advanced Keyword Search Advanced Keyword Search をクリックすると下記のようなオプションキーワード入力画面が出ます必要に応じてキーワードを追加入力します 31

32 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 : 補足 Batch ID サーチ 1 Batch ID サーチの機能を利用すれば複数のアッセイを同時に検索することが出来ます Batch ID サーチには複数の ID を直接入力する検索方法 ( オプション 1) と保存されたファイルを読み込みませて検索する方法 ( オプション 2) があります 1. Batch ID Search をクリックします 32

33 TaqMan Gene Expression Assays 検索方法 : 補足 Batch ID サーチ 2 2. オプション 1: 複数の ID を入力 ( コンマスペースリターンで区切る ) します 3. オプション 2: Browse ボタンをクリックしてお客様のローカル PC に保存されている ID リストもしくは以前にサーチして得られたアッセイリストの Export ファイルを読み込みます 4. 種の選択をします 5. Search ボタンをクリックします 6. アッセイの確認方法はキーワードサーチの場合と同じです 33

34 研究用にのみ使用できます診断目的およびその手続き上での使用は出来ません The trademarks mentioned herein are the property of Life Technologies Corporation or their respective owners. TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc 本誌に記載の社名および製品名は弊社または各社の商標または登録商標です記述内容は改良のため予告なく変更される場合がありますのでご了承下さい 2010 Life Technologies Japan Ltd. All right reserved. 34

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------