この講義でやること PDBjのwebページの復習 webページのデータの元になっているデータ形式の解説上記の演習 2

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えつまうすい
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1 新しいPDBデータの読み解き方金城玲大阪大学蛋白質研究所 & 日本蛋白質構造データバンク(PDBj) PDBj講習会仙台

2 この講義でやること PDBjのwebページの復習 webページのデータの元になっているデータ形式の解説上記の演習 2

3 PDBj PDBe RCSB PDB BMRB 3

4 PDBのやっていること登録日米欧で作業を分担公開データそのものは日米欧で同一その他のサービスは日米欧が独自に提供 4

5 基本的な検索法エントリーの取得キーワード検索詳細条件検索 5

6 エントリーのサマリーページ画像グラフィックスエントリーのタイトル PDB ID 各種ファイルのダウンロードエントリーの要約外部DBへのリンクその他の画像いろいろ 6

7 エントリーのその他の情報構造情報実験情報機能情報相同蛋白質ファイルダウンロードなどのページがあります 7

8 エントリーの構造情報含まれる分子種二次構造 SS結合リガンド結合サイトなど分子数分子量など 8

9 エントリーの実験情報結晶化条件格子定数試薬など実験手法によって異なる 9

10 エントリーの機能情報結合している化合物など蛋白質の機能とは 0

11 エントリーの相同蛋白質 PDBに存在するこのエントリーの配列の相同蛋白質をBLSTで検索

12 各種ファイルのダウンロード PDB, mmcif, PDBML 形式のデータファイル生物学的単位構造因子結晶構造の場合構造の品質管理情報 (Validation report) 2

13 PDBのファイル形式 3

14 PDBのファイル形式の種類 mmcif PDBML mmcifをxmlに直訳したもの PDBフォーマット wwpdbのもっとも基本的なフォーマット昔ながらのplain textフォーマット PDB/RDF PDBMLをセマンティックウェブの標準形式である RDFに変換したもの 4

15 その他のデータ検証レポート Validation Report 構造データの品質チェック構造因子 X線結晶構造解析の場合 NMR距離制限情報 NMR構造の場合 5

16 mmcifの例エントリーのダウンロードページでここをクリック 6

17 mmcifの基本データはいろいろなカテゴリに分類されている _category.item 例 _entry.id 目(item) entry はカテゴリ名 id はその項 _entry.id GOF はentryカテゴリのid項目の値が GOF であるという意味データの記述法は２通り key-value: １つのカテゴリに１つの値の組しかない場合 loop: １つのカテゴリに複数の値の組がある場合 7

18 mmcif 追加情報文脈自由文法 STR[Self-defi ning Text rchive and Retrieval]形式で記述タグの意味はPDBx/mmCIF dictionaryで定義されている詳しくは 8

19 mmcifをもう少し見てみるこのタグでエントリーが始まる datablock がエントリーの単位 data_gof # entry ID (PDB ID)は GOF _entry.id GOF # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version _audit_conform.dict_location # _database_2.database_id PDB _database_2.database_code GOF # 管理情報も含まれる. 9

20 key-valueの例 _cell.entry_id _cell.length_a _cell.length_b _cell.length_c _cell.angle_alpha _cell.angle_beta _cell.angle_gamma _cell.z_pdb _cell.pdbx_unique_axis # GOF 最後の # はそのカテゴリの記述の終わりを示す慣習(convention) 20

21 loopの例ループの開始 loop entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight 項目のリスト１行１項目は慣習 _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.pdbx_ec polymer man 'GLCTOSE OXIDSE' non-polymer syn 'COPPER (II) ION' non-polymer syn 'SODIUM ION' non-polymer syn 'CETIC CID' water nat water # 各項目は空白で区切られる項目リストと同じ順番で並ぶ空白を含むデータは引用府 ' で囲む最後の # はループの終わりを示す慣習(convention) 2

22 mmcifの原子座標情報 loop atom_site.group_pdb _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.pdbx_pdb_ins_code _atom_site.cartn_x _atom_site.cartn_y _atom_site.cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.b_iso_or_equiv _atom_site.cartn_x_esd _atom_site.cartn_y_esd _atom_site.cartn_z_esd _atom_site.occupancy_esd _atom_site.b_iso_or_equiv_esd _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_pdb_model_num TOM N N. L TOM 2 C C. L TOM 3 C C. L TOM 4 O O. L TOM 5 C CB. L TOM 6 N N. SER 2 TOM 7 C C. SER 2 TOM 8 C C. SER 2 TOM 9 O O. SER 2 TOM 0 C CB. SER 2 TOM O OG. SER L L L L L SER SER SER SER SER SER N C C O CB N C C O CB OG 22

23 主なカテゴリ(グループ _entity 研究対象の分子情報 _atom 各原子の情報座標など struct, struct_conf, struct_sheet, struct_conn, pdbx_struct_assembly,... _chem_comp 化合物データ atom_site _struct 構造の特色分子全体２次構造など entity, entity_poly, pdbx_entity_nonpoly,... chem_comp _citation 文献情報 citation, citation_author,... 23

24 カテゴリ間の関係 loop struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_pdb_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id 子(child) _struct_asym.details N N B N N 2 C N N 3 D N N 4 E N N 4 F N N 5 # 親子関係もPDBxで定義されている loop entity.id 親(parent) _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.details _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.pdbx_ec polymer man 'GLCTOSE OXIDSE' 2 non-polymer syn 'COPPER (II) ION' 3 non-polymer syn 'SODIUM ION' 4 non-polymer syn 'CETIC CID' 5 water nat water # PDBj講習会

25 label と auth loop atom_site.group_pdb _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.pdbx_pdb_ins_code _atom_site.cartn_x _atom_site.cartn_y _atom_site.cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.b_iso_or_equiv _atom_site.cartn_x_esd _atom_site.cartn_y_esd _atom_site.cartn_z_esd _atom_site.occupancy_esd _atom_site.b_iso_or_equiv_esd _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_pdb_model_num TOM N N. L TOM 2 C C. L TOM 3 C C. L TOM 4 O O. L TOM 5 C CB. L TOM 6 N N. TYR TOM 7 C C. TYR TOM 8 C C. TYR TOM 9 O O. TYR TOM 0 C CB. TYR label_... : wwpdb が内部的に付与したラベル auth_... : 登録者が任意に付与したラベル PDBj講習会 L L L L L TYR TYR TYR TYR TYR N C C O CB N C C O CB 25

26 ファイルの解読演習 PDBj 左のタブ新フォーマット PDBx/mmCIFについて H23年度大阪大学蛋白研セミナー PDBj講習会 in 福岡演習問題と回答 26

27 少し凝った検索キーワード検索を試してみる詳細条件検索を試してみる指定した条件が mmcifまたはpdbmlまたはpdb ファイルのどこに書かれているかを確認する 27

28 PDBjのサービスの中では PDB検索 PDBj Mine PDBMLの要素をXPathで取得 SQL検索 28

29 詳細条件検索 PDB詳細検索条件を追加できる 29

PDB データの読み解き方 mmcif と PDBML 金城玲大阪大学蛋白質研究所 PDBj講習会 1

PDB データの読み解き方 mmcif と PDBML 金城玲大阪大学蛋白質研究所この講義の内容 PDB の新しいフォーマットの必要性 PDB の新しいフォーマットである mmcif その XML への直訳である PDBML mmcif と PDBML の基礎である PDBx 辞書これらの具体例 2 PDB の新フォーマット旧フォーマットはいわゆる PDB ファイルのフォーマットのこと

この講義でやること PDBjのwebページの復習 webページのデータの元になっているデータ形 式の解説 上記の演習 2

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