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- みずき すえたけ
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1 平成 24 年度生活衛生関係技術担当者研修会 Legionella pneumophila の遺伝子型の グループ化と生息環境との対応 国立感染症研究所 細菌第一部 前川純子
2 Legionella pneumophila レジオネラ症 ( レジオネラ肺炎 ポンテゖゕック熱 ) の主な起因菌 血清群 1 が最も多い 環境中に広く生息 冷却塔や循環式浴槽 温泉などがヒトへの感染源となる L. pneumophila のグラム染色像 (X1,000) グラム陰性好気性桿菌細胞内寄生性
3 どこから どんな遺伝子型の菌株が 分離されるか 遺伝子型によるカタログ作り
4 Sequence-based typing (SBT) 法 L. pneumophila のコロニーから DNA を取り出す 特定 (7 カ所 ) の DNA 断片を PCR 法で増幅する DNA 断片の塩基配列を読み取り 配列の違いに応じて番号をつける 例 )(flaa, pile, asd, mip, momps, proa, neua) =(2,3,9,10,2,1,6) ST23
5 Welcome to the EWGLI Sequence-Based Typing (SBT) Database for Legionella pneumophila Provided by The European Working Group for Legionella Infect A consensus Sequence-Based Typing (SBT) epidemiological typing scheme for clinical and environmental isolates of Legionella pneumophila has been developed by members of the European Working Group for Legionella Infections (EWGLI) and evaluated for implementation in the investigation of outbreaks of legionellosis caused by L. pneumophila. The Health Protection Agency and 3 年 2 月 日現在 Using the SBT protocol, the SBT database (version 3.0) allows assignment of the seven ordered alleles, flaa, pile, asd, mip, momps, proa, and neua as described by Gaia et al. (2005) and Ratzow et al.(2007), represented as a Sequence Type (ST), or allelic profile, of the ordered string of allele numbers separated by commas e.g. 1,4,3,1,1,1,1. The curators encourage the submission of putative new alleles. Submission of putative new alleles can be made via the Sequence Quality Tool or by the New Allele Submission link (Options menu, left), which examines the forward and reverse chromatogram files. Subject to verification by the curators, a new allele number will be assigned and added to the database. If the curators are unable to verify a new allele, the strain or genomic DNA may be requested to allow sequencing by another designated centre. Submission of strains bearing new allele numbers to the EUL culture collection is strongly encouraged. Please contact Dr. Norman Fry for further details. Total number of entries: 5 Number of Sequence Types: 6 Number of flaa alleles: 36 Number of pile alleles: Number of asd alleles: 61 Number of mip alleles: 66 Number of momps alleles: 78 Number of proa alleles: 44 Number of neua alleles: 47 Number of neuah alleles: 20 The European Centre for Dise http ://w w w.h p a-b ioinform atics.org.uk/leg ion ella/leg ionella_sb t/p h p /sb t_ h om ep ag e_bod y.p h p Provided by The European Working Group for Legionella Infections (EWGLI) in conjunction with The Health Protection Agency and The European Centre for Disease Prevention and Control
6 日本国内から分離された L. pneumophila 血清群 1 5 株の遺伝子型を調べた 浴槽水分離株冷却塔水分離株土壌分離株噴水 修景水分離株シャワー水分離株加湿器分離株 94 株 78 株 34 株 11 株 6 株 2 株
7 環境分離株の由来により遺伝子型の 多様性が異なる 遺伝子型 浴槽水分離株 94 株 53 種類 冷却塔水分離株 78 株 14 種類 土壌分離株噴水 修景水分離株 34 株 11 株 11 種類 3 種類 78 種類 シャワー水分離株 6 株 6 種類 加湿器分離株 2 株 2 種類
8 環境分離株の由来による遺伝子型の分布 遺伝子子型冷却塔噴水水 シャ遺伝子子型冷却塔噴水水 シャ浴槽水水土土壌加湿器計浴槽水水土土壌 (ST) 水水修景水水ワー (ST) 水水修景水水ワー 加湿器 計 計
9 遺伝子型 (ST) 間の類縁関係を解析する ー minimum spanning tree 法ー 似ている ST 同士を各遺伝子の差異数に比例した長さの 枝 で結び 枝の長さの総長が細小になるようにする 数字は ST 型を示し 円の大きさは 株数に比例する 隣り合う遺伝子座の違いが2つ以下のSTの集団をclonal complexという Clonal complex
10 浴槽水分離株冷却塔水分離株土壌分離株噴水 修景水分離株シャワー水分離株加湿器分離株株数由来 Group-S2 Group-S1 Group-B1 Group-B3 Group-B2 Group-S3 Group-C1 Group-C2 Group-U L. pneumophila SG1 環境分離株 5 株の minimum spanning tree 冷却塔水分離株 C グループ土壌分離株 S グループ浴槽水分離株 B グループシャワー水分離株
11 Opera 未対応全国の地方衛生研究所の各地区の代表と国立感染症研究所からなる Safari 未対応 衛生微生物技術協議会レジオネラ レフゔレンスセンター Japan - 白地図ぬりぬり ver.! 色を選んで地図をクリック 白地図 世界地図 日本地図が無料 白地図専門店 1 Sankakukei, InoueKeisuke 年 8 月からレジオネラ臨床 分離株の収集を行なっている 対応ブラウザ Internet Explorer 9 以上 Firefox 4 以上 岡山県環境保健センター細菌科 宮崎県衛生環境研究所微生物部 Google Chrome 7 以上 富山県衛生研究所細菌部 神奈川県衛生研究所微生物部 仙台市衛生研究所微生物課 国立感染症研究所細菌第一部 Opera 未対応 Safari 未対応 神戸市環境科学保健研究所微生物部 白地図 世界地図 日本地図が無料 白地図専門店 1 Sankakukei, InoueKeisuke.
12 レジオネラレフゔレンスセンターにおける収集臨床分離株の内訳 2 年 5 月末日現在 L. pneumophila 219 株 (97%) L. feeleii 1 株 (0.4%) SG1 183 株 (84.7%) L. londiniensis 1 株 (0.4%) SG2 5 株 (2.2%) L. longbeachae 4 株 (1.8%) SG3 10 株 (4.4%) L. rubrilucens 1 株 (0.4%) SG4 2 株 (0.9%) SG5 6 株 (2.7%) SG6 7 株 (3.1%) レフゔレンスセンター発足以前に収集した 34 株を追加して解析 SG9 2 株 (0.9%) SG10 1 株 (0.4%) SG12 1 株 (0.4%) SG15 1 株 (0.4%) Untypable 1 株 (0.4%) 計 6 株 (100%)
13 SBT 法により 217 株の L. pneumophila SG1 臨床分離株の 遺伝子解析をおこなったところ 109 種類の遺伝子型に分かれた 株数 遺伝子型 (ST) * 3 年 2 月 日時点で日本固有の型 15 ST23, ST ST* 12 ST1 8 ST384* 6 ST306*, ST42 5 ST* 4 ST132*, ST505*, ST 3 ST142*, ST507*, ST644*, ST1077* 2 ST2, ST36, ST, ST62, ST, ST118*, ST1*, ST123*, ST*,ST139*, ST211, ST, ST3*, ST*, ST550*, ST*, ST*, ST* 1 76 kinds of STs IOD 0.
14 浴槽水分離株冷却塔水分離株土壌分離株噴水 修景水分離株シャワー水分離株加湿器分離株株数由来 Group-S2 Group-S1 Group-B1 Group-B3 Group-B2 Group-S3 Group-C1 Group-C2 Group-U L. pneumophila SG1 環境分離株 5 株の minimum spanning tree 冷却塔水分離株 C グループ土壌分離株 S グループ浴槽水分離株 B グループ
15 環境分離株に臨床分離株を加えても それぞれのグループは保持された G ro u p -S2 G ro u p -S1 G ro u p -B1 臨床分離株も それぞれのグループに 分けられる G ro u p -B3 G ro u p -B2 G ro u p -S3 G ro u p -U G ro u p -C1 G ro u p -C2
16 L. pneumophila SG1 臨床分離株 217 株の minimum spanning tree 株数 感染源 不明浴槽水 ( 推定 / 確定 ) 塵埃 ( 推定 ) シャワー ( 推定 / 確定 ) 院内 ( 推定 ) 津波 ( 溺水 ) プール ( 推定 ) 土壌 ( 推定 ) 砂 ( 推定 ) エゕコン ( 推定 ) 加湿器 ( 確定 ) 冷却塔 ( 推定 ) 感染源別に色分けをした Group-B2 Group-B1 Group-B3
17 L. pneumophila SG1 臨床分離株 217 株の minimum spanning tree 株数 感染源 不明浴槽水 ( 推定 / 確定 ) 塵埃 ( 推定 ) シャワー ( 推定 / 確定 ) 院内 ( 推定 ) 津波 ( 溺水 ) プール ( 推定 ) 土壌 ( 推定 ) 砂 ( 推定 ) エゕコン ( 推定 ) 加湿器 ( 確定 ) 冷却塔 ( 推定 ) 感染源別に色分けをした Group-U Group-B2 Group-S1 Group-B1 Group-C2 Group-C1 Group-S3 Group-B3 Group-S2 に属する臨床分離株はなかった
18 まとめ レジオネラ症の主要起因菌である L. pneumophila 血清群 1 株は遺伝子型により 浴槽水グループ (B1, B2, B3) 冷却塔水グループ (C1, C2) 土壌グループ (S1, S2, S3) および U グループに分けられた 浴槽水が感染源と考えられる患者からの分離株は 浴槽水グループに属するものが多かった 感染源不明の臨床分離株の多くが土壌グループに属し それらについては土壌あるいは土壌が混入した水系からの感染が示唆された
19 謝辞とお願い 今回の発表にあたりまして 各地の地方衛生研究所を初めとして 40あまりの諸機関の方々からレジオネラ菌株を分与いただきました 厚く御礼申し上げます シャワー水 噴水 給湯水などからの L. pneumophila 血清群 1 分離株の収集にご協力をよろしくお願い致します レジオネラ症臨床分離株の収集解析も レジオネラ レフゔレンスセンターで引き続きおこない 衛生微生物技術協議会で報告します 連絡先 :[email protected] 前川
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