Partek Flow リリースノート バージョン : Partek Flow バージョン は高速化と使い勝手の改善のための新機能やパフォーマンス向上を含んでいます このバージョンへアップグレードするためには Partek Flow インストールガイド

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1 Partek Flow リリースノート バージョン : Partek Flow バージョン は高速化と使い勝手の改善のための新機能やパフォーマンス向上を含んでいます このバージョンへアップグレードするためには Partek Flow インストールガイド内のインストール手順を実行して下さい 改善点を以下に列挙します Partek Flow ホームページ 使い勝手向上のための新たなデザイン プロジェクト サンプル ファイル名のキーワードで検索する新たな検索ボックス プロジェクトの見やすい表示 並び替え およびナビゲーション パイプラインのサムネイル プロジェクトの概要 共同研究者のリストを含む選択したプロジェクトの新しい Details タブ タスクやユーザーの実行状況を新しい順に表示する選択したプロジェクトの新しい Activity タブ 新しいホームページは前のプロジェクト管理ページを置き換えます 新たにデザインされた RNA-seq ワークフロー 注記 : もし既存の RNA-seq プロジェクトを継続して利用したい場合 アップグレードが完了した後に一度アラインメントより後のタスクを再実行する必要があります タスク詳細にその旨を記載して関連する Data Summary Reports を保存することを推奨します 効率的な保存と正確性の改善のために定量したリード数のファイルフォーマットの改善 アルゴリズムは変更されていないにも関わらず 定量 正規化 遺伝子発現比較の初期設定が変更されているので 新しい初期設定は以前のバージョンとは異なる結果を出力する場合があります Quantification タスクの変更 タスク名の変更 Quantify to annotation model (Partek E/M) 以前の Quantify to transcriptome (Partek E/M) Quantify to reference (Partek E/M) 以前の Quantify data aligned to transcriptome 使用したアノテーションが遺伝子と転写産物を区別する場合 タスクは 2 つの異なるデータノード ( 遺伝子のリード数と転写産物のリード数 ) を生成して レポートは 2 つの対応するタブを持ちます

2 gene counts ( または transcript counts) データノードを選択してメニューから Download data を選択するとリード数のデータをダウンロードします ユーザーは Quantification result (Partek Genomics Suite の圧縮されたプロジェクト ) と Read counts ( リード数のタブ区切りテキストファイル ) を選択できます BAM ファイルは出力データに含まれません (BAM ファイルは上流の aligned reads データノードからダウンロードできます ) タスクレポートが強化されました 記述統計値を表示する新しい Feature distribution テーブル 新しい Distribution of raw read counts グラフ ( 詳細は後述 ) 新しい Sample histogram グラフ ( 詳細は後述 ) 片鎖データでは レポートに関連する列だけを表示 Expression signal 箱ひげ図は均等目盛を使用 ( 対数目盛ではない ) 新しい Normalize counts タスク 正規化はリード数を含むデータノードに対して独立したタスクとして実行できます 複数の新しい正規化手法が利用可能になり ユーザーが設定した Normalization order に基づいて順番に実行できます タスクを作成するデータノードに応じて Recommended methods ( 推奨の正規化手法 ) が利用できます Quantify to annotation model (Partek E/M) または Quantify to reference (Partek E/M) により作成されたデータノード :( 推奨の正規化手法 :Total Count, add ) Cufflinks quantification により作成されたデータノード : ( 推奨の正規化手法 :add ) 正規化をアノテーションがないデータノードで実行する時 RPKM と TPM は利用できません サンプルごと あるいは遺伝子や転写産物ごとにデータの変換ができます いくつかのデータ変換だけがオプションの影響をうけます ( 例えば 異なるサンプル間のある遺伝子の平均値は 1 つのサンプルでの全ての遺伝子の平均値とは異なります ) Normalization レポートは次の内容を含みます 使用した正規化手法 記述統計値を表示する Feature distribution テーブル 正規化前後の発現量の箱ひげ図 正規化前後のサンプルヒストグラム 正規化したリード数に対して主成分分析を実行できます Normalized counts データノードを選択してメニューから Download data を選択すると正規化したデータをダウンロードでき

3 ます ユーザーは Normalization result (Partek Genomics Suite の圧縮されたプロジェクト ) と Read counts ( リード数のタブ区切りテキスト ) を選択できます GSA/ANOVA GSA のためのリード数の正規化 正規化は Advanced options メニューからタスクウィザードに移動しました 正規化されたデータノードまたは読み込まれた遺伝子か転写産物のデータノードで GSA を実行する場合 正規化は利用できません Default では上述した推奨の正規化手法が適用されます None は追加のデータ変換を行いません 実験条件の選択は独立したステップになりポップアップウィンドウは表示されません 遺伝子レベルか転写産物レベルかを選択するラジオボタンはなくなりました 遺伝子レベルか転写産物レベルかはタスクを実行したデータノードによって決まります GSA で低発現の遺伝子や転写産物を取り除く新しい基準として Lowest average coverage が Advanced options に追加されました Lowest average coverage は全てのサンプルの発現量の幾何平均が指定した値より小さい時に遺伝子や転写産物を取り除きます 発現量はすぐ上のデータノードに基づいて計算されます フィルターの基準は多重検定補正前に適用されます より厳しいフィルターはタスクレポートで解析後に適用できます GSA の Advanced options で Model types configuration が変更されました Default を選択すると モデルタイプ p 値のタイプ ログ変換 自由度の推奨設定が自動的に適用されます 初期設定は shrinkage ありの対数正規分布と F 統計値 がない場合 設定は自動的にポアソンモデルに変更され p 値は Wald 統計量に変更されます タスクを実行した後 使用したモデルの情報は Task Details と遺伝子の Extra Details で確認できます ユーザーは Custom を選択すると設定を変更できます GSA タスクレポートの新しい Shrinkage グラフ GSA タスクレポートでグラフはテーブルの下に表示されます 新しい変異検出方法 新しいハプロタイプに基づく変異検出プログラム FreeBayes Garrison E, Marth G. Haplotype-based variant detection from shortread sequencing. arxiv: v2 [q-bio.gn] 2012

4 新しい Validate Variants タスク データノードの vcf ファイルとユーザーが指定した基準との比較 プロジェクトのサンプルが既知の判断基準となるデータ つまり既知あるいは信頼性の高い変異コールを含むデータの場合 このタスクは基準となる変異データに対するパイプライン内の変異検出の性能の評価になります 変異のデータノードを選択した時に QAQC セクションに表示されます Variant detection among samples は Chromosome View で各サンプルに個別の変異割合のトラックを表示します 改善したアラインメントプログラム 参照トランスクリプトーム配列 ( 全ゲノムではない ) にアラインメントした場合 塩基の位置情報は自動的にゲノム上の位置情報に変換されます Bowtie2 は大きなゲノムに対して拡張子が bt2l のファイルを作成します GSNAP は (v8) に更新されました STAR アラインメントプログラムはダウンロード可能な SJ.out.tab ファイル (1 か所にマッピングされたスプライシングジャンクションを定義 ) を含みます 可視化 Quantification タスクレポートの新しい Distribution of Raw Read Counts データは 6 つの固定されたビン それぞれがリード数の範囲を表す にグループ化 最初のビンはリード数が 0 の遺伝子や転写産物を含みます それぞれのサンプルは色分けされます Y 軸は観測結果の頻度 ( すなわちリード数 ) を表します Quantification タスクレポートの新しい Sample Histogram グラフ X 軸は発現量を表します Y 軸は観測結果の頻度 ( すなわちリード数 ) を表します メニューの新しい Sample correlation タスク リード数を含むデータノードで利用可能 2 サンプル間のリード数のスキャッタープロットを作成 ピアソンの相関係数と回帰の傾きをプロットに表示 GSA タスクレポートで Shrinkage ありの対数正規分布モデルに対する新しい Shrinkage グラフ グラフはデザインごとに作成されます (Summary of factors influencing expression 円グラフの成分に対応 ) Chromosome Viewer 使い勝手を改善するためのページレイアウトの新たなデザイン トラックの選択

5 初期設定のトラックから pileup トラックの削除 Clear selection ボタンの削除 プロジェクトがマイクロアレイデータを含む場合 トラック選択でリードの pileup とプローブのシグナル強度を区別します 変異データで Chromosome Viewer を起動した場合 変異のサンプルのトラックは自動的に選択されます ヒストグラムトラックは初期設定で塩基ごとに色分け GSA/ANOVA タスクレポートやカバレッジレポートで Chromosome Viewer を起動した場合 定量やカバレッジのタスクで使用したアノテーショントラックが選択されます Selection details 内で利用可能な遺伝子や転写産物を NCBI データベースで閲覧するための新しいリンク より多くのゲノムで利用可能な BLAST 機能 ペアエンドリードでのリードの pileup 表示の改善 遺伝子名や転写産物名のフォントサイズの拡大 トラックの向きの指標 ( 矢印 ) の明瞭化 Variant detection among samples はサンプルごとに個別に変異の割合のトラックを表示します 主成分分析 主成分分析は単独のタスクになりました (Visualizations メニューのセクションから選択できます ) 既存の定量結果や正規化したデータの PCA の結果を表示するためには PCA タスクを実行する必要があります インターフェースの改善と応答性の強化 サンプルをつなぐ線とドットの境界の明瞭化 大量のサンプルを取り扱う機能 ウインドウのサイズにより適したグラフと説明 ドットプロット ドットプロットは正規化前のリード数からだけ作成されます ウインドウの左に設定欄を配置した改善されたインターフェース 色はべた塗 ( 階調なし ) になりパレットで変更できます グループ化と色付けの初期設定は GSA/ANOVA で使用した実験条件に基づきます ウインドウのサイズにより適したグラフと説明 階層型クラスタリング 設定の保存および読込みができます サンプル データ ライブラリの管理

6 遺伝子や転写産物のリード数の読込ボタンがサンプル作成ボタンに組み込まれました pre-alignment QAQC の Average base quality score per read グラフの一貫した命名 フルパスを直接入力するファイル選択 URL からファイルを読み込んだ時のファイル名のデコードの改善 アラインメントされていないデータは全て読込み時にバリデーションされます 別のプロジェクトからサンプルを読み込むときに実験条件も読み込むことができます 数値の実験条件を設定した時に初期値が指定できます データタブをタブ区切りテキストファイルでダウンロードできます Download をクリックする前にデータテーブルが拡げられている ( データファイルが表示されている ) 場合 ダウンロードされたテーブルにはファイル名が含まれます サンプルの実験条件の編集の簡略化 Edit Attributes ボタンが再度追加されました カテゴリーの実験条件はキーボードを使った入力 ( 自動補完が行われます ) もセルごとにドロップダウンメニューを使った入力もできます *.bz2 ファイルの解凍と読込み機能の改善 ライブラリファイルセクションに説明文の追加 gff3 ファイルから情報を構文解析して GSA/ANOVA の結果のテーブルに選択可能な列として追加する機能 データノードは右クリックメニューから削除できます 起点のデータノードはプロジェクトの共同研究者が削除できます 生成されたデータノード (Partek Flow 内のタスクによってつくられたデータ ) はタスクを実行したユーザーまたはプロジェクトの作成者が削除できます プロジェクトやライブラリファイルの削除の改善 ライブラリファイルの新しい名前 Genome build は Assembly に変更されます Genome files は Reference に変更されます Genome sequence は Reference sequence に変更されます Genome aligner indexes は Reference aligner indexes に変更されます ユーザーインターフェース ユーザーはあらかじめ登録されたアバターから画像を選択できます タスクノードやデータノードの真新しい見た目 新しい境界 色 説明文を使ったよりはっきりとした見た目のグラフ

7 出力ファイルビューアーは最大 1000 行を表示します Queued tasks ページに Activity Log ページを表示するリンクが追加されました ( カバレッジのパーセンテージを示すために ) よりはっきりとしたヘッダーを持つカバレッジレポート Task details ページにユーザーが入力したタスクの説明文を追加 ツールチップとグラフレジェンドの様々な改善 管理ツール システム管理者が実行できる Partek Flow の実行状態をレポートするスクリプトがインストール内容に含まれます Partek Flow の管理者はどのユーザーに終了していないタスクがあるかを確認できます Partek Flow の管理者はユーザーのアカウントを無効化する時にそのユーザーのタスクをキャンセルできます ( 絶対パスではなく ) シンボリックリンクがデータベースに保存されます 新しいインスタンスを開始する時に古い一時ライセンスファイルは削除されます all users グループは All non admins に変更されます ソフトウェアのライセンスがないことを示すより分かりやすいエラーメッセージ Partek Flow のライセンス項目の可読性の向上 新しいライセンス項目 新しいライセンス項目は基本ライセンスとは別に提供され個別に購入できます ライセンス項目は Settings を選択して System information ページ内に表示されます グループ管理 ユーザーのディスククォータ 管理者はユーザーごとのディスククォータとクォータの 80% および 100% の水準に達した時に実行される動作を設定できます ユーザー管理ページに Disk quota 列が追加されます システム設定ページに Default disk quota Actions at 80% of disk quota Actions at 100% of disk quota の項目が表示されます 選択可能な動作は user administrators Prevent importing sample files and running tasks です マイプロフィールページにも Disk usage 行が表示されます グループライセンス 管理者は同時使用ライセンスのいくつかを特定のユーザーグループ専用にすることができます ライセンス数のグループのユーザーが常にログインしてタスクを実行でき 他のユーザーがそれらのライセンスを使用することを制限することを保

8 障します この機能は同時使用ライセンスでのみ有効です 全てのユーザーはグループ管理ページで Dedicated licenses 列を見ることができますが 管理者だけがその値を変更できます 使用量レポート 管理者はユーザー ユーザーグループ プロジェクト ディレクトリ ファイルタイプ ファイル圧縮 ディスククォータと使用量についての情報をレポートに出力できます 管理者だけが使用量レポートページを閲覧して使用できます マイクロアレイツールキット ユーザーはマイクロアレイデータをアラインメント前のリードに変換できます アラインメントプログラムのための変換タスクがメニューの Convert to Aligned Reads セクションに表示されます ( マイクロアレイデータはこの機能の有り無しいずれかで読み込むことができることに留意して下さい ) マイクロアレイデータの変換タスクの新しい Advanced Options は Scale Intensity Transform RMA background Quantile normalization を含みます チップ上のプローブの配列はプローブアノテーションファイルの配列に合うように補正できます ( 補正されない倍は配列の方向が既に一致していることを意味します ) コマンドオプション ユーザーはコマンドをオプションセットに変換できます オプションセット管理ページに Add option set from command line ボタンが表示されます タスクの優先順位の再設定 管理者はプロジェクトのタスクをタスクキューの一番上に移動できます タスクキューのタスクの隣に上矢印が表示されるので 矢印をクリックするとそのタスクのプロジェクトの全てのタスクがタスクキューの一番上に移動します 最終更新日 : 2016 年 4 月 15 日 Copyright 2016 by Partek Incorporated. All Rights Reserved. Reproduction of this material without express written consent from Partek Incorporated is strictly prohibited.